Uma das diferenças entre threads de usuário e threads de kernel e:

A thread de kernel é escalonada diretamente pelo sistema operacional e a de usuário não.
A thread de usuário não pode utilizar funções do sistema operacional e a thread de kernel pode.
Uma thread de kernel bloqueada bloqueia todo o processo obrigatoriamente e a de usuário não bloqueia.
Uma thread de kernel não pode executar instruções privilegiadas e a de usuário pode.