Como indentar um código de forma limpa ?

Dependendo da ferramenta de edição de texto que você estiver utilizando existem plugins que podem fazer isso por você. O CodeBlocks, SublimeText, Notepad++, dentre outras, possuem essa facilidade.

No mais você deve procurar a estrutura da linguagem que quer identar e organizar seu código seguindo essa estrutura.

Identação é muito importante na programação, pois linguagens como Python organizam o código de acordo com a identação, fora que facilita bastante a leitura de seu código por outras pessoas, como em trabalhos de grupo onde seu colega deve trabalhar com seu código.