O objetivo dos programas de alinhamento de sequências é encontrar o melhor pareamento possível, aquele que reflita o maior número de similaridade entre as sequências comparadas.
Alinhamento de apenas duas sequências. Alinhamento de três ou mais sequências. Alinhamento da extensão total das sequências envolvidas. Alinhamento aproximado do perfeito. Alinhamento de regiões das sequências envolvidas.
Alinhamento de apenas duas sequências. Alinhamento de três ou mais sequências. Alinhamento da extensão total das sequências envolvidas. Alinhamento aproximado do perfeito. Alinhamento de regiões das sequências envolvidas.