Eclipse é apenas uma ferramenta pra te ajudar/auxiliar em algumas tarefas (um facilitador). Você precisa é aprender a programar sem depender de ferramenta ou linguagem de programação. Como você falou sobre Java presumo que você queira aprender sobre POO, a caelum tem um material/apostila muito boa no site deles com passos explicativos e exemplos que são seguidos do inicio ao fim do material
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