Uma desvantagem do método de custeio por absorção é que ele pode levar a decisões de produção inadequadas. Isso ocorre porque, ao alocar todos os custos de produção aos produtos, pode-se subestimar o custo real de produtos que não estão vendendo bem, levando a uma superprodução e, consequentemente, a um aumento de estoques e custos fixos. Além disso, esse método pode distorcer a lucratividade em períodos de produção, já que os custos fixos são diluídos entre os produtos fabricados, independentemente de terem sido vendidos ou não.