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SUMÁRIO 1. Introdução ..................................................................... 3 2. Transcrição ................................................................... 3 3. Exportação do mRNA para fora do núcleo ....14 4. Tradução ......................................................................15 5. Polirribossomos ........................................................20 Referências bibliográficas ........................................24 3TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO 1. INTRODUÇÃO O DNA genômico não direciona a sín- tese proteica diretamente, mas utiliza o RNA como uma molécula interme- diária. Quando a célula necessita de uma proteína específica, a sequência de nucleotídeos da região apropriada de uma molécula de DNA imensa- mente longa em um cromossomo é inicialmente copiada sob a forma sob a forma de RNA por meio de um pro- cesso denominado transcrição. São estas cópias de RNA de segmentos de DNA que são usadas diretamen- te como moldes para direcionar a síntese da proteína em um processo chamado de tradução. O fluxo da in- formação genética nas células é, por- tanto, de DNA para RNA para proteí- na. Todas as células, desde a bactéria até seres humanos, expressam sua informação genética dessa maneira. Um princípio tão fundamental que é denominado dogma central da bio- logia molecular. 2. TRANSCRIÇÃO O primeiro passo executado pela cé- lula para ler a informação necessária a partir de suas instruções genéticas é a cópia de uma parcela específica da sequência de nucleotídeos do DNA, ou seja, de um gene. O gene é copia- do sob a forma de uma sequência de nucleotídeos de RNA. A esse proces- so denomina-se transcrição. Assim como o DNA, o RNA é um polí- mero linear composto de quatro tipos diferentes de subunidades nucleotídi- cas unidas entre si por ligações fofo- diéster. O RNA difere quimicamente do DNA em dois aspectos. Os nucle- otídeos do RNA são ribonucleotíde- os, isto é, eles contêm o açúcar ribose em vez de desoxirribose presente no DNA. Outra diferença é a existência da base uracila (U) em vez da timi- na (T) encontrada no DNA. A apesar disso, a U, assim como a T, pode for- mar pares pelo estabelecimento de li- gações de hidrogênio com a adenina (A). Em outras palavras, as proprieda- des de complementaridade por pare- amento de bases que se aplicam para o DNA também são aplicáveis para o RNA. A única peculiaridade do RNA, nesse sentido, é a presença da U no lugar da T. A maioria dos genes carreados no DNA das células especifica a sequ- ência de aminoácidos de proteínas. As moléculas que são copiadas a partir desses genes são chamadas de moléculas de RNA mensageiro (mRNA). No entanto, as moléculas de mRNA representam somente 3 a 5% do peso seco de uma célula. Existem outras variadas moléculas RNA, sen- do que a maioria do RNA nas células é constituída pelo RNA ribossômico (rRNA). Veja na tabela abaixo os ti- pos de RNA produzidos nas células. 4TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO TIPO DE RNA FUNÇÃO mRNAs (RNA mensageiro) Codificam proteínas. rRNAs (RNA ribossômico) Formam a estrutura básica do ribossomo e catalisam a síntese proteica. tRNAs (RNA transportador) São elementos essenciais para a síntese proteica, funcionando como adaptadores entre o mRNA e os aminoácidos. snRNAs (pequenos RNAs nucleares) Atuam em uma série de processos nucleares incluindo o splicing do pré-mRNA snoRNAs (pequenos RNAs nucleolares) Utilizados para processar e modificar quimicamente os rRNAs scaRNAs (pequenos RNAs de Cajal) Usados para modificar snoRNAs e snRNAs. miRNAs (micro RNAs) Regulam a expressão gênica tipicamente pelo bloqueio da tradução de mRNAs selecionados. siRNAs (pequenos RNAs de interferência) Desligam a expressão de genes pela degradação direta de mRNA selecionados e pelo estabelecimento de estruturas de cromatina compacta. RNAs não codificantes Atuam em diversos processos celulares, incluindo a síntese de telômeros, a ativação do cromossomo X e o transporte de proteínas para o retículo endoplasmático. à cadeia de RNA em formação, por meio de uma reação catalisada enzi- maticamente pela RNA-polimerase. Assim como a DNA-polimerase cata- lisa a replicação do DNA, as RNA-po- limerases catalisam a formação de li- gações fofodiéster que conectam os nucleotídeos entre si formando uma cadeia linear. A RNA-polimerase move-se pau- latinamente sobre o DNA, desespi- ralizando a dupla-hélice à frente do sítio ativo de polimerização e, assim, expondo uma fita molde para o pa- reamento de bases por complemen- taridade. Dessa maneira, a cadeia de RNA em formação é estendida em Transcrição em procariotos A transcrição começa com a abertura e a desespiralização de uma peque- na porção da dupla-hélice de DNA, o que expõe as bases em cada fita de DNA. Uma das duas fitas da dupla- -hélice de DNA age, então, como um molde para a síntese de uma molécu- la de RNA. Assim como na replicação do DNA, a sequência de nucleotídeos da cadeia de RNA é determinada pela complementariedade do pareamen- to de bases entre os nucleotídeos a serem incorporados e o DNA-molde. Quando o pareamento adequado é estabelecido, o ribonucleotídeo a ser incorporado é covalentemente ligado 5TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO um nucleotídeo por vez na direção 5’ para 3’. A hidrólise de trifosfatos de nucleotídeos (como ATP, CTP, UTP e GTP) fornece a energia necessária para impulsionar essa reação. Nas bactérias (principais represen- tantes dos procariotos), a RNA-poli- merase bacteriana é um complexo de múltiplas subunidades que sintetiza RNA a partir de um molde de DNA. Uma subunidade destacável, deno- minada fator sigma (σ), se associa com o cerne da enzima e auxilia na leitura dos sinais no DNA que indicam onde iniciar a transcrição. Em conjun- to, a enzima base (RNA-polimerase) e o fator sigma (σ) são denominados holoenzima RNA-polimerase. Esse complexo adere firmemente ao DNA bacteriano quando ele desliza em uma região de dupla-hélice de DNA denominada promotor, uma sequên- cia especial de nucleotídeos indicando o ponto inicial para a síntese de RNA. A holoenzima polimerase, através de seu fator σ, reconhece a sequência de DNA promotor pelo estabelecimento de contatos específicos com porções de bases que estão expostas na face externa de hélice (passo 1). Após a RNA-polimerase se ligar for- temente ao DNA promotor, ela abre a dupla-hélice para expor uma peque- na extensão de nucleotídeos em cada fita (passo 2). Com o DNA desespi- ralizado, uma das duas fitas de DNA expostas age como um molde para a complementaridade por pareamento de bases com ribonucleotídeos que são incorporados, dois dos quais são unidos pela polimerase para dar iní- cio a uma cadeia de RNA (passo 3). Após cerca de 10 nucleotídeos de RNA serem sintetizados, a enzima quebra suas interações com o DNA promotor, relaxa suas interações com o fator σ e começa a se mover sobre o DNA, sintetizando RNA (passos 4 e 5). A extensão da cadeia continua a uma velocidade de aproximadamen- te 50 nucleotídeos/segundo até que a enzima libera a tanto cadeia-mol- de de DNA, quanto a cadeia de RNA recém-sintetizada (passo 7). Após a enzima polimerase ter sido liberada no terminador, ela reassocia-se com um fator σ livre para forma uma ho- loenzima que poderá começar nova- mente o processo de transcrição. Veja na figura abaixo os passos da trans- crição descritos acima. 6TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Figura 1. Fonte: Adaptado de ALBERTS, B.; JOHNSON, A. & WALTER, P. Biologia Molecular da Célula. 6ª Ed. 2017. de bases de Watson-Crick. Confor- me a polimerase transcreve um ter- minador, a formação de um grampo pode ajudar a “empurrar” o transcrito de RNA para longe do sítio ativo. O híbrido DNA-RNA no sítio ativo, que está preso ao terminador predominan- temente por interações entre pares de bases U-A (os quais são menos está- veis do que pares de bases G-C, pois formam duas ligações de hidrogênio RNA RNA-polimerase DNA RNA RNA Fator σ O terminadorconsiste em um se- guimento de DNA que contém sinais de terminação para a transcrição. No caso da maioria dos genes bacteria- nos, o sinal de terminação consiste em uma fita de pares de nucleotídeos A-T, precedida por uma sequência de DNA duplamente simétrica, a qual, quando transcrita em RNA, dobra-se em uma estrutura em “grampo de cabelo” (ob- serve a figura acima) pelo pareamento 7TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO por par de bases em de três) não é su- ficientemente forte para manter essa união e dissocia-se, causando a libe- ração da polimerase do DNA. É válido lembrar que a transcrição em procario- tos ocorre no citosol. Transcrição em eucariotos Em contraste com as bactérias, que contêm um único tipo de RNA-poli- merase, os núcleos eucarióticos têm três: RNA-polimerase I, RNA-poli- merase II e RNA-polimerase III. As três polimerases são estruturalmente similares entre si e, inclusive, à enzima bacteriana, mas transcrevem diferen- tes tipos de genes. As RNA-polime- rases I e III transcrevem os genes que codificam o tRNA, o rRNA e vários pequenos RNAs. A RNA-polimerase II transcreve a grande maioria dos ge- nes, inclusive todos aqueles que codi- ficam proteínas. Por isso, essa última enzima se torna o cerne da descrição dos processos envolvidos na transcri- ção em eucariotos. Vale ressaltar que a transcrição em eucariotos ocorre no núcleo da célula. Confira na tabela abaixo os genes transcritos pelas po- limerases em eucariotos. TIPO DE POLIMERASE GENES TRANSCRITOS RNA-polimerase I Genes do rRNA 5,8S, 18 S e 28S. RNA-polimerase II Todos os genes que codificam proteínas, além de genes de que codifi- cam snoRNA, miRNA, siRNA e a maioria dos genes de snRNA. RNA-polimerase III Genes de tRNA, rRNA 5S, alguns snRNA e genes de outros pequenos RNAs. Apesar de a RNA-polimerase II eu- cariótica apresentar muitas simi- laridades estruturais em relação à RNA-polimerase bacteriana, existem várias diferenças importantes na ma- neira como as enzimas bacterianas e eucarióticas atuam. Por exemplo: • Enquanto a RNA-polimerase bac- teriana requer uma única prote- ína adicional (o fator σ) para que ocorra a transcrição, as RNA-po- limerases eucarióticas necessitam de diversas proteínas adicionais, coletivamente chamadas de fato- res gerais de transcrição. • A iniciação da transcrição eucarió- tica precisa lidar com o DNA em- pacotado em nucleossomos e sob outras formas de estruturação de cromatina, características ausen- tes nos cromossomos bacterianos. Os fatores gerais de transcrição ajudam a posicionar a RNA-polime- rase eucariótica corretamente sobre o 8TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO promotor, auxiliam na separação das duas fitas de DNA para permitir que a transcrição inicie e liberam a RNA- -polimerase do promotor no modo de extensão, uma vez que a transcrição tenha iniciado. Esses fatores consis- tem em um grupo de proteínas inte- rativas designadas como TFII (fator de transcrição para a polimerase II) e recebem nomes arbitrários, como TFIIB, TFIID e assim por diante. Em um sentido amplo, os fatores gerais de transcrição eucarióticos desempe- nham funções equivalentes àquelas do fator σ em bactérias. O processo de transcrição tem início com a ligação do fator geral de trans- crição TFIID a uma pequena sequên- cia de DNA de dupla-hélice composta por nucleotídeos T e A. Por esse moti- vo, essa sequência é conhecida como TATA, ou TATA box, e a subunidade de TDFIID que reconhece é denomi- nada proteína de ligação a TATA. A sequência TATA box, geralmente, está localizada 25 nucleotídeos antes do sítio de início da transcrição. Ou- tros fatores são então reunidos, junto à RNA-polimerase II, para formar um complexo de iniciação de transcri- ção completo. SE LIGA! A sequência TATA não é a úni- ca sequência de DNA que sinaliza o iní- cio da transcrição. Porém, para a maioria dos promotores de polimerase II, ela é a mais importante. Figura 2. Fonte: Adaptado de ALBERTS, B.; JOHN- SON, A. & WALTER, P. Biologia Molecular da Célula. 6ª Ed. 2017. Início da transcrição TBP TFIID TTFIIB CTD RNA-polimerase II TFIIE TFIIH TFIIF ATIVIDADE HELICASE E FOSFORILAÇÃO CTD UTP, ATP CTP, GTP DISSOCIAÇÃO DA MAIORIA DOS FATORES GERAIS DA TRANSCRIÇÃO RNA TRANSCRIÇÃO 9TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Após a formação de um complexo de iniciação de transcrição sobre o DNA, a RNA-polimerase II deverá ter acesso à fita molde no ponto inicial da transcrição. O TFIIH, o qual con- tém uma enzima denominada DNA- -helicase como uma de suas subuni- dades, torna possível esse passo por hidrólise de ATP, promovendo a de- sespiralização do DNA e consequen- temente expondo a fita-molde. A se- guir, a RNA-polimerase II, da mesma forma que a polimerase bacteriana, se mantém no promotor, sintetizan- do pequenos fragmentos de RNA até sofrer uma série de alterações estruturais que permitem sua saída do promotor e a entrada na fase de extensão da transcrição. Um evento importante para essa transição é a adição de grupos fosfato à “cauda” da RNA-polimerase II, conhecida como CTD, ou domínio C-terminal. Nesse sentido, resíduos de serina da “cau- da” são fosforilados pelo TFIID, o qual contém uma proteína-cinase como uma de suas subunidades. A polime- rase pode então se separar do agru- pamento de fatores gerais de trans- crição. Durante esse processo, ela sofre uma série de modificações con- formacionais que fortalecem a sua in- teração com o DNA e adquire novas proteínas que lhe permite transcrever por longas distâncias, e em muitos casos por várias horas, sem se disso- ciar do DNA. Uma vez que a polimerase II tenha iniciado a extensão do transcrito de RNA, a maioria dos fatores gerais de transcrição é liberada do DNA de forma que eles estarão disponí- veis para iniciar outro ciclo de trans- crição, com outra nova molécula de RNA-polimerase. Um fato que ganha relevância em re- lação a transcrição em eucariotos é a forma como o DNA se encontra nas células. O DNA das células eucarió- ticas está empacotado em nucleos- somos, os quais são posteriormente organizados em estruturas de croma- tina de alta magnitude. Como resul- tado, a iniciação da transcrição nas células eucarióticas requer uma ma- quinaria molecular complexa. Nesse sentido, a presença de um comple- xo proteico conhecido como Media- dor se torna relevante. O complexo Mediador permite que as proteínas ativadoras se comuniquem adequa- damente com a polimerase II e com os fatores gerais de transcrição. Fi- nalmente, a iniciação da transcrição nas células eucarióticas tipicamente requer o recrutamento da cromatina e enzimas modificadoras de histonas. Ambos tipos de enzimas possibilitam maior acesso ao DNA presente sob a forma de cromatina e, assim, facilitam a montagem da maquinaria de inicia- ção da transcrição sobre o DNA. 10TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Figura 3. Fonte: Adaptado de ALBERTS, B.; JOHNSON, A. & WALTER, P. Biologia Molecular da Célula. 6ª Ed. 2017. transcrito de RNA pelo processo de splicing do RNA. Ambas as extremidades do mRNA eucariótico são modificadas pelo ca- peamento na extremidade 5’ e pela poliadenilação na extremidade 3’. Essas extremidades especiais permi- tem que a célula verifique se ambas as extremidades de uma molécula de mRNA estão presentes e, conse- quentemente, se mensagem está in- tacta, antes de exportar a sequência de RNA do núcleo para ser traduzida em proteína. LIGAÇÃO DOS FATORES GERAIS DE TRANSCRIÇÃO, RNA-POLIMERASE, MEDIADOR, COMPLEXOS DE REMODELAÇÃO DE CROMATINA E ENZIMAS MODIFICADORAS DE HISTONAS Complexo de remodelação da cromatina Início da transcrição Enzimas modificadora de histona Estimulador (sítio de ligação para a proteína ativadora) TATA box Proteínas ativadora Mediador INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO Processamento do mRNA Os mRNAs bacterianos são sintetiza- dos somente pela RNA-polimerase, começando e finalizando em regiões específicas do genoma. Nos eucario- tos, no entanto, o cenário é bastan- te diferente.Em particular, a trans- crição é apenas o primeiro passo de diferentes etapas necessárias para a produção de um mRNA. Outras eta- pas essenciais incluem a modificação covalente de ambas extremidades do RNA e a remoção de sequências de íntrons que são retiradas do meio do 11TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Capeamento do RNA: a primeira modificação dos pré-mRNAs eucarióticos Assim que a RNA-polimerase II tenha produzido aproximadamente 25 nu- cleotídeos de RNA, a extremidade 5’ da nova molécula de RNA é modifi- cada pela adição de um “quepe” que consiste em um nucleotídeo guanina modificado. A reação de capeamento é realizada por três enzimas agindo sucessivamente. Uma fosfatase re- move um fosfato da extremidade 5’ do RNA nascente. Outra, uma gua- nil-transferase, adiciona um GMP em uma ligação reversa (5’ para 5’ em vez de 5’ para 3’). Uma terceira, metil-transferase, adiciona um gru- po metil à guanosina. DISTINÇÃO DO mRNA PARA OS OUTROS RNAS Fosfatase remove um Pi Metil-transferase adiciona um Metil a Guanosina Guanil-transferase Adiciona um GMP CAPEAMENTO DA EXTREMIDADE 5’ Figura 4. Fonte: Adaptado de ALBERTS, B.; JOHNSON, A. & WALTER, P. Biologia Molecular da Célula. 6ª Ed. 2017. O quepe metil 5’ identifica a extre- midade 5’ de mRNAs eucarióticos, e esta marca ajuda a célula a distinguir os mRNAs dos outros tios de molécu- las de RNA presentes na célula. Por exemplo, as RNA-polimerases I e III 12TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO produzem RNAs não-capeados du- rante a transcrição, em parte porque essas polimerases carecem de um CTD. No núcleo, o quepe se liga a um complexo proteico denominado com- plexo de ligações ao quepe, o qual, como discutiremos em seções subse- quentes, ajuda o RNA a ser adequa- damente processado e exportado. O quepe metil 5’ também desempenha um importante papel na tradução dos mRNAs no citosol. Splicing do RNA As sequências codificantes de genes eucarióticos são caracteristicamente interrompidas por sequências inter- venientes não codificantes, os íntrons. Em outras palavras, os genes eucari- óticos são encontrados sob a forma de pequenos pedaços de sequências expressas ou éxons intercaladas por sequências muito longas, as sequên- cias intervenientes ou íntrons. Assim, a porção codificantes de um gene eucariótico é, em geral, apenas uma pequena fração do comprimento do gene. Tanto as sequências de íntrons quan- to de éxons são transcritas em RNA. As sequências dos íntrons são remo- vidas do RNA recentemente sinteti- zado (pré-RNA) por meio de um pro- cesso denominado splicing de RNA. Grande parte do splicing de RNA que ocorre nas células atua na produção de mRNA. Portanto, o splicing do precursor de mRNA ganha grande relevância. Somente após ter ocorri- do o splicing e o processamento das extremidades 5’ e 3’ esse RNA será denominado mRNA. Cada evento de splicing remove um íntron, por meio de duas reações se- quenciais de transferências de fosforil, conhecidas como transesterificações, as quais unem dois éxons, enquanto removem o íntron sob a forma de um “laço”. Uma vez que o número de li- gações de fosfato de alta energia per- manece o mesmo, tais reações podem ocorrer, em princípio, sem hidrólise de trifosfatos de nucleosídeo. Entretanto, a maquinaria que catalisa o splicing do pré-RNA é complexa, consistin- do em cinco moléculas adicionais de RNA e até 200 proteínas, e hidrolisa muitas moléculas de ATP por evento de splicing. Essa complexidade é pre- sumivelmente necessária para asse- gurar que o splicing seja exato, sen- do ao mesmo tempo suficientemente flexível para lidar com a enorme di- versidade de íntrons encontrada em uma célula eucariótica típica. No contexto de uma escala de tempo evolutiva, a presença de numerosos íntrons no DNA permite que a recom- binação genética facilmente combine éxons de diferentes genes, possibili- tando que genes para novas proteí- nas evoluam mais facilmente por in- termédio da combinação de partes de genes preexistentes. 13TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Outra vantagem que é, atualmente, observada é o splicing de diferentes maneiras ou splicing alternativo. Estima-se que 75% dos genes em humanos sofram splicing alternativo, permitindo que um mesmo gene pro- duza um grupo de correspondente de diferentes proteínas. Dessa forma, esse processo concede aos eucario- tos incrementar o já enorme potencial codificante de seus genomas. O splicing do RNA é realizado pelo spliceossomo. Cinco moléculas de RNA (U1, U2, U4 e U5 e U6) relativa- mente pequenas, com menos de 200 nucleotídeos cada, constituem o ma- quinário molecular envolvido na prin- cipal forma de splicing do pré-mRNA. Conhecidas como snRNAs ou pe- quenos RNAs nucleares, cada uma é complexada com pelo menos sete su- bunidades proteicas para formar um snRNP (pequena ribonucleoproteína nuclear). As snRNPs formam o cerne do spliceossomo, o grande complexo de moléculas de RNA e de proteínas que realiza o splicing do pré-mRNA na célula. Poliadenilação na extremidade 3’ À medida que a RNA-polimerase II se aproxima do final de um gene, um mecanismo similar ao capeamento da extremidade 5’ assegura que a extre- midade 3’ do pré-mRNA seja correta- mente processada. Duas proteínas de subunidades múltiplas, denominadas fator de estimulação à clivagem (CstF) e fator de especificidade de clivagem e poliadenilação (CPSF) são de espe- cial importância. Ambas movimen- tam-se com a cauda da RNA-polime- rase e são transferidas à extremidade 3’ da sequência em processamento sobre uma molécula de RNA, logo que ela emerge da RNA-polimerase. Uma vez que CstF e CPSF se ligam a sequências nucleotídicas específicas sobre a molécula de RNA que está em formação, proteínas adicionais associam-se a elas para criar a extre- midade 3’ do mRNA. Inicialmente, o RNA é clivado. Logo após, uma enzi- ma denominada poli-A-polimerase (PAP) adiciona, um a um, aproxima- damente 200 nucleotídeos A (adeni- na) à extremidade 3’ produzida pela clivagem. O nucleotídeo precursor dessas adições é o ATP, e o mesmo tipo de ligações 5’ a 3’ utilizado na síntese convencional de RNA é for- mado nessa situação. 14TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Figura 5. Fonte: Adaptado de ALBERTS, B.; JOHNSON, A. & WALTER, P. Biologia Molecular da Célula. 6ª Ed. 2017. 3. EXPORTAÇÃO DO mRNA PARA FORA DO NÚCLEO Os mRNAs adequadamente proces- sados são guiados através dos canais aquosos dos complexos do poro nuclear (NPCs) da membrana nucle- ar, os quais conectam diretamente o mRNA é clivado Adição ± 200 Nucleotídeos POLIADENILAÇÃO DA EXTREMIDADE 3’ Após a clivagem da extremidade 3’ de uma molécula de pré-mRNA eu- cariótica, a RNA-polimerase II conti- nua a transcrever, em alguns casos transcrevendo até várias centenas de nucleotídeos. Mas a polimerase logo libera a sua pressão sobre a fita-mol- de, e a transcrição termina. 15TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO nucleoplasma e o citosol. Pequenas moléculas, com menos de 50.000 dáltons, podem difundir livremente através desses canais. No entanto, a maioria das macromoléculas celula- res, inclusive mRNAs complexados a proteínas, apresenta tamanho exces- sivo, o que as impossibilita de atraves- sar os canais sem o uso de processos especiais. A célula usa energia para o transporte ativo dessas macromolé- culas em ambos os sentidos através dos complexos do poro nuclear. As macromoléculas são transporta- das através dos complexos do poro nuclear via receptores de transpor- te nuclear, os quais, dependendo da identidade da macromolécula, as es- coltam do núcleo para o citoplasma ou vice-versa. Para que ocorra a ex- portação do mRNA, um receptor de transporte nuclear específico deve ser carregado sobre o mRNA, uma etapa que, pelo menos em alguns organis- mos, ocorre em concerto à clivagem e poliadenilação 3’. Uma vez que tenha auxiliado a transportar uma molécu- la de RNA através do complexo do poro nuclear, o receptor de transporte se dissocia do mRNA, penetra nova- mente onúcleo e exporta uma nova molécula de mRNA. 4. TRADUÇÃO Uma vez que o mRNA tenha sido produzido por meio da transcrição e do processamento, a informação presente em sua sequência de nu- cleotídeos é usada para sintetizar uma proteína. Ocorre, portanto, uma tradução da informação contida no RNA para uma linguagem que en- volve uma sequência de aminoácidos que dará origem a uma proteína. Isso ocorre por meio da aplicação de re- gras que são conhecidas como códi- go genético. A sequência de nucleotídeos em uma molécula de mRNA é lida em grupos consecutivos de três. O RNA é um po- límero linear de quatro diferentes nu- cleotídeos, de tal forma que existem 64 combinações (4x4x4) possíveis de três nucleotídeos: os tripletes AAA, AUA, AUG, e assim por diante. Entre- tanto, somente 20 aminoácidos dife- rentes normalmente são encontrados nas proteínas. Ou alguns tripletes de nucleotídeos nunca são usados, ou o código é redundante e alguns ami- noácidos são determinados por mais de um triplete. Essa segunda pos- sibilidade é, de fato, a possibilidade correta, conforme demonstrado pelo código genético completamente de- cifrado. Cada grupo de três nucleotí- deos consecutivos no RNA é denomi- nado códon, e cada códon especifica ou um aminoácido, ou a finalização do processo de tradução. É importan- te ressaltar que o código genético é utilizado universalmente em todos os organismos conhecidos. 16TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO Ribossomos A síntese de proteínas é guiada pela informação presente nas molécu- las de mRNA. Para manter a fase de leitura correta e para assegurar a exatidão, a síntese é realizada no ri- bossomo, uma maquinaria catalítica complexa feita a partir de mais de 50 proteínas ribossomais e diversas mo- léculas de RNA, os RNAs ribossômi- cos (rRNAs). Uma célula eucariótica típica contém milhões de ribossomos em seu citoplasma. As subunidades ribossomais eucarióticas são mon- tadas nos nucléolos pela associação de rRNAs recém-transcritos e modi- ficados com proteínas ribossomais, as quais foram transportadas para o interior do núcleo após sua síntese no citoplasma. As duas subunidades ri- bossomais são então transportadas para o citoplasma, onde serão unidas para realizar a síntese de proteínas. Os ribossomos eucarióticos e proca- rióticos são muito similares tanto em forma quanto em função. Ambos são compostos de uma subunidade gran- de e de uma subunidade pequena que se encaixam para formar um ribosso- mo completo. A subunidade pequena fornece uma região sobre a qual os tRNAs pode ser eficientemente pa- reados sobre os códons do mRNA, enquanto que a subunidade gran- de catalisa a formação das ligações peptídicas que unem os aminoácidos, formando uma cadeia polipeptídica. Quando a síntese de proteínas não está ativa, as duas subunidades do ribossomo estão separadas. Elas se unem sobre uma molécula de mRNA, normalmente próxima à sua extremi- dade 5’, para iniciar a síntese de uma proteína. O mRNA é então puxado através do ribossomo. Conforme seus códons encontram os sítios ativos dos ribossomos, a sequência nucleotídica do mRNA é traduzida em uma se- quência de aminoácidos, usando os tRNAs como adaptadores para adi- cionar cada aminoácido na sequência correta à extremidade da cadeia po- lipeptídica em formação. Quando um códon de terminação é encontrado, o ribossomo libera a proteína finalizada, e suas duas subunidades separam- -se novamente. Essas subunidades podem então ser utilizadas para ini- ciar a síntese de outra proteína sobre outra molécula de mRNA. Um ribossomo contém quatro sítios de ligação para moléculas de RNA: uma para o mRNA e três denominados sí- tio A, sítio P e sítio E, que são para tRNA. Uma molécula de tRNA adere fortemente aos sítios A e P apenas se seus anticódons formam pares de bases com o códon complementar na molécula de mRNA que está ligada ao ribossomo. Os sítios A e P estão suficientemente próximos para que suas duas moléculas de tRNA se- jam forçadas a formar pares de base com códons adjacentes na molécu- la de mRNA. Essa característica do 17TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO ribossomo mantém a fase de leitura correta no mRNA. RNA transportador (tRNAs) A tradução do mRNA em proteína de- pende de moléculas adaptadoras que podem reconhecer e se ligar ao códon e, em outra região de sua superfície, ao aminoácido. Esses adaptadores consistem em um conjunto de pe- quenas moléculas de RNA conhecido como RNAs transportadores (tR- NAs), cada um com tamanho aproxi- madamente de 80 nucleotídeos. Quatro pequenos segmentos do tRNA dobrado formam dupla-héli- ces, produzindo uma molécula que se assemelha que se a uma folha de trevo quando desenhada esquemati- camente. Essa é a estrutura do tRNA. Duas regiões de nucleotídeos não- -pareados situadas em cada uma das extremidades da molécula são cru- ciais para a função do tRNA na sínte- se de proteínas. Uma dessas regiões forma o anticódon, um conjunto de três nucleotídeos consecutivos que pareiam com o códon complementar em uma molécula de mRNA. A outra é uma pequena região de fita simples na extremidade 3’ da molécula: este é o sítio onde o aminoácido que corres- ponde ao códon é ligado ao tRNA. Etapas da Tradução A tradução ocorre por três etapas subsequentes: iniciação, alongamen- to e terminação. Iniciação A tradução de um mRNA inicia com um códon AUG, e um tRNA especial é necessário para iniciar a tradução. Esse tRNA iniciador sempre carrega o aminoácido metionina, portanto todas as proteínas recém-formadas possuem metionina como seu primei- ro aminoácido em suas extremidades N-terminal, a extremidade de uma proteína que é sintetizada primeiro. O tRNA iniciador pode ser especifi- camente reconhecido pelos fatores de iniciação, pois tem uma sequên- cia nucleotídica distinta do tRNA que normalmente carrega a metionina. Nos eucariotos, o complexo iniciador- -metionina (Met-tRNAi) é inicialmen- te depositado sobre a subunidade ri- bossomal pequena, juntamente com proteínas adicionais denominadas fatores de iniciação eucarióticos ou eIFs. Apenas o tRNA carregado com metionina é capaz de se ligar firmemente à subunidade ribosso- mal pequena, sem a presença do ri- bossomo completo, sendo capaz de ligar diretamente ao sítio P. A seguir, a subunidade ribossomal pequena se liga à extremidade 5’ de uma molé- cula de mRNA, a qual é reconhecida 18TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO em virtude de seu quepe 5’ e de seus dois fatores de iniciação ligados, o eI- F4E e o eIF4G. A subunidade ribos- somal pequena então se move para frente (5’ para 3’) sobre o mRNA, fa- zendo uma varredura e procurando pelo primeiro AUG. Esse movimento é facilitado pelos fatores de iniciação adicionais, que agem como helicases, impulsionados por ATP. A tradução então se inicia no primeiro AUG en- contrado pela subunidade pequena. Nesse ponto, os fatores de iniciação dissociam-se, permitindo que a subu- nidade ribossomal grande se associe ao complexo e complete o ribossomo. O tRNA iniciador encontra-se, nesse momento, ligado ao sítio P, deixando o sítio A livre. A síntese de proteína está, portanto, pronta para iniciar. Nas bactérias, o mecanismo para se- lecionar o códon de iniciação é dife- rente. Os mRNAs das bactérias não possuem quepe 5’ para iniciar a pro- cura pelo início da tradução. Em vez disso, cada mRNA bacteriano contém um sítio de ligação ao ribossomo es- pecífico denominado sequência Shi- ne-Dalgarno, o qual está localizado uns poucos nucleotídeos acima do AUG em que a tradução deve iniciar. Essa sequência nucleotídica forma pares de bases com o rRNA 16S da subunidade ribossomal pequena para posicionar o códon de iniciação AUG no ribossomo. Um grupo de fatores de iniciação da tradução orquestra essa interação e a subsequente montagem da subunidade ribossomal grande para completar o ribossomo. Diferentemente de um ribossomo eucariótico, um ribossomo bacteria- no pode facilmente ligar-se de modo direto a um códonde iniciação que esteja no interior de uma molécula de mRNA, desde que um sítio de ligação ribossomal o preceda por diversos nucleotídeos. Como resultado, os mR- NAs bacterianos com frequência são policistrônicos, ou seja, codificam várias proteínas diferentes, todas tra- duzidas a partir da mesma molécula de mRNA. Em contraste, um mRNA eucariótico geralmente codifica uma única proteína (monocistrônico). Alongamento Uma vez que a síntese de proteína tenha sido iniciada, cada novo ami- noácido é adicionado à cadeia em ex- tensão em um ciclo de reações con- tendo quatro passos iniciais: ligação do tRNA, formação da ligação pep- tídica, translocação das subunidades grande e pequena. Como resultado dos dois passos de translocação, o ri- bossomo completo move-se três nu- cleotídeos sobre o mRNA e é posicio- nado para dar início ao próximo ciclo. Partindo do princípio que alguns ami- noácidos já foram ligados entre si e que já existe uma molécula de tRNA no sítio P no ribossomo ligada cova- lentemente à extremidade da cadeia polipeptídica em crescimento, no 19TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO passo 1 do alongamento, um tRNA carregando o próximo aminoácido da cadeia liga-se ao sítio A ribosso- mal, formando pares com o códon do mRNA lá posicionado. Dessa forma, o sítio P e o sítio A contêm tRNAs adja- centes ligados. No passo 2, a extre- midade carboxila da cadeia polipep- tídica é liberada do tRNA no sítio P pelo rompimento da ligação altamen- te energética entre o tRNA e seu ami- noácido. A carboxila é, então, ligada ao grupo amino livre do aminoácido ligado ao tRNA no sítio A, formando uma nova ligação peptídica. Essa re- ação central da síntese de proteínas é catalisada por uma peptidil-trans- ferase contida na subunidade ribos- somal grande. No passo 3, a subuni- dade grande se move em relação ao mRNA que está preso à subunidade pequena, o que interfere nas hastes aceptoras dos dois tRNAs que se en- contram nos sítios E e P da subunida- de grande. No passo 4, outra série de modificações conformacionais move a subunidade pequena e o mRNA a ela conectado exatamente três nucle- otídeos, reposicionando o ribossomo de tal forma que ele está pronto para receber o próximo aminoacil-tRNA. O passo 1 é então repetido com a che- gada de um novo aminoacil-tRNA, e assim por diante. Dois fatores de extensão entram e saem do ribossomo a cada ciclo, cada um hidrolisando GTP em GDP e le- vando a modificação conformações no processo. Esses fatores são de- nominados EF-Tu e EF-G em bacté- rias, e EF1 e EF2 em eucariotos. Sob determinadas condições in vitro, os ribossomos podem ser induzidos a realizar a síntese proteica sem a aju- da desses fatores de extensão e da hidrólise de GTP, mas essa síntese é muito lenta, ineficiente e inexata. O acoplamento de alterações mediadas pela hidrólise de GTP nos fatores de extensão às transições entre os dife- rentes estados do ribossomo aumen- ta bastante a velocidade do processo. Os ciclos de associação dos fatores de extensão, hidrólise de GTP e dis- sociação asseguram que as mudan- ças conformacionais ocorram em um sentido “para a frente” e, dessa ma- neira, a tradução pode proceder com maior eficiência. Terminação O final da mensagem codificadora de uma proteína é sinalizado pela pre- sença de um de três códons de ter- minação: UAA, UAG ou UGA. Eles são reconhecidos por um tRNA e não determinam um aminoácido. Em vez disso, sinalizam para o ribossomo o final da tradução. As proteínas co- nhecidas como fatores de termina- ção ligam-se a qualquer ribossomo que possua um códon de terminação posicionado no sítio A, e esta ligação força a peptidil-transferase no ri- bossomo a catalisar a adição de uma 20TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO molécula de água em vez de um ami- noácido no peptidil-tRNA. Essa rea- ção libera a extremidade carboxila da cadeia polipeptídica em crescimento de sua conexão a uma molécula de tRNA. Tendo em vista que apenas essa conexão normalmente mantém unido o polipeptídio em crescimento ao ribossomo, a cadeia de proteína finalizada é imediatamente liberada no citoplasma. O ribossomo, então, li- bera o mRNA e separa-se nas duas subunidades grande e pequena, as quais podem associar-se sobre essa mesma ou outra molécula de mRNA para iniciar um novo cilco de síntese de proteínas. QUADRO RESUMO: FATORES DE TRADUÇÃO PAPEL PROCARIOTOS EUCARIOTOS Iniciação IF-1, IF2, IF-3 eIF-1, eIF-1A, eIF-2, eIF-2B, eIF-3, eIF-4A, eIF-4B, eIF-4E, eIF-4G, eIF-5 Alongamento EF-Tu, EF-Ts, EF-G eEF-1α, eEF-1βγ, eEF-2 Terminação RF-1, RF-2, RF-3 eRF-1, Erf-3 5. POLIRRIBOSSOMOS A síntese da maioria das moléculas de proteína leva entre 20 segundos e alguns minutos. Porém, mesmo du- rante esse período bastante curto, é comum ocorrerem iniciações múlti- plas sobre cada molécula de mRNA que está sendo traduzida. Assim que o ribossomo precedente tenha tradu- zido o suficiente da sequência nucle- otídica para mover-se, a extremidade 5’ da molécula de mRNA é capturada por um novo ribossomo. As molécu- las de mRNA que estão sendo tra- duzidas são, consequentemente, de modo geral encontradas sob a forma de polirribossomos, também conhe- cidos como polissomos. Estas estru- turas consistem em grandes arranjos citoplasmáticos compostos de vá- rios ribossomos separados por cerca de 80 nucleotídeos sobre uma única molécula de mRNA. Essas iniciações múltiplas permitem que a célula pro- duza muito mais moléculas de prote- ína em um espaço de tempo deter- minado do que seria possível se cada ribossomo tivesse que completar o processo antes que o próximo ribos- somo o iniciasse. Tanto as bactérias quanto os eucario- tos utilizam polissomos, e ambos em- pregam estratégias adicionais para acelerar ainda mais a taxa de síntese proteica. Tendo em vista que o mRNA bacteriano não necessita de proces- samento e que ele está acessível aos ribossomos ao mesmo tempo em que 21TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO está sendo produzido, os ribossomos podem ligar se à extremidade livre de uma molécula de mRNA bacteriano e iniciar sua tradução, mesmo antes que a transcrição deste RNA esteja finalizada, seguindo bastante próxi- mos da RNA-polimerase, à medida que ela se move sobre o DNA. Em eucariotos as extremidades 5’ e 3’ do mRNA interagem. Portanto, assim que um ribossomo se dissocia, suas duas subunidades estão em uma po- sição ótima para reiniciar a tradução sobre a mesma molécula de mRNA. PROCARIOTO TRANSCRIÇÃO FATOR σ RNA-POLIMERASE DNA PROMOTOR DESESPIRALIZAÇÃO DE UMAPORÇÃO DA DUPLA-HÉLICE DE DNA FITA-MOLDE DNA INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO EXTENSÃO DA CADEIA DE RNA QUEBRA DAS INTERAÇÕES DA POLIMERASE COM FATOR σ E O PROMOTOR RNA BASES DE WATSON-CRICK (“GRAMPO DE CABELO”) TERMINADOR MENSAGEIRO TRANSPORTADOR RIBOSSÔMICO OUTROS TIPOS 22TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO TRANSCRIÇÃO EUCARIOTO I II III TATA BOXFATORES GERAIS DE TRANSCRIÇÃO (TFII) COMPLEXO DE INICIAÇÃO DE TRANSCRIÇÃO DESESPIRALIZAÇÃO DE UMA PORÇÃO DA DUPLA-HÉLICE DE DNA FITA-MOLDE DNA INÍCIO DA TRANSCRIÇÃO EXTENSÃO DA CADEIA DE RNA FOSFORILAÇÃO DA “CAUDA” DA POLIMERASE II RNA-POLIMERASE CAPEAMENTO SPLICING POLIADENILAÇÃO PRÉ-mRNA PAP ADICIONA 200 NUCLEOTÍDEOS A NA EXTREMIDADE 3’ QUEPE METIL NA EXTRMIDADE 5’ REMOÇÃO DOS ÍNTRONS UNIÃO ENTRE ÉXONS (“LAÇO”) ALTERNATIVO INCREMENTO NO POTENCIAL CODIFICANTE DO GENOMA mRNA (PROCESSADO) EXPORTAÇÃO PARA FORA DO NÚCLEO 23TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO INÍCIO DA TRADUÇÃO TRADUÇÃO ALONGAMENTO TERMINAÇÃO INICIAÇÃO MAQUINÁRIO MOLECULAR REDUNDANTE UNIVERSAL CÓDIGO GENÉTICO 64 CÓDONS 20 AMINOÁCIDOS (AA) RIBOSSOMOS tRNA SUBUNIDADE GRANDE SUBUNIDADE PEQUENA ESTRUTURA EM “FOLHA DE TREVO” EXTREMIDADES ANTICÓDON SÍTIO DE LIGAÇÃO P/AA CÓDON AUG SEQUÊNCIA SHINE- DALGARNO QUEPE 5’ CÓDON AUG INÍCIO DA TRADUÇÃO SUBUNIDADE RIBOSSOMAL PEQUENA Met-tRNAi FATORES DE INICIAÇÃO EUCARIÓTICOS Met-tRNAi FATORES DE INICIAÇÃO PROCARIÓTICOS NOVO tRNA NO SÍTIOA LIGAÇÃO PEPTÍDICA (PEPTIDIL-TRANSFERASE) TRANSLOCAÇÃO DA SUBUNIDADE RIBOSSOMAL GRANDE TRANSLOCAÇÃO DA SUBUNIDADE RIBOSSOMAL PEQUENA PASSO 1 PASSO 2 PASSO 3 PASSO 4 FATORES DE TERMINAÇÃO CÓDONS DE TERMINAÇÃO DISSOCIAÇÃO DAS SUBUNIDADES RIBOSSÔMICAS LIBERAÇÃO DA CADEIA DE PROTEÍNA FINALIZADA trocartrocartrocarUAA UAG UGA CITOPLASMA 24TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO REFERÊNCIAS BIBLIOGRÁFICAS ALBERTS, B.; JOHNSON, A. & WALTER, P. Biologia Molecular da Célula. 6ª Ed., Artmed Editora, 2017. ALBERTS, B.; BRAY, D.; JOHNSON, A. et al. Fundamentos da Biologia Celular. 6ª Ed., Artmed Editora, 2017. 25TRANSCRIÇÃO E TRADUÇÃO
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