As três vantagens que os estudos proteômicos apresentam sobre as estratégias de genômica funcional são: 1. Os estudos proteômicos permitem a identificação de proteínas que são produzidas a partir de um único gene, mas que podem ter múltiplas funções, o que não é possível com a genômica funcional. 2. Os estudos proteômicos permitem a identificação de modificações pós-traducionais em proteínas, como fosforilação e glicosilação, que podem afetar sua atividade biológica, o que não é possível com a genômica funcional. 3. Os estudos proteômicos permitem a identificação de proteínas que são produzidas em baixas quantidades, o que não é possível com a genômica funcional, que se concentra na identificação de genes altamente expressos.
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