Para responder à sua pergunta, precisamos entender a diferença entre Administração Direta e Administração Indireta. A Administração Direta é composta pelos órgãos que integram a estrutura do Estado, como ministérios e secretarias. Já a Administração Indireta é formada por entidades que possuem personalidade jurídica própria, como autarquias, fundações públicas, empresas públicas e sociedades de economia mista. Analisando as alternativas: A) Secretarias de Estado - Fazem parte da Administração Direta. B) Empresas Públicas - Fazem parte da Administração Indireta. C) Fundações Públicas - Fazem parte da Administração Indireta. D) Sociedades de Economia Mista - Fazem parte da Administração Indireta. E) Autarquias - Fazem parte da Administração Indireta. Portanto, a alternativa que compreende a Administração Direta é: A) Secretarias de Estado.