Para responder a essa questão, precisamos entender o contexto da Filosofia Moderna e o que caracteriza o "espírito científico" nessa fase. A Filosofia Moderna, especialmente em sua primeira fase, é marcada pela busca de explicações racionais e empíricas, muitas vezes colocando a razão e a observação da natureza em destaque. Analisando as alternativas: A) Na preponderância da Natureza sobre Deus - Essa opção reflete a ideia de que a natureza e a razão começam a ter um papel mais central em relação à divindade, o que é uma característica da Filosofia Moderna. B) Na preponderância de Deus sobre a Natureza - Essa opção não se alinha com o espírito científico, que tende a questionar a primazia de Deus em favor de explicações naturais. C) Na preponderância do Conteúdo sobre o Método - Essa opção não é a mais adequada, pois o método científico é fundamental na Filosofia Moderna. D) No Método como assunto filosófico predominante - Essa opção é relevante, mas não captura completamente a essência do espírito científico em relação à natureza. E) No Universal como assunto filosófico predominante - Essa opção não se relaciona diretamente com o espírito científico. Diante dessa análise, a alternativa que melhor representa o espírito científico da Filosofia Moderna, enfatizando a razão e a observação da natureza, é: A) Na preponderância da Natureza sobre Deus.