Justamente porque os colaterais dos AINEs são principalmente no aparelho gastrointestinal. Muitos pacientes não toleram o tratamento, sentindo azia e diarreia e dor. Em alguns casos, se o tratamento for prolongado pode causar ou piorar quadros ulcerativos, sangramentos e perfurações.Pode ser um pouco mais seguro se administrado com inibidores de bomba de prótons (omeprazol e semelhantes) e logo após refeições.. Mesmo assim é de certa forma perigoso, pois muitos pacientes não apresentam sintomatologia, mas tem certo risco de desenvolver complicações.
Os efeitos colaterais mais importantes dos AINEs ocorrem no aparelho gastrointestinal. Aproximadamente 20% dos pacientes não toleram o tratamento com AINEs devido a tais efeitos, incluindo dor abdominal, azia e diarreia. O tratamento em longo prazo pode causar erosões e úlceras gástricas e duodenais.
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