As bactérias são classificadas de acordo com suas funções e características, como a parede celular e sua morfologia. A parede celular das bactérias pode ser gram-positiva ou gram-negativa, e sua morfologia pode ser esférica (cocos), em forma de bastão (bacilos) ou em forma de espiral (espirilos). Além disso, as bactérias podem ser classificadas de acordo com sua capacidade de produzir energia, como aeróbicas (que precisam de oxigênio para sobreviver) ou anaeróbicas (que sobrevivem sem oxigênio).
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