ED Nucleases e Topoisomerases

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ED – Nucleases e Topoisomerases
Qual o alvo molecular das nucleases? Que tipo de reação elas realizam?
Oque diferencia as nucleases e topoisomerases?
Qual a diferença entre exonucleases e endonucleases?
A que diz respeito a especificidade “a” ou “b” descrita para as nucleases?
Desenhe esquematicamente a ação das seguintes nucleases (onde fd = fita dupla e fs=fita simples)
DNase I (Substrato: DNA fd e DNA fs, endonuclease, especificidade a)
RNase A (Substrato: RNA fs, endonuclease em 3’ de purinas, especificidade b) 
RNase H (Substrato: RNA híbrido de DNA/RNA (DNA + primer, endonuclease, especificidade a) digestão parcial
Lambda Exonuclease (Substrato: DNA fd, exonuclease, especificidade 5´P - 3´OH) digestão parcial de fita com terminais abruptos
Exonuclease III (Substrato: DNA fd, exonuclease, Especificidade 3´ - 5´, não opera em fs de mais de 4 pb), digestão parcial de dupla fita de DNA com terminais coesivos com protuberância de 8 pb em 5´P
Que tipo de circunstância induz superenrolamento negativo no DNA? Descreva em termos da proporção entre o número de pares de base e número de voltas e também em relação a uma condição fisiológica em que isto ocorre?
Que tipo de circunstância induz superenrolamento positivo no DNA? Descreva em termos da proporção entre o número de pares de base e número de voltas e também em relação a uma condição fisiológica em que isto ocorre?
Complete: Em condições normais o DNA cromossomial da célula procariótica encontra-se majoritariamente _____________________ (negativamente ou positivamente?) superenrolado. Explique a provável razão fisiológica para este estado. 
Qual das seguintes enzimas seria útil para relaxar um DNA negativamente superenrolado? (Escolha)
Topoisomerase I, que age sobre 1 fita, adicionando voltas
Topoisomerase II, que age sobre 2 fitas, removendo voltas
Topoisomerase III, que age sobre 1 fita, removendo voltas
Topoisomerase IV, que age sobre 2 fitas, removendo voltas e decatenando cópias
Qual das seguintes enzimas seria útil para relaxar um DNA positivamente superenrolado? (Escolha)
Topoisomerase I, que age sobre 1 fita, adicionando voltas
Topoisomerase II, que age sobre 2 fitas, removendo voltas
Topoisomerase III, que age sobre 1 fita, removendo voltas
Diferencie as topoisomerases do tipo I e II quanto a:
Forma de manipular o DNA
Necessidade de energia na forma de ATP para a reação
Considerando duas enzimas com mesmo tipo de ação (como por exemplo topoisomerase II, também conhecida como DNA girase que pertence à classe II e a topoisomerase III, que pertence à classe I), determine o impacto no numero de voltas, a cada passagem de fita promovida pela enzima.
Descreva com suas palavras, ou represente esquematicamente, a ação da DNA girase. 
O que faz a DNA girasse e qual seu papel na origem da replicação?
 Se for necessário desfazer um nó no DNA, que tipo de enzima seria desejável? (Escolha e justifique)
Uma topoisomerase do tipo I que remove voltas
Uma topoisomerase do tipo I que adiciona voltas
Uma topoisomerase do tipo II que remove voltas
Uma topoisomerase do tipo II que adiciona voltas