Suas atividades são compartimentadas: o conjunto de reações denominado ciclo de Krebs ocorre na matriz mitocondrial, a glicólise ocorre no hialoplasma e compreende uma sequência de reações químicas semelhantes às que ocorrem na fermentação, enquanto as reações da cadeia respiratória, responsáveis pela fosforilação
Nas cristas mitocondriais ocorre o transporte dos elétrons, emitidos da redução das coenzimas, por meio dos Complexos da Cadeia Respiratória, como o NADH Desidrogenase, o complexo b-c1 e o complexo citocromo oxidase.As cristas mitocondriais delimitam a matriz mitocondrial, na qual são encontradas proteínas, DNA, RNA e ribossomos. O DNA das mitocôndrias é semelhante ao de bactérias.
As cristas mitocondriais são responsáveis por garantir o aumento da superfície da membrana interna. Nessa crista, é possível perceber a presença de enzimas e também outros componentes que são importantes no processo de respiração celular. As células que consomem muita energia apresentam mitocôndrias com grande quantidade de cristas.
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