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Questão 1- (COPERVE-UFSC- Biomédico-2008) O sequenciamento de genomas e a
análise em larga escala de proteínas de muitos organismos acarretaram no crescimento
exponencial dos bancos de dados de sequências nucleotídicas e aminoacídicas, levando à
necessidade de desenvolvimento de novas ferramentas.
Identifique se são verdadeiras (V) ou falsas (F) as afirmativas abaixo.
( ) A análise do rol de moléculas de DNA por um determinado organismo denomina-se
"proteômica".
( ) O campo de pesquisa dedicado às análises citadas no enunciado desta questão é
denominado "bioinformática" ou "biologia computacional".
( ) A análise comparativa de sequências de nucleotídeos e/ou aminoácidos por
bioinformática permite, entre outras, o desenvolvimento de análises filogenéticas.
( ) A análise comparativa de sequências por ferramentas de "bioinformática" não permite
a identificação de alvos terapêuticos.
( ) A bioinformática alia conhecimentos das ciências biológicas, da computação e da
matemática, e utiliza a computação de alto desempenho ou os agregados de
computadores (clusters) para a análise em larga escala.
Assinale a alternativa que apresenta a sequência CORRETA, de cima para baixo.
a) ( )F - V - V - F - V
b) ( )V - V - F - V - F
c) ( )F - V - F - F - V
d) ( )V - F - F - F - V
e) ( )V - V - V - F - F
O NCBI e suas funcionalidades
AULA 7 (plano de aula 9)
Prof. Melise Silveira
Cronograma 2021.1
Tecnologia Biomédica
DIA TOTAL
SEMANA Início Término H/A
07:50 09:30 Introdução a disciplina
09:40 11:20 Introdução à bioinformática
07:50 09:30 O computador 2hrs
09:40 11:20 Compreendendo na prática o funcionamento do computador 2hrs
07:50 09:30 Revisão de biologia molecular 2hrs
09:40 11:20 Conceitos moleculares importantes para a bioinformática, parte I 2hrs
07:50 09:30 Conceitos moleculares importantes para a bioinformática, parte II 2hrs*
09:40 11:20 A pesquisa, o material genético e a bioinformática 2hrs
07:50 09:30 Métodos de sequenciamento de DNA parte I (PCR e Sanger) 2hrs*
09:40 11:20 Métodos de sequenciamento de DNA parte II (nova geração) 2hrs
07:50 09:30 Ômicas parte I 2hrs
09:40 11:20 Ômicas parte II 2hrs
07:50 09:30 O NCBI Teórica 2hrs
09:40 11:20 PRÁTICA (PubMed e GenBank) *Fazer em casa, relatório valendo ponto PRÁTICA 2hrs
07:50 09:30 2hrs
09:40 11:20 2hrs
07:50 09:30 2hrs
09:40 11:20 2hrs
26/abr SEG 07:50 11:20 AV01 Teórica 2hrs
07:50 09:30 Correção AV01 2hrs
09:40 11:20 Alinhamento de sequência 2hrs
07:50 09:30 Alinhamento de sequência Teórica 2hrs
09:40 11:20 PRÁTICA (BLAST, CLustalW) PRÁTICA 2hrs
07:50 09:30 Construção de primers Teórica 2hrs
09:40 11:20 PRÁTICA (Primer3) PRÁTICA 2hrs
07:50 09:30 Bancos de dados públicos 2hrs
09:40 11:20 Bancos de dados públicos 2hrs
07:50 09:30 Anotação gênica 2hrs
09:40 11:20 Anotação gênica 2hrs
07/jun SEG 07:50 11:20 Revisão AV02 Teórica 2hrs
14/jun SEG 07:50 11:20 AV02 Teórica 2hrs
21/jun SEG 07:50 11:20 Vista AV02 Teórica 2hrs
28/jun SEG 07:50 11:20 AV03 Teórica 2hrs
Teórica
TeóricaSEG
SEG31/mai
24/mai
Teórica
17/mai SEG
03/mai SEG
SEG10/mai
ASSUNTO ATIVIDADE
08/mar SEG
22/fev SEG
01/mar SEG Teórica
Teórica
12/abr SEG
19/abr
 DATA
HORA
SEG
05/abr SEG
Teórica
22/mar SEG Teórica
4hrs
15/mar SEG
29/mar SEG
Teórica
REVISÃO AV01 Teórica
PRÁTICA análise de dados de sequenciamento (presencial?) PRÁTICA
Teórica
MATERIAL PARA LEITURA
Acessar conteúdo interativo da disciplina do SAVA: Aula 7, NCBI e suas funcionalidades.
Leitura extra
TUTORIAL PARA BUSCA DE ARTIGOS NA BASE PUBMED
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26274/5/Tutorial%20PubMed%20-
%20Busca%20de%20Artigos%20por%20Afilia%C3%A7%C3%A3o%20para%20alimenta%C3%A7%C3%A3o%20no%20Arca.pdf
Ômicas 9
https://www.arca.fiocruz.br/bitstream/icict/26274/5/Tutorial%20PubMed%20-%20Busca%20de%20Artigos%20por%20Afilia%C3%A7%C3%A3o%20para%20alimenta%C3%A7%C3%A3o%20no%20Arca.pdf
Número de genomas sequenciados por domínios da vida 
Onde as sequências 
geradas por 
tecnologias de 
sequenciamento DNA 
podem ser 
encontradas?
Bancos de dados Biológicos
Torna os dados científicos acessíveis de forma fácil, 
rápida e inteligente .
NCBI: National Center for Biotechnology Information
É uma organização que visa 
criar ferramentas tecnológicas 
para armazenar e analisar
dados de bioinformática.
1. Cria sistemas automatizados ;
2. Facilita o uso de bancos de dados ;
3. Coordena esforços para coletar informações de biotecnologia;
4. Desenvolve processamento de informações baseado em computador para 
analisar a estrutura e função de moléculas biologicamente importantes.
Sistema Nacional para Informação Biotecnológica
NCBI
PubMed
GenBank
BLAST
-Bancos de dados:
Artigos
Sequências 
...
-Ferramentas:
Busca textual
Alinhamento de sequencia
...
Existem muitos 
outros bancos 
e ferramentas 
disponíveis 
pelo NCBI.
NCBI: os bancos de dados
PubMed
PubMed: Banco de dados bibliográfico da área biomédica
NCBI: os bancos de dados
Contém resumos e/ou textos completos de artigos publicados em milhares revistas 
diferentes.
Utiliza uma ferramenta de “busca inteligente” para encontrar rapidamente no banco 
os artigos relacionados as palavras-chave solicitadas pelo usuário.
Palavras-chave do 
usuário (mais 
resultado se estiver 
em inglês)
Banco de dados
OPÇÃO DE USAR 
COMBINAÇÃO DOS TERMOS 
OU PALAVRAS COM OS 
OPERADORES BOOLEANOS 
AND (“E”), OR (“OU”) E NOT 
(“NÃO”).
PubMed: Banco de dados bibliográfico da área biomédica
NCBI: os bancos de dados
O usuário pode realizar buscas mais complexas, usando a 
opção “Advanced”.
Quantidade de 
resultados
PubMed: Banco de dados bibliográfico da área biomédica
NCBI: os bancos de dados
Intervalo de 
anos (ajustável)
Refinamento da 
pesquisa.
PubMed: Banco de dados bibliográfico da área biomédica
NCBI: os bancos de dados
Os resultados podem ser refinados conforme disponibilidade 
do texto (resumo, texto completo, texto completo de acesso 
livre), tipo de artigo (meta-análise, revisão, revisão 
sistemática, etc.) e pela data de publicação.
Alguns artigos só podem ser 
acessados integralmente 
mediante pagamento.
Artigo com acesso 
integral.
Link para o artigo
Link para o artigo 
integral (PubMed
Central)
Artigos com temas 
similares 
Resumo
PubMed: Banco de dados bibliográfico da área biomédica
NCBI: os bancos de dados
GenBank
O GenBank é um banco de dados de sequências nucleotídicas do NIH (National Institutes of Health) 
administrado pelo NCBI. Contém sequências nucleotídicas de quase todos organismos.
NCBI: os bancos de dados
Quem “alimenta” esse banco com sequências é a comunidade científica mundial, através de seus trabalhos.
Qualquer pessoa tem acesso as sequências do GenBank gratuitamente.
O GenBank é um banco de dados de sequências nucleotídicas do NIH (National Institutes of Health) 
administrado pelo NCBI.
NCBI: os bancos de dados
Duas formas de realizar buscar: 1ª, Textual
O texto da busca pode ser o nome de uma gene, a 
espécie de um organismo, um número de acesso 
característico,...
O GenBank é um banco de dados de sequências nucleotídicas do NIH (National Institutes of Health) 
administrado pelo NCBI.
NCBI: os bancos de dados
Resultados: 
sequências de 
genes, partes 
do 
cromossomo, 
cromossomo 
inteiro, 
plasmídeo, ...
Link para a sequência.
Permite fazer o 
download em 
diferentes 
formatos de 
arquivos para 
serem analisados 
posteriormente.
O GenBank é um banco de dados de sequências nucleotídicas do NIH (National Institutes of Health) 
administrado pelo NCBI.
NCBI: os bancos de dados
Arquivo formato FASTA
É a forma mais habitual representar sequências de nucleotídeos ou sequencias de aminoácidos para 
serem usadas em vários softwares.
O arquivo FASTA é composto pelo cabeçalho explicativo e as próximas linhas são sequência de 
bases ou aminoácidos. 
Uma característica marcante é que todo cabeçalho FASTA inicia com o sinal de “>” (maior).
MULTIFASTA
É a união de diversos arquivosFASTAs, facilitando ao pesquisador o envio e manuseio.
Extensões do arquivo FASTA ou MULTIFASTA
*.fasta FASTA genérico
*.fna FASTA de nucleotídeos
*.ffn FASTA de nucleotídeos codificado por região
*.faa FASTA de aminoácido
*.frn FASTA de RNA não-codificado
Cabeçalho
O GenBank é um banco de dados de sequências nucleotídicas do NIH (National Institutes of Health) 
administrado pelo NCBI.
NCBI: os bancos de dados
BLAST
O BLAST é uma ferramenta de bioinformática que encontra regiões de similaridade entre sequências biológicas. O 
programa compara uma sequência com o banco de dados de milhões de sequências e calcula a significância 
estatística (se é confiável ou não).
NCBI: os bancos de dados
Essa é uma segunda 
forma de pesquisar 
sequências no 
GenBank.
Você também poderia 
pesquisa por uma 
sequência de 
aminoácidos, mas não 
será esse nosso 
exemplo agora..
O BLAST é uma ferramenta de bioinformática que encontra regiões de similaridade entre sequências biológicas. O 
programa compara uma sequência com o bancos de dados de milhões de sequências e calcula a significância 
estatística (se é confiável ou não).
NCBI: os bancos de dados
Essa é uma segunda 
forma de pesquisar 
sequências no 
GenBank.
Imagine que você 
tenha uma sequências 
de nucleotídeos mas 
não saiba qual gene 
ela representa:
O BLAST
NCBI: os bancos de dados
Você pode copiar e 
colar aqui sua 
sequência em formato 
FASTA
O BLAST
NCBI: os bancos de dados
Você pode escolher 
em qual banco de 
dados deseja buscar 
sua sequência.
O BLAST
NCBI: os bancos de dados
Mostra as 
correspondências 
para sua 
sequência.