Anatomicamente e funcionalmente, o sistema digestório pode ser dividido em tratogastrointestinal ou tratodigestório e órgãos anexos/acessórios. Trato gastrointestinal é um tubo de aproximadamente 9m que começa na boca e termina no ânus. Os órgãos que fazem parte do trato gastrointestinal são: boca (cavidade oral), faringe, esôfago, estômago, intestino delgado e intestino grosso. As estruturas anexas ou acessórias desse sistema incluem os dentes, a língua, as glândulas salivares , o fígado, a vesícula biliar e o pâncreas. Alguns autores dividem o tratogastrointestinal em superior e inferior. Sendo que, fazem parte do trato gastrointestinal superior: boca, faringe, esôfago e estômago: Fazem parte do tratogastrointestinal inferior: intestino delgado e intestino grosso.
O Sistema Digestório (nova nomenclatura) divide-se em duas partes. Uma delas é o tubo digestório (propriamente dito), antes conhecido como tubo digestivo. Ele se divide em três partes: alto, médio e baixo. A outra parte corresponde aos órgãos anexos.
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