Entre o casamento de dois jovens, ambos com dezesseis anos, eles casam-se com autorização de seus pais.Então estariam automaticamente emancipados?

sim. ainda que o casamento seja anulado, se ambos estiverem de boa fé... estarão emancipados. (na verdade se eles contam com 16 anos sao relativamente incapazes)

Obrigada. Lyra..

Como já dito pelos colegas, sim. O fundamento legal se encontra no Art. 5° Código Civil, Páragrafo único, Inciso II.

Art. 5^o A menoridade cessa aos dezoito anos completos, quando a pessoa fica habilitada à prática de todos os atos da vida civil.

Parágrafo único. Cessará, para os menores, a incapacidade:
II - pelo casamento;