Exercicios_Transcricao_Traducao

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A) A partira das seqüências A e B procarióticas, responda as questões abaixo:
Seqüência A
+1
5’ ACTGCTCGCG TTGACATGCA CGCATCTAGC TATATAATCA CTAGATATTA GGAGGAGCTA 
TGCGATGCGT ATCGGAGTGG GGGTCATACC TAGCTTGACA GCATAAGTGA CG 3’
Seqüência B
 +1
5’ AUUAGGAGGA GCUAUGCGAU GCGUAUCGGA GUGGGGGUCA UACCUAGCUU
GACAGCAUAA GUGACG 
3’
Que tipo de molécula está representada pela seqüência A? E pela seqüência B?
O que representam as seqüências sublinhadas em A? E em B?
O que define os nucleotídeos marcados em negrito e pelo número +1?
A partir da seqüência B e usando a tabela do código genético acima:
Pergunta-se:
a) Qual a seqüência do peptídeo codificado por esta seqüência? (escrever no sentido N(C-terminal) 
b) Qual seria a seqüência do peptídeo se o nucleotídeo +1 (A) fosse substituído por “U”? 
c) Qual seria a seqüência do peptídeo se o nucleotídeo +14 (C) fosse substituído por “A”? 
d) Qual seria a seqüência do peptídeo se o nucleotídeo da posição +38 (A) fosse substituído por U?
B) Cite dez diferenças nos processos de transcrição e tradução entre procariotos e eucariotos.
C) Suponha que você seja convidado a trabalhar numa equipe de pesquisadores que buscam entender os mecanismos moleculares de transcrição eucariótica. Você recebe do chefe da equipe extratos nucleares de diferentes tecidos (T, C e B) e um fragmento clonado de DNA que se localiza na região 5’ (região acima do primeiro ATG) do gene X, e que supostamente promove sua transcrição. Adicionalmente o chefe da equipe lhe informa que este gene só é expresso no tecido T do mamífero M. Como demonstrar esta suposição e com quais técnicas de Biologia Molecular? 
D) Defina as seguintes expressões:
1 – 5’ e 3’ UTR
2 – Transcrito primário e transcrito maduro em eucariotos
3 – Unidade transcricional
4 – Seqüência codante
5 – Fita codante e fita molde para a transcrição
6 – Seqüência de Shine-Dalgarno
7 – Promotor eucariótico e procariótico
8 – RNA policistrônico e monocistrônico
9 – Introns e exons
10 – Splicing tipo I, tipo II e spliceossomo
E) Quais as etapas em ordem cronológica do processamento pós-transcricional de mRNAs em eucariotos? 
F) O que é splicing alternativo e que vantagens isto traz para a célula eucariótica?
G) Qual a função da subunidade sigma em procariotos e da TBP (TATA binding protein) em eucariotos?
H) Qual seria o efeito mais provável de uma mutação que impedisse a subunidade sigma de se dissociar do núcleo catalítico da RNA polimerase?
I) Descreva, sumariamente, as diferenças nos mecanismos de excisão de introns dos grupos I, II e dos íntrons processados via "spliceossomo".
J) Diversos fatores de iniciação da transcrição em eucariotos desempenham um papel fundamental na montagem do aparato basal de iniciação da transcrição. Neste sentido, comente sobre a importância funcional das seguintes atividades enzimáticas encontradas em 2 destes fatores gerais de iniciação da transcrição: 
a) Atividade helicase encontrada no fator TFIIE (0,5 ponto) 
b) Atividade proteína quinase encontrada no fator TFIIH (0,5 ponto) 
c) Comparando entre eucarioto e procarioto, cite uma diferença fundamental na etapa de iniciação da transcrição
K) Descreva as etapas de tradução em procariotos e eucariotos.
L) Qual a função do CAP e da calda poliA na tradução em eucariotos?
M) Qual a função dos fatores de iniciação da tradução em procariotos e em eucariotos?
N) Qual a função dos fatores de elongação e terminação da tradução em procariotos e eucariotos?
O) O que é PABP e qual a sua função na tradução em eucariotos?
P) Os mRNAs eucarióticos são monocistrônicos. Mesmo que eles possuíssem mais de uma sequência codante apenas uma delas seria traduzida. Comparando com a tradução dos mRNAs policistrônicos de procariotos explique porque isto acontece. 
Q) Descreva as etapas de iniciação da transcrição em eucariotos. 
R) Qual a função do fator NusA na transcrição em procariotos? Defina terminação rho-dependente e rho-independente.
S) Dada a seqüência do mRNA abaixo:
5’ AUGGGGAACAGCAAGAGUGGGGCCCUGUCCAAGGAG 3’
Responda:
Qual a seqüência de DNA da fita molde ou template? Escreva a seqüência na direção 5’(3’.
Qual a seqüência da fita codante? Escreva a seqüência na direção 5’(3’.