bioinformatica pdf4

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08/11/2023, 00:42 Estácio: Alunos
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Exercício por
Temas
 avalie sua aprendizagem
Existem diversas metodologias para buscar a melhor árvore �logenética. Todas estas abordagens são fundamentais
para o avanço da compreensão da evolução. Dentre estes métodos está a aplicação do neighbor-joining. Qual é a
melhor de�nição desta técnica?
O quadro a seguir mostra uma matriz de dados táxons x caracteres, sendo apresentados 9 espécies (de A ao I) e 9
caracteres (de 1 ao 9):
BIOINFORMÁTICA
Lupa  
 
SDE4449_202008692407_TEMAS
Aluno: ELAINE DA SILVA SANTOS Matr.: 202008692407
Disc.: BIOINFORMÁTICA  2023.3 FLEX (G) / EX
Prezado (a) Aluno(a),
Você fará agora seu EXERCÍCIO! Lembre-se que este exercício é opcional, mas não valerá ponto para sua avaliação. O
mesmo será composto de questões de múltipla escolha.
Após responde cada questão, você terá acesso ao gabarito comentado e/ou à explicação da mesma. Aproveite para se
familiarizar com este modelo de questões que será usado na sua AV e AVS.
02265 - ANÁLISE FILOGENÉTICA
 
1.
Um protocolo para adicionar táxons a uma árvore construída por parcimônia ou máxima verossimilhança.
A árvore mais curta é encontrada sob a suposição de que há uma árvore mais curta.
Uma busca em árvore é conduzida para encontrar a árvore que minimiza a diferença entre as distâncias
observadas e previstas.
Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
Uma árvore é estimada com base na proximidade dos táxons em uma matriz de dados.
Data Resp.: 08/11/2023 00:34:06
Explicação:
Gabarito: Um algoritmo rápido que encontrará uma árvore com base em distâncias entre pares.
Justi�cativa: O método neighbor-joining é um método que utiliza a distância genética calculada a partir de uma
matriz táxon/caracter para construir uma árvore. A árvore escolhida é aquela que minimiza a diferença entre as
distâncias na matriz e as previstas pela árvore. Assim como outros métodos de distância, o método neighbor-joining
conduz uma serie de cálculos em cima da matriz a partir de um algoritmo. Esse é um método rápido. As outras
alternativas não se enquadram como de�nições dessa metodologia.
 
2.
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:voltar();
javascript:diminui();
javascript:diminui();
javascript:aumenta();
javascript:aumenta();
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Como uma análise de parcimônia seria afetada pela remoção das duas primeiras posições (1 e 2) e da última posição (9)
da matriz de dados fornecida?
A seguir são apresentadas diferentes árvores �logenéticas (de A ao E).
A topologia de árvore ideal de�nitivamente não mudará; a árvore ótima será três etapas mais curta.
A topologia de árvore ideal de�nitivamente não mudará; a árvore ótima terá três etapas a mais.
A topologia de árvore ideal certamente mudará; a árvore ótima será menor.
A topologia de árvore ideal pode ou não mudar; o comprimento ideal da árvore pode ser maior ou menor.
A topologia de árvore ideal de�nitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
Data Resp.: 08/11/2023 00:35:02
Explicação:
Gabarito: A topologia de árvore ideal de�nitivamente não mudará, e nem seu comprimento.
Justi�cativa: Os caracteres que estão na posição 1, 2 e 9 na matriz de dados não possui variação de estados, ou seja,
ao analisar a matriz de dados vemos que em todas as espécies (de A a I) na posição 1 temos a base C, na posição 2 a
base G e na posição 9 a base C. Isso signi�ca que elas não trazem informações que possam diferenciar um táxon ou
um conjunto de táxons. Assim, a retirada destes caracteres, por tanto, não modi�ca a topologia e o comprimento de
ramos, pois não houve alteração. A modi�cação na topogra�a só seria obtida caso tivesse alteração nos carateres
entre os táxons, assim todas as outras alternativas estão falsas.
 
3.
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Imagem: Leandro Pederneiras
Após analisar a �gura, assinale a alternativa que retrata de forma correta a interpretação dos grá�cos.
A árvore �logenética é uma hipótese sobre relações evolutivas, mas para construir precisamos usar características que
sejam indicadores con�áveis de ancestralidade comum. Nesse contexto utilizamos para construção das árvores as
Os ramos curvos das divergências do grá�co a signi�cam a idade evolutiva retrocedendo para a raiz.
No grá�co b, ramos mais longos signi�cam mais longo tempo decorrido em relação aos ramos curtos.
No tipo de apresentação do grá�co c a raiz é identi�cada através do clado com maior número de ramos
emergindo.
Os dois pontos indicados pelas setas na �gura d, apesar de separados, possuem idades ancestrais idênticas.
Podemos interpretar dessa forma porque os pontos estão na mesma altura no grá�co.
No grá�co e, podemos dizer que o ponto indicado pela seta laranja é pelo menos duas vezes mais antigo que o
ponto indicado pela seta azul.
Data Resp.: 08/11/2023 00:35:45
Explicação:
Gabarito: No grá�co e, podemos dizer que o ponto indicado pela seta laranja é pelo menos duas vezes mais antigo
que o ponto indicado pela seta azul.
Justi�cativa: No grá�co E, podemos dizer que o ponto indicado pela seta laranja na alternativa E é pelo menos duas
vezes mais antigo que o ponto indicado pela seta azul porque, ao analisar a escala de tempo, logo abaixo do grá�co,
nota-se a seta azul em torno de 50 milhões de anos (Ma) e a seta laranja em torno de 100 Ma. No grá�co A, uma
árvore �logenética em formato circular apresentam comprimento ramos iguais, sem escala de tempo. No grá�co B,
os comprimentos mais longos dos ramos indicam um maior número de mudança evolutiva. O grá�co C é um tipo de
grá�co não enraizado, ou seja, aquele que somente nos mostra as relações entre espécies e suas aproximações, mas
sem a raiz o que indica na árvore um ancestral comum. O Grá�co D apenas representa a relação entre as espécies,
sem escala de tempo, então não podemos avaliar se os dois ancestrais apresentam a mesma idade evolutiva.
 
4.
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características homólogas. A seguir estão listadas algumas propriedades das características ditas homólogas. Analise a
alternativa que NÃO se refere a essa característica:
Analise a �gura a seguir:
Imagens: Leandro Pederneiras
Analisando as árvores da esquerda e direita é possível a�rmar que:
Estrutura e composição similar
Funções similares
Desenvolvimento similar
Ponto de origem em local similar
Linhagens diferentes com traços similares
Data Resp.: 08/11/2023 00:36:16
Explicação:
Gabarito: Linhagens diferentes com traços similares
Justi�cativa: A homologia é o estudo das semelhanças entre a estrutura de diferentes organismos que apresentam.
Dois caracteres são ditos homólogos quando apresentam a posição (ponto) de origem, estrutura, composição,
desenvolvimento e função similares. A homologia é observada em caracteres, e não em linhagens, por isso que
diferentes linhagens com traços similares não podem ser classi�cadas como homólogas.
 
5.
São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu próprio eixo.
Possuem topologias idênticas, mas a árvore da direita possui nós mais profundos.
O grupo A B C D E é mais próximo relacionado ao grupo I J K L M na árvore da esquerda do que na da direita.
Alguns clados foram cortados e colados em diferentes ramos na árvore da direita.
São árvores diferentes porque possuem relações entre grupos diferentes.
Data Resp.: 08/11/2023 00:37:39
Explicação:
Gabarito: São perfeitamente similares, apenas a forma de apresentação mudou e alguns ramos giraram em seu
próprio eixo.
Justi�cativa: As duas imagens correspondem a um cladograma, nesse tipo de árvore não é possível saber a
profundidade exata dos nós porque não possui uma escala de tempo. As duas árvores são idênticas em seus
relacionamentos (topologia), apenas com ramos torcidos em seus próprios eixos, pelaalteração da forma (retangular
e diagonal, respectivamente). Os grupos A B C D E e I J K L M estão na mesma posição nas árvores, apenas com
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Existem diversas formas de buscarmos a melhor hipótese �logenética com uma matriz de táxons × caractere. Dentre as
possibilidades temos a máxima verossimilhança. Qual das alternativas a seguir de�ne melhor este conceito?
Observe o cladograma abaixo:
Imagem Leandro Pederneiras
A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um
grupo para�lético.
ramos torcidos, sendo assim não mudam a relação de proximidade. Não houve corte nas árvores que justi�caria a
mudança de topogra�a entre as árvores.
 
6.
A proporção das probabilidades de duas hipóteses alternativas.
A probabilidade de que um evento ocorra.
A melhor árvore calculada a partir da quantidade de passos, ou mudanças, nos ramos.
A probabilidade de que uma hipótese seja falsa através do método dos mínimos quadrados.
A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
Data Resp.: 08/11/2023 00:38:56
Explicação:
Gabarito: A probabilidade de observar um conjunto de dados fornecido uma hipótese.
Justi�cativa: Para calcular a probabilidade de um evento ocorrer entre outros é necessário usar o teorema de Bayes.
O método dos mínimos quadrados é utilizado em métodos de distância e não em probabilidades. A máxima
verossimilhança procura a probabilidade de cada hipótese fornecida os dados. A quantidade de passos é utilizada na
parcimônia. A inferência Bayesiano é um método que avaliar a probabilidade posterior de uma árvore e incorporam
informações prévias sobre a probabilidade de hipóteses alternativas.
 
7.
O conjunto de espécies U V H.
O conjunto de espécies A F.
O conjunto de espécies P Q R.
O conjunto de espécies G H I.
O conjunto de espécies J K L M.
Data Resp.: 08/11/2023 00:39:41
Explicação:
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Para compreender o que diz uma árvore �logenética diversas terminologias e conceitos são empregados. A seguir são
listados diferentes conceitos sobre a �logenia. Assinale a alternativa que retrata de forma correta um conceito das
árvores �logenéticas:
Observe o caldograma abaixo:
Imagem: Leandro Pederneiras
Gabarito: O conjunto de espécies J K L M.
Justi�cativa: Grupos para�léticos são aqueles que faltam poucos descendentes, menos da metade, para se
transformar em mono�lético. Assim, na imagem da árvore �logenética, o grupo para�lético é o conjunto de espécies
J K L M porque para ser mono�lético só falta uma espécie I. O conjunto de espécies G, H, I; A e F; P, Q, R; U, V e H,
precisariam incluir muito mais grupos para ser um grupo mono�lético, pois alguns espécies do conjunto não
apresentam um ancestral comum próximo, como é o exemplo do conjunto de espécies J K L M. Lembre-se que para
descobrir o ancestral comum de dois táxons basta caminhar sempre para trás da �logenia iniciando do terminal
(onde está o nome da espécie).
 
8.
Topologia signi�ca o táxon terminal, aqueles nomes que estão inseridos no topo da árvore �logenética.
Quando queremos apontar um táxon duplicado dentro da árvore �logenética dizemos que existe um grupo irmão.
Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e colarmos
um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Terminal, num cladograma, signi�ca um ramo com dois nós (duas divergências) nas extremidades.
O ponto no qual o grá�co se inicia é denominado clado inferior, onde está a raiz da árvore.
Data Resp.: 08/11/2023 00:42:13
Explicação:
Gabarito: Podemos rodar os ramos em seu próprio eixo sem alterar as relações de parentesco, mas se cortamos e
colarmos um ramo em outra parte dizemos que a topologia mudou.
Justi�cativa: Terminal são os táxons que foram amostrados na árvore �logenética, também podendo ser nomes de
genes ou características de um conjunto de táxons. Não existe a terminologia clado inferior. Clado é um conjunto de
descendentes e todos os seus ancestrais. Raiz da árvore é o ponto mais antigo no tempo, onde a árvore inicia.
Topologia é o conjunto de relações entre clados e ramos numa árvore �logenética. Um cladograma só possui uma
topologia que pode ser con�gurada de diversas maneiras, ou seja, ao rodar a árvore em seu próprio eixo não muda as
relações de parentescos. No entanto, ao cortar e colarmos um ramo em outra parte da árvore, a topologia muda.
 
9.
08/11/2023, 00:42 Estácio: Alunos
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A seguir são listadas alguns grupos de espécies. Analise as alternativas que, segundo o cladograma, se refere a um
grupo poli�lético.
Durante uma análise cadeia Markoviana Monte Carlo (MCMC), o que determina quando uma cadeia se move da árvore
atual para uma nova árvore?
O conjunto de espécies S T
O conjunto de espécies N O P
O conjunto de espécies H I
O conjunto de espécies A B C D
O conjunto de espécies W X Y
Data Resp.: 08/11/2023 00:42:57
Explicação:
Gabarito: O conjunto de espécies H I
Justi�cativa: O grupo poli�lético é um conjunto de táxons que não inclui o ancestral comum de todos os seus
membros. Ao analisar as alternativas, aquela que representa um grupo proli�lético, é o conjunto de espécies H I
porque possuem origem em linhagens amplamente desconexas. Os conjuntos de espécies listados nas outras
alternativas (conjunto de espécies N, O, P; conjunto de espécies W X Y; conjunto de espécies A B C D e o conjunto de
espécies S T) apresentam um ancestral comum.
 
10.
A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado atual.
A cadeia rejeitará uma proposta que produza uma probabilidade de log maior do que o estado atual.
A cadeia Markoviana aceitará uma proposta com uma probabilidade que é �xada no início da pesquisa.
A probabilidade de aceitar uma proposta depende da razão entre as probabilidades posteriores entre o estado
atual e proposto.
A cadeia Markoviana sempre aceitará uma proposta que seja consistente com a anterior.
Data Resp.: 08/11/2023 00:43:32
Explicação:
Gabarito: A cadeia sempre aceitará uma proposta que produza uma probabilidade posterior maior do que o estado
atual.
Justi�cativa: Uma geração MCMC sempre aceita o novo estado se a probabilidade, ou log, for maior que o estado
atual. A geração MCMC não é calculada por uma razão, nem possui uma probabilidade �xada de início. Na cadeia
Markoviana, o novo estado é sempre aceito quando possui melhor probabilidade. As vezes a cadeia Markoviana
Monte Carlo pode aceitar um ponto pior do que o anterior. Isso ocorre raramente.
    Não Respondida      Não Gravada     Gravada
Exercício por Temas inciado em 08/11/2023 00:33:26.