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Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 335 A proteína repressora controla o óperon lac fac DNA y A DNA Repressor ~-galactosidase Permease Transacetilase Figura 11.4 Um modelo simplificado do óperon fac. A expressão coordenada dos genes Z, Y e A está sob controle negativo do produto do gene /, o repressor. Quando o indutor se liga ao repressor, o óperon é totalmente expresso. Componentes reguladores do sistema /ac. Os principais componentes reguladores do sistema metabólico da lactose incluem um gene que codifica uma proteína reguladora da transcrição e dois sítios de ligação no DNA: um para a proteí- na reguladora e outro para a RNA polimerase. 1. O gene para o repressor Lac. Um quarto gene (além dos genes estruturais Z, Y e A), o gene I, codifica a proteína repressora Lac, assim denominada porque pode bloque- ar a expressão dos genes Z, Y e A. O gene I está mapea- do perto dos genes Z, Y e A, mas essa proximidade não é importante para sua função porque ele codifica uma proteína difundível. 2. O sítio do promotor lac. O promotor (P) é o sítio no DNA ao qual se liga a RNA polimerase para iniciar a transcrição dos genes estruturais lac (Z, Y e A). 3. O sítio operador lac. O operador (O) é o sítio do DNA ao qual se liga o repressor Lac. Ele está situado entre o promotor e o gene Z, perto do ponto no qual começa a transcrição do mRNA multigênico. A ladose é degradada em dois açúcares Ligação ~-galactosídio J-uf O OH OH HOCH2 Lactose OH ~-galactosidase H20 HOCH2 HO f-----U OH OH Galactose OH Glicose Figura 11.5 O metabolismo da lactose. A enzima 13-galactosidase catai isa uma reação na qual a água é adicionada à 1 igação 13-galac- tosídio para degradar a lactose em glicose e galactose. A indução do sistema /ac. Os segmentos P, O, Z, Y e A (mos- trados na Figura 11.6) constituem um óperon, definido como um segmento de DNA que codifica um mRNA multigênico, bem como um promotor comum adjacente e uma região reguladora. O gene lacI, que codifica o repressor Lac, não é considerado parte do óperon "fac, mas a interação entre o repressor Lac e o sítio operador lac é crucial para a regulação apropriada do óperon lac. O repressor Lac tem um sítio de ligação ao DNA que pode reconhecer a sequência do DNA operador e um sítio alostérico que liga a lactose ou análogos dela que são úteis experimentalmente. O repressor liga-se ao sítio no DNA perto dos genes que está controlando, e não a outros sítios distribuídos por todo o cromossomo. Ligando- se ao operador, o repressor impede a transcrição pela RNA polimerase que se ligou ao sítio promotor adjacente; o óperon lac é "desligado". Quando a lactose ou seus análogos se ligam à proteína repressora, a proteína sofre uma transição alostérica, uma mudança de forma. Essa leve alteração na forma, por sua vez, altera o sítio de ligação ao DNA, de modo que o repressor não tem mais alta afinidade pelo operador. Assim, em res- posta à ligação de lactose, o repressor sai do DNA: o óperon lac é "ligado". A resposta do repressor à lactose satisfaz um requisito para tal sistema de controle - que a presença de lactose estimula a síntese dos genes necessários para seu pro- cessamento. O alívio da repressão por sistemas como o "fac é chamado de indução. A lactose e seus análogos que inativam alostericamente o repressor e levam à expressão dos genes lac são chamados de indutores. Vamos resumir como funciona o interruptor "fac. Na ausên- cia de um indutor (lactose ou um análogo), o repressor Lac liga-se ao sítio operador lac e impede a transcrição do ópe- ron lac, bloqueando o movimento da RNA polimerase. Nesse sentido, o repressor Lac atua como um bloqueio no DNA. Consequentemente, todos os genes estruturais do óperon lac (os genes Z, Y e A) são reprimidos, e não há 13-galacto- sidase, 13-galactosídio permease ou transacetilase na célula. Em contraste, quando um indutor está presente, ele se liga ao sítio alostérico de cada subunidade repressora Lac, ina- 336 Introdução à Genética O óperon fac é transcrito apenas na presença de lactose (a) Sem lactose I p ANA polimerase ~ DNA • • • t mANA .... ~ ! Polipeptídio ~ Dobramento ! Proteína repressora (b) Lactose presente I p ANA polimerase ~ DNA t mANA - ~ ! Polipeptídio ~! Dobramento Proteína repressora O Lactose Óperon o z y A Genes estruturais )li ' Operon o z y A Genes estruturais mANA mANA Meio /ºº OOo ~-galactosidase Permease Transacetilase Figura 11.6 Regulação do óperon fac. O gene / faz continuamente o repressor. (a) Na ausência de lactose, o repressor liga-se à região O (operador) e bloqueia a transcrição. (b) A ligação de lactose muda a forma do repressor; logo, o repressor não se liga mais a O e sai do DNA. A RNA polimerase é então capaz de transcrever os genes estruturais Z, Y e A, e, assim, as três enzimas são produzidas. tivando assim o sítio que se liga ao operador. O repressor Lac sai do DNA, permitindo que comece a transcrição dos genes estruturais do óperon lac. As enzimas f3-galactosidase, f3-galactosídio permease e transacetilase agora aparecem na célula de um modo coordenado. Assim, quando a lactose está presente no ambiente de uma célula bacteriana, ela produz as enzimas necessárias para metabolizá-la. Porém, na ausência de lactose, os recursos não são gastos. 11.2 Descoberta do sistema /ac: controle negativo Para estudar a regulação gênica, idealmente precisamos de três ingredientes: uma análise bioquímica que quantifique o mRNA e/ ou a proteína expressos, condições confiáveis em que os níveis de expressão difiram em um genótipo do tipo selvagem; e mutações genéticas que perturbem os níveis de expressão. Em outras palavras, precisamos de um modo para descrever a regulação gênica do tipo selvagem e de mutações que possam perturbar o processo regulador do tipo selvagem. Com esses elementos em mãos, podemos analisar a expressão nos genótipos mutantes, tratando as mutações isoladamente e em combinação, para desvendar qualquer tipo de evento de regulação gênica. A aplicação clássica desse enfoque foi usada por Jacob e Monod, que fizeram os estudos definitivos da regulação gênica bacte- • riana. Jacob e Monod usaram o sistema de metabolismo da lacto- se de E. coli (veja a Figura 11.4) para dissecar geneticamente o processo de indução enzimática - isto é, o aparecimento de uma enzima específica apenas na presença de seus subs- Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 337 tratos. Esse fenômeno foi observado nas bactérias por muitos anos, mas como uma célula podia "saber" exatamente que enzimas sintetizar? Como determinado substrato podia indu- zir o surgimento de uma enzima específica? No sistema lac, a presença do indutor lactose faz com que as células produzam mais de 1.000 vezes a enzima í3-galacto- sidase do que o faziam quando cultivadas na ausência de lac- tose. Que papel o indutor tem no fenômeno da indução? Uma ideia era a de que o indutor fosse simplesmente ativador de um precursor de í3-galactosidase que se tinha acumulado na célula. Entretanto, quando Monod e colaboradores seguiram o destino de aminoácidos marcados radioativamente adicio- nados a células em crescimento antes ou depois do acréscimo de um indutor, descobriram que a indução resultava na sín- tese de novas moléculas de enzimas, como indicado pela pre- sença de aminoácidos radioativos nas enzimas. Essas novas moléculas podiam ser detectadas até 3 min após o acréscimo de um indutor. Além disso, a ausência do indutor causava uma parada abrupta na síntese de nova enzima. Portanto, ficou claro que a célula tem um mecanismo rápido e efetivo para ligar e desligar a expressão de um gene em resposta a sinais ambientais. Genes controlados juntos Quando Jacob e Monod induziram a í3-galactosidase, desco- briram que também induziram a enzima permease, neces- sária para o transporte delactose para a célula. A análise de mutantes indicou que cada enzima era codificada por um gene diferente. A enzima transacetilase (com uma função dispensável e ainda não conhecida) também era induzida junto com í3-galactosidase e permease, e também se mostrou depois que era codificada por um gene separado. Portanto, Jacob e Monod puderam identificar três genes controlados coordenadamente. O mapeamento de recombinação mos- trou que os genes Z, Y e A estavam muito proximamente ligados no cromossomo. Evidências genéticas do operador e do repressor Agora chegamos ao cerne do trabalho de Jacob e Monod: como eles deduziram os mecanismos de regulação gênica no sistema lac? Seu enfoque foi o da genética clássica: exami- nar as consequências fisiológicas das mutações. Assim, eles induziram mutações nos genes estruturais e nos elementos reguladores do óperon lac. Como veremos, as propriedades de mutações nesses componentes diferentes do óperon lac são distintas, o que forneceu indícios importantes para Jacob e Monod. Os indutores naturais, como a lactose, não são ótimos para esses experimentos, porque são degradados pela í3-ga- lactosidase. A concentração do indutor diminui durante o experimento e, assim, as dosagens da indução enzimática tornam-se bem complicadas. Em vez disso, para tais experi- mentos, Jacob e Monod usaram indutores sintéticos, como o isopropil-í3-D-tiogalactosídio (IPTG; Figura 11.7). O IPTG não é hidrolisado pela í3-galactosidase. Estrutura do IPTG HOCH2 HO CH3 ,___ __ ,O s- ci- H OH H H OH \ CH3 lsopropi l-~-o-tiogalactosídio (IPTG) Figura 11.7 O IPTG é um indutor do óperon fac. Jacob e Monod descobriram que várias classes diferentes de mutações podem alterar a expressão dos genes estrutu- rais do óperon lac. Eles estavam interessados em avaliar as interações de novos alelos e, assim, saber que alelos exibiam dominância. Mas, para fazer tais testes, são necessários diploides, e as bactérias são haploides. Entretanto, Jacob e Monod foram capazes de produzir bactérias parcialmente diploides inserindo fatores F1 (veja o Capítulo 5) que levam a região lac do genoma. Eles puderam, então, criar linhagens que eram heterozigotas para mutações lac selecionadas. Esses diploides parciais permitiram que Jacob e Monod distin- guissem mutações no sítio regulador de DNA (o operador lac) de mutações na proteína reguladora (o repressor Lac codificado pelo gene 1). Começamos examinando mutações que inativam genes estruturais para í3-galactosidase e permease (designados z- e Y-, respectivamente) . A primeira coisa que aprendemos é que z- e y- são recessivos com relação a seus alelos do tipo selvagem (z+ e y+). Por exemplo, a linhagem 2 na Tabe- la 11.1 pode ser induzida a sintetizar í3-galactosidase (como a linhagem haploide do tipo selvagem 1 nessa tabela), muito embora seja heterozigota para os alelos Z mutantes e do tipo selvagem. Isso demonstra que o alelo z+ é dominante com relação à sua contraparte z-. Jacob e Monod primeiro identificaram duas classes de mutações reguladoras, chamadas oc e J-, que foram deno- minadas mutações constitutivas porque fizeram com que os genes estruturais do óperon lac fossem expressos inde- pendentemente da presença do indutor. Jacob e Monod identificaram a existência do operador com base na análi- se das mutações oc, que tornam o operador incapaz de se ligar ao repressor; elas danificam o interruptor, de modo , que ele fique sempre "ligado" (Tabela 11.1, linhagem 3). E importante notar que os efeitos constitutivos das mutações oc foram restritos apenas aos genes estruturais lac no mesmo cromossomo que a mutação oc. Por esse motivo, o operador mutante foi considerado de ação eis, como demonstrado pelo fenótipo da linhagem 4 na Tabela 11.1. Aqui, como o gene de permease do tipo selvagem (Y+) está em eis em relação ao operador do tipo selvagem, a permease só se expressa quando a lactose ou um análogo está presente. Em contraste, o gene de í3-galactosidase do tipo selvagem (Z+) está em eis em relação ao operador mutante oc; logo, a í3-galactosidase é expressa de maneira constitutiva. Essa 338 Introdução à Genética Tabela 11.1 Síntese de 13-galactosidase e permease em haploides e mutantes operadores diploides heterozigotos. í3-galactosidase (Z) Permease (Y) Linhagem Genótipo Não induzida Induzida Não induzida Induzida Conclusão 1 2 3 4 o +z +y + o +z +y + IF'o+z-y + ocz+y+ o +z-y+ IF'Ocz+y- + + + + + + + + + + + O tipo selvagem é indutível z+ é dominante com relação a z- oe é constitutivo O operador é de ação eis Nota: as bactérias foram cultivadas em glicerol (sem glicose), com e sem o indutor IPTG. A presença ou a ausência da enzima são indicadas por + ou-, respectivamente. Todas as linhagens são z+. propriedade incomum de ação eis sugeriu que o operador é um segmento de DNA que influencia apenas a expressão dos genes estruturais ligados a ele (Figura 11.8). O opera- dor, portanto, age simplesmente como um sítio de ligação à proteína e não faz um produto gênico. Jacob e Monod fizeram testes genéticos comparáveis com as mutações 1- (Tabela 11.2). Uma comparação do tipo selvagem indutível J+ (linhagem 1) com as linhagens 1- mostra que as mutações 1- são constitutivas (linhagem 2), ou seja, fazem com que genes estruturais se expressem o tempo todo. A linhagem 3 demonstra que o fenótipo indu- tível de J+ é dominante em relação ao fenótipo constitutivo de 1-. Esse achado mostrou a Jacob e Monod que a quan- tidade de proteína do tipo selvagem codificada por uma cópia do gene é suficiente para regular ambas as cópias do operador em uma célula diploide. Mais significativo ainda, a linhagem 4 mostrou a eles que o produto do gene J+ é transatuante, ou seja, o produto gênico regula todos os genes estruturais do óperon lac, estejam eles na mesma molécula de DNA ou em moléculas diferentes (em eis ou trans, respectivamente). Ao contrário do operador, a ação do gene I é de um gene padrão codificador de proteínas. O produto proteico do gene I é capaz de se difundir através de uma célula e agir em ambos os operadores no diploide parcial (Figura 11.9). Mensagem. As mutações no operador revelam que tal sítio é eis-atuante, isto é, regula a expressão de uma unidade adjacente de transcrição na mesma molécula de DNA. As mutações no gene codificador de uma proteína repressora revelam que essa proteína é de transatuante, isto é, pode atuar em qualquer cópia do sítio-alvo do DNA na célula. Evidências genéticas da alosteria Finalmente, Jacob e Monod foram capazes de demonstrar alosteria pela análise de outra classe de mutações represso- ras. Lembre que o repressor Lac inibe a transcrição do óperon lac na ausência de um indutor, mas permite a transcrição quando o indutor está presente. Essa regulação é feita por um segundo sítio na proteína repressora, o sítio alostérico, que se liga ao indutor. Quando ligado ao indutor, o repressor sofre uma mudança na estrutura geral de tal modo que seu sítio de ligação ao DNA não pode mais funcionar. Jacob e Monod isolaram uma outra classe de mutação repressora, chamada de mutações super-repressoras (18). As mutações JS causam repressão mesmo na presença de um indutor (compare a linhagem 2 na Tabela 11.3 com a linhagem do tipo selvagem 1 indutível). Ao contrário das mutações 1-, as mutações JS são dominantes em relação a J+ Os operadores são eis-atuantes 0+1oc heterozigoto + • • • • • p+ Repressor + • • • • • + o+ Repressor não pode ligar-se a operador alterado e + y+ Expressão bloqueada y+ Expressão mesmo na ausência de indutor Figura 11.8 Os heterozigotos o +;oc demonstram que os operadores são eis-atuantes. Como um repressor não pode ligar-se a operadores oc, os genes estruturais fac ligados a um operador oc são expressos mesmo na ausência de um indutor. Entretanto, os genes fac adjacentes a um operador o + ainda estão sujeitos a repressão. Capítulo11 1 Regulação da Expressão Cênica em Bactérias e seus Vírus 339 Tabela 11.2 Síntese de [3-galactosidase e permease em linhagens haploides e diploides heterozigotas carreando /+ e 1-. í3-galactosidase (Z) Permease (Y) Linhagem Genótipo Não induzida Induzida Não induzida Induzida Conclusão 1 1+z+y+ + + J+ é indutível 2 1-z+y+ + + + + 1- é constitutivo 3 1+ z-y+ !F'1-z+ y+ + + J+ é dominante em relação a 1- 4 1-z-y+ IF'J+z+y- + + J+ é transatuante Nota: as bactérias foram cultivadas em glicerol (sem glicose) e induzidas com IPTG. A presença do nível máximo da enzima é indicada por um sinal positivo; a ausência ou nível muito baixo de uma enzima, por um sinal negativo. (Todas as linhagens são o +.) Os repressores são transatuantes 1+11- heterozigoto Sem repressor ativo ----~ m: ----- Repressor p+ o+ + y+ + o+ y+ Figura 11.9 A natureza recessiva das mutações I demonstra que o repressor é transatuante. Embora nenhum repressor ativo seja sinteti- zado pelo gene /, o gene do tipo selvagem (/+) fornece um repressor funcional que se liga a ambos os operadores em uma célula diploide e bloqueia a expressão do óperon fac (na ausência de um indutor). (veja a Tabela 11.3, linhagem 3). Essa importante observa- ção levou Jacob e Monod a especularem que as mutações JS alteram o sítio alostérico, de modo que ele não pode mais se ligar a um indutor. Em consequência, a proteína repressora codificada por 18 liga-se continuamente ao ope- rador, evitando a transcrição do óperon lac mesmo quando o indutor está presente na célula. Com base nisso, podemos ver por que JS é dominante em relação a J+. A proteína mutante JS liga-se a ambos os operadores na célula, mesmo na presença de um indutor e independentemente de a proteína codificada por J+ estar presente na mesma célula (Figura 11.10). Análise genética do promotor /ac A análise mutacional também demonstrou que um elemen- to essencial para a transcrição de lac está situado entre o gene para o repressor I e o sítio operador O. Esse elemento, chamado de promotor (P), serve como o sítio de iniciação para a transcrição pela RNA polimerase, como descrito no Capítulo 8. Existem duas regiões de ligação para a RNA poli- merase em um típico promotor procariótico, mostrado na Figura 11.11 como duas regiões altamente conservadas em -35 e -10. As mutações promotoras são eis-atuantes, pois afe- tam a transcrição de todos os genes estruturais adjacentes no óperon. Como os operadores e outros elementos eis-atuantes, Tabela 11.3 Síntese de [3-galactosidase e permease pelos tipos selvagens e por linhagens carreando alelos diferentes do gene/. Linhagem 1 2 3 Genótipo 1+z+y+ JSz+y+ JSz+ y+ /F'J+ z + y+ í3-galactosidase (Z) Permease (Y) Não induzida Induzida Não induzida Induzida Conclusão + + J+ é indutível JS é sempre reprimida JS é dominante em relação a J+ Nota: as bactérias foram cultivadas em glicerol (sem glicose) com e sem o indutor IPTG. A presença da enzima indicada é representada por+; a ausên- cia ou níveis baixos, por - . 340 Introdução à Genética O repressor contém um sítio de ligação à ladose /+//S heterozigoto .-.....-=-J_S __ii~= · · · · · p+ o+ y+ ----• mi? ------ Repressor J8 ~ X 41 não consegue -----::::ligar-se ao indutor o+ y+ Figura 11.1 O A dominância da mutação JS é devida à inativação do sítio alostérico do repressor Lac. Em uma célula diploide JS/J-, nenhum dos genes estruturais fac é transcrito. O repressor J5 não tem um sítio de ligação à lactose (sítio alostérico) e, assim, não é inativado por um indutor. Portanto, mesmo na presença de um indutor, o repressor JS l iga-se irreversivelmente a todos os operadores em uma célula, bloqueando assim a transcrição do óperon fac. os promotores são sítios na molécula de DNA que são ligados a proteínas, e eles mesmos não produzem proteína. Caracterização molecular do repressor Lac e do operador /ac Walter Gilbert e Benno Müller-Hill deram uma demonstração decisiva do sistema lac, em 1966, monitorando a ligação do indutor marcado radioativo IPTG a uma proteína repressora purificada. Eles primeiro mostraram que o repressor consiste em quatro subunidades idênticas e, port anto, contém quatro sítios de ligação de IPTG (e daí lactose) . Segundo, eles mos- traram que, no tubo de ensaio, a proteína repressora liga-se ao DNA que contém o operador, e sai do DNA na presença de IPTG. (Uma descrição mais detalhada sobre como o repres- sor e outras proteínas de ligação ao DNA funcionam é dada depois, no final da Seção 11.6.) Gilbert e colaboradores mostraram que o repressor con- segue proteger bases específicas no operador dos reagentes químicos. Essa informação lhes permitiu isolar o segmento de DNA que constitui o operador e determinar sua sequência. Eles usaram DNA do óperon ao qual o repressor estava ligado e o trataram com a enzima DNase, que quebra o DNA. Eles foram capazes de recuperar curtos filamentos de DNA que tinham sido protegidos da atividade enzimática pela molé- cula repressora e que supostamente constituíam a sequência do operador. A sequência de bases de cada filamento foi determinada, e cada mutação no operador era uma mudan- ça na sequência (Figura 11.12). Esses resultados mostraram que o locus operador é uma sequência específica de 17 a 25 nucleotídios logo antes (em 5 ') do gene estrutural Z. Eles também mostraram a incrível especificidade de reconheci- mento do repressor-operador, que pode ser comprometida por uma única substituição de base. Quando a sequência de A RNA polimerase faz contato com o promotor em sequências específicas Região promotora Sítio de início da transcrição -35 -10 / 5' A G T r A G r G T Alr T G A e AIT GATA G A A G e A e Te TA e Ir ATA r r lc Te A ATA G G r e e A e G G 3' A~ Delação de Mudança uma base de duas bases Pequenos efeitos na transcrição Graves efeitos na transcrição Figura 11.11 Sequências específicas de DNA são importantes para a transcrição eficiente dos genes de E. cofi pela RNA polimerase. As sequências em boxes são altamente conservadas em todos os promotores de E. cofi, uma indicação de seu papel como sítios de contato na ligação ao DNA da RNA pol imerase. As mutações nessas regiões exercem efeitos leves (amarelo) ou significativos (marrom) na transcrição. As mutações podem ser mudanças de nucleotídios únicos ou pares de nucleotídios, ou pode ocorrer uma deleção (d). [De}. D. Watson, M. Gil- man,}. Witkowski e M. Zol/er, Recombinant DNA, 2nd ed. Copyright 7992 by James D. Watson, Michael Gilman, }an Witkowski, and Mark Zol/er.] Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 341 O operador é uma sequência específica de DNA - - - - 5' TGGAATTGTGAGCGGA Ti AACAAT T 3' • 3' ACC [ TAAC ~ C~ C~ C~ T~~ TGTTAA 5' • • • • • • • • A TGTTA e T Mutações oc T ACAAT G A Figura 11.12 A sequência de bases do DNA do operador de lactose e as mudanças de bases associadas a oito mutações oc. As regiões de simetria rotacional dupla são indicadas por cor e por um ponto em seu eixo de simetria. [De W Gilbert, A. Maxam e A . Mirzabekov, em N.O. Kjeldgaard e O. Ma//0e, eds.,Control of Ribosome Synthesis. Academic Press, 1976. Usada com permissão de Munksgaard lnternational Pub/ishers, Ltd., Copenhagen.J bases no mRNA lac (transcrita do óperon lac) foi determina- da, as primeiras 21 bases da ponta de iniciação 5' provaram ser complementares à sequência do operador que Gilbert havia determinado, mostrando que a sequência operadora , . e transcrita. Os resultados desses experimentos deram uma confirma- ção crucial do mecanismo de ação repressora formulado por Jacob e Monod. Mutações polares Descobriu-se que algumas das mutações que foram mape- adas nos genes Z e Y são polares, isto é, afetam genes "posteriores" ao óperon. Por exemplo, as mutações polares Z resultaram em funcionamento nulo não só de Z, mas também de Y e A. As mutações polares em Y também afetaram A, mas não Z. Essas mutaçõespolares sugeri- ram a Jacob e Monod que os três genes eram transcri- tos a partir de uma extremidade como uma unidade. As mutações polares criaram códons de fim que faziam com que os ribossomos saíssem do transcrito. Isso deixava um trecho "nu" de mRNA que era degradado, inativando assim os genes posteriores. (Os códons normais de término e início que fazem com que os ribossomos saiam e entrem no mRNA entre os genes estruturais não disparam essa degradação.) 11.3 Repressão catabólica do óperon /ac: controle positivo Por meio de longo processo evolutivo, o sistema lac existente foi selecionado para promover a eficiência ótima de ener- gia da célula bacteriana. Supostamente, para maximizar a eficiência energética, duas condições ambientais devem ser satisfeitas para que as enzimas do metabolismo da lactose • se1am expressas. Uma condição é que a lactose tem de estar presente no ambiente da célula. Essa condição faz sentido, pois seria ine- ficiente para a célula produzir as enzimas metabólicas de lactose se não houvesse lactose a ser metabolizada. Já vimos que a célula é capaz de responder à lactose mediante a ação de uma proteína repressora. A outra condição é que a glicose não pode haver no ambiente da célula. Como a célula consegue captar mais energia da quebra da glicose que da quebra de outros açú- cares, é mais eficiente para a célula metabolizar glicose que lactose. Assim, desenvolveram-se os mecanismos que impe- dem que a célula produza as enzimas para o metabolismo de lactose quando houver lactose e glicose. A repressão da transcrição dos genes que metabolizam lactose na presença de glicose é um exemplo de repressão catabólica (a glico- se é o produto da quebra, ou um catabólito, de lactose) . A transcrição de genes que codificam proteínas necessárias para o metabolismo de muitos açúcares diferentes é simi- larmente reprimida na presença de glicose. Veremos que a repressão catabólica funciona por meio de uma proteína ativadora. A base da repressão do catabólito /ac: escolher o melhor açúcar para metabolizar Se houver lactose e glicose, a síntese de 13-galactosidase não é induzida até que toda a glicose tenha sido metabolizada. Assim, a célula conserva sua energia metabolizando qual- quer glicose existente antes de passar pelo processo de gasto energético para criar um novo maquinário para metabolizar lactose. As bactérias desenvolveram múltiplos mecanismos para assegurar o uso preferencial de uma fonte de carbono e crescimento ótimo. Um mecanismo é excluir o indutor lac- tose da célula. Um segundo mecanismo é regular a expressão do óperon via catabólitos. Resultados de estudos indicam que o produto da degrada- ção da glicose impede a ativação do óperon Uic pela lactose, a repressão catabólica mencionada. A identidade desse catabó- lito ainda é desconhecida. Entretanto, o produto da quebra da glicose sabidamente modula o nível de um importante constituinte celular, o monofosfato cíclico de adenosina ( cAMP). Quando existe glicose em altas concentrações, a ' concentração de cAMP na célula é baixa. A medida que a concentração de glicose diminui, a concentração celular de cAMP aumenta de maneira correspondente. Uma alta con- centração de cAMP é necessária para a ativação do óperon lac. Os mutantes que não conseguem converter ATP em cAMP não podem ser induzidos a produzir 13-galactosidase, pois a concentração de cAMP não é grande o suficiente para ativar o óperon lac. Qual o papel do cAMP na ativação de lac? Um estudo de um conjunto diferente de mutantes deu a resposta. Esses mutantes fazem cAMP, mas não ativam as enzimas Lac, por- que não têm outra proteína, chamada proteína ativadora do catabolismo (CAP), codificada pelo gene crp. A CAP liga-se a uma sequência específica de DNA do óperon lac (o sítio de ligação à CAP; veja a Figura 11.14b). O DNA ligado à CAP é, então, capaz de interagir fisicamente com a RNA polimerase e aumentar sua afinidade enzimática pelo pro- motor lac. Por si mesma, a CAP não pode ligar-se ao sítio de ligação à CAP do óperon lac. Entretanto, ligando-se ao cAMP, seu efetor alostérico, a CAP é capaz de se ligar ao sítio 342 Introdução à Genética Níveis de glicose controlam o óperon lac (a) Níveis de glicose regulam níveis de cAMP Glicose alta Glicose baixa (b) Complexo cAMP-CAP ativa transcrição cAM~ + CAP CAP CAP cAMP o t Complexo liga-se ao promotor Figura 11.13 Controle cataból ico do óperon fac. (a) Apenas em condições de baixa glicose é que é formado o cAMP (monofosfato cíclico de adenosina). (b) Quando há cAMP, este forma um complexo com a CAP (proteína ativadora do catabolismo), que ativa a transcri- ção 1 igando-se a uma região no promotor lac. de ligação à CAP e ativar a transcrição pela RNA polimerase. Ao inibir a CAP quando a glicose está disponível, o sistema de repressão catabólica garante que o óperon lac será ativa- do apenas quando há pouca glicose (Figura 11.13). Mensagem. O óperon fac tem um nível adicional de controle, de modo que o óperon é inativo na presença de glicose, mesmo se também houver lactose. Um efetor alostérico, cAMP, liga-se ao ativador CAP para permitir a indução do óperon fac . Entretanto, altas concentrações de catabólitos de glicose produzem baixas concentrações de cAMP, deixando de produzir cAMP-CAP e, assim, deixando de ativar o óperon fac. Estrutura dos sítios-alvo no DNA As sequências de DNA às quais se liga o complexo CAP- cAMP hoje são conhecidas. Essas sequências (Figura 11.14) são muito diferentes daquelas às quais se liga o repressor Lac. Essas diferenças destacam a especificidade da ligação ao DNA por essas proteínas reguladoras muito diferentes. Uma propriedade que essas sequências têm em comum e que é também comum a muitos outros sítios de ligação ao DNA é uma dupla simetria rotacional. Em outras palavras, se girar- mos a sequência de DNA mostrada na Figura 11.14por180° dentro do plano da página, a sequência das bases destacadas dos sítios de ligação será idêntica. Considera-se que as bases Muitos sítios de ligação ao DNA são simétricos (a) Operador /ac 5' T G G A A T T G T G A G c G G A li A A c A A T T 3' • 3' A c c T TA A c /1). c T c G c c T ~ T T G T T A A 5' (b) Sítio de ligação à CAP 5' GTGAGTTAGCTCAC 3' • 3' CACTCAATCGAGTG 5' Figura 11.14 A sequência de bases do DNA (a) do operador fac, ao qual se 1 iga o repressor Lac, e (b) do sítio de ligação da CAP, ao qual o complexo CAP-cAMP se 1 iga. As sequências que apresentam simetria rotacional dupla são indicadas pelos boxes coloridos e por um ponto na parte central da simetria. [(a) De W Gi/bert, A . Maxam e A. Mirzabekov, em N.O. Kjeldgaard e O. Mal/0e, eds., Contrai of Ribosome Synthesis. Academic Press, 7976. Usada com permissão de Munksgaard lnternational Publishers, Ltd., Copenhagen.] destacadas constituem os sítios importantes de contato para as interações proteína-DNA. Essa simetria rotacional corres- ponde a simetrias nas proteínas de ligação ao DNA, muitas das quais são compostas por duas ou quatro subunidades idênticas. Consideraremos as estruturas de algumas proteí- nas de ligação ao DNA mais adiante no capítulo. Como a ligação do complexo cAMP-CAP ao operador pro- move a ligação da RNA polimerase ao promotor lac? Na Figu- ra 11.15, o DNA é mostrado dobrado quando a CAP se liga. Esse dobramento do DNA ajuda a ligação de RNA polimerase ao promotor. Também há evidências de que a CAP faz contato direto com a RNA polimerase, o que é importante para o efeito de ativação de CAP. A sequência de bases mostra que a CAP e a RNA polimerase ligam-se diretamente adjacentes uma à outra no promotor lac (Figura 11.16). Mensagem. Generalizando a partir do modelo do óperon fac, podemos imaginar o DNA ocupado por proteínas reguladoras 1 igadas aos sítios operadores que elas controlam. O padrão exato de l igação depende de quais genes são ligados ou desligados e se ativadores ou repressores regulam determinadosóperons. Resumo do óperon /ac Agora podemos ajustar o CAP-cAMP e os sítios de ligação da RNA polimerase ao modelo detalhado do óperon lac, como mostrado na Figura 11.17. A presença de glicose impede o metabolismo de lactose porque o produto da degradação de glicose inibe a manutenção dos altos níveis de cAMP neces- sários para a formação do complexo CAP-cAMP, que, por sua vez, é necessário para que a RNA polimerase ligue-se ao sítio promotor lac. Mesmo quando há poucos catabóli- tos de glicose e forma-se CAP-cAMP, o mecanismo para o metabolismo de lactose só será implementado se a lactose estiver presente. Esse nível de controle é obtido porque a lactose deve ligar-se à proteína repressora para removê-la do Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 343 A ligação de CAP dobra o DNA (a) DNA -90 -35 CAP (b) Figura 11.15 (a) Quando a CAP se liga ao promotor, cria uma dobra maior que 90º no DNA. (b) Imagem derivada da análise estru- tural do complexo CAP-DNA. [(a) Redesenhada de 8 . Gartenberg e D .M . Crothers, Nature 333, 1988, 824. (Veja H . N. Lie-}ohnson et ai., Ce/147, 7986, 995.) De H. Lodish, D. Baltimore, A. Berk, S.L. Zipursky, P. Matsudaira e}. Darnell, Molecular Cell Biology, 3rd ed. Copyright 1995 by Scientific American Books. (b) De L. Schultz e T.A. Steitz.] sítio operador e permitir a transcrição do óperon lac. Assim, a célula conserva sua energia e recursos para produzir as enzimas que metabolizam a lactose apenas quando ambas - , . , . sao necessar1as e ute1s. O controle indutor-repressor do óperon lac é um exemplo de repressão, ou controle negativo, no qual a expressão é normalmente bloqueada. Em contraste, o sistema CAP-cAMP é um exemplo de ativação, ou controle positivo, porque atua como um sinal que ativa a expressão - nesse caso, o sinal de ativação é a interação do complexo CAP-cAMP com o sítio de ligação da CAP ao DNA. A Figura 11.18 destaca esses dois tipos básicos de sistemas de controle. Mensagem. O óperon fac é um aglomerado de genes estru- turais que especificam enzimas que atuam no metabolismo da lactose. Esses genes são controlados pelas ações coordenadas das regiões do operador e promotor eis-atuantes. A atividade dessas regiões é, por sua vez, determinada pelas moléculas do repressor e do ativador especificadas por genes reguladores. 11.4 Controle duplo positivo e negativo: o óperon de arabinose Como no sistema lac, o controle da transcrição em bactérias - , . . . nao e puramente pos1t1vo nem puramente negativo; tanto a regulação positiva quanto a negativa podem controlar ópe- rons individuais. A regulação do óperon de arabinose fornece um exemplo no qual uma única proteína de ligação ao DNA pode agir como um repressor ou um ativador, uma variação do tema geral de regulação transcricional por proteínas de ligação ao DNA. Os genes estruturais araB, araA e araD codificam as enzimas metabólicas que degradam o açúcar arabinose. Os três genes são transcritos em uma unidade como um úni- co mRNA. A Figura 11.19 mostra um mapa do óperon ara. A transcrição é ativada em ara!, a região iniciadora, que contém um sítio de ligação para uma proteína ativadora. O gene araC, que fica próximo, codifica uma proteína ativado- ra. Quando ligada à arabinose, essa proteína liga-se ao sítio ara! e ativa a transcrição do óperon ara, talvez ajudando a RNA polimerase a se ligar ao promotor. Além disso, o mes- mo sistema de repressão catabólica CAP-cAMP que impede a expressão do óperon lac na presença de glicose também impede a expressão do óperon ara. Na presença de arabinose, tanto o complexo CAP-cAMP quanto o complexo AraC-arabinose têm de ligar-se ao ara! para que a RNA polimerase se ligue ao promotor e transcreva o óperon ara (Figura 11.20a). Na ausência de arabinose, a proteína AraC adota uma conformação diferente e reprime o óperon ara ligando-se a ara! e a um segundo sítio distante, araO, formando uma alça (Figura 11.20b) que impede a trans- crição. Portanto, a proteína AraC tem duas conformações, uma que atua como ativador e outra que atua como repres- sor. A alternância liga/ desliga do óperon é "disparada" pela arabinose. As duas conformações, dependendo de a arabino- se efetora alostérica estar ou não ligada à proteína, diferem em sua capacidade de se ligar a um sítio-alvo específico na região araO do óperon. Mensagem. A transcrição do óperon pode ser regulada tanto por ativação quanto por repressão. Os óperons que regulam o metabolismo de compostos similares, como açúcares, podem ser regulados de modos bem diferentes. 11.5 Vias metabólicas e níveis adicionais de regulação: atenuação O controle coordenado de genes em bactérias é generalizado. Na seção precedente, vimos exemplos que ilustram as vias de regulação para a degradação de açúcares específicos. De fato, a maioria dos genes coordenados em bactérias é regulada por meio de mecanismos de óperon. Em muitas vias que sinte- tizam moléculas essenciais a partir de elementos estruturais inorgânicos, os genes que codificam as enzimas são organiza- dos em óperons, completados com mRNA multigênicos. Além disso, nos casos em que é conhecida a sequência da ativida- de catalítica, há uma congruência marcante entre a ordem dos genes no óperon no cromossomo e aquela em que seus produtos atuam na via metabólica. Essa congruência é bem ilustrada pela organização do óperon de triptofano em E. coli 344 Introdução à Genética CAP e RNA polimerase ligam-se próximas uma da outra Sítio CAP Sítio de interação da RNA polimerase Cromossomo de E. coli c::::=::=::=::=::=::==~L..:=====-------======:c===-------==i o e: ·- E •Q) -Q) "O e: o ::J ..... e: "O - Q) - 'º (.!J CJ) (.!J (.!J ü 5 ' GAAAGCGGGCAGTGAGCGCAACGCAATTAATGTGAGI IAGCTCACTCATTAGGCACCCCAGGCI ITJCACTI 1 CTTTCGCCCGTCACTCGCGTTGCGTTAATTACACTCAATCGAGTGAGTAATCCGTGGGGTCCGAAATGTGAAA ---Repressor----'---------------------Promotor------- Região de contato com a CAP Figura 11.16 A região controladora do óperon fac. A sequência de bases e os limites genéticos da região controladora do óperon fac, com sequências parciais para os genes estruturais. [De R.C. Dickson, }. Abe/son, WM. Barnes e WS. Reznikoff, "Genetic Regulation: The Lac Contrai Region'~ Science 187, 1975, 27. Copyright 1975 by the American Association for the Advancement of Science.] Controle negativo e positivo do óperon lac (a) Glicose presente (cAMP baixo); sem lactose; sem mRNA /ac t li'C ----- Repressor (b) Glicose presente (cAMP baixo); lactose presente CAP 0 ______....., •••• F! o y t * t t ' ... , -: .......:: -- liC + ... )> ... Pouco mRNA fac Lactose Indutor- repressor (c) Sem glicose (cAMP alto); lactose presente CAP-cAMP •••• y ~ i - A t - - liC + ... )> ... Lactose Indutor- repressor - -- Abundante mRNA fac • Figura 11.17 O óperon fac é controlado em conjunto pelo repres- sor Lac (controle negativo) e pela proteína ativadora do catabolismo (CAP) (controle positivo). Grandes quantidades de mRNA são produ- zidas apenas quando existe lactose para inativar o repressor, e baixos níveis de glicose promovem a formação do complexo CAP-cAMP, que regula positivamente a transcrição. [Redesenhada de 8. Gartenberg e D.M. Crothers, Nature 333, 1988, 824. (Veja H. N. Lie-Johnson et ai., Cell 47, 1986, 995.) De H. Lodish, D. Baltimore, A. Berk, 5. L. Zipursky, P. Matsudaira e}. Darnel/, Molecular Cell Biology, 3rd ed. Copyright 1995 by Scientific American Books.] Repressão e ativação comparadas (a) Repressão Indutor 41 R \J Repressor )D\ inativo p o Transcrição Repressor ativo Sem transcrição (b) Ativação Sem transcrição Fator mRNA A r-it~põ--,,~~----~~...,-1 ... Indutor \.. A / Fator ativo (ativador) Transcrição mRNA Figura 11.18 (a) Na repressão, um repressor ativo (codificado pelo gene R nesse exemplo) bloqueia a expressão do óperon A, 8, C ligando-se a um sítio operador (0). (b) Na ativação,um ativador funcional é necessário para a expressão gênica. Um ativador não funcional resulta na falta de expressão dos genes X, Y, Z. Pequenas moléculas podem converter um ativador não funcional em um fun- cional, que então se liga à região controladora do óperon, chamada de I nesse caso. As posições de ambos, O e /, com relação ao pro- motor P nos dois exemplos estão arbitrariamente desenhadas, pois suas posições diferem em óperons diferentes. Capítulo 11 1 Regu lação da Expressão Cên ica em Bacté rias e seus Vírus 345 o z .--------•~ mRNA ATGCTTCCGGCTCGTATGTTGTGTGGAATTGTGAGCGGATAACAATl lCACACAGGAAACAGCTATGACCATG TACGAAGGCCGAGCATACAACACACCTTAACACTCGCCTATTGTTAAAGTGTGTCCTTTGTCGATACTGGTAC 5' --------------'-----Operador ___ ___, Mapa do óperon ara e O 1 P Gene Sítios controlador controladores B A Genes estruturais D Figura 11.19 Os genes B, A e D junto com os sítios I e O cons- tituem o óperon ara. O é araO e I é arai. (Figura 11.21). O óperon de triptofano contém cinco genes (trpE, trpD, trpC, trpB, trpA) que codificam enzimas que con- tribuem para a síntese do aminoácido triptofano. Mensagem. Em bactérias, os genes que cod ificam enzimas que estão na mesma via metaból ica são geralmente organizados , em operons. Existem dois mecanismos para regular a transcrição do óperon de triptofano e alguns outros óperons que funcio- nam na biossíntese de aminoácidos. Um é responsável pelo controle global da expressão do mRNA do óperon e o outro fornece um controle fino. O nível da expressão gênica do óperon trp é controlado pelo nível de triptofano. Quando o triptofano está ausente do meio de crescimento, a expressão do gene trp é alta; quando os níveis de triptofano são altos, o óperon trp é reprimido. AraC serve como um ativador e como um repressor (a) Ativação CAP AMP ~íc lico Ô e araO arai (b) Repressão ara O arai Proteína AraC + arabinose e Proteína AraC p B A Transcrição ativa t mRNA B A D D Figura 11.20 Controle duplo do óperon ara. (a) Na presença de arabinose, a proteína AraC l iga-se à região arai. O complexo CAP-cAMP liga-se a um sítio adjacente a arai. Essa 1 igação estimula a transcrição dos genes araB, araA e araD. (b) Na ausência de arabinose, a proteína AraC liga-se tanto à região arai quanto à araO, formando uma alça de DNA. Essa ligação impede a transcrição do óperon ara. 346 Introdução à Genética A ordem dos genes no óperon trp corresponde à ordem de reação na via biossintética o trpE trpD trpC trpB trpA H H H H H ~H2 """- N H """- N 11 H H 2 """- H H HO O L-glutamina 2 PRPP H .,_rlfCH 2 o® N- CH ~ , _. ' ">---1~g-g-cooH """- N ' O O H "\. H2C=C-COOH H H ' 1 1 H L-triptofano Ácido corísmico Ácido CDRP lndol-3-glicerol """- N antranílico Ácido fosforribosil fosfato H L-serina antranílico lndol Figura 11.21 A ordem cromossômica dos genes no óperon trp de E. coli e a sequência de reações catalisadas pelos produtos enzimáticos dos genes estruturais trp. Os produtos dos genes trpD e trpE formam um complexo que catalisa etapas específicas, como fazem os produtos dos genes trpB e trpA. A triptofano sintetase é uma enzima tetramérica formada pelos produtos de trpB e trpA. Ela catalisa um processo em duas etapas que leva à formação de triptofano. Abreviações: PRPP, fosforribosi lpirofosfato; CDRP, 1-(o-carboxifenilamino)-1-desoxirribulose 5-fosfato. [Oe 5. Tanemura e R. H. Bauerle, Genetics 95, 1980, 545.] O mecanismo para o controle da transcrição do óperon trp é similar ao mecanismo já visto que controla o óperon lac; uma proteína repressora liga-se a um operador, impedindo o início da transcrição. Esse repressor é o Trp, o produto do gene trpR. O repressor Trp liga o triptofano quando níveis ade- quados de aminoácidos estão presentes e só depois da ligação do triptofano o repressor Trp liga-se ao operador e desliga a transcrição do óperon. Esse mecanismo simples garante que a célula não gaste energia produzindo triptofano quando o aminoácido é suficientemente abundante. As linhagens de E. coli com mutações em trpR continuam a expressar o mRNA de trp e, assim, continuam a produzir triptofano quando o aminoácido é abundante. Ao estudar essas linhagens mutantes de trpR, Charles Yanofsky descobriu que, quando o triptofano era removi- do do meio, a produção de mRNA de trp aumentava várias vezes. Esse achado foi a evidência de que, além do repressor Trp, havia um segundo mecanismo de controle para regular negativamente a transcrição. Tal mecanismo é chamado de atenuação porque a produção de mRNA é normalmente ate- nuada, isto é, "diminuída", quando o triptofano é abundante. Ao contrário de outros mecanismos de controle bacteriano descritos até agora, a atenuação atua uma etapa após o início da transcrição. Os mecanismos que controlam a atenuação foram desco- bertos identificando-se mutações que reduziam ou aboliam a atenuação. As linhagens com essas mutações produziam mRNA de trp em níveis máximos mesmo quando existe triptofano. Yanofsky mapeou as mutações em determinada região entre o operador trp e o gene trpE; essa região, chama- da de sequência líder, está na ponta 5' do mRNA do óperon trp antes do primeiro códon do gene trpE (Figura 11.22). A sequência líder de trp é incomumente longa para um mRNA procariótico, 160 bases, e a análise detalhada revelou como uma parte dessa sequência funciona como um atenuador que controla a posterior transcrição do mRNA de trp. As observações principais são de que, na ausência da proteína repressora TrpR, o triptofano cessa a transcrição após as primeiras 140 bases, enquanto, na ausência de trip- tofano, a transcrição do óperon continua. O mecanismo de término ou continuação da transcrição consiste em dois ele- mentos fundamentais. Primeiro, a sequência líder do mRNA de trp codifica um curto peptídio de 14 aminoácidos que inclui dois códons adjacentes de triptofano. O triptofano é A sequência líder do mRNA de trp contém uma região atenuadora e dois códons de triptofano GcGUACCACUUAUGUGACGGGCAAAGUCCUUCACGCGGUGGU UGGAAAGUCAUGCUUUUAACGAAAGUAACAGCUAUCGGAAAAAUGCACUUGAAooo5' AU A ic 11 o 1 rº 110 1 ?º 7\AucAGAUACCOAGCCCGCCUAAUGAGCGGGCUUUUUUUUGAACAAAAUUAGAGAAUAACAl\UGCAAACACAAAAACCGACUCUCGAACUGOU ... \ J Região atenuadora Met-Gln-Tre-Gln- Lis -Pro-Tre-Leu-Glu-Leu-Leu Polipeptídio TrpE Figura 11.22 Na sequência líder do mRNA de trp, a região atenuadora precede a sequência codificadora trpE. Mais antecedente, nas bases 54 até 59, estão dois códons de triptofano (mostrados em vermelho) do peptídio líder. [Oe G. 5. 5tent e R. Calendar, Molecular Genetics, 2nd ed. Copyright 7978 by W H. Freeman and Company. Com base em dados inéditos fornecidos por Charles Yanofsky.] Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 347 um dos aminoácidos menos abundantes nas proteínas, e é codificado por um único códon. Esse par de códons de trip- tofano é, portanto, uma característica incomum. Segundo, partes do mRNA líder trp formam estruturas em haste e alça que são capazes de alternar-se entre duas conformações. Uma dessas conformações favorece o término da transcrição (Figura 11.23a). A lógica reguladora do óperon está na abundância de triptofano. Quando o triptofano é abundante, há forneci- mento suficiente de tRNATrp para permitir a tradução do peptídio de 14 aminoácidos. Lembre que a transcrição e a tradução em bactérias são acopladas; logo, os ribossomos podem ligar-se aos mRNA transcritos e iniciar as traduções antes que a transcrição esteja completa. A ligação do ribos- somo altera a conformação do mRNA de trp de tal forma que favorece o término da transcrição (Figura 11.23b). En- tretanto, quando o triptofano é escasso, o ribossomo para nos códons do triptofano e a transcrição é capaz de conti- nuar (Figura 11.23c). Outros óperons para enzimas nas vias de biossíntese têm controles de atenuação similares. Uma característica dos ópe- rons de biossíntesede aminoácidos é a existência de múlti- plos códons para o aminoácido que está sendo sintetizado em um peptídio separado codificado pela sequência líder 5'. Por exemplo, o óperon fen tem sete códons de fenilalanina em um peptídio líder e o óperon his tem sete códons de histidina em tandem em seu peptídio líder (Figura 11.24.) Mensagem. Um segundo nível de regulação nos óperons de biossíntese de aminoácidos é a atenuação da transcrição mediada pela abundância do aminoácido e a tradução de um peptídio 1 íder. 11.6 Ciclos de vida de bacteriófagos: mais reguladores, óperons complexos Naquele cinema em Paris, François Jacob teve um insight de que o fenômeno da indução do profago poderia ser bastante análogo à indução da síntese de 13-galactosidase. Ele estava O triptofano abundante atenua a transcrição do óperon trp 50 ,...100 Ribossomo ""- ,,...,....._,_2 (a) mRNA líder trp (e) Nível baixo de triptofano Figura 11.23 Modelo para atenuação do óperon trp. (a) Estruturas secundárias propostas na conformação do mRNA líder trp que favo- rece o término da transcrição. Quatro regiões podem formar pares de bases que geram três estruturas haste-alça. (b) Quando o triptofano é abundante, o segmento 1 do mRNA de trp é traduzido. O segmento 2 entra no ribossomo (embora não seja traduzido), o que permite que os segmentos 3 e 4 formem pares de bases. Essa região de pares de bases faz com que a RNA polimerase termine a transcrição. (c) Em contraste, quando o triptofano é escasso, o ribossomo para nos códons do segmento 1. O segmento 2 interage com o segmento 3, em vez de ser levado para o ribossomo, e, assim, os segmentos 3 e 4 não conseguem parear. Consequentemente, a transcrição continua. [Oe D. L. Oxender, G. Zurawski e C. Yanofsky, Proc. Natl. Acad. Sei. USA 76, 1979, 5524.] 348 Introdução à Genética Peptídios-líder de óperons de biossíntese de aminoácidos (a) Óperon trp Met - Lis - Ala - lle - Fen - Vai - Leu - Lis - Gli - Trp - Trp - Arg - Tre - Ser - Fim 5' AUG-AAA-GCA-AUU-UUC-GUA-CUG-AAA-GGU- UGG -UGG -CGC-ACU-UCC -UGA 3' (b) Óperon fen Met - Lis - His - lle - Pro - Fen - Fen -Fen - Ala - Fen - Fen - Fen - Tre - Fen - Pro - Fim 5' AUG-AAA-CAC-AUA-CCG- UUU - UUU - UUC -GCA- UUC -UUU - UUU -ACC- UUC -CCC-UGA 3' (e) Óperon his Met - Tre -Arg - Vai - Gln - Fen - Lis - His - His - His - His - His - His - His - Pro - Asp 5' AUG-ACA-CGC-GUU-CAA-UUU-AAA- CAC -CAC - CAU - CAU -CAC -CAU - CAU -CCU-GAC 3' Figura 11.24 (a) A parte traduzida da região líder trp contém dois códons consecutivos de triptofano, (b) a sequência líder fen contém sete códons de feni lalanina e (c) a sequência líder his contém sete códons consecutivos de histidina. certo. Aqui, veremos como o ciclo de vida do bacteriófago À é regulado. Embora sua regulação seja mais complexa que a dos óperons individuais, é controlada por modos agora fami- liares de regulação gênica. O bacteriófago À é um fago temperado que tem dois ciclos de vida alternativos (Figura 11.25). Quando uma bactéria normal é infectada por um fago À do tipo sel- vagem, dois desfechos são possíveis: (1) o fago se replica e, por fim, lisa a célula (o ciclo lítico) ou (2) o genoma do fago integra-se ao cromossomo da bactéria como um profago inerte (o ciclo lisogênico). No estado lítico, a maioria dos 71 genes do fago é expressa em algum ponto, enquanto no estado lisogênico a maioria dos genes está inativa. Como decidir qual das duas vias seguir? O controle fisio- lógico da decisão entre a via lítica ou lisogênica depende dos recursos disponíveis na bactéria hospedeira. Se forem abundantes, o ciclo lítico é o preferido porque haverá nutrientes suficientes para fazer muitas cópias do vírus. Se os recursos forem limitados, a via lisogênica será escolhida. O vírus, então, persiste como um profago até que as condi- ções melhorem. O profago inerte pode ser induzido por luz ultravioleta a entrar no ciclo lítico, o fenômeno estudado por Jacob. Os estados lítico e lisogênico caracterizam-se por programas de expressão gênica bem distintos que devem ser regulados. A seleção do estado alternativo é determina- da por uma mudança genética complexa, que compreende várias proteínas reguladoras de ligação ao DNA e um con- junto de sítios operadores. Do mesmo modo que para os sistemas reguladores de lac e outros, as análises genéticas dos mutantes foram fontes de insights cruciais dos componentes e lógica da mudan- ça genética À. Jacob usou triagens fenotípicas simples dos mutantes isolados que eram defeituosos na via lítica ou na lisogênica. Os mutantes de cada tipo podiam ser reconhe- cidos pelo aspecto das placas infectadas em uma camada de bactérias. Quando as partículas de fago do tipo selva- gem eram colocadas em uma camada de bactérias sensíveis, apareciam áreas claras (placas) onde as bactérias tinham sido infectadas e lisadas, mas essas placas ficavam turvas porque as bactérias lisogenizadas cresciam nelas. Os fagos mutantes que formam placas claras são incapazes de liso- genizar as células. Tais mutantes claros (designados por c) são análogos aos mutantes 1 e O do sistema lac. Esses mutantes foram isolados como mutantes termossensíveis que têm fenótipos claros em temperaturas mais altas, mas fenótipos do tipo selvagem em temperaturas mais baixas. Três classes de mutantes levaram à identificação de características reguladoras fundamentais do fago À. Na primeira classe, os mutantes para os genes cl, cll e clll formam placas claras; isto é, eles são incapazes de estabelecer lisogenia. Foi isolada uma segunda classe de mutantes que não lisogenizam células, mas podem replicar- se e entrar no ciclo lítico em uma célula lisogenizada. Esses mutantes são análogos àqueles com operador constitutivo do sistema lac. Um terceiro mutante fundamental consegue lisogenizar, mas é incapaz de lisar as células. O gene mutante nesse caso é o cro (de controle do repressor e outras coisas). A decisão entre as vias lítica e lisogênica depende da atividade das proteínas codificadas pelos quatro genes cl, cll, clll e cro, dos quais três são proteínas de ligação ao DNA. Primeiro enfocaremos os dois genes cl e cro e as proteínas que eles codificam. O gene cl codifica um repressor, em geral chamado de repressor À, que reprime o crescimento lítico e promove a lisogenia. O gene cro codifica um repressor que reprime a lisogenia, permitindo assim o crescimento lítico. A mudança genética que controla os dois ciclos de vida do fago À tem dois estados: no estado lisogênico, cl está ligado, mas cro está desligado; e, no ciclo lítico, cro está ligado, mas cl está desligado. Portanto, o repressor À e Cro estão em com- petição, e qual dos repressores prevalece determina o estado da mudança e a expressão do genoma À. A disputa entre o repressor À e Cro é iniciada quando o fago À infecta uma bactéria normal. A sequência de even- tos na disputa é determinada criticamente pela organiza- ção dos genes no genoma À e dos promotores e operadores entre os genes cl e cro. O genoma de À, com cerca de 50 kb, codifica proteínas que participam na replicação do DNA, na recombinação, na montagem da partícula de fago e na lise celular (Figura 11.26). Essas proteínas são expressas em Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 349 Ciclo de vida do bacteriófago A. Célula de E. coli Fago>. Cromossomo~ Infecção 1. Via 2. Via lítica lisogênica Muitos cromossomos virais + '=~DNA>. (na cabeça) Recombinação e integração ! .--===-~~._/\1111111 Profago À Montagem virai Li se da célula 3. Indução de profago Lise da célula Crescimento lisogênico Figura 11.25 A entrada do bacteriófago X. no ciclo lítico imediatamente ou na via lisogênica depende da disponibil idade de recursos. O vírus lisogênico insere seu genoma no cromossomo bacteriano, onde permanece quiescente até que as condições sejam favoráveis. uma sequência lógica tal que as cópias do genoma são fei- tas primeiro;essas cópias são então empacotadas em partí- culas virais e, finalmente, a célula hospedeira é lisada para liberação do vírus e começo da infecção de outras células hospedeiras (veja a Figura 11.25). A ordem de expressão do gene viral flui do início da transcrição em dois promotores, P L e PR (promotor à esquerda e direita com relação ao mapa genético). Na infecção, a RNA polimerase inicia a transcrição em ambos os promotores. Olhando o mapa genético (veja a Figura 11.26), vemos que, a partir de PR, cro é o primeiro gene transcrito e, a partir de P L' N é o primeiro gene transcrito. O gene N codifica um regulador positivo, mas o mecanis- mo dessa proteína difere do de outros reguladores que foram considerados até agora. A proteína N permite que a RNA poli- merase continue a transcrever regiões do DNA que de outro modo fariam com que a transcrição terminasse. Uma proteína reguladora que impede o término da transcrição é chamada de antiterminalizador. Assim, N permite a transcrição de cIII e outros genes à esquerda de N, bem como cII e outros genes à direita de cro. O gene cII codifica uma proteína ativadora que se liga a um sítio que promove a transcrição para a esquerda de um promotor diferente, P RE (promotor de estabelecimento do repressor - repressor establishment, em inglês), que ativa a transcrição do gene cl. Lembre que o gene cl codifica um repressor X., que impedirá o crescimento lítico. Antes de ocorrer a expressão do resto dos genes virais, tem de ser tomada uma "decisão": continuar a expressão gênica viral e lisar a célula ou reprimir a via e lisogenizar a célula. 350 Introdução à Genética O genoma do fago A. é organizado para controle coordenado Proteínas de replicação do DNA do fago cl cro e// r--Í--.,. Genes de recombinação ------/-: dofago ( ~ Excisionase lntegrase Genes da cauda Genes da cabeça Figura 11.26 Mapa do fago À na forma circular. Os genes para recombinação, integração e excisão, replicação, montagem da cabeça e da cauda e a lise celular estão agrupados e regulados coordenadamente. A transcrição do lado direito do genoma começa em PR, e a dos genes à esquerda começa em PL. Interações reguladoras fundamentais que controlam a decisão lisogênica versus lítica ocorrem nos operadores entre os genes cro e cl. [Da Fig. 16.25, p . 513, in}. Watson et ai., Molecular Biology of the Gene, 5th ed. Copyright 2004 by Pearson Education, lnc. Reimpressa com permissão.] A decisão de lisar ou lisogenizar a célula depende da ativida- de da proteína cll. A proteína cll é instável, pois é sensível a proteases bacterianas, enzimas que degradam proteínas. Essas proteases respondem a condições ambientais: elas são mais ativas quando os recursos são abundantes, mas menos ativas quando as células estão em inanição. Vejamos o que ocorre com cll quando os recursos são abun- dantes ou não. No primeiro caso, cll é degradada e pouco repres- sor À é produzido. Os genes transcritos de P1 e PR continuam a se expressar e prevalece o ciclo lítico. Entretanto, se os recursos forem limitados, cll é mais ativa e mais repressor é produzido, os genes transcritos de P 1 e PR não continuam a ser expressos e prevalece a via lisogênica. A proteína cll também é responsável por ativar a transcrição de int, gene que codifica uma proteína adicional necessária para a lisogenia, uma integrase necessária para a integração do genoma À ao cromossomo do hospedeiro. A proteína clll protege cll da degradação, portanto, também contribui para a decisão lisogênica. Vamos recapitular resumidamente a sequência de eventos e os pontos de decisão no ciclo de vida do bacteriófago À: Na infecção: A RNA polimerase do hospedeiro transcreve os genes cro e N. Então: A proteína antiterminalizadora N permite a transcrição do gene cIII e a dos genes de recombinação (veja a Figu- ra 11.26, à esquerda) bem como do gene cII e outros genes (veja a Figura 11.26, à direita). Então: A proteína cll, protegida pela proteína clll, liga cl e int. Então: Se os recursos e proteases forem abundantes, cll é degra- dada, Cro reprime cl, e o ciclo lítico continua. Se os recursos e proteases não forem abundantes, cll é ativa, a transcrição de cI continua em alto nível, a proteína Int integra-se ao cromossomo do fago e cl (repressor X.) desliga todos os genes, exceto a si mesmo. Anatomia molecular da mudança genética Para verificarmos como a decisão é executada em nível molecular, vejamos as atividades do repressor À e da Cro. Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 351 O operador OR fica entre os dois genes que codificam essas proteínas e contém três sítios, OR1, OR2 e OR3, que superpõem dois promotores opostos: PR' que promove a transcrição de genes líticos, e PRM (para manutenção do repressor), que dirige a transcrição do gene cl. Lembre que o gene cl codi- fica o repressor À. Os três sítios operadores são similares, mas não idênticos em sequência e, embora Cro e o repres- sor À possam cada um ligar-se a um dos operadores, eles fazem isso com afinidades diferentes: o repressor À liga-se a OR1 com a maior afinidade, enquanto Cro liga-se a OR3 com a mais alta afinidade. A ocupação do repressor À de OR1 bloqueia a transcrição de PR e, assim, bloqueia a transcrição dos genes do ciclo lítico. A ocupação de Cro de OR3 bloqueia a transcrição de PRM e, portanto, bloqueia a manutenção da transcrição de cl. Consequentemente, nenhum repressor À é produzido e a transcrição dos genes para o ciclo lítico pode continuar. A ocupação dos sítios operadores determina, por- tanto, os padrões líticos versus lisogênicos da expressão do gene À (Figura 11.27). Após ter sido estabelecida a lisogenia, ela geralmente é estável. Mas a lisogenia pode ser induzida a entrar no ciclo líti- co por várias mudanças ambientais. A luz ultravioleta induz a expressão dos genes hospedeiros. Um dos genes hospedei- ros codifica uma proteína, RecA, que estimula a clivagem do repressor X., prejudicando assim a manutenção da lisogenia e resultando no crescimento lítico. A indução do profago, como Jacob e Mono d imaginaram, exige a liberação de um repressor do DNA. O papel fisiológico da luz ultravioleta na indução lisogênica faz sentido porque esse tipo de radiação causa danos ao DNA hospedeiro e estressa a bactéria; o fago replica-se e deixa a célula estressada, danificada, para outro hospedeiro. Mensagem. A mudança genética do fago >..ilustra como algu- mas proteínas reguladoras de ligação ao DNA, agindo por alguns sítios, controlam a expressão de um número muito maior de genes no vírus em um mecanismo "em cascata". Exatamente como nos sistemas fac, ara, trp e outros, os estados alternativos da expressão gênica são determinados por sinais fisiológicos. Ligação sequência-específica de proteínas reguladoras ao DNA Como um repressor À e Cro reconhecem operadores dife- rentes com afinidades diferentes? Essa pergunta desperta nossa atenção para um princípio fundamental no controle da transcrição gênica: as proteínas reguladoras ligam-se a sequências específicas do DNA. Para que proteínas indivi- duais se liguem a determinadas sequências e não a outras, é necessário especificidade nas interações das cadeias laterais dos aminoácidos da proteína e grupos químicos de bases do DNA. Estudos estruturais detalhados do repressor X., Cro e outros reguladores bacterianos revelaram como as estruturas tridimensionais dos reguladores e o DNA interagem, e como o arranjo de determinados aminoácidos lhes permite reco- nhecer sequências específicas de bases. O ciclo lisogênico versus lítico é determinado pela ocupação do repressor nos operadores OR Lisogenia e/ Crescimento lítico RNA polimerase OR3 Cro Repressor À cro cro Figura 11.27 A ligação do repressor >.. e Cro aos sítios operadores. A lisogenia é promovida pela ligação do repressor >.. a OR1 e OR2, que impede a transcrição de PR. Na indução ou no ciclo lítico, a ligaçãode Cro a OR3 impede a transcrição do gene c/. [Oe M. Ptashne e A. Gann, Genes and Signals, p. 30, Fig. 1-13. © Cold Spring Laboratory Press, 2002.] 352 Introdução à Genética Hélice-giro-hélice é um motif comum de ligação ao DNA Sítio de ligação ao DNA Figura 11.28 A ligação de um motif hélice-giro-hélice ao DNA. Os ci lindros roxos são hélices alfa. Muitas proteínas reguladoras ligam-se como dímeros ao DNA. Em cada monômero, a hélice de reconhecimento (R) faz contato com as bases no sulco maior do DNA. [Oa Fig. 6.11, p. 494, em }. Watson et ai., Molecular Biology of the Gene, Sth ed. Copyright 2004 by Pearson Education, lnc. Reimpressa com permissão.] A análise cristalográfica identificou uma característica estrutural comum dos domínios de ligação ao DNA de À e Cro. Ambas as proteínas fazem contato com o DNA por meio de um domínio he1ice-giro-he1ice, que consiste em duas hélices a ligadas por uma curta região ligadora flexível (Figura 11.28). Uma hélice, a de reconhecimento, ajusta-se ao sulco maior do DNA. Nessa posição, os aminoácidos na face externa da hélice são capazes de interagir com grupos químicos nas bases do DNA. Os aminoácidos específicos na hélice de reconhecimento determinam a afinidade de uma proteína por uma sequência específica de DNA. As hélices de reconhecimento do repressor À e de Cro têm estruturas similares e alguns aminoácidos idênticos. As diferenças entre as hélices nos resíduos de aminoácidos fundamentais determinam suas propriedades de ligação ao DNA. Por exemplo, no repressor À e proteínas Cro, as cadeias laterais de glutamina e serina fazem contato com as mesmas bases, mas um resíduo de alanina no repressor À e resíduos de lisina e asparagina na proteína Cro impõem diferentes afinidades de ligação para sequências em OR1 e OR3 (Figu- ra 11.29). Os repressores Lac e TrpR, bem como o ativador AraC e muitas outras proteínas, também se ligam ao DNA por meio de motifs hélice-giro-hélice de especificidades diferentes, de- pendendo das sequências de aminoácidos primários de suas hélices de reconhecimento. Em geral, outros domínios dessas proteínas, como os que se ligam a seus respectivos efetores alostéricos, são diferentes. Mensagem. A especificidade biológica do gene regulador é devida à especificidade química das interações aminoácido-- base entre proteínas reguladoras e sequências determinadas do DNA. 11.7 Fatores sigma alternativos regulam grandes conjuntos de genes Até agora, vimos como mudanças únicas podem controlar a expressão de óperons únicos ou dois óperons contendo até duas dúzias de genes. Algumas respostas fisiológicas, como a formação de esporos em determinadas bactérias Gram-positi- vas, requerem a expressão coordenada de um grande grupo de genes não ligados, situados por todo o genoma, para causar mudanças fisiológicas e morfológicas acentuadas. O processo de esporulação no Bacillus subtilis foi analisado em grande detalhe nas últimas décadas. Sob estresse, a bactéria forma esporos muito resistentes ao calor e ao ressecamento. No início do processo de esporulação, a bactéria divi- de-se assimetricamente, gerando dois componentes de tamanhos desiguais que têm destinos muito diferentes. O compartimento menor, o pró-esporo, desenvolve-se no espo- ro. O compartimento maior, a célula-mãe, nutre o esporo em desenvolvimento e sofre lise quando a morfogênese do esporo se completa para liberá-lo (Figura 11.30a). O deta- lhamento genético desse processo envolveu o isolamento de muitos mutantes que não conseguem esporular. Investiga- ções detalhadas levaram à caracterização de várias proteínas As cadeias laterais de aminoácidos determinam a especificidade da ligação ao DNA Repressor Cro (' Vai Fen (' lle lle Gln Gli Gli Leu Asn Gln Ala Asn Ala His Ser Ala Ser j _ Lis /_ T A T e T G T A T \ C e T T OR1 OR3 A T G G A G A e e A T A G G G A A C Figura 11.29 Interações de aminoácidos e bases determinam a especificidade e a afin idade das proteínas de ligação ao DNA. As sequências de aminoácidos das hélices de reconhecimento do repressor>.. e das proteínas Cro são mostradas. As interações entre glutamina (Gln), serina (Ser) e alan ina (Ala) do repressor>.. e as bases do operador OR determinam a força da ligação. Similarmente, as interações entre glutamina, serina, asparagina (Asn) e lisina (Lis) da proteína Cro medeiam a ligação ao operador OR3• Cada sequência de DNA mostrada é ligada a um monômero do respectivo repressor. Ela tem metade do sítio operador ocupado pelo dímero do repressor. [Oe M . Ptashne, A Genetic Switch: Phage À and Higher Organisms, 2nd ed. Copyright 1992 by Cell Press e Blackwell Scientific.] Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 353 fundamentais que regulam diretamente programas de expressão gênica específicos do pró-esporo ou da célula-mãe. Quatro dessas proteínas são fatores a alternativos. Lembre que o início da transcrição em bactérias inclui a ligação da subunidade a da RNA polimerase às regiões -35 e -10 dos genes promotores. O fator a dissocia-se do complexo quando a transcrição começa e é reciclado. No B. subtilis, dois fatores a, aA e aH, são ativos nas células vegetativas. Durante a esporulação, um fator a diferen- te, aF, torna-se ativo no pró-esporo e ativa um grupo de mais de 40 genes. Um gene ativado por a F é uma proteína secretada que, por sua vez, dispara o processamento pro- teolítico do precursor inativo pró-aE, um fator a distinto na célula-mãe. O fator a E é necessário para ativar conjun- tos de genes na célula-mãe. Dois fatores a adicionais, aK e ac, são subsequentemente ativados na célula-mãe e no pró-esporo, respectivamente (Figura 11.30a). A expressão de fatores a distintos permite a transcrição coordenada de conjuntos diferentes de genes, ou regulons, por uma única RNA polimerase. Como esses fatores a alternativos controlam aspectos diferentes do processo de esporulação? As respostas ficaram claras com o advento de novos enfoques para a caracterização da expressão de todos os genes em um genoma (veja a Seção 14.6). Hoje é possível monitorar a transcrição de cada gene de B. subtilis durante o crescimento vegetativo e a forma- ção de esporos, e em compartimentos diferentes do esporo. Várias centenas de genes foram identificadas desse modo, sendo ativadas transcricionalmente ou reprimidas durante a formação de esporos. Como os diferentes conjuntos de genes são controlados por cada fator a? Cada fator a tem propriedades diferentes de ligação sequência-específica ao DNA. Os óperons ou genes individuais regulados por fatores a específicos têm sequências características nas regiões -35 e -10 de seus promotores que são ligadas por um fator a e não por outros (Figura 11.30b). Por exemplo, a E liga-se a, pelo menos, 121 promotores, dentro de 34 óperons e 87 genes individuais, para regular mais de 250 genes, e aF liga-se a, pelo menos, 36 promotores para regular 48 genes. Mensagem. A expressão sequencial de fatores cr alternativos que reconhecem sequências promotoras alternativas fornece a expressão coordenada de um grande número de óperons inde- pendentes e genes não ligados durante o programa de desenvol- vimento da esporulação. Fatores a alternativos também são importantes na viru- lência de patógenos humanos. Por exemplo, as bactérias do gênero Clostridium produzem toxinas potentes que são Os fatores a controlam grupos de genes não ligados (a) (b) Célula vegetativa Pró-esporo ~---- (JF Célula-mãe ---- ' 1 1 1 1 \ I ' I ' / ' , --- --- Esporo Promotor Se uência codificadora -35 +1 Promotores regulados por aE -35 -10 ybaN ydcC ydcA TCGG TTATATTCAATTGT-CCATGCTCATAAGAT .. . GTCT GCATATTAGGGAAA-CCCCACTCATATATT .. . TACGTACTATTTAAATGG-TTTTTCTCATAAACG .. . Promotores regulados por aF yrrR ATCTGTTTAGCAGCGAAACACCTCGTCCACAATG .. . ytfT CCGGGTTTATTTTTTT-AGGAATTGGCGATAATG .. . yuiC TTTT GAATAATGCTCTCTCCACTTGGGAACAATG .. .Figura 11.30 A esporulação no Bacil/us subti/is é regulada por cascatas de fatores cr. (a) Nas células vegetativas, crA e crH estão ativos. No início da esporulação, crF é ativo no pré-esporo e cre é ativo na célula-mãe. Esses fatores cr são então superados por crc e crK, respecti- vamente. A célula-mãe acaba lisando e liberando o esporo maduro. (b) Os fatores cre e crF controlam os regulons de muitos genes (ybaN, e assim por diante, nessa ilustração). São mostrados três exemplos do grande número de promotores regulados por cada fator cr. Cada fator cr tem uma sequência de ligação distinta e específica de preferência nas sequências -35 e -1 O dos promotores-alvo. [Baseada em dados de P. Eichenberger et ai.,}. Mo/. Bio/. 327, 2003, 945-972; e S. Wang et ai.,}. Mo/. Bio/. 358, 2006, 16-37.) 354 Introdução à Genética responsáveis por doenças graves, como botulismo, tétano e gangrena. Genes importantes das toxinas de C. botulinum, C. tetani e C. perfringens recentemente foram descobertos, e são controlados por fatores a alternativos, correlatos, que reco- Resumo A regulação gênica é, com frequência, mediada por proteínas que reagem a sinais ambientais, aumentando ou diminuindo as taxas de transcrição de genes específicos. A lógica dessa regulação é direta. Para que a regulação opere apropriada- mente, as proteínas reguladoras têm sensores internos que, continuamente, monitoram as condições celulares. As ativi- dades dessas proteínas dependeriam, então, das condições ambientais apropriadas. Nas bactérias e seus vírus, o controle de vários genes estru- turais pode ser coordenado aglomerando-se genes em óperons no cromossomo, de modo que sejam transcritos em mRNA multigênicos. O controle coordenado simplifica a tarefa das bactérias, porque um grupo de sítios reguladores por óperon é suficiente para regular a expressão de todos os genes do ópe- ron. Alternativamente, o controle coordenado também pode ser obtido por distintos fatores a que regulam simultaneamen- te dúzias de promotores independentemente. Termos-chave nhecem sequências similares nas regiões -35 e -10 dos genes de toxina. A compreensão dos mecanismos de regulação dos genes de toxina pode levar a novos modos de prevenção de doenças e terapia. No controle regulador negativo, uma proteína repressora bloqueia a transcrição ligando-se ao DNA no sítio operador. O controle regulador negativo é exemplificado pelo sistema lac. A regulação negativa é um modo bem direto de o siste- ma lac desligar genes na ausência de açúcares apropriados no ambiente. No controle regulador positivo, são necessários fatores proteicos para ativar a transcrição. Alguns controles gênicos procarióticos, como o da repressão catabólica, ope- ram por controle gênico positivo. Muitas proteínas reguladoras são membros de famílias de proteínas que têm motifs de ligação ao DNA muito similares, como o domínio hélice-giro-hélice. Outras partes das proteí- nas, como seus domínios de interação proteína-proteína, ten- dem a ser menos similares. A especificidade da regulação gênica depende das interações químicas entre as cadeias late- rais de aminoácidos e grupos químicos nas bases do DNA. ação eis (p. 337) antiterminalizador (p. 349) atenuação (p. 346) atenuador (p. 346) ativadores (p. 333) efetor alostérico (p. 334) óperon (p. 335) promotor (p. 333) genes controlados coordenadamente (p. 334) indução (p. 335) indutores (p. 335) iniciadora (p. 343) proteína ativadora do catabolismo (CAP) (p. 341) regulons (p. 353) ciclo lisogênico (p. 348) ciclo lítico (p. 348) controle negativo (p. 343) controle positivo (p. 343) diploides parciais (p. 337) interruptores genéticos (p. 333) monofosfato cíclico de adenosina repressão catabólica (p. 341) repressores (p. 333) sequência líder (p. 346) (cAMP) (p. 341) domínio de ligação ao DNA (p. 334) mutações constitutivas (p. 337) operador (p. 333) sítio alostérico (p. 334) transatuante (p. 338) transição alostérica (p. 335) 1 Problemas resolvidos Este conjunto de quatro problemas resolvidos, que é similar ao Problema 10 dos Problemas Básicos no fmal deste capítulo, é destinado a testar a compreensão do modelo do óperon. Aqui, damos vários diploides e temos de determinar se os produtos dos genes Z e Y são obtidos na presença ou na ausência de um indutor. Use uma tabela similar à do Problema 10 como base para suas respostas, mas os cabeçalhos das colunas serão os seguintes: Genótipo Sem indutor Gene Z Gene Y Sem Indutor indutor Indutor Problema resolvido 1. Solução 1-p-oc z+y+ 1+p+o+z-y- Um modo para abordar esses problemas é primeiro consi- derar cada cromossomo separadamente e, então, construir um diagrama. A ilustração seguinte é um diagrama desse diploide: Capítulo 11 1 Regulação da Expressão Cên ica em Bactérias e seus Vírus 355 + • • • • Q RNA polimerase não consegue se ligar: não há transcrição + o+ t i a Sem RNA polimerase • enzima consegue ligar-se ativa t Sem • enzima ativa O primeiro cromossomo é P- e, assim, a transcrição está blo- queada e nenhuma enzima Lac pode ser sintetizada a partir dele. O segundo cromossomo (P+) pode ser transcrito e, por- tanto, a transcrição é repressível (O+). Entretanto, os genes estruturais ligados ao bom promotor são defeituosos; logo, nenhum produto ativo Z ou Y pode ser gerado. Os símbolos a serem adicionados à sua tabela sa-o "- - - - " ' ' ' . Problema resolvido 2. Solução 1+ p-o+ z+y+ 1-p+o+z+y- O primeiro cromossomo é P- e, assim, nenhuma enzima pode ser produzida por ele. O segundo cromossomo é o+ e, assim, a transcrição é reprimida pelo repressor fornecido pelo primeiro cromossomo, que pode agir em trans através do citoplasma. Entretanto, apenas o gene Z desse cromosso- mo está intacto. Portanto, na ausência de um indutor, não é feita nenhuma enzima; na presença de um indutor, apenas o produto do gene Z, a f3-galactosidase, é gerado. Os símbolos para adicionar à tabela são "-, +, -, -." + • • • • t lil: • • • • O RNA polimerase não pode ligar-se: sem transcrição e_- + + Repressão na ausência de 1 PTG o+ t i t a lim Enzima Indução ativa na na presença presença delPTG de lPTG + \".- t Sem • enzima ativa Problema resolvido 3. Solução J+ p+oc z-y+ J+ p-o+ z+y- Como o segundo cromossomo é P-, precisamos considerar apenas o primeiro cromossomo, oc, e assim a enzima é feita na ausência de um indutor, embora, devido à mutação z-, apenas a permease ativa seja gerada. As entradas na tabela devem ser " - - + + " ' ' ' . o .:::::E+ =::J · · · · Cl:e.~+=:ãcc:::::::z::::::~=\".E+=~ Repressor não pode ligar-se ao operador oc t Sem Enzima ativa na presença e na enzima ausência de i:=:::l~IJ ativa um indutor ~ ···· C:J-::::::;p~-::---fr+.--~....:;~+.:...~-~~~~~ Sem transcrição: a RNA polimerase não pode ligar-se Problema resolvido 4. Solução 1s p+o+z+y- 1- p+oc z-y+ Na presença de um repressor JS, todos os operadores do tipo selvagem são "desligados", tanto com um indutor quanto sem um indutor. Portanto, o primeiro cromossomo é incapaz de produzir alguma enzima. Entretanto, o segundo cromossomo tem um operador alterado ( oc) e produz enzima tanto na ,.. . ausenc1a quanto na presença de um indutor. Apenas o gene Y é do tipo selvagem no cromossomo oc e, assim, só a per- mease é produzida constitutivamente. As entradas na tabela devem ser"- - + + " ' ' ' . o Sem transcrição ~::i!:~ · · · · e:De.~+ l o"'!+---___:---.;:--.,. s ~ + + t ril! Sem * repressor .../Repressor JS ------ liga-se ao operador Repressor não pode ligar-se ao operador oc mesmo na .g presença de 1 PTG ativo ._ ____ .-.__.__, ···· C:J:te.~+:::1E:c::::::::::z::::::::::::::~:=_)'.\".~+:::::= o Sem Enzima ativa enzima na presença e na ativa ausência de 1 PTG 356 Introdução à Genética Problemas Questões sobre as figuras 1. Compare a estrutura do IPTG mostrada na Figu- ra 11.7 com a estrutura
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