quais as linguagens usadas para efeitos visuais em programação web?

Javascript, Flash, o próprio HTML5, além de CSS 

Hoje com a compatibilidade da maioria dos navegadores terem melhorado bastante, você pode usar o CSS3, HTML5 e JAVASCRIPT para efeitos elegantes em sites. O FLASH como citado pelo nosso amigo Erne é muito bom também, porém trabalhando com FLASH, batemos direto com o problema dos dispositivos móveis já que, como por exemplo o iPhone, essas animações em FLASH não são execultadas. O ideal nos dias de hoje é trabalhar mesmo em cima do HTML5, CSS3 e JAVASCRIPT para tais efeitos visuais.