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1 Faculdade de Ciências e Tecnologia da Universidade de Coimbra Departamento de Ciências da Vida Genética Protocolo: Extracção de DNA em Tecidos Vegetais A principal etapa da análise genética de populações de plantas, através de fragmentos de DNA, é o isolamento e a purificação de quantidades suficientes de DNA de boa qualidade ou seja, o DNA obtido deve estar intacto, livre de impurezas, e ser passível de amplificação. O método de extração de DNA mais utilizado para diferentes espécies vegetais é baseado no uso do detergente CTAB - Cationic hexadecyl trimethyl ammonium bromide, um detergente que solubiliza as membranas celulares e forma um complexo com o DNA (Kidwell & Osborn, 1992). Existem hoje em dia, kits de extracção de DNA, com todos os reagentes adequados, já nas concentrações correctas, para que se possa realizar a extracção de forma mais simples e segura. Uma das importantes considerações em qualquer procedimento de extracção de DNA de plantas é a maneira como se recolhe e preserva o tecido vegetal, pois a quantidade e a qualidade do DNA são afectadas significativamente pela condição do tecido antes da extracção. Os tecidos onde normalmente se obtêm melhores resultados na extracção de DNA de tecidos vegetais são: folhas ou pétalas jovens e frutos maduros (material recolhido na fase activa de crescimento). Principais etapas da extracção de DNA: Quebra da parede celular Lise celular Extracção de DNA Precipitação de DNA Lavagem de DNA 2 Material: Tecido vegetal fresco Balança Almofariz e pilão Espátula Tubos de centrifugação de polipropileno Misturador rotativo Centrifuga Pipetas Banho de água Reagentes: Clorofórmio Isopropanol Etanol Nitrogénio líquido Tampão TE (Tris-EDTA) Reagentes do kit : Reagente 1 Reagente 2 Resina de extracção Nota: Ver em anexo as quantidades recomendadas. Procedimentos: A – Rompimento da parede celular 1. Pesar 0,1 g de material vegetal (peso fresco) colocando-o de seguida no almofariz. 2. Adicionar 3 volumes de nitrogénio líquido e moer bem o material, com a ajuda do pilão até produzir um pó. 3. Transferir esse pó para um tubo de centrifugação de polipropileno, com o auxílio de uma espátula. B – Lise celular 1. Adicionar 600µl do Reagente 1, certificando-se de que todos os ingredientes do reagente são totalmente dissolvidos, misturando muito bem de seguida. 3 2. Adicionar 200µl do Reagente 2. 3. Misturar tudo muito bem, até obter uma mistura homogénea. 4. Incubar em “banho-maria” a 65oC durante 10 minutos, agitando regularmente. 5. Colocar as amostras em gelo durante 20 minutos. C – Extracção de DNA 1. Remover as amostras do gelo, e adicionar 500µl de clorofórmio previamente armazenado a -20oC. 2. Adicionar 100µl de resina de extracção (Nucleon PhytoPure DNA). 3. Agitar durante 10 minutos à temperatura ambiente. 4. Centrifugar a 1300 g (gravidade) durante 10 minutos. 5. Sem “perturbar” a camada de resina em suspensão, transferir, com a ajuda de uma pipeta, o DNA, contido na fase acima da camada castanha, para um novo tubo. D – Precipitação do DNA 1. Adicionar um volume igual (ao do sobrenadante) de isopropanol. 2. Inverter cuidadosamente o tubo até que o DNA precipite. 3. Centrifugar a um mínimo de 4000 g durante 5 minutos para o pellet de DNA. 4. Lavar o pellet de DNA com etanol a 70%. 5. Centrifugar novamente a um mínimo de 4000 g durante 5 minutos para o pellet de DNA. 6. Deitar fora o sobrenadante. 7. Secar ao ar o pellet de DNA durante 10 minutos, e remover todos os restantes resíduos de etanol remanescentes do tubo. 8. Voltar a suspender o DNA em tampão TE ou água. Anexo: Tabela 1- Proporções dos reagentes para as amostras. 0,1 g de amostra 1,0 g de amostra Componente Reagente 1 31 ml 245 ml Reagente 2 11 ml 85 ml Resina “Phytopure” 6 ml 12 ml 4 Referencias: BECKMANN, J.S.; OSBORN, T.C. Plant genomes: methods for genetic and physical mapping. London: Kluwer Academic Publ., 1992. p.1-13. http://www.uefs.br/disciplinas/bot859/extra.pdf http://www.sembio.com.br/arquivos/CD/Mini- cursos%20e%20Oficinas/MC18%20%96%20Extra%E7%E3o,%20An%E1lise%20e%20Amplifica%E7%E3o%20 de%20DNA%20Vegetal/Extra%E7ao%20DNA.pdf Questões: 1. Porque devemos macerar bem o material vegetal? __________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ 2. Porque é que o clorofórmio deve ser armazenado a -20oC? __________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ 3. Para que serve o aquecimento da solução? __________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ 4. Qual e função da adição do isopropanol? E do etanol? __________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________ _______________________________________________________________________________________
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