Qual a diferença entre efeito penal primário e secundário ?

Entende-se por efeito penal primário a aplicação da pena direta ao condenado, sendo elas:

a) privativa de liberdade - cumprimento da pena correspondente ao crime em regime fechado ou semi-aberto.

b) restritiva de direito - pena alternativa onde irá reduzir alguns dos direitos do condenado em substituição da pena privativa de liberdade, ou seja, irá ter que obedecer algumas regras para que possa cumprir sua sentença em regime aberto. As alternativas para cumprimento nesta modalidade estão previsto no Art.43 e 44 do CP. 

c) multa - o condenado irá pagar ao fundo penitenciário determinada quantia em dinheiro.

d) medida de segurança – é aplicada quando o crime é cometido por portadores de doença mental, sendo sua sentença o cumprimento tratamento ambulatorial e internação em hospital de custódia. 

O efeito penal secundário por sua vez, está relacionado não a pena em si como no efeito primário, mas, no que a pena estabelece para ser cumprido pelo condenado. O efeito secundário é divido em efeitos secundários penais e extrapenais.

Os efeitos secundários extrapenais podem ser divididos em genéricos previsto no Art.91 do CP, como pode ser especifico em conformidade com o Art.92. Os efeitos extrapenais em regra, são aqueles que não precisam ser declarados de forma expressa na sentença. 

Deixo o link abaixo para melhor compreensão do conteúdo, visto que ainda tem muita coisa a ser acrescentada na pequena e simples resposta que fiz.

http://brenocriminal.jusbrasil.com.br/artigos/375691412/dos-efeitos-da-condenacao

https://blogdocoutinho.wordpress.com/2011/11/05/ucsal-direito-penal-3-aula-efeitos-da-condenacao/

https://tudodireito.wordpress.com/2013/07/10/penas-restritivas-de-direito-3/