As bactérias compactam seu DNA de maneira diferente das células eucarióticas, já que não possuem histonas. Elas utilizam proteínas chamadas "proteínas de ligação ao DNA" ou "proteínas nucleoidais", como a proteína HU, que ajudam a dobrar e organizar o DNA em uma estrutura compacta. Além disso, o DNA bacteriano é frequentemente organizado em uma região chamada nucleoide, onde o DNA é enrolado e dobrado de forma a maximizar a compactação, permitindo que ele caiba dentro da célula. Essa compactação é crucial para a função celular e a replicação do DNA.