A principal diferença entre a Hipótese do Encaixe Induzido e o modelo Chave-Fechadura está na flexibilidade estrutural do sítio de ligação do receptor. No modelo Chave-Fechadura, assume-se que a estrutura do receptor é fixa e que o fármaco (a "chave") se encaixa perfeitamente no sítio de ligação (a "fechadura") sem alterar a conformação do receptor. Por outro lado, a Hipótese do Encaixe Induzido sugere que a interação entre o fármaco e o receptor é dinâmica. Quando o fármaco se liga ao receptor, ele pode induzir uma mudança conformacional no receptor, ajustando-se para otimizar a interação. Isso implica que tanto o fármaco quanto o receptor podem ter certa flexibilidade estrutural, permitindo uma melhor adaptação e interação. Em resumo, a Hipótese do Encaixe Induzido considera a flexibilidade e a adaptabilidade das estruturas, enquanto o modelo Chave-Fechadura é mais rígido e fixo.