Esse fenômeno ocorre por causa da expulsão das zooxantelas ou da destruição de seus pigmentos fotossintetizantes. Em virtude da perda dessas algas e/ou de seus pigmentos, o tecido dos corais fica translúcido, sendo possível observar o esqueleto de carbonato de cálcio.O branqueamento do coral pode estar relacionado com o aumento da temperatura da água.O branqueamento é um fenômeno que apresenta relação com variações ambientais, como, grande incidência de luz, poluição, alteração na salinidade, sedimentação excessiva e temperatura. Merece atenção o aumento da temperatura das águas dos oceanos, a qual pode ocorrer normalmente ao longo do ano ou ainda em consequência do aquecimento global
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