A diferença está, basicamente, ligada ao metabolismo microbiano.
Nos sistemas aeróbios, as bactérias usam o oxigênio na respiração, convertendo o material orgânico em gás carbônico.
Nos sistemas anaeróbios, os microrganismos fazem fermentação, convertendo após várias etapas o material orgânico em CO2 e metano.
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