Em populações bacterianas mutações estão constantemente ocorrendo devido a erros durante a replicação. Se houver alguma vantagem seletiva de alguma mutação (ex. resistência a antibiótico), o mutante irá rapidamente se tornar o principal componente da população devido à elevada taxa de crescimento da bactéria. Além disso, visto que bactérias são organismos haplóides, mesmo mutações que poderiam ser recessivas, serão expressadas. Assim, mutações em populações bacterianas podem se constituir em um problema no tratamento de infecções bacterianas. Não apenas mutações são um problema, como também bactéria tem mecanismos pelos quais genes podem ser transferidos para outras células.
A transferência de genes em bactéria é unidirecional, de uma célula doadora para uma célula recipiente e a doadora normalmente dá somente uma pequena parte do seu DNA para a recipiente. Assim, não são formados zigotos completos; ao invés disso, zigotos parciais (merozigotos) são formados.
Genes bacterianos são normalmente transferidos a membros da mesma espécie, mas ocasionalmente a transferência para outras espécies pode também ocorrer. Figura 1 ilustra as transferências de genes que têm sido demonstradas como ocorrendo entre espécies diferentes de bactérias.
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