Violaria o princípio da separação de poderes norma da Constituição do Estado de Rondônia que determinasse que os conselheiros do TCE/RO fossem...

Não

Errado.

No caso em tela, aplica-se o princípio da simetria, podendo os estados estabelecer a aprovação por assembléia.

"Art. 52. Compete privativamente ao Senado Federal:

III - aprovar previamente, por voto secreto, após argüição pública, a escolha de:  

b) Ministros do Tribunal de Contas da União indicados pelo Presidente da República;"   

"Art. 75. As normas estabelecidas nesta seção aplicam-se, no que couber, à organização, composição e fiscalização dos Tribunais de Contas dos Estados e do Distrito Federal, bem como dos Tribunais e Conselhos de Contas dos Municípios.  

Parágrafo único. As Constituições estaduais disporão sobre os Tribunais de Contas respectivos, que serão integrados por sete Conselheiros."