No estômago, o alimento é misturado com a secreção estomacal, o suco gástrico (solução rica em ácido clorídrico e em enzimas (pepsina e renina). A pepsina decompõe as proteínas em peptídeos pequenos. A renina, produzida em grande quantidade no estômago de recém-nascidos, separa o leite em frações líquidas e sólidas.
O ácido gástrico é produzido pelas células do revestimento do estômago, que são acopladas em sistemas de feedback para aumentar a produção de ácido quando necessário. Outras células no estômago produzembicarbonato , uma base, para tamponar o fluido, assegurando que ele não se torne muito ácido.
Essas células também produzem muco , que forma uma barreira física viscosa para evitar que o ácido gástrico danifique o estômago. O pâncreas produz ainda grandes quantidades de bicarbonato e segrega bicarbonato através do ducto pancreático para o duodeno para neutralizar completamente qualquer ácido gástrico que passe mais para baixo no trato digestivo.
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