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LISTA DE REVISÃO PROVA 1 1) Imagine uma proteína. Cada um de seus aminoácidos que for representado em um gráfico de Ramachandram será representado por dois pontos, um ponto para seu valor de phi e outro para seu valor de psi. (FALSO) 2) Assinale apenas a alternativa INCORRETA A energia de uma ligação de hidrogênio depende, entre outras coisas, da distância e dos ângulos entre os átomos envolvidos. (CORRETO) Algumas moléculas produzidas por células humanas possuem mais energia livre que o ATP. (CORRETO) Em uma molécula de água, o átomo de oxigênio possui dois pares de elétrons livres e está ligado a dois átomos de hidrogênio, apresentando uma geometria planar. (INCORRETO) Uma variação de entalpia negativa indica liberação de energia e contribui de forma favorável para o andamento de uma reação. (CORRETO) A água pode atuar tanto como doadora quanto como aceptora de ligações de hidrogênio. (CORRETO) Em uma interação frequentemente empregada para descrever mecanismos de uma reação em química orgânica e bioquímica, setas são utilizadas para indicar o deslocamento/movimento de pares de elétrons. (CORRETO) Redes de ligação de hidrogênio podem se formar envolvendo simultaneamente moléculas de água, átomos de proteínas e átomos de RNA. (CORRETO) 3) Assinale a alternativa INCORRETA. A formação de interações intermoleculares entre o substrato e a enzima levam à Dessolvatação do substrato. (CORRETO) A ligação do substrato à enzima é mediada por interações intermoleculares. (CORRETO) Quando comparado a outras conformações do substrato, o estado de transição do substrato frequentemente faz melhores interações com a enzima. (CORRETO) A ligação de uma enzima ao seu substrato envolve alosterismo. (INCORRETO) No caso de um estudo cinético clássico de Michaelis-Menten, a velocidade inicial (Vo) depende da concentração do substrato e essa velocidade inicial se aproxima da velocidade máxima da reação (Vmáx) se utilizarmos altas concentrações de substratos. (CORRETO) A constante de equilíbrio pode ser obtida a partir das concentrações dos reagentes e produtos no equilíbrio. (CORRETO) 4) Relacione corretamente. Uma molécula como o sildenafil (viagra) que se liga reversivelmente ao sítio catalítico de sua enzima alvo, ocasionando um aumento no valor de Km que pode ser verificado em gráficos de Lineweaver_Burke. (INIBIDOR COMPETITIVO) Uma molécula como a penicilina, que se liga ao seu alvo macromolecular. (INIBIDOR IRREVERSÍVEL) Inibidor que se liga apenas ao complexo enzima-substrato. (INIBIDOR INCOMPETITIVO) 5) Assinale a alternativa INCORRETA. Motivo se refere a um grupo de elementos de estrutura secundária espacialmente próximos, algumas vezes relacionados a determinada função. (CORRETO) Proteínas que apresentam estrutura quaternária devem ser chamadas de oligômeros. (CORRETO) O efeito hidrofóbico contribui para o colapso hidrofóbico, que resulta na aproximação dos resíduos apolares de uma proteína durante seu enovelamento. Assim, uma proteína com o enovelamento nativo frequentemente apresenta um núcleo hidrofóbico definido e uma superfície polar. (CORRETO) Domínio designa uma parte da cadeia polipeptídica usualmente compacta e com certo grau de autonomia, que muitas vezes é capaz de se enovelar e apresentar atividade biológica de forma independente do restante da cadeia polipeptídica. (CORRETO) Algumas proteínas, como a ribonuclease, podem ser desnaturadas quimicamente e renoveladas em laboratórios. (CORRETO) A constante de dissociação no equilíbrio (Kd) associa à interação entre uma proteína e um ligante é a mesma para essa proteína na forma nativa e na forma desnaturada. (INCORRETO) 6) A cadeia principal de cada resíduo em uma hélice participa de duas ligações de hidrogênio, exceto os resíduos na extremidade da hélice. A hélice alfa pode ser estabilizada por interações entre as cadeias laterais de seus resíduos. Já em uma folha beta, a cadeia principal de cada resíduo pode participar de uma ou duas ligações de hidrogênio. Resíduos em uma fita beta paralela apresentam valores de phi e psi diferentes dos resíduos em uma folha antiparalela. (VERDADEIRO) 7) Assinale as alternativas INCORRETAS Uma ligação dissulfeto pode se formar entre dois resíduos de cisteína, mas podem posteriormente ser rompida na presença de agentes redutores. (CORRETO) As cadeias laterais dos aminoácidos não influenciam no enovelamento de proteínas. (INCORRETO) Entre os 20 aminoácidos mais estudados e vistos em sala de aula, existem mais de dois que apresentam valor de pKa distintos, cada um deles associado a um grupo ionizável (CORRETO) Alguns aminoácidos podem ser utilizados no preparo de soluções tampão, atuando como principal agente tamponente dessas soluções (CORRETO) As ligações peptídicas são planares e na cadeia principal de uma proteína qualquer, apenas as ligações dos ângulos phi e psi são rotacionáveis. (CORRETO) Aminoácidos em proteínas podem ser modificados reversivelmente, e a fosforilação, acetilação e metilação estão entre as modificações mais comuns. 8) Assinale a alternativa INCORRETA. A técnica de difração de raios-X (cristalografia) e ressonância magnética nuclear podem ser utilizadas para determinar os valores dos ângulos phi e psi dos aminoácidos em uma proteína enovelada. (CORRETO) Cooperatividade pode ocorrer quando uma proteína apresenta mais de um sítio de ligação. Nesse caso, a ligação a um ligante pode aumentar ou reduzir a afinidade dos outros sítios. (CORRETO) Regulação alostérica e cooperatividade implicam na transmissão de informações entre partes distintas da proteína ou oligômero. (CORRETO) Por estabilizar o estado nativo, agentes caotrópicos podem acelerar o enovelamento das proteínas (INCORRETO) O colágeno apresenta três hélices. Essa tripla-hélice rica em glicina estabilizada por ligações de hidrogênio entre suas três cadeis polipeptídicas, e pode ser encontrado em diversos tecidos humanos. (CORRETO) A cooperatividade é um fenômeno que permite uma resposta muito mais sensível à concentração de ligantes, como no caso da ligação do oxigênio à hemoglobina. (CORRETO) 9) Assinale a alternativa INCORRETA A diálise é uma técnica fundamentada no fato de que, devido ao aumento da entropia, é termodinamicamente favorável que solutos se difundam de regiões de maior concentração para regiões de menor concentração. (CORRETO) Na catálise covalente ocorre a formação de uma ligação covalente transiente entre a enzima e o substrato, como no caso da Chimotriposina, onde um resíduo se serina atua como nucleófilo. (CORRETO) Devido ao efeito hidrofóbico, as proteínas apresentam um enovelamento parecido na água e em solventes orgânicos. (INCORRETO) O Ph pode influenciar a atividade de enzimas, por exemplo, modificando o valor da velocidade inicial para determinada concentração. (CORRETO) A atividade enzimática pode ser regulada por modificação covalente. Como exemplo, uma fosforilação (ligação covalente de um grupo fosfato a uma hidroxila da enzima) pode regular a atividade de uma determinada enzima. (CORRETO) No contexto de um estudo cinético como os propostos por Michaelis e Menten, o estado estacionário pode ser descrito como uma condição experimental onde a concentração do complexo enzima substrato se mantém constante. (CORRETO) A formação de interações intermoleculares entre o substrato e a enzima levam a dessolvatação do substrato, o que pode proteger grupos reativos no substrato da ação da água, evitando a formação de produtos indesejados. (CORRETO)