As proteínas transmembrana unipasso e multipasso possuem, além da seqüência sinal, um segmento da cadeia rico
em aminoácidos hidrofóbicos que ficará em contato com a bicapa lipídica.
O restante da cadeia primária de aminoácidos ficará exposto do lado da membrana voltado para o citossol.
Ao final da síntese, a seqüência sinal é clivada por uma enzima.
Os sinais de direcionamento são as informações que permitem que o maquinário de transporte celular posicione corretamente uma proteína dentro ou fora da célula. Esta informação está contida na cadeia polipeptídica ou na proteína dobrada. O trecho contínuo de resíduos de aminoácidos na cadeia que permite o direcionamento são chamados de peptídeos-sinal ou peptídeos -alvo.
Existem dois tipos de péptidos de direccionamento, as pré-sequências e os péptidos de direccionamento interno. As pré-sequências do péptido alvo são frequentemente encontradas na extensão N-terminal e são compostas por entre 6-136 aminoácidos básicos e hidrófobos. No caso dos peroxissomos, a sequência de direcionamento está principalmente na extensão do terminal C.
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