Existem duas teorias acerca da produção de todas as moléculas necessárias à vida durante a fase prebiótica. Uma delas se baseia em uma produção exógena das mesmas, ou seja, que as moléculas prebióticas já são formadas em meteoróides e que os mesmos enriqueceram a Terra com elas ao caírem na mesma. Esta teoria é fundamentada principalmente nas análises orgânicas de meteoritos e no fato de que a taxa de queda desses corpos na Terra era muito grande naquela época.
A segunda teoria se baseia em uma produção endógena das moléculas prebióticas, assumindo que elas foram sintetizadas em larga escala no planeta. A primeira e mais conhecida evidência para esse tipo de produção é o Experimento de Urey-Miller (Figura 1), no qual moléculas necessárias à vida foram formadas a partir de uma mistura de gases que se acreditava representar a atmosfera primordial da Terra.
o modelo mais atual da atmosfera primitiva mostra que a mesma não seria tão redutora quanto a simulada por Urey e Miller. Primeiramente, o experimento não levou em conta as emissões de gases a partir da atividade vulcânica. Na década de 80, foi proposto que a atmosfera primordial seria composta de CO2, N2, H2O e menores quantidades de CO e H2. Além disso, o H2 é um gás leve, sendo então gradualmente perdido pelo planeta. Por outro lado, naquela época a luminosidade do Solera cerca de 25% menor que a atual. Sem um grande efeito estufa, haveria um congelamento dos oceanos. Esse fato fez com que o nível previsto de CO2 na atmosfera primordial aumentasse drasticamente. E utilizando essa nova mistura, a produção de aminoácidos e outras moléculas prebióticas foi bem menor, o que comprometeu bastante a teoria endógena.
Por fim, em 2005, De Sterck e colaboradores mostraram que o escape do H2 da atmosfera primordial deve ter acontecido duas ordens de grandeza mais devagar que o proposto anteriormente. O balanço entre o escape de H2 e a emissão do mesmo gás pelos vulcões e oceanos manteve a concentração do gás em cerca de 30%. Com essa atmosfera, a produção de moléculas prebióticas de forma endógena volta a ser considerável.
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