O Poder Legislativo pode modificar qualquer parte do projeto da LDO recebido do Executivo. Entretanto, o bom senso recomenda que as emendas sejam direcionadas, preferencialmente, para o Anexo de Metas e Prioridades, já que nesse documento constarão as ações destinadas a receber recursos no orçamento do ano seguinte. Mesmo assim, nada impede que os demais documentos que compõem o projeto da LDO sejam alterados, caso haja interesse de algum parlamentar ou Comissão permanente de qualquer das casas do Legislativo.