Uma das impurezas que pode ser encontrada no eluato do gerador de tecnécio é o pertecnetato (TcO4-), que é um íon análogo ao íon iodeto (I-). O pertecnetato é uma impureza indesejada porque não é retido pelo sistema de marcação do fármaco, o que pode levar a uma imagem incorreta no exame de cintilografia. A presença de pertecnetato pode ser detectada por meio de testes de qualidade, como a cromatografia em papel, que separa os diferentes componentes do eluato e permite a identificação de impurezas.