A solução aquosa mencionada refere-se ao álcool ou acetona, que é utilizada no processo de coloração de Gram. As bactérias gram-negativas possuem uma camada de peptidoglicano mais fina e, por isso, perdem a coloração após a aplicação dessa solução, enquanto as gram-positivas, com uma camada mais espessa, retêm a coloração. Se uma solução aquosa for usada incorretamente, as gram-negativas podem não ser descoloridas, levando a um resultado falso positivo, onde se pode pensar que são gram-positivas. Isso compromete o diagnóstico e pode resultar em erros nos passos seguintes da identificação bacteriana.