O Presidente da República pode alterar o ISS mediante Medida Provisória?

Não, pois este imposto é municipal e do distrito federal, entretanto só quem tem a autonomia para majorar ou minora a alíquota são os prefeitos e no caso do distrito federal é o governador.

Estes entes do poder executivo criará uma medida provisória fazendo com que o essa alteração do imposto dure um certo lapso de tempo e com a aprovação da casa legislativa de cada ente essa medida provisória tornar-se-á lei.

não pode não, pois criação de imposto só pode ser feita com aprovação do legislativo e com vigencia só no ano seguinte a aprovação. 

Não.

O imposto sobre serviços de qualquer natureza (ISS ou ISSQN) é um imposto de competência municipal, ou seja, somente os municípios tem competência para instituí-los ou alterá-los, com exceção do Distrito Federal.

"Art. 156. Compete aos Municípios instituir impostos sobre:

III - serviços de qualquer natureza, não compreendidos no art. 155, II, definidos em lei complementar."

Sendo assim, ao Presidente da República não compete alterar alíquotas do ISS, ou instituí-lo.