O Malonil CoA possui uma importante relação com a obesidade. Além de ser substrato da síntese de ácidos graxos (precursores de triacilgliceróis), inibe alostericamente a carnitina-acil transferase I, impedindo que os ácidos graxos recém-sintetizados sejam degradados.
O primeiro intermediário da via é o Malonil-CoA, sintetizado a partir de Acetil-CoA e gás carbônico com gasto de ATP. O responsável é um complexo enzimático - Acetil-CoA carboxilase.
A síntese propriamente dita ocorrerá em ciclos, à semelhança da b-oxidação. Todos eles ocorrem, entretanto, no mesmo complexo enzimático - ácido graxo sintase - que produz ácidos graxos até o tamanho de 16 carbonos. Logo, o produto final é sempre o palmitato.
Para o primeiro ciclo, dois sítios do complexo devem ser ocupados, ativando-os: o primeiro com a ligação de um grupo Acetil a partir de Acetil-CoA (a coenzima A é liberada) e o outro com a ligação de um grupo Malonil a partir do Malonil-CoA previamente formado. Seguem-se então 4 etapas:
-condensação dos dois grupos ligados com a saída de CO2 - o uso do Malonil é uma forma de tornar a reação favorável, mas na verdade apenas o grupo acetil é incorporado;
-redução da carbonila;
-desidratação;
-redução da insaturação.
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