Bioinformática - Alinhamento de sequências

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Bioinformática 
ALINHAMENTO DE SEQUÊNCIAS 
 
 
★ Introdução 
 
● No caso de sequencias de nucleotídeos e aminoácidos, é uma comparação entre 
sequencias de letras. >>> MAS NÃO É TÃO SIMPLES 
● Consistem em técnicas de comparação entre duas ou mais sequencias biológicas que 
buscam séries de caracteres individuais que se encontram na mesma ordem das 
sequencias analisadas. 
● Normalmente há a criação de espaços para que ao final as sequencias tenham o 
mesmo tamanho. 
● Caracteres similares ou idênticos integram a mesma coluna. 
 
 
 
 
OBSERVAÇÃO: 
Essa função de alinhamento do algoritmo matemático também me fornece um significado 
biológico 
 
Identidade: fração de aminoácidos ou nucleotídeos idênticos entre pares de sequências 
após um alinhamento dessas sequências 
 
Similaridade: fração de aminoácidos ou nucleotídeos similares (com propriedades 
físicoquímicas Semelhantes - aminoácidos conservados) entre pares de sequências após um 
alinhamento dessas sequências. 
 
Homologia: representa uma relação evolutiva entre as sequências – origem comum 
➔ homologia: ortólogos (eventos de especiação) e parálogos 
 
★ APLICAÇÕES: 
As aplicações podem ser visando à busca por similaridade, a construção de árvores 
filogenéticas, a identificação de sequências gênicas e a inferência estrutural e funcional de 
proteínas. 
 
1- filogenia e inferência funcional e estrutural 
 
 
 
 
2 - taxa de evolução e filogenia: 
 
As taxas de evolução serão baixas se tivermos mais sequências de homologia e se poucas 
sequências sofreram eventos de mutação. 
 
 
As taxas de evolução serão altas se tivermos muitas inserções/deleções /translocações. 
 
 
 
 
Os espaços que ocorrem entre os nucleotídeos (----) se chamam ‘indels’ . 
Adição de lacunas em matrizes de alinhamento representando eventos de inserção/deleção 
 
 
 
Mas AFINAL: Como reconhecer o melhor resultado quando existem diversos alinhamentos 
possíveis para um mesmo conjunto de dados? 
 
 Haverá uma pontuação para matches e missmatches. 
 A maior pontuação de alinhamentos, é um provável indicador que aquele é o melhor 
resultado.