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AN02FREV001/REV 4.0 1 PROGRAMA DE EDUCAÇÃO CONTINUADA A DISTÂNCIA Portal Educação CURSO DE BIOLOGIA MOLECULAR Aluno: EaD - Educação a Distância Portal Educação AN02FREV001/REV 4.0 2 CURSO DE BIOLOGIA MOLECULAR MÓDULO I Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para este Programa de Educação Continuada. É proibida qualquer forma de comercialização ou distribuição do mesmo sem a autorização expressa do Portal Educação. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores descritos nas Referências Bibliográficas. AN02FREV001/REV 4.0 3 SUMÁRIO MÓDULO I 1 A CÉLULA E SUA CONSTITUIÇÃO MOLECULAR 1.1 A CÉLULA 1.2 MEMBRANA CELULAR 1.3 CÉLULA PROCARIONTE X CÉLULA EUCARIONTE 2 CONSTITUINTES MOLECULARES DA CÉLULA 2.1 ÁGUA E ÍONS 2.2 POLÍMEROS BIOLÓGICOS 2.2.1 Carboidratos 2.2.2 Lipídeos 2.2.3 Proteínas 2.2.4 Ácidos nucleicos MÓDULO II 3 ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS E REPLICAÇÃO 3.1 ESTRUTURA PRIMÁRIA DO DNA 3.1.1 A descoberta da dupla hélice 3.1.2 Estrutura do DNA 4 DESNATURAÇÃO E RENATURAÇÃO 5 TIPOS DE DNA 6 ESTRUTURA DO RNA 7 REPLICAÇÃO DO DNA 8 ENZIMAS 9 FORQUILHA DE REPLICAÇÃO 10 MECANISMOS DE REVISÃO DAS POLIMERASES 11 TELÔMEROS – AS EXTREMIDADES DO DNA AN02FREV001/REV 4.0 4 MÓDULO III 12 TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO 12.1 CÓDIGO GENÉTICO 12.2 PROCESSO DE TRANSCRIÇÃO (INICIAÇÃO, ALONGAMENTO E TÉRMINO) 12.2.1 Iniciação 12.2.2 Alongamento 12.2.3 Término 12.2.4 Enzimas polimerases 13 TRANSCRIÇÃO EM PROCARIOTOS 14 TRADUÇÃO 14.1 ESTRUTURA DOS RIBOSSOMOS 14.2 PROCESSO DA TRADUÇÃO 14.3 ESTRUTURA DOS tRNAS 15 CONTROLE DA EXPRESSÃO GÊNICA E O OPERON MÓDULO IV 16 TÉCNICAS DE BIOLOGIA MOLECULAR 17 EXTRAÇÃO DE DNA 18 QUANTIFICAÇÃO DE DNA EM GEL DE AGAROSE 19 REAÇÃO DE POLIMERIZAÇÃO EM CADEIA – PCR 20 PARÂMETROS DA AMPLIFICAÇÃO 21 ELETROFORESE EM GEL DE AGAROSE 22 FATORES QUE AFETAM A MIGRAÇÃO DO DNA NO GEL 23 ELETROFORESE EM GEL DE POLIACRILAMIDA 24 SOUTHERN BLOT 25 NORTHERN BLOT 26 WESTERN BLOT 27 SEQUENCIAMENTO DE DNA 28 PROJETO GENOMA HUMANO REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS AN02FREV001/REV 4.0 5 MÓDULO I 1 A CÉLULA E SUA CONSTITUIÇÃO MOLECULAR 1.1 A CÉLULA A célula é a mais simples estrutura na qual os elementos químicos existentes na Terra podem estar organizados em formas de vida e constitui uma das mais extraordinárias invenções da natureza. Todos os organismos vivos são constituídos por uma ou mais células, e cada uma delas só pode ter origem numa outra célula. Essas estruturas que representam a menor unidade de vida são bastante complexas e diversas e são nelas que estão contidas as características morfológicas e fisiológicas dos organismos vivos. Portanto, as propriedades de um dado organismo dependem de suas células individuais, cuja continuidade ocorre por intermédio do seu material genético. As células dos diferentes organismos são muito similares quanto a sua estrutura e constituintes moleculares, apesar de existirem diferenças organizacionais fundamentais. Robert Hooke realizou, em 1665, uma das principais descobertas em biologia, ao examinar em um microscópio rudimentar, uma lâmina de cortiça, constituída por cavidades poliédricas, às quais chamou de células (do latim cella, pequena cavidade). Na realidade, Hooke observou blocos heradecimais que eram as paredes de células vegetais mortas. Por volta de 1840, Theodor Schwann propôs que todos os organismos seriam células ou agregados de células. Tanto em plantas como em animais, o tamanho da célula não tem nenhuma relação com o tamanho do organismo. As células são compartimentalizadas, formadas por um complexo agregado de moléculas, organizadas conforme suas funções, na qual o conteúdo celular é separado do meio extracelular pela membrana http://pt.wikipedia.org/wiki/Microsc%C3%B3pio http://pt.wikipedia.org/wiki/Poliedro http://pt.wikipedia.org/wiki/Parede_celular http://pt.wikipedia.org/wiki/C%C3%A9lula_vegetal AN02FREV001/REV 4.0 6 plasmática. O volume interno é composto por uma solução aquosa complexa, o citosol, e várias partículas e moléculas dispersas. 1.2 MEMBRANA CELULAR A membrana plasmática tem cerca de 10 nm de espessura e a sua estrutura só vagamente pode ser verificada com um microscópio de transmissão eletrônica. É constituída por uma bicamada molecular de fosfolipídeos e por proteínas, organizada de forma a manter o potencial elétrico da célula e a permeabilidade seletiva, ou seja, controlar o que entra e sai da célula (Figura 1). Essa bicamada lipídica é fluída e apresenta a capacidade de mudar de forma e invaginar-se para o interior da célula. Além disso, é permeável a certos gases, tais como O2 e CO2, e impermeável a muitas substâncias, como açúcar, aminoácidos e íons inorgânicos (K+ e Cl-). A água pode difundir-se livremente por meio da célula. Muitas proteínas estão ligadas à membrana (permeases ou transportadoras), formando canais na bicamada por onde passam certas substâncias. Algumas destas proteínas apenas aderem à membrana (proteínas extrínsecas), enquanto outras fazem parte estrutural da própria membrana (proteínas intrínsecas); entre estas, encontram-se glicoproteínas (proteínas ligadas a carboidratos - hidratos de carbono). A variedade e quantidade relativa das diferentes moléculas não são fixas, de modo a manter a fluidez da membrana em diferentes condições ambientais; entre as moléculas especializadas em regular a fluidez da membrana encontra-se o colesterol. Dependendo das propriedades da membrana e das moléculas (átomos ou íons) em presença, o transporte através das membranas classifica-se em: Transporte passivo – quando não envolve o consumo de energia do sistema, sendo utilizada apenas a energia cinética das moléculas. Transporte ativo – quando o transporte das moléculas envolve a utilização de energia pelo sistema; no caso da célula viva, a energia utilizada é na forma de Adenosina trifosfato (ATP). http://pt.wikipedia.org/wiki/Microsc%C3%B3pio http://pt.wikipedia.org/wiki/Potencial_el%C3%A9ctrico http://pt.wikipedia.org/wiki/Invagina%C3%A7%C3%A3o http://pt.wikipedia.org/wiki/Glicoproteina http://pt.wikipedia.org/wiki/Carboidrato http://pt.wikipedia.org/wiki/Colesterol http://pt.wikipedia.org/wiki/%C3%81tomo http://pt.wikipedia.org/wiki/%C3%8Don http://pt.wikipedia.org/wiki/Energia http://pt.wikipedia.org/wiki/Adenosina_tri-fosfato AN02FREV001/REV 4.0 7 A matriz fosfolipídica da membrana foi pela primeira vez postulada em 1825 por Gorter e Grendal; no entanto, só em 1895, Charles Overton deu força a essa teoria, tendo observado que a membrana celular apenas deixava passar algumas substâncias, todas lipossolúveis. FIGURA 1 - MODELO ESQUEMÁTICO DA MEMBRANA PLASMÁTICA Modelo esquemático da membrana plasmática, constituída por uma bicamada de fosfolipídeos e por proteínas, que atuam na permeabilidade seletiva, ou seja, no que entra e sai da célula. FONTE: Disponível em: <http://equipe1biologia.blogspot.com.br/2007/10/as-fronteiras-das-clulas.html>. Acesso em: 04 jul. 2013. Organelas ou orgânulos celulares são estruturas envoltas por membrana lipoproteica, com funções especializadas suspensas no citoplasma das células vivas (Figura 2). As organelas foram historicamente identificadas com o uso de alguma forma de microscópio por meio do fracionamento de células. Cada organela contém enzimas próprias que catalisam reações específicas, desenvolvendo um papel único no crescimento e metabolismo celular. Algumas organelas foram provavelmente originadas a partir de bactérias endosimbiontes, como o cloroplasto,a mitocôndria e o núcleo celular. Outras organelas foram aparentemente formadas por invaginação da membrana celular e http://pt.wikipedia.org/wiki/1825 http://pt.wikipedia.org/wiki/1895 http://pt.wikipedia.org/w/index.php?title=Charles_Overton&action=edit http://pt.wikipedia.org/wiki/Citoplasma http://pt.wikipedia.org/wiki/C%C3%A9lula http://pt.wikipedia.org/wiki/Vida http://pt.wikipedia.org/wiki/Microsc%C3%B3pio http://pt.wikipedia.org/w/index.php?title=Fraccionamento&action=edit http://pt.wikipedia.org/wiki/Bact%C3%A9ria http://pt.wikipedia.org/wiki/Endosimbionte http://pt.wikipedia.org/wiki/Invagina%C3%A7%C3%A3o http://pt.wikipedia.org/wiki/Membrana_celular AN02FREV001/REV 4.0 8 subsequente especialização, como retículo endoplasmático (liso e rugoso), aparelho de Golgi ou complexo de Golgi, vacúolos e vesículas. Há ainda as organelas que são originadas a partir de vesículas do retículo endoplasmático ou do aparelho de Golgi, com substâncias específicas como lisossomo, centríolo, plastídeos, peroxissoma e ribossomo. FIGURA 2 - MODELO ESQUEMÁTICO DE UMA CÉLULA EUCARIÓTICA E SEUS ORGÂNULOS Orgânulos: 1) Nucléolo; 2) Núcleo celular; 3) Ribossomos; 4) Vesículas; 5) Ergastoplasma ou Retículo endoplasmático rugoso (RER); 6) Complexo de Golgi; 7) Microtúbulos; 8) Retículo endoplasmático liso (REL); 9) Mitocôndrias; 10) Vacúolo; 11) Citoplasma; 12) Lisossomas; 13) Centríolos. FONTE: Disponível em: <http://www.portalsaofrancisco.com.br/alfa/celula-animal/celula-animal-6.php>. Acesso em: 04 jul. 2013. 1.3 CÉLULA PROCARIONTE X CÉLULA EUCARIONTE Apesar da similaridade existente entre as células que constituem os seres vivos, os organismos mantêm diferenças fundamentais em nível celular, podendo ser classificados em dois grandes grupos. O primeiro é o dos organismos procarióticos, que são sempre unicelulares, embora possam ocorrer associados em http://pt.wikipedia.org/wiki/Especializa%C3%A7%C3%A3o http://pt.wikipedia.org/wiki/Ret%C3%ADculo_Endoplasm%C3%A1tico http://pt.wikipedia.org/wiki/Aparelho_de_Golgi http://pt.wikipedia.org/wiki/Aparelho_de_Golgi http://pt.wikipedia.org/wiki/Complexo_de_Golgi http://pt.wikipedia.org/wiki/Vac%C3%BAolo http://pt.wikipedia.org/wiki/Ves%C3%ADcula http://pt.wikipedia.org/wiki/Ves%C3%ADcula http://pt.wikipedia.org/wiki/Subst%C3%A2ncia http://pt.wikipedia.org/wiki/Lisossoma http://pt.wikipedia.org/wiki/Centr%C3%ADolo http://pt.wikipedia.org/wiki/Plast%C3%ADdeo http://pt.wikipedia.org/wiki/Peroxissoma http://pt.wikipedia.org/wiki/Ribossoma http://pt.wikipedia.org/wiki/Nucl%C3%A9olo http://pt.wikipedia.org/wiki/N%C3%BAcleo_celular http://pt.wikipedia.org/wiki/Ribossomo http://pt.wikipedia.org/wiki/Ves%C3%ADcula http://pt.wikipedia.org/wiki/Ergastoplasma http://pt.wikipedia.org/wiki/Ret%C3%ADculo_endoplasm%C3%A1tico http://pt.wikipedia.org/wiki/Ret%C3%ADculo_endoplasm%C3%A1tico http://pt.wikipedia.org/wiki/Complexo_de_Golgi http://pt.wikipedia.org/wiki/Microt%C3%BAbulo http://pt.wikipedia.org/wiki/Ret%C3%ADculo_endoplasm%C3%A1tico http://pt.wikipedia.org/wiki/Mitoc%C3%B4ndria http://pt.wikipedia.org/wiki/Vac%C3%BAolo http://pt.wikipedia.org/wiki/Citoplasma http://pt.wikipedia.org/wiki/Lisossoma http://pt.wikipedia.org/wiki/Centr%C3%ADolos AN02FREV001/REV 4.0 9 grupos, formando colônias com alguma diferenciação de funções, e estruturalmente mais simplificadas do que as células de organismos eucarióticos. Nesse grupo inclui- se todo tipo de bactérias, inclusive as arqueobactérias (bactérias primitivas) e as cianobactérias. O outro grupo é composto pelos organismos eucarióticos, que incluem não somente plantas multicelulares, animais e fungos, mas também protozoários e alguns organismos unicelulares, como leveduras e algas verdes. A principal diferença entre ambos os tipos celulares reside na ausência do envoltório nuclear nas células dos organismos procarióticos. Nesses, o cromossomo ocupa um espaço dentro da célula denominado nucleoide, ficando em contato direto com o resto do protoplasma, juntamente com ribossomos, outras partículas e uma grande variedade de moléculas dissolvidas. As células eucarióticas possuem núcleo verdadeiro, com um complexo envoltório nuclear através do qual acontecem os intercâmbios com o citoplasma. As células procarióticas (Figura 3) possuem, normalmente, além da membrana plasmática, uma parede celular, cuja função é conferir maior rigidez e proteção mecânica. A composição química da parede celular é bastante complexa, contendo moléculas de polissacarídeos, lipídeos e proteínas (camada de peptideoglicano). As bactérias gram-negativas possuem, ainda, uma membrana externa que circunda a parede celular, permeável a muitas substâncias químicas com peso molecular superior a 1kDa. AN02FREV001/REV 4.0 10 FIGURA 3 - MODELO ESQUEMÁTICO DE UMA CÉLULA BACTERIANA (PROCARIÓTICA) E SEUS COMPONENTES FONTE: Disponível em: <http://www.phschool.com/science/biology_place/biocoach/cells/common.html>. Acesso em: 05 jul. 2013. A parede de células vegetais contém celulose e outros polímeros. Células de fungos também são circundadas por parede celular de composição diferente das vegetais e bactérias. A difusão de solutos pela parede celular ocorre através de canais polipeptídicos constituídos pelas chamadas porinas. Dentro da membrana está contido o citoplasma, constituído pelo citosol e pelas organelas celulares. As células de organismos eucarióticos, diferentemente das células de procariotos, possuem regiões definidas. Essas regiões estão separadas do citoplasma por membranas internas e formam compartimentos, que são as organelas, nas quais se realizam funções especializadas. Há organelas comuns a todas as células: a mitocôndria, especializada no metabolismo oxidativo; o retículo endoplasmático, estrutura membranosa rica em ribossomos (em procariotos, os ribossomos encontram-se soltos no citoplasma), que constituem a maquinaria molecular para a síntese proteica; e o complexo de Golgi, estrutura formada por membranas e vesículas, envolvido na modificação e transporte de moléculas fabricadas no retículo endoplasmático. AN02FREV001/REV 4.0 11 Existem organelas específicas para células vegetais e animais. Células animais, por exemplo, contêm lisossomo, com função de digestão, enquanto células de vegetais (Figura 4) possuem cloroplasto, local onde se realiza a fotossíntese. Outra característica, comum à maioria dos vegetais e a alguns micro-organismos, é a presença de vacúolo cuja função é a estocagem de muitos nutrientes e metabólitos. FIGURA 4 - MODELO ESQUEMÁTICO DE UMA CÉLULA VEGETAL E SEUS ORGÂNULOS Visualização dos orgânulos comuns entre os vegetais, como vacúolo e cloroplasto, além da presença de parede celular. FONTE: Disponível em: <https://sites.google.com/site/mundoknow/biologia/celula- vegetal-partes-tipos>. Acesso em: 05 jul. 2013. O citoplasma de células eucarióticas também difere do citoplasma de células procarióticas pela presença de proteínas filamentosas, que constituem o chamado citoesqueleto. Entre essas proteínas, estão os filamentos de actina e microtúbulos que estão envolvidos na geração de movimentos celulares, na determinação da forma celular e na capacidade de arranjar as organelas. AN02FREV001/REV 4.0 12 Outra diferença fundamental é o material genético. Em organismos procarióticos a informação genética está contida, geralmente, em uma ou mais moléculas circulares de DNA. As bactérias, normalmente, apresentam um cromossomo, enquanto em eucariotos o DNA nuclear é dividido em dois ou mais cromossomos que, exceto durante a divisão celular, estão contidos dentro da membrana nuclear, associados a proteínas, as histonas, formando então os nucleossomos. Toda célula eucariótica possui uma quantidade maior de DNA que as procarióticas. As células de vegetais e animais têm de 40 a 1.000vezes mais DNA que uma bactéria como a Escherichia coli. No entanto, apenas uma pequena fração do DNA total é utilizada para codificar proteínas. O número e o tamanho dos cromossomos de organismos eucarióticos variam grandemente. Fungos, por exemplo, possuem de 12 a 18 cromossomos, enquanto células humanas contêm 46 cromossomos. 2 CONSTITUINTES MOLECULARES DA CÉLULA 2.1 ÁGUA E ÍONS O componente encontrado em maior quantidade dentro de uma célula é a água. A água serve como solvente natural para íons, minerais e outras substâncias e, também, como meio de dispersão para a estrutura coloidal do citoplasma. A água é fundamental nas atividades metabólicas, já que os processos fisiológicos necessitam de meio aquoso para ocorrerem. As moléculas de água também participam em muitas reações enzimáticas e podem se formar como resultado de processos metabólicos. Íons como Cl-, Na+ e K+ são importantes na manutenção osmótica e no equilíbrio ácido-básico da célula. Alguns íons inorgânicos, como o magnésio, são indispensáveis como cofatores enzimáticos. Outros, como o fosfato inorgânico, AN02FREV001/REV 4.0 13 formam adenosina trifosfato (ATP), a principal fonte de energia química dos processos vitais. Além da água e dos elementos químicos, a célula é contistuída de moléculas pequenas e macromoléculas ou polímeros biológicos. As moléculas pequenas, geralmente, apresentam pouco mais de 50 átomos, enquanto os polímeros biológicos são moléculas maiores, compostas de muitas cópias de uma molécula pequena, ligadas em cadeias por ligações covalentes. Essas subunidades, formadoras dos polímeros, são chamadas de monômeros ou resíduos. As células são constituídas, basicamente, por três tipos de polímeros: os carboidratos ou polissacarídeos, cujos monômeros são os açúcares; as proteínas, constituídas pelos aminoácidos; e os ácidos nucleicos, formados por nucleotídeos (monômeros). Além disso, constituem a célula, os lipídeos (não são polímeros), formados pelos ácidos graxos. Existem quatro tipos básicos de moléculas pequenas: os aminoácidos, os açúcares, os ácidos graxos e os nucleotídeos, que atuam como precursores na síntese dos polímeros e constituem os substratos e os produtos de rotas metabólicas, fornecendo energia para a célula. 2.2 POLÍMEROS BIOLÓGICOS 2.2.1 Carboidratos Os carboidratos são substâncias orgânicas também chamadas de hidratos de carbono. O nome se dá, porque na molécula da maior parte dos carboidratos, para cada carbono presente, existem dois átomos de hidrogênio e um átomo de oxigênio, na mesma proporção existente na molécula de água, ou seja, carbo (carbono) hidrato (hidros=água). Esses polímeros constituem-se na principal fonte de energia celular, sendo, também, constituintes estruturais importantes da parede celular. Também atuam como sinais de reconhecimento específico, desenvolvendo um papel informacional, e, além disso, são substâncias intercelulares com função estrutural. AN02FREV001/REV 4.0 14 Os carboidratos podem ser classificados em três categorias básicas: monossacarídeos, oligossacarídeos e polissacarídeos. Os monossacarídeos (monômeros) ou açúcares simples constituem as moléculas dos carboidratos, as quais são relativamente pequenas, solúveis em água e não hidrolisáveis. Os monossacarídeos obedecem à fórmula básica dos carboidratos: (CnH2nOn). Assim, de acordo com o valor de n que varia de 3 a 7, formam-se os seguintes tipos: Triose: C3H6O3 Tetrose: C4H8O4 Pentose: C5H10O5 Hexoses: C6H12O6 Heptoses: C7H14O7 Pentoses são monossacarídeos de cinco carbonos. Para os seres vivos, as pentoses mais importantes são a ribose e a desoxirribose, que entram na composição química dos ácidos nucleicos, os quais comandam e coordenam as funções celulares. Ribose é a pentose que entra na composição química do ácido ribonucleico (RNA). Obedece a fórmula geral das pentoses - C5H10O5. Desoxirribose é a pentose que entra na composição química do ácido desoxirribonucleico (DNA). Não obedece à fórmula geral das pentoses, possuindo um oxigênio a menos que a ribose - C5H10O4. Hexoses são monossacarídeos de seis carbonos, que obedecem à fórmula geral - C6H12O6. As hexoses mais importantes são a glicose, a frutose e a galactose, principais fontes de energia para os seres vivos. Ricas em energia, as hexoses constituem os principais combustíveis das células. São naturalmente sintetizadas por fotossíntese, processo de absorção de energia da luz. Os oligossacarídeos são carboidratos constituídos de duas a dez moléculas de monossacarídeos, sendo os dissacarídeos, formados por duas unidades de monossacarídeos, os de maior relevância. Dissacarídeos têm moléculas relativamente pequenas, solúveis em água, razão porque interferem, assim como os monossacarídeos, no equilíbrio osmótico das células. São também a principal forma de transporte dos carboidratos. AN02FREV001/REV 4.0 15 A sacarose, o açúcar de cana ou de beterraba, é constituída por uma molécula de glicose ligada a uma frutose. A maltose é formada por duas moléculas de glicose, e a lactose é formada pela união de uma glicose com uma galactose, sendo encontrada somente no leite. Já os polissacarídeos ou açúcares múltiplos são carboidratos formados pela união de mais de dez moléculas de monossacarídeos, constituindo, assim, um polímero, geralmente de hexoses. Os polissacarídeos são insolúveis em água, portanto não alteram o equilíbrio osmótico das células e apresentam função de armazenamento ou reserva nutritiva. De acordo com a função que exercem os polissacarídeos classificam-se em energéticos e estruturais. Energéticos têm função de reserva nutritiva, na qual, o amido e o glicogênio são os mais importantes. Polissacarídeos estruturais atuam na formação de algumas estruturas do corpo dos seres vivos. Os mais importantes são a celulose e a quitina. 2.2.2 Lipídeos Os lipídeos são caracterizados por uma estrutura própria. Uma molécula lipídica possui duas regiões: uma região polar, hidrofílica, conectada a uma região não polar, hidrofóbica, constituída de uma cadeia hidrocarbonada. Esse tipo de estrutura caracteriza os lipídeos como um grupo de compostos pouco solúveis em água e solúveis em solventes orgânicos. Essa característica molecular promove associações do tipo anfipáticas, reuniões das moléculas lipídicas com interações não covalentes em meio aquoso. Essas interações têm importantes consequências em nível celular, como a tendência de os lipídeos formarem micelas e bicamadas que constituem as membranas biológicas (Figura 5). AN02FREV001/REV 4.0 16 FIGURA 5 - ESTRUTURA DOS LIPÍDEOS Modelos da cauda de hidrocarbonetos presente na molécula de ácido graxo que favorece a formação de micelas. E a estrutura dos fosfolipídeos em bicamadas, onde as regiões hidrofóbicas estão voltadas para o interior e as regiões hidrofílicas para a parte externa. FONTE: Disponível em: <http://www.enq.ufsc.br/labs/probio/disc_eng_bioq/trabalhos_pos2003/const_microorg/lipideos.htm>. Acesso em: 05 jul. 2013. Os lipídeos não são polímeros, isto é, não são repetições de uma unidade básica. Embora possam apresentar uma estrutura química relativamente simples, as funções dos lipídeos são complexas e diversas, atuando em muitas etapas cruciais do metabolismo e na definição das estruturas celulares. Encontram-se distribuídos em todos os tecidos, principalmente nas membranas celulares e nas células de gordura. A maioria dos lipídeos possui, na sua estrutura, ácidos graxos. Existem diversos tipos de moléculas diferentes que pertencem à classe dos lipídeos. Embora não apresente nenhuma característica estrutural comum, todas elas possuem muito mais ligações carbono-hidrogênio do que as outras biomoléculas. Isto faz com que estas moléculas sejam pobresem dipolos localizados (carbono e hidrogênio possuem eletronegatividade semelhante). Uma das leis clássicas da química diz que "o semelhante dissolve o semelhante", daí a razão para estas moléculas serem fracamente solúveis em água ou etanol (solventes polares) e altamente solúveis em solventes orgânicos (geralmente apolares). Os lipídeos mais simples são os ácidos graxos (ácidos carboxílicos), formados a partir da hidrólise ácida dos triacilglicerídios. Sua estrutura é formada por uma longa cadeia hidrocarbonada, hidrofóbica e pouco reativa quimicamente. Os AN02FREV001/REV 4.0 17 ácidos graxos encontrados nos organismos vivos, normalmente, contêm um número par de átomos de carbono e, usualmente, a cadeia de hidrocarbonetos não é ramificada. Os ácidos graxos são classificados em saturados quando a cadeia contém apenas ligações simples e, insaturados quando a cadeia contém ligações duplas. A molécula é formada por um grupamento carboxílico hidrofílico. Essas moléculas formam triacilgliceróis (triglicerídeos), conhecidos como gordura. Os triacilgliceróis são a forma de estocagem de lipídeos no citoplasma de muitas células, servindo como excelente fonte de energia. São mais eficientes como estoque de energia que os carboidratos e, por isso, muito utilizados por vários organismos. Esteroides Os esteroides são lipídeos que não possuem ácidos graxos em sua estrutura (Figura 6). Eles atuam, nos organismos, como hormônios e, nos humanos, são secretados pelas gônadas, córtex adrenal e pela placenta. A testosterona é o hormônio sexual masculino, enquanto que o estradiol é o hormônio responsável por muitas das características femininas. O colesterol é o esteroide de maior importância, fazendo parte da estrutura das membranas celulares, conferindo-lhe maior rigidez, e atuando como precursor na biossíntese dos esteroides biologicamente ativos, como os hormônios esteroides e os ácidos e sais biliares. O excesso de colesterol no sangue é um dos principais fatores de risco para o desenvolvimento de doenças arteriais coronarianas, principalmente o infarto agudo do miocárdio. A molécula de colesterol é fracamente anfipática, pois existe um grupamento hidroxila localizado no final da molécula; o restante da molécula é altamente solúvel no interior hidrofóbico das membranas. AN02FREV001/REV 4.0 18 FIGURA 6 - ESTRUTURA QUÍMICA DE ESTEROIDES, COMO A TESTOSTERONA, PROGESTERONA, ESTRADIOL E COLESTEROL FONTE: Disponível em: <http://www.enq.ufsc.br/labs/probio/disc_eng_bioq/trabalhos_pos2003/const_microorg/lipideos.htm>. Acesso em: 05 jul. 2013. 2.2.3 Proteínas As proteínas são compostos orgânicos de alto peso molecular, são formadas pelo encadeamento de aminoácidos. Representam cerca de 50 a 80% do peso seco da célula sendo, portanto, o composto orgânico mais abundante de matéria viva. Elas catalisam um extraordinário número de reações químicas, controlam a permeabilidade das membranas, reconhecem e ligam não covalentemente outras biomoléculas, proporcionam movimento e controlam a função gênica. As moléculas de proteína são constituídas de aminoácidos. Aminoácidos são os monômeros que formam as proteínas e são assim chamados por serem ácidos orgânicos, possuindo um grupamento amínico (-NH2) e um grupamento carboxílico (- COOH). A presença simultânea desses grupamentos determina o comportamento ácido e básico dos aminoácidos (moléculas anfóteras). O caráter ácido-básico e a carga do aminoácido são determinados pelo pH do meio onde se encontram. O AN02FREV001/REV 4.0 19 aminoácido prolina é uma exceção, já que possui um grupamento imínico (-NH-) no lugar do grupo amínico. Em pH fisiológico, os grupamentos, amínico e carboxílico se encontram ionizados (NH3+ e COO-), fazendo com que o aminoácido se comporte como uma molécula dipolar, ou seja, apresente carga positiva e negativa. A estrutura básica dos aminoácidos é formada por um átomo de carbono central, chamado de C alfa (Cα), ligado a um grupamento carboxílico, um átomo de hidrogênio, um grupamento amino e a um grupamento variável, denominado R ou cadeia lateral (Figura 7). É a cadeia lateral que confere ao aminoácido as suas propriedades. FIGURA 7 - ESTRUTURA GERAL DE UM AMINOÁCIDO, ONDE O R INDICA O GRUPAMENTO VARIÁVEL FONTE: Disponível em: <http://www.brasilescola.com/biologia/aminoacidos.htm>. Acesso em: 05 jul. 2013. A união de aminoácidos para formar uma molécula proteica produz-se por meio de uma ligação entre o grupamento carboxílico de um aminoácido com o grupamento amínico de outro aminoácido (ligação peptídica), com perda simultânea de uma molécula de água. A molécula formada gera um peptídeo que mantém seu caráter anfótero, já que, ficará um grupamento ácido em uma extremidade (extremidade carboxiterminal) e um grupamento básico na extremidade oposta (extremidade aminoterminal). Quando ocorre a combinação de dois aminoácidos chama-se de dipeptídeo. A união de poucos aminoácidos é chamada de oligopeptídeos e a união de vários aminoácidos é chamada de polipeptídeo. AN02FREV001/REV 4.0 20 Organização estrutural As proteínas apresentam diferentes conformações ou estrutura tridimensional. A conformação nativa é a estrutura tridimensional necessária para que a proteína desempenhe sua função. As proteínas dobram-se para alcançar sua conformação nativa por rotas direcionadas, nas quais pequenos elementos da estrutura se fundem em grandes estruturas. Existem quatro níveis de organização estrutural (Figura 8 e 9): Estrutura primária - É a sequência de aminoácidos, ou seja, a ordem na qual os aminoácidos estão ligados para formarem uma cadeia peptídica. São as ligações peptídicas que estabilizam esse tipo de estrutura. Estrutura secundária - É o arranjo espacial dos átomos de um esqueleto polipeptídico, sem levar em consideração a conformação de suas cadeias laterais. Algumas regiões podem ter uma estrutura em forma de α-hélice ou de folha- β. A α-hélice é quando a cadeia peptídica se enrola em torno de um eixo imaginário, sendo estabilizada por pontes de hidrogênio, formadas entre o grupamento amínico da ligação peptídica de um aminoácido e o grupamento carboxílico da ligação peptídica do aminoácido situado quatro resíduos mais adiante na mesma cadeia polipeptídica. Já na estrutura folha-β as pontes de hidrogênio ocorrem entre cadeias polipeptídicas vizinhas em vez de no interior da cadeia, como na α-hélice. As folhas apresentam duas variações: A. A folha-β antiparalela, em que as cadeias polipeptídicas vizinhas ligadas por pontes de hidrogênio seguem em direções opostas. B. A folha-β paralela, em que as cadeias ligadas por pontes de hidrogênio se estendem na mesma direção. Estrutura terciária - Refere-se ao dobramento dos elementos estruturais secundários e especifica as posições de cada átomo na proteína, incluindo as das cadeias laterais. A estabilidade da estrutura é mantida por meio de pontes de hidrogênio entre grupos peptídicos não envolvidos na estrutura secundária; por pontes de hidrogênio entre grupos R, por interações hidrofóbicas, AN02FREV001/REV 4.0 21 por ligações iônicas entre grupamentos carregados positiva e negativamente e por ligações covalentes do tipo dissulfeto (S-S). Estrutura quaternária – Refere-se à disposição das subunidades proteicas que formam a molécula. As forças estabilizadoras podem ser covalentes, ligações iônicas ou eletrostáticas, pontes de hidrogênio, e/ou interações hidrofóbicas, que compreendem a associação de grupamentos não polares de maneira a excluir o contato com a água. FIGURA 8 - ESTRUTURAS, PRIMÁRIA E SECUNDÁRIA DAS PROTEÍNAS FONTE: Disponível em: <http://bioquimica-fisio.blogspot.com.br/2010/11/conceito-sao-compostos-organicos- de.html>. Acesso em: 05 jul. 2013.Figura 9 - Estruturas, terciária e quaternária das proteínas FONTE: Disponível em: <http://bioquimica-fisio.blogspot.com.br/2010/11/conceito-sao-compostos-organicos- de.html>. Acesso em: 05 jul. 2013. AN02FREV001/REV 4.0 22 A alteração da forma natural (nativa) da proteína se dá por mudanças nas condições do meio em que se encontra, como alteração de pH, temperatura e adição de solventes. Assim, a estrutura tridimensional da molécula é desfeita, ocorrendo como consequência à perda da função biológica. As histonas são proteínas capazes de se ligar ao DNA, e possuem um grande número de resíduos de aminoácidos carregados positivamente, o que permite a forte interação com a molécula de DNA na formação da cromatina. A expressão de muitos genes é controlada pela ligação de proteínas que reconhecem sequências específicas de DNA. A região da proteína que se associa a um ligante é conhecida como sítio de ligação. Esse sítio consiste em um arranjo de aminoácidos específicos, dispostos na molécula, formando uma cavidade. 2.2.4 Ácidos nucleicos Os ácidos nucleicos são macromoléculas de grande importância biológica, já que contêm a informação genética do organismo. As células recebem instruções sobre quais proteínas sintetizar e em que quantidade, a partir dos ácidos nucleicos. Um segmento de DNA que contém a informação necessária para a síntese de um produto biológico funcional (proteína ou RNA) é referido como um gene. Logo, um gene é um fragmento de DNA responsável pela produção de uma proteína específica. Os genes se localizam nos cromossomos, que nada mais são do que enormes moléculas de DNA que contêm, além dos genes, longos segmentos de DNA sem função específica. Em sua estrutura primária, os ácidos nucleicos (DNA e RNA) podem ser vistos como uma cadeia linear composta de unidades químicas simples chamadas nucleotídeos. Um nucleotídeo é um composto químico e possui três partes: um grupo fosfato, uma pentose (molécula de açúcar com cinco carbonos) e uma base orgânica (Figura 10). Nas moléculas de DNA (ácido desoxirribonucleico), a pentose é uma desoxirribose enquanto nas moléculas de RNA (ácido ribonucleico) a pentose é uma ribose. A base orgânica, também conhecida como base nitrogenada, é quem caracteriza cada um dos nucleotídeos, sendo comum o uso tanto do termo AN02FREV001/REV 4.0 23 sequência de nucleotídeos quanto o termo sequência de bases. As bases são adenina (A), guanina (G), citosina (C), timina (T) e uracila (U), sendo as duas primeiras chamadas de purinas e as três últimas chamadas de pirimidinas. No DNA são encontradas as bases A, G, C e T. No RNA encontra-se a base U em vez da base T. FIGURA 10 - MODELO GERAL DE UM NUCLEOTÍDEO, FORMADO POR UM GRUPO FOSFATO, POR UMA PENTOSE E UMA BASE NITROGENADA; E DE UM NUCLEOSÍDEO, FORMADO POR UMA PENTOSE E UMA BASE NITROGENADA FONTE: Arquivo pessoal do autor. A ligação entre os nucleotídeos (ligações fosfodiéster) de uma cadeia linear é feita entre o grupo químico chamado hidroxil (OH) ligado ao terceiro carbono da pentose de um nucleotídeo, e o fosfato do nucleotídeo seguinte ligado ao carbono cinco da pentose do mesmo (Figura 11). Por convenção, as sequências são representadas na orientação 5' → 3'. A cadeia polinucleotídica possui individualidade, determinada pela sequência de suas bases, conhecida como estrutura primária. É nessa estrutura primária que a informação genética está contida. AN02FREV001/REV 4.0 24 FIGURA 11 - MODELO ESQUEMÁTICO DA LIGAÇÃO FOSFODIÉSTER, NUMA MOLÉCULA DE RNA, ENTRE O GRUPO QUÍMICO HIDROXIL (OH) LIGADO AO TERCEIRO CARBONO DA PENTOSE, E O FOSFATO DO NUCLEOTÍDEO SEGUINTE LIGADO AO CARBONO 5 FONTE: Disponível em: <http://www.enq.ufsc.br/labs/probio/disc_eng_bioq/trabalhos_grad2005_2/constituintes/links/acidos.ht m>. Acesso: 05 jul. 2013. DNA O DNA tem a forma de uma dupla hélice, cujas fitas se enrolam em torno do próprio eixo. As desoxirriboses localizam-se externamente, como se fosse o corrimão de uma escada circular e as bases nitrogenadas ficam orientadas para o interior. As bases estão pareadas entre as duas fitas da molécula, mantendo sua estrutura por meio de pontes de hidrogênio. Assim, entre T ou A são formadas duas pontes de hidrogênio e entre C e G três pontes. As duas fitas são antiparalelas, ou seja, as fitas possuem orientação 5' → 3' opostas uma em relação a outra. Esta característica de pareamento tem grande significância fisiológica e, devido a ela, as duas fitas de DNA são ditas complementares. Essa propriedade garante a replicação precisa do DNA e a transmissão das informações genéticas via transcrição, pois em razão do pareamento específico, o DNA serve como molde para a síntese de novas moléculas complementares. Toda a informação genética de um organismo encontra- AN02FREV001/REV 4.0 25 se acumulada na sequência das quatro bases (A, T, C e G). Desse modo, a sequência de aminoácidos de todas as proteínas deve estar codificada por essas quatro letras. RNA O RNA é uma molécula intermediária na síntese de proteínas, formado por uma fita simples. Faz a intermediação entre o DNA e as proteínas. As principais diferenças entre o RNA e o DNA são sutis, mas essas diferenças fazem com que o DNA seja mais estável. Os principais tipos de RNA são os RNAs mensageiros (mRNAs), os transportadores (tRNAs) e os ribossomais (rRNAs). Os RNAs mensageiros são aqueles que codificam as proteínas. Os RNAs ribossomais fazem parte da estrutura do ribossomo, junto com diversas proteínas e são eles que permitem a ligação entre dois aminoácidos na síntese de proteínas. Os RNAs transportadores carregam o aminoácido específico para complementar a sequência de nucleotídeos do mRNA, quando este está ligado ao ribossomo. Por ser uma fita simples, o RNA pode formar pontes intracadeia, o que faz com que ele possa ter uma infinidade de arranjos tridimensionais, importantes em sua função. Síntese proteica A expressão gênica envolve a cópia de regiões específicas de DNA (os genes) numa molécula de mRNA e a passagem de informação contida na sequência de nucleotídeos desse mRNA para uma sequência de aminoácidos. As moléculas de RNA são sintetizadas por um processo conhecido como transcrição, onde uma das duas fitas do DNA serve como modelo para o pareamento de bases complementares. Após a transcrição do DNA, a fita de mRNA é liberada da molécula de DNA, voltando o DNA à conformação original. O mRNA, então transcrito, dirige a síntese da proteína, enquanto os tRNAs servem como transportadores dos aminoácidos envolvidos. AN02FREV001/REV 4.0 26 A quantidade de mRNA produzido é controlada por proteínas regulatórias que se ligam a sítios específicos no DNA. Cada molécula de mRNA pode ser traduzida em milhares de cópias de uma cadeia polipeptídica, portanto a informação contida numa pequena região do DNA pode dirigir a síntese de milhões de cópias de uma proteína específica. FIM DO MÓDULO I AN02FREV001/REV 4.0 27 PROGRAMA DE EDUCAÇÃO CONTINUADA A DISTÂNCIA Portal Educação CURSO DE BIOLOGIA MOLECULAR Aluno: EaD - Educação a Distância Portal Educação AN02FREV001/REV 4.0 28 CURSO DE BIOLOGIA MOLECULAR MÓDULO II Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para este Programa de Educação Continuada. É proibida qualquer forma de comercialização ou distribuição do mesmo sem a autorização expressa do Portal Educação. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores descritos nas Referências Bibliográficas.AN02FREV001/REV 4.0 29 MÓDULO II 3 ESTRUTURA DOS ÁCIDOS NUCLEICOS E REPLICAÇÃO 3.1 ESTRUTURA PRIMÁRIA DO DNA 3.1.1 A descoberta da dupla hélice O modelo de dupla hélice, atualmente aceito para descrever a estrutura da molécula de DNA, é atribuído a James Watson e Francis Crick, por sua publicação na Revista Nature, de 25 de abril de 1953. Passados mais de cinquenta anos desde a descoberta, muito já se conhece sobre a molécula de DNA. Embora a publicação da estrutura do DNA tenha ocorrido em 1953, as evidências do DNA como material responsável pela informação genética surgiram muito antes. Em meados da década de 1880, já se falava no núcleo como sede da hereditariedade e que a cromatina (ou cromossomos) constituía o material genético. A descoberta do modelo de dupla hélice foi crucial para a história da Biologia, principalmente para a Biologia Molecular. Entretanto, os eventos que envolveram tal fato atraíram interesse e participação de muitos químicos e físicos, como Watson e Hausmann. O termo biologia molecular foi proposto por Warren Weaver, da Fundação Rockefeller, em um relatório publicado na revista Science, de 1938, para descrever como os fenômenos biológicos podem ser compreendidos fundamentalmente pelo conhecimento das estruturas das moléculas e das interações e das alterações destas, mas apenas em 1953 com a proposição da dupla hélice é que se percebeu de forma dramática a importância da correlação estrutura-função da molécula. AN02FREV001/REV 4.0 30 Entretanto, desde a década de 1880 havia a ideia de que o núcleo poderia ser a sede da hereditariedade, de que a cromatina (ou cromossomos) constituía o material genético e, mais tarde, de que os genes poderiam ser moléculas, apesar de não existir um consenso dentro da comunidade científica a respeito. Em 1869, quando ainda não havia antibióticos e as infecções hospitalares eram muito comuns, o médico, fisiólogo e químico orgânico suíço Friedrich Miescher (1844-1895), trabalhando com células purulentas, extraiu uma substância, conhecida hoje como o DNA, e chamou-a de nucleína. Contudo, a nucleína não era considerada como portadora de informação genética, por isso seu trabalho foi pouco relevante no meio científico da época. Na ocasião, acreditava-se que a estrutura do DNA era simples, e que as proteínas é que continham o material genético. Apenas por volta de 1930 se obteve o conhecimento de que todas as células dos animais e das plantas possuíam tanto o DNA como o RNA, mas com ideias ainda muito vagas sobre o papel dessas substâncias nas células. Erwin Schrödinger, em 1944, sugeriu em seu livro “What is Life?” que os genes seriam formados por arranjos de diferentes elementos isômeros, ou seja, nucleotídeos, em cujas variadas sequências seriam codificadas as diferentes informações genéticas. Três laboratórios trabalharam enfaticamente no entendimento de como o grupo fosfato, o açúcar e a base nitrogenada se ligavam entre si. Eram eles: o do Caltech (California Institute of Technology), em Pasadena, onde trabalhava Linus Pauling; o do King´s College, de Londres, onde o grupo de Maurice Wilkins e seus colaboradores – entre eles, destacando-se Rosalind Franklin – realizavam suas pesquisas; e o Cavendish, na universidade de Cambridge, onde trabalhavam James Watson e Francis Crick. Os pesquisadores dos três laboratórios buscavam a proposição de um modelo para a estrutura do DNA, com o objetivo de entender sua atuação biológica e merecer o reconhecimento da comunidade científica. Watson e Crick tiveram a percepção inventiva de que o emparelhamento purina-pirimidina das bases nitrogenadas tinha sempre dimensões similares, propondo a estrutura da molécula do DNA, publicada em um artigo de apenas 900 palavras e um diagrama simples, na Nature, em 25 de abril de 1953 (Figura 12). AN02FREV001/REV 4.0 31 FIGURA 12 - WATSON E CRICK COM O PROTÓTIPO DA DUPLA HÉLICE DO DNA FONTE: Disponível em: <http://www.chemheritage.org/discover/online-resources/chemistry- in-history/themes/biomolecules/dna/watson-crick-wilkins-franklin.aspx>. Acesso em: 05 jul. 2013. 3.1.2 Estrutura do DNA O ácido desoxirribonucleico, o DNA, é um polímero não ramificado, composto de unidades de desoxirribonucleotídeos. Os desoxirribonucleotídeos são compostos por um açúcar (pentose), a desoxirribose; por um grupo fosfato; e por uma base nitrogenada. A base nitrogenada pode ser uma purina - adenina (A) e guanina (G); ou uma pirimidina - timina (T) e citosina (C). A informação genética de um organismo encontra-se na sequência das quatro bases (A, T, C e G); assim, a sequência de aminoácidos de todas as proteínas é codificada a partir das sequências dessas quatro bases. AN02FREV001/REV 4.0 32 O DNA tem a forma de uma dupla hélice, cujas fitas se enrolam em torno do próprio eixo. O grupo fosfato e o açúcar (parte hidrofílica) localizam-se externamente, como se fossem o corrimão de uma escada circular e as bases nitrogenadas (parte hidrofóbica) ficam orientadas para o interior (Figura 13A). A relação espacial entre as duas fitas cria um sulco principal e um sulco secundário. As bases estão pareadas entre as duas fitas da molécula, mantendo sua estrutura por meio de pontes de hidrogênio. O pareamento das bases de cada fita sempre será entre uma purina e uma pirimidina, onde adenina sempre se ligará a timina através de duas pontes de hidrogênio, e a citosina sempre se ligará à guanina por meio de três pontes de hidrogênio (Figura 13B). Esta característica de pareamento tem grande significância fisiológica e, devido a ela, as duas fitas de DNA são ditas complementares. A complementaridade garante a replicação precisa do DNA e a transmissão das informações genéticas via transcrição, pois por meio do pareamento específico o DNA serve como molde para a síntese de novas moléculas complementares. FIGURA 13 - DNA A B (A) Modelo tridimensional da forma de dupla hélice da molécula de DNA, na qual o grupo fosfato e o açúcar localizam-se externamente, como se fossem o corrimão de uma escada circular, e as bases nitrogenadas localizam-se internamente. (B) Pareamento das bases nitrogenadas de cada fita, ilustrando a ligação entre adenina e timina por meio de duas pontes de hidrogênio, e entre citosina e guanina por meio de três pontes de hidrogênio. FONTE (A): Disponível em: <http://www.fotosimagenes.org/genetica-molecular>. Acesso em: 05 jul. 2013. FONTE (B): Disponível em: <http://www.accessexcellence.org/RC/VL/GG/dna_molecule.php>. Acesso em: 05 jul. 2013. AN02FREV001/REV 4.0 33 Um segmento de DNA que contém a informação necessária para a síntese de proteína ou RNA é chamado de gene. Logo, um gene é um fragmento de DNA responsável pela produção de uma proteína específica. Os genes se localizam nos cromossomos, que são enormes moléculas de DNA que contêm além dos genes, longos segmentos de DNA sem função específica. Em eucariotos, dentro dos genes também existem regiões que não codificam a proteína e são chamados de íntrons. As regiões dentro do gene que codificam a proteína são chamadas de exón. O conjunto de genes de um organismo é denominado de genoma e o conjunto de proteínas produzidas por um organismo é denominado proteoma. Conhecer os genes e as proteínas que compõem um organismo permite o desenvolvimento de métodos novos para o diagnóstico de doenças e também de novas terapias para seu tratamento. A dupla hélice é mantida unida por duas forças: pelas pontes de hidrogênio formadas pelas bases complementares; e por interações hidrofóbicas, que determinam a orientação interna das bases nitrogenadas na molécula. 4 DESNATURAÇÃO E RENATURAÇÃO Desnaturação e renaturação são fenômenos físicos fundamentais para os processosde replicação, transcrição e recombinação da molécula de DNA. A desnaturação ocorre quando as pontes de hidrogênio entre as cadeias complementares se rompem e as fitas se separam. O inverso é chamado de renaturação, e permite que todas as propriedades originais da molécula sejam restabelecidas. Soluções de DNA, em pH = 7,0 e temperatura ambiente, são altamente viscosas. A desnaturação da estrutura secundária do DNA pode ser obtida em solução por aumento da temperatura, por titulação com ácidos ou álcalis e por agentes desnaturantes, como a formamida e o dimetilssulfóxido (DMSO). Em altas temperaturas ou pH extremos o DNA sofre desnaturação, isto porque ocorre ruptura das pontes de hidrogênio entre os pares de bases. Esta desnaturação faz com que diminua a viscosidade da solução de DNA. Durante a AN02FREV001/REV 4.0 34 desnaturação, nenhuma ligação covalente é desfeita, ficando, portanto as duas fitas de DNA separadas. Quando o pH e a temperatura voltam ao normal, as duas fitas de DNA espontaneamente se enrolam, formando novamente o DNA dupla fita. Este processo envolve duas etapas: uma mais lenta, pois envolve o encontro casual das fitas complementares de DNA, formando um curto segmento de dupla hélice; e outra mais rápida, envolvendo a formação das pontes de hidrogênio entre as bases complementares, reconstruindo a conformação tridimensional. Os ácidos protonizam os anéis nitrogenados de A, G e C, enquanto os álcalis desprotonizam os anéis nitrogenados de U e T. Esses tratamentos geram grupos carregados no interior da hélice, rompendo as pontes de hidrogênio entre as bases. Por intermédio da medida da absorbância da luz ultravioleta no espectrofotômetro, é possível acompanhar a desnaturação da molécula de DNA. A medida de absorção da luz UV a 260nm é máxima, e ocorre quando as fitas da dupla hélice estão completamente separadas e as bases expostas ao meio. A absorbância também aumenta com o aumento da temperatura, desnaturando a molécula. Os agentes desnaturantes têm maior facilidade em romper as duas pontes de hidrogênio que ligam as bases A e T, do que as três pontes de hidrogênio que ligam as bases C e G. Portanto, são necessárias temperaturas mais elevadas, pH mais alcalino e maiores concentrações de agentes desnaturantes para romper as bases C e G, do que as bases A e T. 5 TIPOS DE DNA O DNA apresenta diferentes conformações, são elas denominadas como A- DNA, B-DNA e Z-DNA (Figura 14). Sendo que, nas duas primeiras formas, a hélice gira para a direita, e a diferença entre elas está na distância necessária para fazer uma volta completa da hélice e no ângulo que as bases fazem com o eixo da hélice. O DNA do tipo A tem a forma mais curta e mais grossa, e para completar uma volta AN02FREV001/REV 4.0 35 na hélice são necessários 11 pares de bases; enquanto no DNA do tipo B são necessários 10 pares de bases para completar uma volta na hélice, além disso, a dupla hélice é mais longa e mais fina. Em solução, geralmente o DNA assume a conformação B. Quando há pouca água disponível para interagir com a dupla hélice, o DNA assume a conformação A-DNA. A forma Z-DNA apresenta seu sentido de rotação para a esquerda. Esta conformação é mais alongada e mais fina do que o B-DNA. Para completar uma volta na hélice são necessários 12 pares de bases. O DNA, em solução com altas concentrações de cátions, assume a conformação Z-DNA. Em eucariotos, o DNA tende a assumir a conformação Z-DNA em razão da metilação do DNA. Na dupla hélice, as duas fitas de DNA estão em direção opostas, isto significa que são antiparalelas. O termo antiparalelas deve-se ao fato de que uma das fitas tem a direção exata da sua síntese (5' → 3') enquanto a outra está invertida (3' → 5'). Esta conformação em fitas antiparalelas levará à necessidade de mecanismos especiais para a replicação do DNA. FIGURA 14 - CONFORMAÇÕES MAIS COMUNS DE DNA (B, A E Z) (a) Representação da estrutura tridimensional da molécula de B-DNA, vista lateral e transversal, mostrando a posição das bases nitrogenadas em relação ao eixo das hélices. (b) Representação da estrutura tridimensional da molécula de A-DNA, vista lateral e transversal, mostrando a posição das bases nitrogenadas em relação ao eixo das hélices. (c) Representação da estrutura tridimensional da molécula de Z-DNA, vista lateral e transversal, mostrando a posição das bases nitrogenadas em relação ao eixo das hélices. FONTE: Disponível em: <http://bioweb.wku.edu/courses/biol22000/6structurena/lecture.html>. Acesso em: 05 jul. 2013. AN02FREV001/REV 4.0 36 6 ESTRUTURA DO RNA O RNA é uma molécula intermediária na síntese de proteínas. Faz a intermediação entre o DNA e as proteínas. O RNA é formado por uma fita simples, seu açúcar (pentose) é a ribose em vez da desoxirribose do DNA; apresenta uma Uracila (U) em vez de Timina (T) como base nitrogenada; além do grupo fosfato. Os principais tipos de RNA são os RNAs mensageiros (mRNAs), os transportadores (tRNAs) e os ribossomais (rRNAs) (Figura 15). Os RNAs mensageiros codificam as proteínas e representam cerca de 4% do RNA celular total; os RNAs ribossomais fazem parte da estrutura do ribossomo, junto com diversas proteínas e são eles que permitem a ligação entre dois aminoácidos na síntese de proteínas, correspondendo a 85% do RNA total da célula; e os RNAs transportadores carregam o aminoácido específico para complementar a sequência de nucleotídeos do mRNA, quando este está ligado ao ribossomo e correspondem a 10% do RNA total da célula. AN02FREV001/REV 4.0 37 FIGURA 15 - REPRESENTAÇÃO DOS RNAS MENSAGEIRO (MRNA), TRANSPORTADOR (TRNA) E RIBOSSOMAL (RRNA) A B C (A) Representação da estrutura da fita simples do mRNA, que contém a informação para a síntese de proteínas. (B) Representação da estrutura tRNA, que transporta aminoácidos para que ocorra a síntese de proteínas. (C) Representação da estrutura rRNA, que apresenta os componentes da maquinaria de síntese de proteínas presente nos ribossomos. FONTE (A): Disponível em: <http://aprendendogenetica.blogspot.com.br/2011/03/genetica-molecular-aula-3-transcricao.html>. FONTE (B): Disponível em: <http://pesquisa-na-escola.blogspot.com.br/2011/08/o-rna.html>. FONTE (C): Disponível em: <http://www.virtual.epm.br/cursos/biomol/transcri/html/rrna1.htm>. Acesso em: 05 jul. 2013. A expressão gênica envolve a análise das regiões do DNA (genes) que são ativadas para a produção de proteínas, bem como os mecanismos que controlam a quantidade de proteína a ser produzida. O gene é expresso quando uma molécula de mRNA usa este gene como molde e esta molécula de RNA serve como molde para produção da proteína correspondente. As moléculas de RNA são sintetizadas por um processo conhecido como transcrição, que é similar à replicação do DNA. Todas as formas de RNA são sintetizadas por enzimas (RNA polimerases) que obtêm informações em moldes de DNA. O rRNA é produzido pelo DNA da região organizadora do nucléolo e, associado a proteínas, vai constituir os nucléolos. Depois passa ao citoplasma para formar os ribossomos. AN02FREV001/REV 4.0 38 O mRNA leva para o citoplasma as informações para a síntese das proteínas. Existe um tipo de mRNA para cada tipo de cadeia polipeptídica, que vai constituir uma proteína. O mRNA transporta a informação genética na forma de códons, copiados do DNA; um códon consiste em uma sequência de três nucleotídeos. O tRNA move-se do núcleo para o citoplasma, onde se liga a aminoácidos, e deslocando-se até os ribossomos. Apresenta regiões com pareamento de bases, que lhe conferem um aspecto de trevo de três folhas (trinca). Cada molécula de tRNA apresenta uma extremidade que se liga a diferentes tipos de aminoácidos e uma regiãocom uma sequência de três nucleotídeos, o anticódon, que pode parear com um dos códons do mRNA. 7 REPLICAÇÃO DO DNA O processo em que o DNA pode se replicar e dar origem a novas moléculas de DNA; podendo ainda ser transcrito em RNA, e este por sua vez traduzido em proteínas, é conhecido como o Dogma Central da Biologia (Figura 16). FIGURA 16 - REPRESENTAÇÃO DO DOGMA CENTRAL DA BIOLOGIA: REPLICAÇÃO, TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO DO DNA EM PROTEÍNAS FONTE: Disponível em: <http://www.virtual.epm.br/cursos/biomol/introdu/html/dogma.htm>. Acesso em: 05 jul. 2013. AN02FREV001/REV 4.0 39 A molécula de DNA transmite a informação genética e tem a capacidade de se autoduplicar. Uma cópia do DNA é passada para a célula-filha durante a divisão celular, de modo que as células filhas, no caso da mitose, tenham a mesma informação genética que a célula mãe. Esse processo de autoduplicação do DNA é chamado de replicação. A replicação consiste na abertura de uma molécula de DNA parental e na subsequente formação de duas novas moléculas filhas idênticas. Quando cada uma das moléculas filhas contém 50% da molécula mãe, o processo é chamado de semiconservativo, ou seja, cada molécula filha conserva metade da molécula mãe. Os dois filamentos desenrolados da molécula mãe expõem suas bases, de modo que cada um destes filamentos funcione como molde, e cada base exposta irá parear com a sua base complementar da molécula filha, reconstruindo, assim, as duas duplas hélices, na qual as duas moléculas filhas terão uma fita “antiga” e uma fita “nova” (Figura 17). Este tipo de replicação é denominado de replicação semiconservativa, pois cada dupla fita filha irá conter um filamento parental e outro recém-sintetizado. Há ainda a teoria conservativa, sendo esta pouco aceita. Na teoria conservativa cada fita do DNA sofre duplicação e as fitas formadas sofrem pareamento resultando num novo DNA dupla fita, sem a participação das fitas "parentais" (fita nova com fita nova forma uma dupla hélice e fita velha com fita velha forma a outra dupla fita). AN02FREV001/REV 4.0 40 FIGURA 17 - REPRESENTAÇÃO DA REPLICAÇÃO SEMICONSERVATIVA, NA QUAL A MOLÉCULA MÃE FUNCIONA COMO MOLDE E AS BASES EXPOSTAS PAREAM COM AS BASES COMPLEMENTARES DA MOLÉCULA FILHA FONTE: Disponível em: <http://monorealism.com/blog/2012/gene-therapy-advances/dna-split/>. Acesso em: 05 jul. 2013. Na replicação, a dupla hélice precisa girar e subsequentemente desenrolar- se, já que os dois filamentos encontram-se entrelaçados. Nesta etapa atuam duas enzimas, a DNA girase e a DNA helicase. A DNA girase provoca uma superelicoidização do DNA, o que facilita o trabalho realizado pela DNA helicase, que separa a dupla hélice de DNA a partir da forquilha de replicação. Com o desenrolar da dupla hélice, os dois filamentos expostos estariam sujeitos à degradação, se não fosse a ação de outra proteína, a SSB (single-strand binding DNA proteína - proteína ligante de DNA), que se liga ao DNA e impede que as bases da dupla fita voltem a formar as pontes de hidrogênio, mantendo, portanto, as fitas separadas para que as enzimas de replicação possam agir. Os dois filamentos da dupla hélice que estão separados vão sofrer a ação da DNA-polimerase, que irá sintetizar um novo filamento complementar para cada AN02FREV001/REV 4.0 41 filamento parental que se separou. Um dos filamentos será sintetizado de forma contínua, enquanto o outro será sintetizado de maneira descontínua, permanecendo alguns trechos deste filamento incompletos. Estas falhas, posteriormente, serão reconstituídas pela ação da DNA-ligase. Durante este processo podem ocorrer, também, alguns erros de inserção de bases; tais erros podem ser corrigidos pela atuação da DNA-polimerase, que remove as bases mal pareadas. A ação da DNA- polimerase, a enzima que refaz o novo filamento, só ocorre se existir, uma curta região da dupla hélice que serve como iniciador ou primer. 8 ENZIMAS No processo de replicação do DNA várias enzimas estão envolvidas, como a DNA-polimerase, helicases, proteínas SSB, ligases, topoisomerases e primase. As helicases são enzimas com função de quebrar as pontes de hidrogênio entre as bases, para que as duas fitas de DNA se separem. Essa separação é essencial para que a forquilha de replicação se movimente. As SSB são proteínas que têm alta afinidade por DNA na forma de fita simples, ocorrendo a ligação de forma cooperativa. Sua presença no processo de replicação é de grande importância, pois ao se ligarem à fita simples do DNA, impedem que a mesma sofra torções, induzindo a conformação do DNA ideal para o pareamento das bases e consequentemente, a replicação. A primase é a enzima que sintetiza os primers (iniciadores), que são pequenas sequências de RNA, a partir de um molde de DNA. Em eucariotos, a atividade da primase está localizada como componente da DNA-polimerase (Figura 18). AN02FREV001/REV 4.0 42 FIGURA 18 - MODELO ESQUEMÁTICO DA AÇÃO DA PRIMASE INDIVIDUALMENTE, E EM CONJUNTO COM A DNA-POLIMERASE III A B C (A) Início da síntese primers de RNA, a partir de um molde de DNA, pela ação primase. (B) A enzima primase promove a formação do primer de RNA. (C) O primer de RNA formado pareia com o DNA molde, permitindo a ação da DNA polimerase III, que adiciona os nucleotídeos para a formação da fita de DNA. O fragmento formado primer de RNA + DNA pré-formado, é o fragmento de Okazaki. FONTE: Disponível em: <http://www.virtual.epm.br/cursos/biomol/replica/html/6.htm>. Acesso em: 05 jul. 2013. Também importante, as topoisomerases são enzimas que permitem as alterações no grau de superenrolamento do DNA, promovendo a quebra transitória de ligações fosfodiéster, gerando uma forma intermediária, na qual a proteína continua ligada ao DNA, covalentemente, permitindo assim, que as fitas do DNA passem umas sobre as outras, alterando o superenrolamento da molécula. Essas enzimas são encontradas tanto em organismos procariotos, quanto em eucariotos, e são essenciais nos processos de replicação, transcrição e recombinação do DNA. Na transcrição e recombinação, as topoisomerases irão separar temporariamente as fitas da dupla hélice de DNA, enquanto na replicação, as fitas terão separação permanente. Durante a transcrição, a abertura das fitas de AN02FREV001/REV 4.0 43 DNA para síntese de RNA, induz a superenrolamentos do DNA, que precisa ser relaxado para que o processo ocorra. Já na replicação, as duas moléculas geradas são completamente separadas pelas topoisomerases para que possam segregar para as células-filhas. A DNA-polimerase é a enzima que faz a síntese de uma nova fita de DNA. Ela possui a capacidade de adicionar nucleotídeos na extremidade 3’OH de uma região pareada do DNA, fazendo com que a cadeia se estenda no sentido 5’→3’. As células eucarióticas apresentam vários tipos de DNA-polimerases como: α, δ, β, ε, e y, sendo que α, δ, β e ε estão localizadas no núcleo, e y está localizada na mitocôndria. A polimerase δ é responsável pela replicação do genoma nuclear, enquanto a polimerase α está envolvida na síntese do primer para o início da replicação e na formação dos Fragmentos de Okazaki. As polimerases β e ε participam dos processos de síntese durante a reparação do DNA. E a polimerase y é responsável pela replicação de DNA mitocondrial. Em bactérias existem três tipos de polimerases: DNA polimerase I, DNA polimerase II e a DNA polimerase III. A DNA polimerase I possui baixa capacidade de polimerização 5’ → 3’ e é a única que possui atividade exonucleásica 5’ → 3’ em DNA dupla fita. A DNA polimerase II, possui uma capacidade de polimerização baixíssima e o seu papel na célula ainda não foi muito bem elucidado. Já a DNA polimerase III, é a principalresponsável pela síntese das fitas de DNA em razão da sua alta capacidade de polimerização. Após a síntese do primer de RNA, a DNA polimerase III pode começar a polimerização no sentido 5’ → 3’. Além da polimerização, a DNA polimerase III possui atividade exonucleásica 3’ → 5’, essa atividade permite que logo após serem adicionados, os nucleotídeos sejam retirados e é conferido se o seu pareamento está correto (A com T e C com G). A replicação em procariotos segue o mesmo padrão que em eucariotos, a maior das diferenças está nas enzimas polimerases que são cinco nos eucariotos, sendo uma exclusivamente mitocondrial e as outras quatro nucleares, enquanto que os procariotos apresentam três enzimas polimerases. AN02FREV001/REV 4.0 44 9 FORQUILHA DE REPLICAÇÃO A replicação do DNA começa de uma das extremidades da dupla fita de DNA. A forquilha de replicação vai se abrindo à medida que, na frente, as duas fitas antigas (molécula inicial) se desenovelam, enquanto que, mais embaixo, duas novas fitas vão sendo sintetizadas e, por sua vez, se enovelam nas fitas antigas; formando duas novas cadeias duplas de DNA, cada uma contendo uma fita nova e uma fita velha (Figura 19). FIGURA 19 - REPRESENTAÇÃO ESQUEMÁTICA DA FORQUILHA DE REPLICAÇÃO, NA QUAL DUAS NOVAS CADEIAS DUPLAS DE DNA SÃO FORMADAS, SENDO QUE CADA UMA CONTÉM UMA FITA NOVA E UMA FITA VELHA FONTE: Disponível em: <http://1.bp.blogspot.com/_tjGuhs_asmE/S1g0Ggz- evI/AAAAAAAAAEs/BbFdBXrAGRY/s1600-h/imagem%205.jpg>. Acesso em: 05 jul. 2013. AN02FREV001/REV 4.0 45 A DNA polimerase só sintetiza uma nova fita de DNA no sentido 5’ → 3’. De um lado, a fita nova pode ser feita de forma contínua, de fora para dentro (da extremidade aberta para o fundo da forquilha). Do outro lado, a síntese tem que ser feita de dentro para fora. Por isso a fita feita desta forma é chamada fita descontínua. Ela é formada inicialmente por fragmentos de DNA, conhecidos como fragmentos de Okazaki. Cada vez que um trecho suficientemente longo de DNA fita simples está disponível, inicia-se a síntese de um novo fragmento de Okazaki, de dentro para fora da forquilha (Figura 20). FIGURA 20 - REPRESENTAÇÃO ESQUEMÁTICA DA SÍNTESE DOS FRAGMENTOS DE OKAZAKI, NA FITA DESCONTÍNUA DA MOLÉCULA DE FITA DUPLA DO DNA FONTE: Disponível em: <http://zeyramos.blogspot.com.br/2013/06/el-material-genetico- duplicacion.html>. Acesso em: 05 jul. 2013. A enzima ligase é responsável por unir esses fragmentos de Okazaki, ligando o fragmento recém-sintetizado ao fragmento sintetizado anteriormente. Assim, engenhosa a síntese das novas fitas de DNA é sempre feita no sentido 5’→3’. Para que a síntese das fitas novas progrida é necessária a adição de dois AN02FREV001/REV 4.0 46 primers: um na extremidade da fita molde que servirá para dirigir a síntese da fita contínua, e outro mais para o interior da forquilha de replicação, pareado com a fita que servirá de molde para a síntese da fita descontínua. Na verdade, para cada fragmento de Okazaki a ser gerado será necessária a adição de um primer, no sentido 5’→3’. A DNA polimerase não consegue estender uma nova fita de DNA se não houver um pequeno trecho de DNA ou RNA pareado na fita molde acima (ou 5’) do segmento que será sintetizado. A consequência final deste mecanismo de adição de primers antes da extensão das fitas novas é que haverá trechos de RNA entre longos segmentos de DNA na fita descontínua. E mesmo na fita contínua haverá pelo menos um primer de RNA seguido de toda a fita feita com DNA. Entretanto, os primers precisam ser retirados da nova fita de DNA, e isso ocorre por meio da ação corretora da enzima DNA polimerase I. A DNA polimerase I reconhece diversos defeitos no DNA, inclusive a presença de RNA, mesmo que pareado ao DNA. Por meio de uma atividade exonucleotídica 5’→3’, ela retira o primer, ao mesmo tempo em que, empregando a hidroxila livre da extremidade 3’ do fragmento de Okazaki já sintetizado e situado 5’ do sítio reparado, ressintetiza o espaço deixado, desta vez com DNA. Então, a enzima ligase realiza a ligação entre os fragmentos de Okazaki (Figura 21). A primase não adiciona primers no início dos cromossomos lineares, então as pontas dos cromossomos vão sendo encurtadas porque não seria possível replicá-las. Na verdade, isso ocorre na fita descontínua, sintetizada a partir do molde de DNA fita simples parental. Um primer é adicionado um pouco antes do final do molde (pela DNA primase), e após a síntese do fragmento de Okazaki correspondente, o primer é retirado, sobrando um pequeno trecho a ser recomposto. A enzima telomerase é responsável pela adição de uma sequência de bases definida, repetindo muitas vezes esta operação, cada vez que detecta um encurtamento significativo da extremidade de um cromossomo, garantindo desta maneira a integridade do cromossomo. Na natureza existem formas alternativas das quatro bases nitrogenadas que formam o DNA, chamadas formas tautoméricas, de baixa ocorrência. Porém, cada vez que uma dessas bases tautoméricas é empregada, provoca um erro de pareamento, e precisa ser retirada antes da próxima replicação, caso contrário, uma AN02FREV001/REV 4.0 47 mutação será introduzida no DNA. As DNA polimerases têm a capacidade de rever, imediatamente após a adição, se o pareamento da base adicionada com a base da fita molde foi correto. Qualquer erro de pareamento altera a estrutura da dupla hélice. Essa alteração faz com que a DNA polimerase pare, volte na direção 3’→5’ despolimerizando a cadeia recém-sintetizada e, após algumas dezenas ou até centenas de bases, recomece o trabalho. O processo é pouco econômico, mas a integridade da informação genética garante a conservação da espécie. FIGURA 21 - REPRESENTAÇÃO GERAL DO PROCESSO DE REPLICAÇÃO Representação geral do processo de replicação, onde estão mostradas as principais enzimas e cofatores que formam o complexo de replicação: DNA polimerase III (DNA pol lII), RNA primase e helicase. A helicase é uma topoisomerase, responsável pela abertura da forquilha. As duas DNA polimerase III mostradas, trabalham juntas na mesma direção; para isto a fita de DNA que é replicada descontinuamente forma uma alça e a DNA polimerase III nesta fita solta periodicamente a fita e retoma o serviço num ponto mais interno. FONTE: Disponível: <http://www.enq.ufsc.br/labs/probio/disc_eng_bioq/trabalhos_pos2003/genetica/DNA.html>. Acesso em: 05 jul. 2013. AN02FREV001/REV 4.0 48 10 MECANISMOS DE REVISÃO DAS POLIMERASES A taxa de erro na replicação de DNA atinge a incrível marca de um erro a cada bilhão de pares de bases de replicação. No entanto, uma visão química das estruturas das bases nitrogenadas permite relatar que mudanças termodinâmicas no meio poderiam levar à mudança na conformação das moléculas, alterando formação de pontes de H, tornando possíveis interações que não A:T e G:C, em uma taxa de um erro por 10.000 a 100.000 nucleotídeos incorporados. Isto representa um erro esperado 10.000 vezes maior que a taxa observada. Esta diferença levou à descoberta de mecanismos de revisão no qual a própria enzima DNA polimerase (DNA pol.) que adiciona as bases na nova cadeia de DNA execute simultaneamente uma revisão das bases adicionadas e efetue a correção dos erros. O processo de revisão envolve examinar as pontas das cadeias de DNA nascentes quanto a erros e as corrigir. Este processo é efetuado pelas atividades de exonuclease 3’--> 5’ das DNA pol., ou seja, a polimerase possui, além da atividade de adição de bases, também a atividade de correção, que inclui a retirada da base, equivocadamente adicionada por ela mesma, e a adição da base correta. Além disso, quando um DNA primer molde tem um mau pareamento terminal (um par de bases incorretamenteou não pareado, ou sequências de bases na ponta 3’ do primer), a atividade de exonuclease 3’--> 5 da DNA pol. corta a base ou bases não pareadas. Quando é produzido um terminal de pares de bases impróprio, a atividade de polimerase 3’ --> 5’ da enzima começa a ressíntese adicionando nucleotídeos à ponta 3’ do filamento primer. AN02FREV001/REV 4.0 49 11 TELÔMEROS – AS EXTREMIDADES DO DNA Um pensamento interessante é que, se as bases têm afinidade química complementar, o que as impede de fundir as extremidades de uma fita de DNA com a outra? As extremidades cromossomais são chamadas de telômeros (do grego telos = parte e meros = ponta). Há décadas se sabe que os telômeros dos cromossomos eucarióticos têm propriedades diferenciadas. Em 1938, Herman Muller, que introduziu o termo telômero, demonstrou que os cromossomos da Drosophila sem as pontas naturais - quebradas por raios-X – não eram transmitidos à prole, sugerindo que são dotados de propriedades especiais. De fato, estudos ainda na década de 1940 já mostravam que novas pontas de cromossomos quebrados são adesivas e tendem a se fundir, enquanto as pontas naturais dos cromossomos normais não quebrados são estáveis e sem tendência a se fundir com outras pontas produzidas pela quebra de cromossomos. Além disso, os mecanismos conhecidos de replicação das moléculas lineares de DNA não permitem duplicação de ambos os filamentos de DNA até as pontas das moléculas, pois faltaria local para inserir um primer e começar a elongação. Dessa forma, estes telômeros devem fornecer ao menos três funções importantes: Evitar que as desoxirribonucleases degradem as pontas das moléculas lineares de DNA; Impedir a fusão das pontas com outras moléculas de DNA; Facilitar a replicação das pontas das moléculas lineares de DNA sem perda de material. AN02FREV001/REV 4.0 50 Hoje, sabe-se que os telômeros dos cromossomos eucarióticos têm estruturas únicas que incluem sequências curtas de nucleotídeos presentes em repetições consecutivas. Nos vertebrados, a repetição TTAGGG é altamente conservada. Ela foi identificada em mais de 100 espécies, incluindo mamíferos, aves, répteis, anfíbios e peixes. A quantidade desta sequência básica de repetição nos telômeros varia de espécie para espécie. Nas células somáticas normais de humanos, os telômeros contêm de 500 a 3.000 repetições TTAGGG, e gradualmente se encurtam com a idade. A maioria dos telômeros termina com uma região unifilamentar rica em G no filamento de DNA com a ponta 3’ (chamada ponta 3’ saliente), no caso de humanos, possuem entre 125 e 275 bases. Estas sequências de guanina têm a habilidade de formar estruturas tridimensionais variadas em virtude da possibilidade de formação de pontes de H entre as várias G, diferentes do pareamento postulado por Watson- Crick. Por exemplo, quatro G podem formar um quarteto por ligações tipo pontes de H. Contudo, a estrutura real do telômero ainda é desconhecida. As sequências teloméricas, contudo, são conhecidas como sendo adicionadas aos cromossomos por uma enzima contendo RNA chamada telomerase, que atua como uma transcriptase reversa (enzima que, em alguns vírus, converte RNA em DNA), pois leva uma pequena molécula de RNA, parte da qual atua como um molde para a polimerização da unidade telomérica repetida que é adicionada à ponta 3. A observação que fibroblastos humanos em cultura mostram um progressivo encurtamento dos telômeros até a sua morte final sugere correlação do telômero com o envelhecimento. Essa teoria parte do seguinte ponto: A maioria das células somáticas humanas não possui atividade de telomerase. Assim, como esperado, à medida que a idade destas células aumenta, o comprimento do telômero vai diminuindo. Quando cultivadas in vitro, se multiplicam apenas por um número limitado de vezes (em geral de 20 a 70 gerações celulares) antes que ocorra senescência e morte. As células com telômeros maiores passam por maior número de multiplicações celulares. AN02FREV001/REV 4.0 51 Ocasionalmente, células somáticas são observadas adquirindo habilidade de proliferar em cultura indefinidamente, e estas células “imortais” têm mostrado atividade de telomerase, ao contrário de suas genitoras. Não existe, no entanto, comprovação direta que o encurtamento dos telômeros cause envelhecimento, apesar da correlação marcante. FIM DO MÓDULO II AN02FREV001/REV 4.0 52 PROGRAMA DE EDUCAÇÃO CONTINUADA A DISTÂNCIA Portal Educação CURSO DE BIOLOGIA MOLECULAR Aluno: EaD - Educação a Distância Portal Educação AN02FREV001/REV 4.0 53 CURSO DE BIOLOGIA MOLECUALR MÓDULO III Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para este Programa de Educação Continuada. É proibida qualquer forma de comercialização ou distribuição do mesmo sem a autorização expressa do Portal Educação. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores descritos nas Referências Bibliográficas. AN02FREV001/REV 4.0 54 MÓDULO III 12 TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO 12.1 CÓDIGO GENÉTICO O código genético é a relação entre a sequência de bases no DNA e a sequência correspondente de aminoácidos na proteína. O código genético guarda toda a informação que rege a sequência dos aminoácidos, essencial para o desenvolvimento e funcionamento do organismo humano. Este código genético está presente em cada uma das células humanas, sendo responsável também pela hereditariedade. O DNA possui quatro bases nitrogenadas diferentes (A, T, C e G), e 20 tipos de aminoácidos diferentes. A partir disso, surgiu a hipótese de que três nucleotídeos constituem um códon - uma trinca de nucleotídeos - (Figura 22), já que dois nucleotídeos produziriam apenas 16 combinações diferentes, insuficiente para os 20 aminoácidos que a célula produz; enquanto três nucleotídeos produzem 64 combinações possíveis; mais do que o suficiente para os 20 aminoácidos existentes. FIGURA 22 - REPRESENTAÇÃO ESQUEMÁTICA DE UM CÓDON Esse códon apresenta as bases guanina (G), citosina (C) e adenina (A), representando então, o aminoácido alanina. FONTE: Disponível em: <http://evolution.berkeley.edu/evolibrary/article/mutations_02>. Acesso em: 05 jul. 2013. http://pt.wikipedia.org/wiki/Amino%C3%A1cido http://pt.wikipedia.org/wiki/Prote%C3%ADna http://pt.wikipedia.org/wiki/Informa%C3%A7%C3%A3o AN02FREV001/REV 4.0 55 Essas 64 combinações ou códons têm papel específico na síntese de proteínas, pois 61 códons representam aminoácidos e três causam o término da síntese de proteínas, por não especificarem nenhum aminoácido. Por existir um número maior de códons (61) do que de aminoácidos (20), quase todos os aminoácidos são representados por mais de um códon (Figura 23). A descoberta de que o código genético é lido em trincas foi feita por Brenner e Crick, em 1961. Mas, somente em 1966, pela ação de vários pesquisadores, foi desvendado todo o código genético. FIGURA 23 - QUADRO REPRESENTATIVO DE TODOS OS AMINOÁCIDOS E AS COMBINAÇÕES DE CÓDONS CORRESPONDENTES O códon metionina, que representa o códon de iniciação está na cor laranjada, e os códons de terminação (UAA, UAG e UGA), estão em amarelo. FONTE: Disponível em: <http://clasesbq.blogspot.com.br/2011/09/unidad-2-transcripcion-adn-y-traduccion.html>. Acesso em: 05 jul. 2013. A universalidade do código genético afirma que o mesmo surgiu muito cedo e permaneceu conservado durante a evolução. Por isso, ele é o mesmo nos mais diversos organismos, desde as bactérias até o homem. Ou seja, todos os
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