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Programa de Educação Continuada a Distância Curso de Farmacogenética Aluno: EAD - Educação a Distância Parceria entre Portal Educação e Sites Associados 2 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Curso de Farmacogenética MÓDULO I Atenção: O material deste módulo está disponível apenas como parâmetro de estudos para este Programa de Educação Continuada, é proibida qualquer forma de comercialização do mesmo. Os créditos do conteúdo aqui contido são dados aos seus respectivos autores descritos na bibliografia consultada. 3 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores SUMÁRIO Genética Básica Estrutura do DNA Replicação do DNA O DNA e o gene Funcionamento dos Genes Relações gene-proteína Tipos de mutações e polimorfismos Controle da expressão gênica Técnicas de biologia molecular Fundamentos de Farmacologia Receptores e relações entre concentração e resposta Farmacocinética Farmacodinâmica Desenvolvimento e uso regulamentado de Medicamentos Farmacogenética Conceituando farmacogenética Histórico e evolução da farmacogenética Aplicações da farmacogenética Nicotina Quimioterápicos Anticoagulantes orais Antiinflamatórios Aplicação da farmacogenética no Brasil Origem trihibrida da população brasileira Aspectos éticos e sociais da farmacogenética Glossário Bibliografia Consultada 4 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores MÓDULO I GENÉTICA BÁSICA Estrutura do DNA Os Ácidos Nucléicos Os ácidos nucléicos são macromoléculas formadas pela ligação tipo fosfodiéster entre 5 nucleotídeos diferentes, suas unidades fundamentais. São moléculas com a função de armazenamento e expressão da informação genética. Existem basicamente 2 tipos de ácidos nucléicos: • O Ácido Desoxirribonucléico – DNA • O Ácido Ribonucléico - RNA As unidades fundamentais dos ácidos nucléicos são denominadas nucleotídeos. Os nucleotídeos ligam-se uns aos outros através de ligações fosfodiéster, formando cadeias muito longas com milhões de resíduos de comprimento. Além de participarem da estrutura dos ácidos nucléicos, os nucleotídeos atuam também como componente na estrutura de coenzimas importantes no metabolismo oxidativo da célula, e como forma de energia química - ATP, por exemplo. Atuam ainda como ativadores e inibidores importantes em várias vias do metabolismo intermediário da célula. Estrutura dos Nucleotídeos Os nucleotídeos são moléculas formadas por: 5 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores 1 fosfato; 1 ose ou açúcar (desoxirribose); 1 das 4 bases nitrogenadas. 1. As Bases Nitrogenadas As bases nitrogenadas pertencem a 2 famílias e compostos, e são 5 no total. As Pirimidinas ou Pirimídicas (Citosina, Timina / Uracila) e Purinas ou Púricas (Adenina e Guanina). Tanto o DNA quanto o RNA possuem as mesmas bases púricas, e a citosina como base pirimidina. A timina existe apenas no DNA, no RNA é substituída pela uracila - que possui um grupo metil a menos. Em alguns tipos de DNA virais e no RNA de transferência podem aparecer bases incomuns. As bases pirimidinas possuem um ciclo pirimidínico e diversos substituintes, que vêm se ligar sobre esse ciclo. Nas purinas existe um núcleo púrico para a ligação com outros constituintes. Fonte:J. Étienne, 5a ed. Fig.1.1: Estrutura química das bases nitrogenadas. Adenina e Guanina são bases Púricas e Citosina, Uracila e Timina são bases Pirimidínicas. 6 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A quantidade total de bases pirimidínicas (C+T) é sempre igual à quantidade de bases purínicas (A+G). Além disso, a quantidade de T é sempre igual à de A e a quantidade de C é sempre igual à de G. No entanto, a quantidade de A+T nem sempre é igual à de C+G. Esta relação varia entre diferentes organismos. Foi diante desses fatos que Watson e Crick decifraram a estrutura de dupla hélice. Onde cada hélice é uma cadeia de nucleotídeos que se mantêm juntas por ligações fosfotodiéster, em que o grupamento fosfato forma uma ponte entre os grupamentos hidroxilas (–OH) de dois radicais de pentoses adjacentes. Por convenção, as bases de uma seqüência de DNA são sempre descritas da extremidade 5’ para a extremidade 3’. Os nomes químicos completos dos nucleotídeos são: Desoxiadenosina – 5`- monofosfato (ou desoxiadenilato ou dAMP); Desoxiguanosina – 5`- monofosfato (ou desoxiguanilato ou dGMP); Desoxicitinosina – 5`- monofosfato (ou desoxicitidilato ou dCMP); Desoxitimidina – 5`- monofosfato (ou desoxitimidilato ou dTMP); CURIOSIDADES O nome “guanina” provém do “guano” que são excrementos de pássaros relativamente ricos desta base. O termo “purina” tem sua origem na palavra “pus”. Em 1868, o químico suíço Miescher suspeitava que os núcleos das células tivessem uma função na hereditariedade. Ele procurava, portanto, células com grandes núcleos e foi assim que ele começou a trabalhar com as células do pus, ou seja, os glóbulos brancos, que ele recolhia lavando ataduras purulentas. 2. As Pentoses (ou oses) Quando não tem o grupamento fosfato, a base e a desoxirribose formam um nucleosídeo e não um nucleotídeo. A adição de uma pentose a uma base 7 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores nitrogenada produz um nucleosídeo. Os nucleosídeos de A, C, G, T e U são denominados, respectivamente, Adenosina, Citosina, Guanosina, Timidina e Uridina. Encontramos dois tipos de pentoses nos ácidos nucléicos. Uma é a ribose (D-ribose) que é uma ose no carbono 5 (C5). Se o açúcar em questão é a RIBOSE, temos um ribonucleosídeo, característico do RNA. O nome “ribose” provém do instituto onde a molécula foi descoberta (Rockefeller Institute of Biochemistry, de Nova York – RIB ose). A outra ose é a desoxirribose (2’–desoxi– D – ribose). A desoxirribose é uma ribose na qual falta uma hidroxila (OH) em 2’. Neste caso o grupamento OH foi substituído por um hidrogênio (H). Se o açúcar é a desoxirribose temos um desoxirribonucleosídeo, característico do DNA. A ligação da ose com a base nitrogenada ocorre sempre através da hidroxila do carbono anomérico (onde ocorre à formação do anel) da pentose. 3. O Ácido Fosfórico A adição de um ou mais radicais fosfato à pentose, através de ligação tipo éster com a hidroxila do carbono 5 da mesma, dá origem aos Nucleotídeos. Os grupos fosfato são responsáveis pelas cargas negativas dos nucleotídeos e dos ácidos nucléicos. A adição do segundo ou terceiro grupo fosfato ocorre em seqüência, dando origem aos nucleotídeos di e trifosfatados. As ligações fosfodiéster podem ser quebradas por enzimas chamadas nucleases. As nucleases se dividem de acordo com a posição em que quebram a molécula em: • Endonucleases --> Quebram ligações no meio da molécula; • Exonucleases --> Quebram ligaçõesnas extremidades da molécula 8 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A molécula de DNA O DNA é um polidesoxirribonucleotídeo formado por milhares de nucleotídeos ligados entre si através de ligações 3’, 5’-fosfodiéster. Sua molécula é formada por uma fita dupla, antiparalelas, complementares e enroladas sobre si mesmas formando uma dupla hélice. Na estrutura de dupla hélice, descrita pela primeira vez por Watson e Crick, as cadeias da molécula do DNA se dobram em torno de um eixo comum de modo antiparalelo, ou seja, as duas fitas de nucleotídeos são paralelas. Todavia em sentidos opostos, isso significa que a extremidade 5’ de uma cadeia é pareada com a extremidade 3’ da outra cadeia. No tipo mais comum de hélice –o tipo "B" - o esqueleto hidrofílico (que têm afinidade por H2O) de fosfatos e as pentoses ficam na parte externa, enquanto que as bases hidrofóbicas (que não têm afinidade por H2O) ficam no lado interno da estrutura. A estrutura lembra uma "escada em caracol" e quando vista em 3 dimensões as bases formam estruturas bem planas que se empilham uma sobre a outra. Esse empilhamento das bases aumenta a estabilidade do DNA ao excluir moléculas de H2O dos espaços entre os pares de bases, resultando em dois sulcos no esqueleto ose-fosfato. Esses sulcos são denominados sulco maior e sulco menor. 9 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fonte: www.ajc.pt Fig.1.2: modelo da estrutura de dupla hélice da molécula de DNA. Representação das ligações das bases A-T e C-G. Há um pareamento de bases entre as fitas da molécula do DNA seguindo a regra da complementaridade. Assim, temos sempre pareado: • Adenina com Timina --> A-T • Citosina com Guanina --> C-G. As ligações entre as bases, que une as fitas de DNA ocorrem por pontes de hidrogênio. São formadas duas pontes de hidrogênio entre A e T e três entre C e G. A separação das fitas, experimentalmente, ocorre sem o rompimento das ligações fosfodiéster, e a dupla hélice pode ser desnaturada em um processo controlado e dependente de temperatura. Existem três formas estruturais de DNA: 10 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores • A forma "B" --> descrita por Watson e Crick em 1953 e já citada acima, é a forma mais comum; a hélice é voltada para a direita, com planos de bases perpendiculares ao eixo helical; • A forma "A" --> Obtida pela desidratação moderada da forma "B", também é voltada para a direita e as bases estão em um ângulo de 20 graus em relação ao eixo helical: • A forma "Z" --> A hélice nesta forma é voltada para a esquerda. Além das formas estruturais também existem duas configurações da ligação C-N (carbono-nitrogênio) unindo cada base ao açúcar possível: as formas syn e anti. No A-DNA ou no B-DNA todas as bases púricas e pirimídicas têm a mesma conformação, a forma anti. Na forma Z-DNA a citosina está na forma anti e a guanina na forma syn (houve rotação da base ao redor da ligação glicosídica) e as conformações anti e syn se alternam. Fonte: http://www.tulane.edu Fig. 1.3: As três formas estruturais da molécula de DNA. As setas indicam os sulcos maiores, as cores separam as duas fitas. 11 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores A transição entre as formas de DNA pode desempenhar um papel importante na regulação da expressão gênica. O DNA total de uma célula mede em média 1 metro de comprimento!! Para que volume tão grande de material genético caiba dentro do núcleo da célula, o DNA interage com um grande número de proteínas. Estas proteínas exercem funções importantes na organização e mobilização deste material genético. As histonas são pequenas proteínas básicas, ricas em aminoácidos lisina e arginina, carregadas positivamente em pH fisiológico. A molécula de DNA fica enovelada nas histonas, suas cargas positivas, em associação com o cátion Mg++, facilitam esta ligação com o esqueleto negativo do DNA e estabilizam o conjunto. Existem 5 classes de histonas: H1, H2, H2B, H3 e H4. O complexo histona – DNA, formado para o enovelamento do material genético, é o nucleossomo. Os Nucleossomos são considerados as unidades estruturais dos cromossomos. Formados por 8 moléculas de histonas: 2 H2, 2 H2B, 2 H3 e 2 H4, formando um octâmero regular sobre o qual se enrola a fita dupla do DNA, fazendo quase 2 voltas por nucleossomo. Os nucleossomos são ligados entre si por segmentos de DNA "ligante" de aproximadamente 50 nucleotídeos de comprimento, formando os polinucleossomos, ou nucleofilamentos. Após vários níveis de organização espacial, ancorado por vários tipos de proteínas, chegamos à estrutura final dos cromossomos. A histona H1 não participa da estrutura dos nucleossomos, mas liga-se ao DNA "ligante" e participa do processo de compactação das estruturas. Replicação do DNA A estrutura do DNA permite que a molécula seja replicada ou duplicada uma vez que cada base está ligada à outra base específica por ponte de hidrogênio. Dessa forma a dupla hélice pode funcionar como um “zíper” que se abre a partir de uma ponta, como explicado pelo modelo semiconservativo sugerido por Watson e Crick. Pelo processo da replicação as informações contidas no DNA, necessárias 12 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores para a síntese das diferentes proteínas, vão ser transmitidas de geração em geração. Quando uma célula se divide para formar duas células filhas, é preciso que o DNA das células filhas seja exatamente igual ao da célula mãe, daí o nome “replicação”. As células filhas devem possuir o mesmo patrimônio genético das células mães. Quando a dupla fita se abre as bases ficam expostas e vão se parear com a base complementar. Devido a essa complementaridade de bases cada um dos dois filamentos irá agir como um molde e começará a reconstruir uma dupla hélice idêntica àquela da qual foi separada. Supõe-se que os nucleotídeos recém- adicionados venham de um apanhado de nucleotídeos que devem estar presentes na célula. Com essa replicação cada molécula-filha deverá conter uma cadeia nucleotídica parental e outra recém-sintetizada, esse é o modelo de replicação semiconservativo. São três os modelos de replicação (fig.). No modelo de replicação conservativo um duplex-filho é constituído por dois filamentos recém-sintetizados e o duplex parental é conservado. A replicação dispersiva resulta em dúplices filhos constituídos por filamentos contendo somente segmentos de DNA parental e DNA recém-sintetizado. A replicação do DNA é realizada de modo semiconservativo tanto em eucariotes quanto em procariotes. Semiconservativo (Watson e Crick) Conservativo Dispersivo 13 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fonte: adaptado do Suzuki, 4a ed. Fig.1.4: Representação simplificada dos modelos de replicação. A fita dupla parental dá origem a duas fitas filhas. A Linha preta representa à fita parental e a linha vermelha a fita filha. Em células superiores, a replicação se processa a partir de múltiplos pontos de origem. No final da década de 1950, Arthur Kornberg identificou e purificou com sucesso uma enzima denominada DNA-polimerase, responsávelpor catalisar a reação de replicação. Esta reação só funciona com as formas trifosfato dos nucleotídeos. A quantidade total de DNA no final da reação pode ser de até 20 vezes a quantidade do DNA original de entrada. dATP Primer de DNA (Parental) + dGTP + DNA – polimerase = Prole de DNA dCTP dTTP Fonte: adaptado do Suzuki, 4a ed. Fig.1.5: Modelo esquemático da reação de replicação catalisada pela enzima DNA polimerase. Para o processo de replicação a dupla hélice tem que realizar o movimento de “rodar” para liberar os filamentos entrelaçados. Essa rotação tem ajuda de catalisadores biológicos (enzimas) denominados DNA-Topoisomerases, que convertem os anéis de DNA de uma forma topológica para outra. Uma topoisomerase, a DNA girase, pode induzir a rotação e a helicoidização do DNA, chamada super-helicoidização. A forma super-helicoidizada pode facilitar o desenrolamento da hélice. Uma helicase, a proteína “rep” está provavelmente envolvida nesse processo. Depois que as fitas estão desenroladas a região monofilamentar livre poderia estar sujeita a degradação, mas é protegida por outra proteína, denominada 14 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores proteína ligante de DNA monofilamentar (SSB, do inglês single-stranded DNA binding). É importante lembrar que a separação das fitas não é um processo simples. Todas as DNA polimerases conhecidas sintetizam novas cadeias somente no sentido 5’ 3’. Enquanto um filamento é sintetizado continuamente pela enzima DNA polimerase III, o outro filamento é sintetizado de modo interrupto. Isso acontece porque a DNA polimerase III inicia a síntese do segundo filamento em muitos pontos diferentes no molde, deixando falhas que são preenchidas pela DNA polimerase I (aquela descoberta por Arthur Kornberg, no final dos anos 50) e em seguida ligadas pela enzima DNA ligase. Fonte: www.icb.ufmg.br Fig.1.6: (24-10 / 24-11) A super-helicoidização da molécula de DNA pode ser representada como um fio de telefone. O DNA celular, como vemos, é extremamente compacto, sugerindo um alto grau de organização estrutural. O mecanismo de enovelamento não consiste somente em empacotar o DNA, mas também permite o acesso a informação do DNA. 15 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tanto a DNA polimerase I quanto a DNA polimerase III possuem também atividade de exonuclease 3’ 5’, que serve para uma função de edição ou revisão, retirando bases mal pareadas erroneamente inseridas durante a polimerização. A atividade de exonuclease 3’ 5’, requer uma extremidade 3’-OH que não esteja com a base pareada. Essa clivagem resulta na regeneração de um grupamento 3’-OH livre na base seguinte. Essa clivagem permite que a síntese continue pela adição de um nucleotídeo trifosfato livre. A hidrólise de um fosfato rico em energia é necessária para que cada base seja adicionada. Assim uma polimerase com as funções de síntese 5’ 3’ e exonuclease 3’ 5’editora, mantém as condições necessárias para a síntese de DNA. Se as enzimas polimerases fossem 3’ 5’, o trifosfato estaria na cadeia em crescimento, como mostrado na figura anterior, e o grupamento –OH livre estaria no nucleotídeo livre a ser adicionado. A atividade editora da exonuclease seria 5’ 3’ e liberaria a base contendo a ligação fosfato rica em energia, impedindo mais síntese. Por esse motivo as polimerases 3’ 5’ não evoluíram. As conseqüências de todas as polimerases sintetizarem no sentido 5’ 3’ é que a síntese em um dos filamentos tem que ser descontínua. A DNA polimerase não pode começar uma nova cadeia em um molde monofilamentar sem pelo menos uma curta região de dúplex, que serve como iniciador (em inglês, primer). 16 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fonte: http://www.enq.ufsc.br Fig.1.7: Esquema da replicação do DNA mostrando as enzimas envolvidas nesse processo. O DNA e o gene Sabendo que o DNA é o material genético, e que consiste em uma seqüência linear de pares de nucleotídeos, pesquisadores achavam que os mapas alélicos representavam um equivalente genético das seqüências de pares de nucleotídeos do DNA. Este fato pode ser comprovado mostrando que os mapas 17 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores genéticos são equivalentes com mapas de DNA. Para isso foram realizadas algumas elegantes manipulações genéticas e bioquímicas utilizando fago . O DNA do fago consiste num trecho linear de DNA que pode ser circularizado porque cada ponta 5’ dos dois filamentos tem uma extensão terminal extra que é complementar à outra ponta 5’. Como são complementares, as pontas podem se parear juntando o DNA em um círculo. São conhecidas como pontas adesivas ou coesivas (Fig.1.8 A). Quando um objeto linear como uma molécula de DNA é submetida a fortes agitações podem ocorrer quebras, principalmente no meio da molécula. Quando o DNA do fago é rompido no meio, as duas metades podem ter diferentes quantidades dos nucleotídeos G e C, o que significa que suas densidades são diferentes e podem, portanto, ser separadas por centrifugação (Fig.1.8 B). Quando as duas metades das moléculas são separadas, seu conteúdo genético pode ser testado pela introdução do DNA em bactérias simultaneamente infectadas com o fago mutante. Pode ocorrer recombinação entre DNA do fago e o fragmento. O DNA introduzido pode ser incorporado no DNA normal e recuperado pela indução de ruptura e morte da célula bacteriana na liberação da prole do fago. Pelo uso de diferentes linhagens esta técnica pode levar à análise do conteúdo de marcadores genéticos da fração de DNA. Chamamos esta técnica de “experiência de recuperação de marcadores”. Tais experimentos demonstram que uma metade em particular da molécula de DNA é portadora de informação de uma metade em particular do mapa de ligação. Dale Kaiser e seus colaboradores realizaram experimentos separando uma das metades do DNA portadora de uma ponta coesiva e fixando a outra ponta em um material cromatográfico, sobre o qual se podia passar DNA (Fig.1.8 C). As pontas monofilamentares foram deixadas livres, balançando como anzóis. Se a outra metade do DNA for partida em moléculas cada vez menores, que são então passadas sobre as pontas pegajosas, as seqüências complementares se prenderão. Essas porções presas podem ser facilmente destacadas pela elevação da temperatura para quebrar as pontes de hidrogênio nas pontas adesivas. Desse modo, várias frações com tamanhos desiguais de uma ponta do DNA podem ser 18 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores separadas e testadas quanto ao conteúdo pela recuperação de marcadores. Kaiser e seus companheiros mostraram que um arranjo não ambíguo de genes no DNA pode ser determinado e que essa seqüência é totalmente compatível com o mapa genético. Podemos considerar um gene, de um modo simplificado, como a região do cromossomo que contém o código para produzir uma substância específica que a célula, e, portanto o organismo, precisa para viver. A B 19 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores C Fonte: Suzuki, 4a ed. Fig.1.8: (A) Circularização do DNA. O DNA é linear nofago, mas quando passa para a célula hospedeira circulariza-se como uma preparação para a inserção ou replicação. A circularização é conseguida pela união das pontas monofilamentares complementares. (B) Quando o DNA é rompido, forma metades aproximadamente iguais que têm diferentes densidades de flutuação. Cada metade pode ser recuperada por um fago com múltiplas mutações, durante uma transformação e infecção simultâneas. (C) A ponta adesiva específica de uma molécula de DNA pode ser usada como anzol para as outras pontas adesivas, além de quaisquer genes que possam estar ligados a elas. Uma metade do DNA do fago é presa a um material cromatográfico, de modo que as pontas coesivas fiquem expostas. Qualquer DNA que passe por esse material cromatográfico, tendo seqüência monofilamentares de bases complementares aos anzóis de pontas coesivas, ficará preso. Qualquer outro DNA passará adiante. O DNA preso pode ser removido do material cromatográfico por aquecimento, o qual rompe as pontes de hidrogênio. Funcionamento dos Genes O esclarecimento da função real dos genes originou-se da pesquisa em Neurospora feita, na década de 40 por George Beadle e Edward Tatum, que lhes rendeu o Prêmio Nobel. Os cientistas colocaram mutantes de Neurospora para crescer em meio de culturas diferentes para testar a necessidade de suprimentos de 20 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores cada mutação. Descobriram que as mutações eram mapeadas em diferentes localizações em cromossomos separados, mesmo quando o meio utilizado era o mesmo. Na época, já se sabia que os compostos relacionados são interconvertidos nas células por catalisadores biológicos chamados enzimas. Com base na propriedade dos mutantes propuseram um modelo bioquímico para as conversões observadas nas quais diferentes enzimas estavam envolvidas. Este modelo ficou conhecido como a “hipótese um gene uma proteína”, e foi responsável por fornecer o primeiro esclarecimento da função do gene: os genes de algum modo são responsáveis pela função de enzimas. E cada gene aparentemente controla uma enzima específica. Hoje sabemos que as moléculas são sintetizadas numa série de etapas, cada uma delas catalisada por uma enzima. Por sua vez cada enzima é especificada por um determinado gene, portanto se inativamos o gene responsável por uma enzima eliminamos uma etapa na via de biossíntese. Essa inativação pode ser feita por mutações e dessa forma o bloqueio pode impedir a formação de um composto ou gerar a biossíntese de outro. Esse conceito vai ser muito importante ao longo de todo o nosso curso. O Gene é a parte funcional do DNA. No caso do Genoma Humano, por exemplo, apenas 3% são formados por genes. O resto é apenas "lixo", agrupamentos de proteínas que não contêm nenhuma informação, isso é, não codificam. Os genes, portanto, são seqüências especiais de centenas ou até milhares de pares (do tipo A-T ou C-G) que oferecem as informações básicas para a produção de todas as proteínas que o corpo precisa produzir. A idéia básica por trás do genoma humano - de que os genes são transcritos por moléculas de RNA mensageiro e estes codificam proteínas que então controlam todas as funções do organismo - há alguns anos vem sofrendo abalos. Agora um novo estudo confirma que o funcionamento do DNA é muito mais complexo. Os genes definitivamente não são tudo. Outros elementos estão em ação. A má notícia, no entanto, é que ainda não se descobriu exatamente como o genoma opera. 21 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores O problema da fórmula mágica, conhecida como dogma central, é que a quantidade de seqüências de letras que leva à produção de proteínas é de apenas 1% do genoma. Temos apenas 30 mil genes, número que surpreendeu os cientistas quando o genoma humano foi codificado, em 2003, justamente por ser pequeno demais. O arroz, para se ter uma idéia, tem 50 mil. Mesmo assim, por algum tempo se imaginou que todo o resto do genoma não tinha função nenhuma e ele recebeu o desonroso nome de DNA-lixo. Aos poucos, no entanto, geneticistas começaram a observar que esse "lixo" tem um papel nas doenças genéticas. Eles viram que não apenas mutações em genes podem levar os problemas, como alterações nas letras (A, T, C e G) desses longos trechos também podem ser danosas. A comprovação de que todo o genoma tem mesmo alguma função veio agora nos primeiros resultados do mega projeto Encode (Enciclopédia dos Elementos do DNA, na sigla em inglês), divulgados nas revistas Nature (www.nature.com) e Genome Research. O trabalho conduzido por 35 equipes de pesquisadores de 80 diferentes organizações em 11 países analisou com várias técnicas 1% do genoma humano e mostrou que praticamente o DNA inteiro é transcrito. Ou seja, em vez de as moléculas de RNA mensageiro apenas lerem os trechos que codificam proteínas, elas também lêem todo o resto. Aparentemente essas seqüências que não são genes têm um papel regulatório essencial. Hoje já se sabe que o "O lixo não é lixo", mas sim uma parte ativa e importante para o genoma. Relações gene-proteína Atualmente, sabe-se que a relação gene-proteína nem sempre é de um para um. Relacioná-los não é uma questão simples: em geral, o genoma de um organismo é idêntico em todas as suas células, enquanto o conjunto de proteínas de cada uma delas varia, dependendo de sua fase de desenvolvimento, do tecido analisado, do processamento do pré-RNA mensageiro (pré-mRNA) e até do ambiente a que o organismo está submetido. 22 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Como já vimos, em organismos eucariotos, como é o caso da espécie humana, a informação genética armazenada no DNA é convertida em uma seqüência de aminoácidos, formando as proteínas – moléculas fundamentais na determinação das características dos organismos. Contudo, a informação genética está organizada da seguinte forma: os genes incluem regiões codificadoras da seqüência de aminoácidos, os exons, e regiões não-codificadoras, os introns. A primeira etapa na síntese de proteínas é a transcrição do gene em uma molécula de RNA, o pré-RNAm. Este inclui ambas as regiões e, quando são processados, os introns são removidos da molécula, transformando o pré-RNAm no RNAm maduro, que será, então, traduzido em proteína. Esse processamento de um pré-RNAm pode variar, resultando na formação de mais de um tipo de proteína, a partir de uma mesma seqüência de DNA. A compreensão da relação gene-proteína veio com o esclarecimento da natureza química dos genes. Entre os séculos XIX e XX, pesquisadores compreenderam que as proteínas são os principais produtos funcionais dos genes. É por meio das proteínas que o código contido no DNA se manifesta. Em 1838 o termo proteína foi utilizado pela primeira vez pelo químico holandês Gerardus J. Mulder, que as referias como substâncias albuminóides. No século XX, químicos descobriram que sua degradação liberava aminoácidos. A partir daí começaram diversas descobertas a respeito do DNA, como a estrutura da dupla hélice. Em 1954, o astrofísico George Gamow sugeriu que cada aminoácido de uma proteína era determinado por uma trinca de nucleotídeos do DNA. Em 1958, Crick lançou a idéia de que as proteínas seriam produzidas a partir de um molde de RNA, que era copiado do DNA. Sugeriu também a existência de moléculas adaptadoras, que ordenariam os aminoácidos sobre o molde de RNA. Nos anos seguintes evidenciaram a existência do molde de RNA, denominado RNAm. Neste mesmo período também foram descobertaspequenas moléculas de RNA responsáveis pela captura dos aminoácidos e por seu transporte até os ribossomos, onde ocorre a síntese das proteínas. Cada uma dessas moléculas é um RNAt (RNA transportador), e possui, em certo local, uma trinca de nucleotídeos, chamada anticódon, que se aparelha a uma trinca complementar, o códon, presente 23 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores no RNAm. Na década de 60, desvendaram o sistema de codificação genética, estabelecendo a relação entre aminoácidos e códons correspondentes do RNAm. Genes são colineares com as proteínas que codificam. A ordem de nucleotídeos no gene se correlaciona diretamente com a ordem dos aminoácidos na proteína. O terminal amino de uma proteína corresponde à extremidade 5’ do gene. O que é um gene? Os genes são unidades responsáveis pela transmissão das características de uma geração à outra. Estão localizados nos cromossomos das células. A decifração do código trouxe questões como: Toda seqüência de DNA é um gene? Qual o papel do DNA que não codifica proteínas? Na molécula de DNA, onde termina e onde começa um gene? Atualmente, gene é definido como uma seqüência de DNA que codifica (transcreve) moléculas funcionais de RNA. Cada Códon é uma trinca de nucleotídeos Códon é um grupo de nucleotídeos que codificam um único aminoácido. A proteína é formada por um conjunto de 20 aminoácidos diferentes. As proteínas são codificadas por códons, e estes formados por 3 nucleotídeos cada. Modificações em um Gene O que aconteceria se fosse introduzida uma série de inserções e/ou deleções em um gene que codifica uma proteína? Produziria uma proteína não funcional, pois os códons seguintes à mutação seriam alterados. Experiências foram feitas alterando-se a seqüência de nucleotídeos de um gene em um ponto específico para determinar se a mudança resultante na seqüência de aminoácidos do polipeptídeo correspondente ocorria na mesma posição relativa ou em algum outro lugar. O resultado foi uma demonstração clara de colinearidade entre gene e proteínas, ou seja, modificando-se um gene haverá modificação na estrutura da proteína que ele codifica. 24 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Uma das características do Código genético é a redundância. Todos os aminoácidos, exceto a metionina e o triptofano, possuem mais de um códon. Existem códons de pontuação (códons de inicialização e de finalização): As trincas UAA, UGA,UAG não codificam um aminoácido e interrompem a síntese, são códons de finalização. Códons de iniciação são aqueles que sinalizam onde tradução deve começar: a trinca AUG é um exemplo de códon de iniciação. AUG codifica a metionina. O Código Genético Uma proteína é codificada pela seqüência de códons presentes na molécula de RNAm. Embora redundante (degenerado), o sistema de codificação genético não é ambíguo, pois nenhum códon corresponde a dois aminoácidos diferentes. O código genético passa por duas etapas importantes para se chegar à proteína, a Transcrição e a Tradução. Transcrição e Tipos de RNA A ação básica de todo gene consiste em transferir sua informação codificada para moléculas de RNA. Esse processo é denominado transcrição gênica. As duas cadeias que compõem o DNA do gene separam-se e apenas uma delas orienta a formação de uma cadeia de RNA, para a qual é transcrita a informação genética. A seqüência de bases do RNA é complementar a seqüência de bases da cadeia de DNA modelo, com uma diferença que no RNA está presente uma uracila em vez da base timina. Os principais tipos de RNA são o ribossômico (RNAr), o transportador (RNAt), e o mensageiro (RNAm). Os três atuam conjuntamente na síntese das proteínas. 25 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Tradução A informação que o DNA transcreve para o RNAm, portanto, traduz-se em uma proteína. Por isso, a síntese dessa substância é chamada tradução gênica. A tradução gênica ocorre em três etapas fundamentais para a formação de uma proteína: Iniciação; Elongação; Terminação. Iniciação: conjuntos de reações que precedem à formação da primeira ligação peptídica da proteína; Elongação: inclui todas as reações que ocorrem desde a formação da primeira ligação peptídica até a incorporação do último aminoácido à proteína; Terminação: processos envolvidos na liberação do polipeptídeo já pronto. A Função da Proteína depende de sua seqüência de aminoácidos. Consideremos aquelas proteínas que precisam se ligar a uma molécula de DNA a fim de desempenhar sua função na célula. Estas proteínas formam um grupo amplo e diverso que inclui, por exemplo, a RNA polimerase e um número de importantes proteínas reguladoras, que modulam e bloqueiam a transcrição de genes distintos. A função de uma proteína depende de sua seqüência de aminoácidos que, por sua vez, é especificada pela seqüência de nucleotídeos no RNAm, que é a própria cópia do gene. A informação genética é transportada na seqüência linear de nucleotídeos no DNA. Cada molécula de DNA é uma dupla-hélice formada por duas fitas complementares de nucleotídeos, e mantida juntas por pontes de hidrogênio. A expressão da informação genética envolve a tradução, em proteínas, da seqüência linear de nucleotídeos em uma seqüência co-linear de aminoácidos. Os genes são subunidades de DNA, que transmite as características de uma geração à outra e codifica moléculas funcionais de RNA. Eles estão ligados diretamente às proteínas, pelo fato de elas exercerem ou não sua função normal. O grande avanço tecnológico possibilitou-nos seqüenciar o Genoma Humano através 26 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores de computadores de última geração. A introdução de áreas como a bioinformática e a biotecnologia auxiliaram de forma decisiva para o sucesso da ciência. Tipos de mutações e polimorfismos Embora um dos mais importantes requisitos do material genético seja a sua estabilidade, a capacidade de mudança também é necessária. As mutações gênicas são importantes para a evolução biológica, pois elas produzem uma diversidade genética que pode ser expressa como uma variabilidade de características, as quais serão selecionadas ou não pelas condições do ambiente. Mutação é uma alteração súbita, permanente e que pode ser herdada no material genético de uma célula (que não sejam processos de recombinação), podendo conferir mudanças nas características do indivíduo. Estas modificações na estrutura do DNA também podem ser prejudiciais às células, uma vez que têm a capacidade de alterar processos vitais, como a duplicação do DNA e a transcrição gênica, além de contribuir para o desenvolvimento de processos tumorais e morte celular. Podem ser classificadas em três categorias: Genômicas: quando afetam o número de cromossomos na célula. Ex: aneuploidias. Cromossômicas: alteram a estrutura de cromossomos individuais. Ex: duplicações, deleções, inversões, translocações. Gênicas: alteram genes individuais. Ex: mutações pontuais (substituições, deleções e inserções de base). Mesmo uma pequena mutação gênica pode ter grandes efeitos, dependendo do local do genoma (se é um gene ou não), do gene que foi alterado e de que efeito a alteração tem na expressão do gene. Uma mutação gênica que consista na mudança de um único nucleotídeo na seqüência codificante de um determinado gene pode levar a uma perda completa deexpressão do gene ou à formação de uma proteína variante com propriedades alteradas. 27 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Qualquer célula pode sofrer mutação, tanto as germinativas quanto as somáticas. Apenas as mutações da linhagem germinativa são transmitidas de uma geração para a seguinte e são responsáveis pelas doenças hereditárias. Mutações nas células somáticas, entretanto, são muito mais freqüentes e provocam alterações diretas no indivíduo portador da mutação, podendo ser transmitidas para as células filhas. Caso a função de um determinado gene seja afetada, este será responsável pelo desenvolvimento de doenças, entre elas o câncer. Do contrário, a mutação na célula somática poderá ser uma fonte de variabilidade, o que chamamos de polimorfismos. Bem antes da publicação dos resultados do Projeto Genoma Humano em 2001, já se sabia que o DNA contido nos cromossomos humanos era muito polimórfico. O polimorfismo significa que um determinado trecho do DNA pode apresentar diferentes seqüências de nucleotídeos, quando dois cromossomos homólogos são comparados, ou quando dois ou mais indivíduos de uma população são comparados. Quando são considerados somente os genes que codificam peptídeos, pode-se prever que o polimorfismo contido no DNA reflete-se nos produtos protéicos. Assim, demonstrou-se experimentalmente que muitos genes estruturais são polimórficos com relação aos alelos, o que produz discretas diferenças entre os produtos protéicos, incluindo naturalmente as enzimas. Na maioria das investigações, devido à sua conveniência, lança-se mão de sistemas de eletroforese que podem evidenciar as diferenças estruturais através da mobilidade das proteínas num campo elétrico. Em se tratando de enzimas, se forem usadas condições não- desnaturantes, a atividade pode ser determinada diretamente no gel utilizado para realizar a separação. Algumas dessas enzimas, notadamente a lactato desidrogenase, são conhecidas por seu caráter polimórfico. Essas formas diferentes das enzimas são denominadas de aloenzimas. Os resultados experimentais mostraram que cada forma das aloenzimas fracionadas apresentava uma mobilidade característica. Assim, foi possível deduzir que as migrações eletroforéticas individuais refletiam diferentes estruturas primárias das proteínas, ou seja, seqüências diferentes de aminoácidos. Embora as isoenzimas apresentem um 28 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores polimorfismo significativo, em muitos casos, a observação de diferentes formas das enzimas deve-se à combinação de diferentes monômeros resultando em estruturas multiméricas variadas. Para a nossa discussão consideraremos apenas os polimorfismos gerados por mutações nas seqüências do DNA e não aquelas produzidas por modificações pós-tradução. Numa aloenzima, as diferenças podem ocorrer em quaisquer das cadeias polipeptídicas que compõem a holoenzima. Os resultados obtidos com enzimas diversas constituíram a base de importantes e pioneiros estudos sobre a variabilidade genética de populações. Um outro exemplo de polimorfismo de proteínas é aquele do antígeno leucocitário, HLA, também conhecido como antígeno de histocompatibilidade, muito usado como marcador molecular em situações de transplante de órgãos. Esses antígenos compõem duas classes. Os antígenos da classe I são encontrados em todas as células nucleadas e os antígenos da classe II ocorrem principalmente em certos tipos de células do sistema imune (linfócitos T, B e macrófagos). Cada antígeno é composto de duas cadeias de peptídeos (cadeias e ). Nos antígenos da classe I, as cadeias dos heterodímeros variam muito na sua composição de aminoácidos, sendo que as cadeias são mais constantes. Já nos antígenos de classe II, a maior diversidade de seqüências encontra-se na cadeia . Os quatro genes que codificam os antígenos de histocompatibilidade encontram-se no cromossomo 6. Cada gene possui de 8 a 40 alelos diferentes, sendo que cada alelo especifica um determinado antígeno. Desse modo, para um determinado cromossomo 6, podem existir 20 alelos possíveis para o gene HLA-A, 40 alelos para o antígeno HLA-B e assim sucessivamente. Teoricamente podem existir mais de 75 000 combinações dos alelos HLA, um número que é o resultado do produto de todos os alelos possíveis para cada gene. Cada uma dessas combinações é denominada de haplótipo. Devido ao fato de todos os genes se encontrarem fisicamente muito próximos entre si no cromossomo 6, a probabilidade de que estes venham a se separar durante o processo da recombinação (“crossing-over”) é bastante baixa. Pode-se então assumir que esses genes estão em “linkage”. Em conseqüência, o padrão estabelecido pelo haplótipo de um indivíduo tende a se repetir sempre que 29 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores houver replicação do DNA e passa a exibir um caráter estável (padrão presente em todos os tecidos de um indivíduo), além de ser transmitido de forma intacta de uma geração a outra. A variação observada no antígeno HLA é suficientemente grande para permitir que uma pessoa seja individualizada levando em conta somente os locos associados. Hoje se sabe que qualquer modificação no código genético de um organismo pode ser chamada de mutação. As mutações podem ser espontâneas (determinadas por fatores endógenos) ou induzidas (quando decorrem de agentes exógenos). As espontâneas são promovidas por modificações químicas das bases. Tais modificações podem envolver alterações na seqüência codificante ou na forma em que o código genético é organizado, são as mutações gênicas. Mutações de Ponto Podem ser de três tipos: substituição, deleção e inserção. As substituições ocorrem como resultado de mudanças em pares de bases envolvendo apenas um ou alguns poucos nucleotídeos. Caracteriza-se Transição quando há substituição de purina por purina (G• A e A• G) ou de pirimidina por pirimidina (C• T e T•C). A Transversão ocorre quando uma purina é substituída por pirimidina, e vice-versa. De acordo com o código genético, certo aminoácido pode ser determinado por mais de um códon; algumas mutações, portanto, não alteram a seqüência de aminoácidos produzida pelo gene modificado e sua função permanece a mesma. Por exemplo, o aminoácido Prolina pode ser determinado pelos códons CCA, CCC, CCG e CCU. Portanto, uma mutação na terceira base desses códons não provocaria mudança na seqüência de aminoácidos da cadeia polipeptídica. As mutações desse tipo são chamadas “silenciosas” e são bastante freqüentes; elas são responsáveis por uma variabilidade genética que é sempre maior do que a diversidade de características. Existem mutações que alteram a proteína, pois causam a substituição de um aminoácido na proteína em formação. As conseqüências podem ser graves, 30 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores alterando completamente a forma espacial e a função da proteína. É o caso da substituição de um nucleotídeo no gene responsável pela produção da hemoglobina, em que o códon GAA passa a ser GUA. Com isso, há substituição de um aminoácido na cadeia polipeptídica (Glutamato • Valina), que resulta na produção de hemoglobina defeituosa, causando uma doença chamada anemia falciforme. Estas são mutações com sentido trocado. Há casos em que mutações na seqüência de nucleotídeos e de aminoácidos não resultam na perda ou alteração da função da proteína. Certasregiões de uma molécula podem não ser essenciais ao seu funcionamento. A insulina, por exemplo, é um hormônio presente em todos os vertebrados, mas a molécula não é idêntica em todas as espécies. Quando comparamos a seqüência de aminoácidos da insulina de duas ou mais espécies diferentes, observamos alterações na seqüência que, no entanto, não prejudicam a forma e a função dessa proteína. Dizemos então que ocorreram mutações funcionalmente neutras, conservadas no genoma dos indivíduos ao longo das gerações. Uma mutação que gera um dos três códons de parada (UAA, UAG, UGA) é chamada sem sentido. Se o mRNA (RNA mensageiro) for suficientemente estável para ser traduzido, o produto da tradução em geral será tão instável que sofrerá degradação dentro da célula. Esta situação poderá ser importante a ponto de levar o indivíduo a uma condição letal. Além das regiões codificadoras, outras porções do DNA que podem sofrer mutação são os sítios de “splicing”, ou seqüências regulatórias, genes de fatores de transcrição ou regiões 5’ e 3’ não traduzidas. Apesar de não fazer parte do RNAm, estão diretamente relacionadas aos éxons, podendo interferir na expressão gênica, reduzindo ou aumentando-a, além de conferir instabilidade ao RNAm quando mutadas. Mutações de ponto de um único nucleotídeo nos microssatélites mostraram haver, nestes segmentos de DNA repetivivo, o favorecimento de um tipo de mutação em vez de uma substituição espontânea ou aleatória de bases. O excesso de transições encontradas pode ser compreendido pelo mecanismo de metilação de citosinas (formando 5-metil-citosina), que ocorre especificamente quando uma 31 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores citosina está situada ao lado de uma guanina. A desaminação (retirada de um grupamento amina) espontânea da 5-metil-citosina formada em timina no par CG origina transições C-T ou G-A. Este tipo de mutação é 25 vezes mais freqüente que qualquer outra mutação de um único nucleotídeo. Assim, o par CG é chamado de “hotspot”, por representar um verdadeiro “ponto quente” para mutação no genoma humano. Inserções e Deleções Nem todas as mutações gênicas são substituições de bases. Às vezes um nucleotídeo pode ser inserido ou excluído da seqüência de bases do DNA. No processo de síntese protéica, cada trinca de bases corresponde a um determinado aminoácido; se uma ou duas bases são adicionadas ou excluídas, ocorre deslocamento do módulo de leitura (“frameshift mutation”), o que significa que toda a seqüência de códon será alterada; conseqüentemente, a seqüência de aminoácidos também não será mais a mesma. Inserções ou deleções de trincas de nucleotídeos podem apenas acrescentar ou excluir um aminoácido da cadeia polipeptídica. Isto significa que a proteína terá um determinado aminoácido a mais ou a menos, mas não terá toda a seqüência de aminoácidos alterada. Grandes inserções e deleções gênicas podem levar os aumentos ou perdas consideráveis de material genético. Ocorrendo em determinados locais, como no DNA microssatélite, elas levam os pareamentos errôneos tanto durante a mitose (após a replicação, quando as duas cromátides irmãs em geral trocam DNA) quanto durante a meiose (quando os cromossomos homólogos ficam pareados e fazem crossing over). O mecanismo de crossing over desigual é tido como o responsável pela deleção de um dos genes de globina na talassemia e de genes de pigmentos visuais verdes (provocando alterações na percepção e distinção das cores vermelha e verde). Uma classe importante descrita de mutações é a repetição de tri- nucleotídeos, observada em distúrbios como a “Síndrome de Huntington” e a 32 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores “síndrome do X frágil”. Nestas doenças, a expansão tri-nucleotídica, situada na região codificante (doença de Huntington) ou na região transcrita, mas não traduzida de um gene (síndrome do X frágil), pode ampliar e interferir na expressão gênica normal, por gerar um produto protéico anormal ou alterar a transcrição ou o processamento do RNAm. Outro mecanismo responsável por alterações no código genético é a mutagênese de inserção. A família L1 de seqüências intercalares repetitivas representa uma classe de DNA passível de ser transcrita em RNA que, quando reversamente transcrito, gera uma seqüência de DNA capaz de se inserir em pontos diferentes do genoma. Em alguns pacientes com hemofilia A, seqüências L1 com vários kilo bases (Kb) de tamanho foram encontradas inseridas em um éxon no gene do fator VIII da coagulação, interrompendo a seqüência codificante e inativando o gene. Este achado sugere que pelo menos algumas das 100.000 cópias da família L1 no genoma humano são capazes de causar doença por mutagênese de inserção. Controle da Expressão Gênica Apesar da maioria das células conterem 100% do material genético de um indivíduo, sabemos que apenas 1% do DNA é transcrito em RNAm codificante de proteínas e até 10% do DNA são transcritos em RNA nuclear, sendo assim podemos considerar que uma célula apresenta quatro categorias de genes: os que já funcionaram em uma fase anterior e atualmente não funcionam mais, os que estão em funcionamento em um determinado momento, os que ainda irão funcionar mais tarde e os que nunca funcionaram nem funcionarão, neste tipo de célula. A principal questão aqui envolve o processo de diferenciação celular, ou seja: como uma célula totipotente, que contém todo o material genético, divide-se por mitose originando trilhões de células com formas e funcionamento diferentes, apesar de possuírem o mesmo DNA? Esse controle do que é expresso pode ocorrer em vários níveis: transcrição, processamento, transporte do RNAm, tradução, pós-tradução; funcionamento enzimático. Podemos dizer que o mecanismo que controla o que é transcrito é o 33 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores principal. Uma primeira categoria em que se dividem os mecanismos reguladores é a que consiste em ligar (indução) ou desligar (repressão) óperons em resposta a alterações ambientais. Este sistema tem maior significância entre os microorganismos. A segunda categoria envolve o desencadeamento de circuitos pré- programados de óperons. Para entendermos como ocorre essa interação entre o ambiente e determinada célula vamos inicialmente analisar o controle da expressão gênica nos Procariontes, através dos resultados obtidos por Jacob e Monod que criaram um modelo de controle gênico para explicar a utilização da lactose pela bactéria E. coli. O modelo óperon lac:. Fonte: Livro "Color Atlas of Genetics" Fig.1.9 : modelo esquemático do sistema óperon lac. Existem três categorias de genes: o regulador; o operador e os estruturais. O regulador controla o operador e este, os estruturais. O gene regulador produz uma proteína chamada repressor. O repressor se liga ao gene operador, impedindo a ligação da RNA pol e, portanto impedindo a transcrição dos genes estruturais que codificam as enzimas de degradação da lactose. Quando o indutor (no caso a lactose) é adicionado ao sistema, este se liga no repressor, liberando o operador, o que permitirá a ligação da RNA pol ao sítio promotor e conseqüentemente os três genes estruturais serão transcritos. 34 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fonte: Livro "Color Atlas of Genetics" Fig.1.10: modelo esquemático do sistema óperon lac. O. repressor se liga aogene operador, impedindo a ligação da RNA pol e, portanto impedindo a transcrição dos genes estruturais. O Sistema Repressor pode ser exemplificado pelo Óperon Triptofano. Fonte: Livro "Color Atlas of Genetics" Fig.1.11 :sistema repressor Óperon Triptofano O triptofano é um aminoácido essencial nos eucariontes, porém as bactérias podem sintetizá-lo, mas isso só ocorre se ele não estiver disponível no meio. Quando adicionado ao meio de cultura, a bactéria cessa a produção de triptofano em aproximadamente 10 minutos. Este óperon possui cinco genes estruturais (Tryp A-E) relacionados as cinco etapas na produção do triptofano. O repressor não tem afinidade espontânea pelo operador, o qual estando livre permite a passagem da RNA pol. Quando o triptofano está presente adiciona-se um co-repressor que se liga ao repressor e este conjunto liga-se ao operador interrompendo o funcionamento do Óperon. 35 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fonte: Livro "Color Atlas of Genetics" Fig.1.12: Etapa final da regulação gênica nos procariotos (sistema Óperon). Nos eucariontes há ainda bastante incerteza quanto aos mecanismos de regulação gênica, são poucos os exemplos de controle gênico em contraposição aos conhecimentos adquiridos a partir de procariontes. Esses mecanismos de regulação citados podem ser classificados também como regulação em curto prazo (reversível, como a ação de hormônios sobre seus órgãos alvos) e em longo prazo (irreversíveis, como a diferenciação celular). Técnicas de Biologia Molecular Em 1979, Alec Jeffreys, que estudava hemoglobinopatias, idealizou uma técnica para estudar polimorfismos especificamente associados com os locos das globinas humanas e γ . Esse método baseava-se na observação de que devido a mutações aleatórias, sítios de restrição poderiam ser criados ou eliminados. Dessa forma, empregando determinadas endonucleases, foi possível observar que a digestão dos genes da globina produzia fragmentos de DNA de massas diferentes. Os fragmentos polimórficos eram então visualizados através da hibridação molecular, com sondas consistindo de seqüências homólogas dos genes da globina. Essa técnica foi denominada de RFLP, de polimorfismos de comprimento de fragmento de restrição. Em 1980 Wyman e White, estenderam o estudo pioneiro de Jeffreys para regiões do genoma que não estavam restritas à eucromatina, isto é, regiões que prescindiam de um conhecimento a priori sobre as seqüências alvo. Eles 36 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores raciocinaram que essa abordagem poderia ser usada para estudar polimorfismos genômicos de uma forma geral, desde que fossem empregadas sondas correspondentes a seqüências de cópia única e que as sondas fossem suficientemente longas. A sonda utilizada foi DNA humano selecionado de uma biblioteca construída em fago λ. Com essa estratégia, Wyman e White obtiveram em onze amostras de DNA humano, padrões que mostravam uma grande freqüência de genótipos variados, isto é, que exibiam uma variação multialélica. Dos padrões encontrados, poucos exibiam homozigose. Nesse mesmo trabalho, Wyman e White se preocuparam em estudar se o padrão de digestão obtido poderia ser transferido para os descendentes. Para tal os pesquisadores investigaram os padrões polimórficos em sete membros de uma família ao longo de três gerações. A análise de pedigree, facilitada pelo fato de que cada indivíduo exibia somente dois alelos por lócus, mostrou que de fato os padrões genotípicos poderiam ser herdados. Eles concluíram então que no caso dos heterozigotos, cada indivíduo da progênie seria potencialmente útil para estudos visando detectar “linkage”. Os pesquisadores terminam o seu artigo afirmando que: “dados detalhados com esses marcadores obtidos de análises de pedigree em uma população grande, permitiriam a identificação dos indivíduos através de seus genótipos”. E ainda: “Essa estratégia experimental tornaria os humanos mais adequados para o estudo da genética”. A técnica do RFLP baseia-se na detecção de polimorfismos que dependem não só da presença de repetições de número variável (VNTR), como também das mutações que alteram o padrão de digestão por enzimas de restrição. Se também for considerado o polimorfismo pontual (de somente um nucleotídeo), também conhecido como SNP (de “single nucleotide polymorphism”), o polimorfismo aumenta em mais algumas ordens de grandeza. Com a técnica de amplificação por reação da cadeia da polimerase (do inglês, Polimerase Chair Reaction – PCR), foi possível também realizar análises com uma quantidade inicial de DNA muito pequena. Quando as seqüências investigadas são relativamente curtas, aumenta-se a probabilidade que estas possam ser detectadas através da PCR, mesmo em condições altamente lesivas ao DNA nuclear. 37 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores O processo de PCR foi descrito por Kary Mullis no final da década de 1980, tendo-lhe sido posteriormente, em 1993, atribuído o Prêmio Nobel da Química pelo seu trabalho. Em 1989, a Hoffman La Roche & Perkin-Elmer Corporation patenteou este processo. O método PCR é usado habitualmente nos laboratórios de investigação médica e biológica para uma variedade de tarefas, como a detecção de doenças hereditárias, que é a identificação de "impressões digitais" genéticas. A construção de árvores filogenéticas (árvores de relação entre espécies), a clonagem de genes (ver adiante), testes de paternidade, exames para detecção de agentes patogênicos e outros. Em teoria, é possível amplificar qualquer DNA. Uma das principais aplicações do PCR é na medicina forense, onde pequenas amostras de DNA retiradas da cena de um crime, além de ser rotineiramente utilizado em procedimentos científicos de Biologia Molecular como amplificação para gerar mutagênese, detecção de mutações ou preparação de fragmentos de DNA para clonagem inserção em plasmídeo. Por exemplo, também pode ser utilizado para identificação de patógenos que estão presentes em amostras como, por exemplo, identificação de agentes como Cândida sp, Chlamydia trachomatis, HPV Vírus do papiloma humano e seus genótipos, HBV Vírus da Hepatite B. O PCR é um método muito sensível de análise e por isso é realizado com muito cuidado para evitar contaminações que possam inviabilizar ou tornar errôneo o resultado. Em primeiro lugar, deve-se extrair o material genético da célula sem danificá-lo. Normalmente o material extraído é o DNA mas pode-se trabalhar com o RNA em uma RT-PCR que é um desdobramento do PCR e possui outras aplicações. Depois de extraído o DNA, a este é adicionada uma mistura (também conhecida como pré-mix) que contém os dNTPs (desoxirribonucleotídeos trifosfatos), que são as bases nitrogenadas ligadas com um e três fosfato, os primer, também chamados de oligonucleotídeos (ou iniciadores), a enzima DNA polimerase em uma solução tampão. Toda esta mistura é colocada na máquina de PCR, o termociclador, que faz ciclos de temperatura pré-estabelecidos com tempos exatos. 38 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Nesse contexto, mesmo que as amostras contenham contaminação por microrganismos diversos, os iniciadores (primers) usados são suficientemente específicos, o que permite a amplificação exclusiva de DNA humano (ou de DNA de outras espécies, caso a investigação envolva outros animais que não o homem).Na primeira etapa do ciclo a temperatura é elevada de 94 a 96ºC por pouco tempo para que haja a separação da dupla cadeia de DNA (Denaturação). Na segunda etapa a temperatura é reduzida entre 50 a 60ºC dependendo da quantidade de C e G encontrada no primer, para que os primers se anelem (pareiem) com o DNA (etapa de anelamento). Na última etapa do ciclo a temperatura é elevada a 72ºC para que a enzima possa funcionar sintetizando a nova molécula (etapa da extensão), em seguida um novo ciclo é iniciado. Normalmente são realizados de 25 a 40 ciclos para cada reação na qual a taxa de replicação são exponenciais dois ciclos. O resultado pode ser analisado através de uma eletroforese em gel de agarose ou de poliacrilamida. 39 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados aos seus respectivos autores Fonte: www.icb.ufmg.br Fig.1.13: Representação esquemática do processo de reação da Cadeia da Polimerase (também chamado de amplificação), que ocorre no aparelho termociclador. ----------------- FIM DO MÓDULO I ------------- Programa de Educação Continuada a Distância Curso de Farmacogenética Aluno: EAD - Educação a Distância Parceria entre Portal Educação e Sites Associados 41 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores MÓDULO II FUNDAMENTOS DE FARMACOLOGIA • Droga: qualquer substância química, exceto alimentos, capaz de produzir efeitos farmacológicos, ou seja, provocar alterações em um sistema biológico. • Fármaco: sinônimo de droga • Forma Farmacêutica: forma de apresentação do medicamento: comprimido, drágea, pílula, xarope, colírio, etc. • Remédio: palavra usada pelo leigo como sinônimo de medicamento e especialidade farmacêutica – remédio refere-se a qualquer procedimento que possa ser usado para tratamento de patologias. • Medicamento: droga preparada pela indústria farmacêutica com finalidade terapêutica. • Nome Químico: diz respeito à constituição da droga. • Farmacopéia: livro que oficializa as drogas/medicamentos de uso corrente e consagrada como eficazes. • Dose: é a quantidade a ser administrada de uma vez a fim de produzir efeitos terapêuticos. • Dose letal: dose que leva o organismo a falência generalizada, ou seja, morte. • Dose Máxima: É a maior quantidade de uma droga capaz de produzir efeitos terapêuticos, sem apresentar toxicidade. Dose Mínima: É a menor quantidade de uma droga capaz de produzir efeitos terapêuticos. • Dose tóxica: É a quantidade de droga que provoca intoxicação no organismo administrado. • Posologia: Quantidade necessária de medicamento para administração diária. 42 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores • Pró-droga: substância química que precisa transforma-se no organismo a fim de tornar-se uma droga ativa. • Iatrogenia: problemas ou complicações resultantes de tratamentos clínicos ou cirúrgicos. • Placebo: palavra derivado do latim: “vou agradar”. Em farmacologia significa uma substância inativa administradas para satisfazer a necessidade psicológica do paciente. • A NATUREZA DAS DROGAS Uma droga pode ser definida como qualquer substância capaz de produzir uma alteração em determinada função biológica através de suas ações químicas. Na maioria dos casos, a molécula da droga interage com uma molécula específica no sistema biológico, que desempenha um papel regulador, isto é, faz o papel de uma molécula Ureceptora. CONCEITOS DE FARMACOLOGIA A fim de tornar cada vez mais previsíveis os efeitos das drogas, os farmacologistas tentam quantificar todas as fases da interação droga-organismo. Apesar da dificuldade inerente ao problema, pois talvez a variação biológica jamais possa ser totalmente enquadrada nos métodos matemáticos atuais, alguns resultados interessantes têm sido obtidos, determinando os efeitos benéficos e efeitos adversos das drogas. 43 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores Receptores e relações entre concentração e resposta Metabolismo de Fármacos O metabolismo de fármacos refere-se aos processos através dos quais os fármacos administrados são modificados pelo organismo. Os metabólitos resultantes são quimicamente distintos do fármaco que os originou, e geralmente mais polares. O aumento de polaridade significa que esses metabólitos serão difundidos através das membranas celulares menos rapidamente que o fármaco original. Tais substâncias tendem a ficar menos tempo no organismo, já que sua reabsorção no túbulo renal é reduzida, isto é, há um aumento na sua excreção. A distribuição restrita e uma excreção mais rápida limitará sua atividade farmacológica, de maneira que o metabolismo em geral converterá o fármaco num metabólito menos ativo. Entretanto, isto não ocorre em todos os casos, e metabólitos farmacologicamente ativos ou mesmo tóxicos são conhecidos. Assim sendo, o metabolismo do fármaco e as enzimas responsáveis por esses processos são considerados importantes na avaliação da ação de um fármaco. Uma vez que os fármacos ou substâncias seletivamente ativas agem sobre algumas células e não sobre outras, elas devem exercer seus efeitos em algum sítio ou sistema específico, ao qual está relacionado exclusivamente com a resposta. Esse componente celular é denominado receptor e pode ser definido como o sítio onde o fármaco se liga para exercer sua ação seletiva. As forças que comandam a interação entre átomos e moléculas também comandam as interações entre fármacos e seus receptores. Foram descritos quatro tipos de ligações, as quais são discutidas abaixo, na ordem crescente de sua força, incidências decrescentes na interação e, provavelmente, importância decrescente na determinação da atividade biológica seletiva. Presume-se que o receptor seja comparativamente estável na forma e que somente a alteração na estrutura do fármaco afetará sua seletividade e potência. Forças de Van Der Waals. São forças de ligação fracas e muito freqüentes. Estabelecem-se entre quaisquer átomos que se encontrem muito 44 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores próximos uns dos outros. A força de atração dessas ligações é inversamente proporcional à sétima potência da distância que separa os átomos ou moléculas. Quando o fármaco e seu receptor podem entrar em contato muito próximo, estas forças tornam-se altamente significativas. Quanto maior e mais específica for à molécula, maior será a contribuição dessas forças. Elas são os principais fatores que justificam o fato dos fármacos reagirem ou ligarem-se a um sítio e não a outro. Pontes de Hidrogênio. Na superfície das moléculas, muitos átomos de hidrogênio possuem carga positiva parcial e podem formar pontes com cargas negativas de átomos de oxigênio ou nitrogênio. Uma vez que essas pontes agem a grandes distâncias, a aproximação não é tão importante para que elas ocorram. Junto com as forças de Van Der Waals, representa a base da maioria das interações fármaco-receptor. Ligações Iônicas: Forma-se entre íons de cargas opostas, como por exemplo, a acetilcolina e o cloreto. Sua importância pode ser vista claramente com agentes bloqueadores neuromusculares, tais como a d-tubocurarina. Essas ligações agem numa velocidade muito grande e dissociam-se reversivelmente à temperatura corporal. LigaçõesCovalentes: são formadas quando um mesmo par de elétrons é compartilhado por átomos adjacentes, e são responsáveis pela coesão de moléculas orgânicas. As ligações covalentes são comuns em farmacologia. Devido à sua força e dificuldade de reversão ou clivagem, os fármacos com essas ligações apresentam um efeito prolongado. A cloroquina, a dibenzilina e os anticolinesterásicos e organofosforados formam essas ligações. Tais compostos tendem a uma grande toxicidade. Receptores e Aceptores. Algumas moléculas biológicas são ligadas a fármacos específicos, provavelmente devido às suas características físico-químicas peculiares. Devido à sua localização e ao papel celular, o resultado dessa ligação induz alterações na atividade celular. Essas moléculas são os receptores. A força de ligação relativa à 45 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores presença ou ausência dos receptores nas células, a importância e o papel dessas moléculas na função especial das células formam, em grande parte, a base da ação biológica seletiva. O estudo desses fatores, de extrema dificuldade e complexidade, é de fundamental importância na farmacologia. Os receptores opõem-se aos chamados aceptores, que são sítios quiescentes do organismo aos quais os fármacos se ligam. As ligações devem ser semelhantes às dos receptores, mas não desencadeiam nenhuma atividade biológica seletiva. Daí os nomes alternativos dos aceptores - “receptores quiescentes” ou “sítios de perda”. Alguns fármacos reagem com receptores que não estão distribuídos uniformemente sobre a superfície da célula, mas se agregam em pequenas áreas da membrana celular. Talvez o melhor exemplo desse caso seja a d-tubocurarina, que exerce o seu efeito na junção sináptica entre o nervo motor e o músculo voluntário, e reage com receptores limitados à região da placa terminal da célula muscular. Essa região representa 0,01-1,0% da superfície celular. Se a quantidade efetiva do fármaco na placa terminal fosse distribuída uniformemente numa única camada de moléculas sobre a área especializada, ela cobriria apenas 1% de sua superfície. Portanto, a d-tubocurarina paralisa o músculo voluntário por sua reação com receptores restritos a 0,0001-0,01% da superfície celular. Apenas uma fração muito pequena da d-tubocurarina injetada no animal é realmente responsável por sua ação biológica seletiva. A maior parte permanece nos fluidos do organismo, e uma fração considerável reage com proteínas plasmáticas e aceptores do tecido conectivo ou de outros tecidos. Em conseqüência, os sítios onde os fármacos se ligam não são necessariamente sítios de ação farmacológica. Fármacos que exercem atividades biológicas específicas idênticas ou semelhantes apresentam estruturas físico-químicas semelhantes. Um estudo das aminas simpatomiméticas, relaxantes musculares e agentes muscarínicos ilustra claramente este princípio. Entretanto, uma pequena mudança na estrutura química pode, muitas vezes, resultar numa perda ou redução marcante da atividade específica. Por exemplo, a l -norepinefrina e a d-norepinefrina são idênticas, uma é 46 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores imagem especular da outra. Contudo, a forma levógira é 50 vezes mais ativa do que seu isômero. Essas considerações levam à conclusão de que os denominadores comuns para a atividade seletiva entre um determinado grupo de fármacos são ditados pelas características químicas e físicas do receptor. O termo afinidade é usado para descrever a propensão do fármaco em se ligar a determinado sítio receptor, e a atividade intrínseca define sua habilidade de iniciar a atividade biológica como resultado dessa ligação. Devido à complexidade do processo de ligação, a fármaco pode possuir afinidade, isto é, ligar-se ao sítio receptor e, contudo não desencadear a atividade específica, não possuir atividade intrínseca. Entretanto, isto é o mesmo que se ligar a um receptor, visto que outros fármacos podem ter afinidade pelo mesmo receptor, ser intrinsecamente ativas e, ainda, ser inativas com um aceptor. Nosso conhecimento acerca de receptores está inteiramente baseado em inferências e, em muitos casos, sua localização e natureza são totalmente desconhecidas. Muitas pesquisas estão sendo feitas atualmente para se isolar receptores. Os receptores para os anticolinesterásicos e inibidores da monoamino- oxidase ou estão localizados em enzimas, ou então são enzimas. Muitos fármacos agem sobre os mesmos receptores através dos quais substâncias fisiologicamente importantes, como os neurotransmissores, exercem seus efeitos. Entretanto, possuem pouca semelhança com constituintes celulares conhecidos, e a existência de receptores para esses fármacos deve ser aleatória. Pesquisas bioquímicas têm elaborado muitas das séries de reações químicas cíclicas e seqüenciais que precedem um determinado evento celular final, seja ela uma alteração metabólica, uma redução de proteínas contráteis ou mitose. Em um grande número de exemplos, o local preciso da influência do fármaco nessas cadeias de reações é conhecido, como no caso da penicilina. A atividade seletiva dos fármacos pode ser especificamente bloqueada ou antagonizada por outros agentes. Por exemplo, a d-tubocurarina, que antagoniza o efeito da acetilcolina na placa terminal do músculo esquelético, não antagoniza na mesma dose os outros efeitos da acetilcolina, assim como os da histamina, serotonina ou epinefrina. Freqüentemente, o antagonismo entre um fármaco 47 Este material deve ser utilizado apenas como parâmetro de estudo deste Programa. Os créditos deste conteúdo são dados a seus respectivos autores (agonista) e seu bloqueador específico (antagonista) ocorre no mesmo receptor. Esta interação é conhecida como antagonismo farmacológico. Pode-se considerar que esses bloqueadores específicos possuem grande afinidade pelo receptor, mas pequena ou nenhuma atividade intrínseca. Eles freqüentemente apresentam semelhança estrutural com seus agonistas. Muitas moléculas dos bloqueadores são maiores do que as moléculas dos fármacos que eles antagonizam. Podemos dizer que eles reagem com os receptores em virtude das características que tem em comum com seus agonistas, mas, devido ao seu tamanho maior, eles impedem o acesso das moléculas do agonista ao receptor. Dose e Potência Mesmo quando é feita uma tentativa de seleção de um grupo, a fim de homogeneizá-lo, ocorrem variações individuais. Quando um grupo não-selecionado de indivíduos é estudado, como é o caso da prática farmacológica, a variação nos efeitos do fármaco é consideravelmente maior. Assim, a dose adequada para um não é apropriada para outro. É certo concluir que os fatores que governam a afinidade e a atividade intrínseca de um agonista com relação ao mesmo tipo de receptor, em cada indivíduo, apresentam uma variação de propriedades. Alguns receptores interagem mais rapidamente com a molécula relativamente ativa do que outros e, assim sendo, reagem com o agonista numa concentração baixa. Se isto ocorre, quanto maior a dose dada, maior será a concentração do fármaco na região dos receptores, maior o número de interações fármaco-receptor, e mais intenso o efeito farmacológico. Uma relação dose ou concentração e efeito constitui um atributo da ação do fármaco invariavelmente observado na prática, exceto em situações incomuns quando é administrada uma dose que produz o efeito máximo. Dois fármacos quimicamente semelhantes, e que apresentam a mesma atividade seletiva, provavelmente agem sobre uma mesma população de receptores. Se um deles for efetivo numa concentração molar mais
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