Embora o interior do núcleo não contenha nenhum subcompartimento membranoso, seu conteúdo é até certo ponto compartimentalizado, havendo vários corpos subnucleares compostos por tipos exclusivos de proteínas, diferentes tipos de moléculas de RNA e segmentos específicos de cromossomos, normalmente divididos por intensidade com que se expressam. O mais conhecido de todos é o nucléolo, que está envolvido principalmente na síntese de ribossomos. Depois de produzidos no nucléolo, são exportados para o citoplasma, onde, entre outras coisas, traduzem o mRNA.
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