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1- Você precisa fazer um ensaio para avaliar a atividade enzimática de uma proteína. Segundo a literatura, o melhor tampão para a realização deste ensaio consiste em 10 mM de Tris, 50 mM de NaCl e 0.2 mM de Cloreto de Magnésio. As concentrações das soluções estoque são: 1M Tris; 5 M NaCl; 1 M cloreto de magnésio. a) Quais seriam os volumes necessários de cada reagente para preparar 5 mL de tampão da enzima? b) O experimento não deu certo e você precisará preparar o tampão novamente, mas a solução estoque de NaCl acabou e será preciso preparar uma nova. Sabendo-se que o peso molecular do NaCl é 58.44, quanto deste sal você deverá pesar para preparar 200 mL de solução estoque na concentração de 5M? * 2- Uma amostra de 50 mL de água de um reservatório foi coletada e levada a um laboratório de análises microbiológicas por suspeita de contaminação com microrganismos patogênicos. 1 mL da amostra foi usado para diluições seriadas (10^-1, 10^-2 e 10^-3 em triplicata) em meio rico seguido de espalhamento de 100 uL em placas de meio YT. O resultado da contagem das placas está apresentado na tabela abaixo: a) calcule a quantidade de microrganismos presentes em 1 mL da amostra; * b) foi possível saber se a amostra de água estava ou não contaminada com microrganismos patogênicos? * c) quais seriam algumas possibilidades para a identificação /caracterização dos microrganismos? * 3- Um pesquisador quis avaliar se o gene GAT1, que codifica o fator de transcrição global essencial para a utilização de fontes de nitrogênio, interfere na expressão de fatores de virulência de Cryptococcus neoformans. Dessa forma, o pesquisador desenhou o experimento de virulência de um mutante para o gene gat1 em modelo murino. Para tal usou a linhagem WT H99 (cepa selvagem), deletou o gene gat1(linhagem gat1Δ) e, reinseriu o mesmo gene no mutante (gat1Δ + GAT1) e avaliou a virulência em camundongos Balb/c (Figura A). Paralelamente, o pesquisador observou as 3 linhagens ao microscópio ótico usando a tinta nanquim para evidenciar a cápsula mucopolissacarídica (Figura B). a) Descreva e Discuta a relação do gene GAT1 com a produção de cápsula mucopolissacarídica e a virulência do mutante no modelo murino, baseando-se nos resultados dos experimentos referentes as Figuras A e B. 4- Os ácidos nucléicos de duas amostras (X e W) contendo tipos virais diferentes foram purificados. O material recuperado após a extração foi introduzido em culturas celulares por métodos bioquímicos (transfecção). Após dois dias foi observado efeito citopático na cultura celular que recebeu o ácido nucléico obtido a partir da amostra W. Por outro lado, as culturas celulares que receberam o ácido nucléico purificado a partir da amostra X não apresentaram alterações. Explique estes resultados e justifique sua resposta. * No seguinte vídeo [link, ctrl + click) observe o evento imunológico (https://www.youtube.com/watch?v=re_vezik490) (se não consegue ser redirecionado, copie o link diretamente na barra de busca de internet). a) Responda brevemente, que tipo de estrutura bacteriana protege as bactérias deste evento imunológico? Qual é a sua composição e localização? * b) Que outras utilidades tem esta estrutura para um patógeno bacteriano? * c) Como são denominados microbiologicamente estes tipos de estruturas/antígenos?* d) Como poderia ser detectado este tipo de antígeno? * e) Cite espécies bacterianas Gram-positivas e Gram-negativas que contém este tipo de antígeno na sua estrutura. * f) Descreva brevemente uma estratégia imunológica que poderia ser utilizada para proteger a uma população suscetível, de uma infecção por um patógeno contendo esta estrutura? * 5- Pesquisadores avaliaram a eficácia de soluções com várias concentrações de etanol na inativação do vírus SARS-CoV-2. Cada preparação foi incubada por 30 segundos. Os resultados estão mostrados na Figura abaixo. O eixo Y representa a quantidade de partículas virais viáveis presentes nas amostras após o tratamento. LLOQ indica o limite inferior de detecção da atividade viral com esta técnica. a) Qual a quantidade de vírus (em números absolutos) nas amostras tratadas com 0, 20 e 30% de etanol? Qual o valor do LLOQ? b) Discuta quais características do SARS-CoV2 podem explicar a eficácia do Etanol contra este vírus. 6- Ensaios de detecção de material genético viral têm sido utilizados para detecção do vírus SARS-Cov-2, sendo o padrão ouro para o diagnóstico. Estes ensaios empregam a técnica de PCR (reação em cadeia da polimerase), e suas variações como o PCR quantitativo em tempo real. Considerando estes procedimentos, responda. a) Sabendo que o SARS-Cov-2 é um vírus que possui RNA como material genético, explique qual procedimento é necessário para que este RNA possa ser detectado por PCR. 7- Técnica de difusão em disco é comumente utilizada para determinação de susceptibilidade de microrganismos aos agentes antimicrobianos. Neste teste, uma quantidade padronizada do agente antimicrobiano difunde a partir de um disco, formando um gradiente de concentração quando o mesmo é colocado sobre uma placa onde o microrganismo de interesse foi semeado. O microrganismo cresce formando um tapete, e uma zona de inibição do crescimento está presente como um círculo ao redor do disco. Ao testar as atividades dos antimicrobianos “A” e “B” contra a bactéria Escherichia coli, foi observado o resultado mostrado abaixo. a) Qual dos dois antimicrobianos é mais eficaz contra E. coli nas condições testadas? Justifique. b) O que você poderia dizer sobre a atividade combinada dos dois antimicrobianos, com base no fenômeno observado na área indicada pela seta. 8- A percepção de quórum (“quorum sensing”) é um mecanismo que leva à ativação da expressão de diversos genes em condições de alta densidade da população bacteriana. Este fenômeno foi descoberto na bactéria Vibrio fischeri, um simbionte bioluminescente de peixes e lulas. Os genes lux codificam diversas proteínas, cuja atividade conjunta resulta na emissão de luz. Como mostrado na figura abaixo, luxI codifica uma proteína responsável pela síntese de uma molécula chamada autoindutor (AI). Essa pode difundir livremente, entrando e saindo célula bacteriana. Em altas densidades populacionais, a quantidade de autoindutor no meio é alta, o mesmo ocorrendo por consequência com a concentração intracelular. Em altas concentrações, AI se liga à proteína LuxR (codificada por luxR), que passa a funcionar como um regulador transcricional, que ativa a expressão dos genes lux, incluindo luxCDBAE, cuja atividade conjunta resulta na emissão de luminescência. a) Em qual fase do crescimento bacteriano a atividade de luciferase seria máxima? Justifique sua resposta. 9- Trabalhando com mutantes de V. fischeri, um pesquisador identificou duas linhagens mutantes incapazes de ativar a luminescência por percepção de quórum (Chamadas de M1 e M2). Para tentar entender que alterações estavam presentes nas linhagens M1 e M2, foi realizado um experimento onde a luminescência foi medida em culturas entrando em fase estacionária. A luminescência foi medida com e sem a adição artificial de AI ao meio de cultura. Os resultados estão mostrados na Figura abaixo. Para comparação, também é mostrada a atividade de luminescência da linhagem selvagem (wt). a) Elabore uma hipótese compatível com o resultado apresentado, que sugira qual gene (luxI, luxR ou genes do operon luxCDBAE) está mutado na linhagem M1 e qual está mutado em M2. 10- Para medir a capacidadede invasão celular de 3 linhagens de Salmonella typhimurium, foi realizado o seguinte experimento. Células humanas em cultura foram misturadas com suspensões contendo altos títulos de bactérias. A quantidade de unidades formadoras de colônia (UFC) presente neste inóculo inicial foi determinada por diluição seriada e semeadura em meio de cultura com ágar. Após uma hora de incubação das células com as diferentes linhagens bacterianas, a mistura foi tratada com uma concentração bactericida de gentamicina. Como a gentamicina não penetra no interior das células eucarióticas, mata seletivamente as bactérias presentes no meio extracelular. Para determinação da quantidade de bactérias presentes dentro das células eucarióticas, estas foram lavadas para remoção da gentamicina e rompidas por lise branda (que não afeta as bactérias), e o número de UFCs foi determinado novamente por diluição seriada e semeadura. Os resultados estão mostrados na Figura abaixo. Os pontos representam as diferentes réplicas experimentais, e a barra maior, o valor mediano de UFC/mL. a) Qual foi a linhagem com menor capacidade de invasão? E qual linhagem invadiu mais eficientemente as células em cultura? Explique. * b) Qual foi, aproximadamente, o percentual de bactérias da linhagem L1 que conseguiu invadir as células em cultura durante o experimento? 11- Um grupo de pesquisa isolou Candida albicans de pacientes com candidemia e avaliou a capacidade deste fungo em formar biofilmes, o nível de virulência destes em camundongos, bem como a sensibilidade de biofilmes maduros de Candida albicans à anidulafungina, um antifúngico recomendado no tratamento de candidemias. A virulência foi medida acompanhando a sobrevida de animais de laboratório infectados com as leveduras, e a concentração de bactérias em biofilmes formados em cultura no laboratório foi medida pela densidade óptica dos mesmos. a) Interprete os resultados obtidos nas Figuras 1A e 1B e discuta uma possível relação entre os dados de virulência e de formação de biofilmes. 12- Estamos em maio do ano 2024. Em fevereiro a WHO declarou a existência de uma pandemia de COVID-23, causada pelo coronavírus SARS-CoV-3. A pandemia tem causado grande preocupação dos órgãos de saúde já que vírus acomete 10% da população sendo fatal para 15% dos pacientes. a) Considerando esses dados epidemiológicos qual seria o número estimado de mortes em uma cidade do Brasil com uma população de 1 milhão de habitantes? 13- Recentemente, uma vacina foi aprovada pelo órgão regulador de saúde deste país. A vacina apresenta uma eficiência de 90% para prevenir a infecção por SARS-CoV-3. No entanto, até o momento apenas 60% da população foi vacinada. Considerando a eficiência da vacina e a taxa de cobertura da mesma, calcule quantos indivíduos estariam efetivamente protegidos. * 14- Explique o que são anticorpos neutralizantes. Proponha um experimento que permita determinar se anticorpos deste tipo, contra o SARS-CoV-3, foram produzidos em um paciente infectado pelo agente. * 15- Histoplasma capsulatum é um fungo termodimórfico e um dos agentes etiológicos da histoplasmose. Durante a transição da forma filamentosa para a de levedura ocorrem inúmeras mudanças fisiológicas e morfológicas, dentre elas a composição da parede celular. Essas alterações são importantes aspectos na patogênese da histoplasmose. Baseando-se no dados obtidos nas figuras A e B (abaixo) discuta a relação entre a proporção dos polímeros beta-1,3 glucana e de alfa-1,3 glucana da parede celular de leveduras e conídios de H. capsulatum com a patogenicidade do fungo. * Figura: Composição de polímeros de glucana da parede celular de Histoplasma capsulatum e interação de leveduras com macrófagos. A: quantificação dos polímeros de beta-1,3 glucana e de alfa-1,3 glucana da parede celular de leveduras e conídios de H. capsulatum (cepa selvagem). B: produção de fator de necrose tumoral (TNF-alfa) após a interação de macrófagos com leveduras de H. capsulatum (cepa selvagem [AGS1(+)] e mutante para a enzima alfa-1,3 glucana sintetase (ags1(Δ)]. *p