bioinformatica e genomica - george carvalho

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Bioinformática e Genômica
- George Carvalho -
- Panda
- Biomedicina
- DABiom
- Genética
- LIKA
- Genomika
Quem ser esse indivíduo?
O que é bioinformática?
ref.: OMGenomics 
(http://omgenomics.com/what-is-bioin
formatics/)
- A aplicação ou criação de ferramentas computacionais para analisar as 
informações associadas à biomoléculas em larga escala [1, 2, 3].
O que é bioinformática?
ref.: OMGenomics 
(http://omgenomics.com/what-is-bioin
formatics/)
- A aplicação ou criação de ferramentas computacionais para analisar as 
informações associadas à biomoléculas em larga escala [1, 2, 3].
ref.: http://essayhomeworkhelp.org/articles/sample-essay-central-dogma-molecular-biology/
Por que bioinformática?
ref.: 
http://www.genomicglossaries.com/ima
ges/shenemangenome.gif
- ‘Atlas of Protein Sequence and Structure’ - Margaret Dayhoff em 1968 [2]
- Grande quantidade de dados advindos de projetos com sequenciamento de 
genomas (Humano, rato, chimpanzé, galinha, etc.)
- Bancos de dados e novos softwares
- Tutorial de BLAST
Por que bioinformática?
ref.: 
http://www.genomicglossaries.com/ima
ges/shenemangenome.gif
- ‘Atlas of Protein Sequence and Structure’ - Margaret Dayhoff em 1968 [2]
- Grande quantidade de dados advindos de projetos com sequenciamento de 
genomas (Humano, rato, chimpanzé, galinha, etc.)
- Bancos de dados e novos softwares
- Tutorial de BLAST
Por que bioinformática?
ref.: 
http://www.genomicglossaries.com/ima
ges/shenemangenome.gif
- O crescimento da bioinformática é paralelo ao desenvolvimento de 
tecnologias de sequenciamento
E tome dados ...
ref.: NHGRI 
(https://www.genome
.gov/27541954/dna-s
equencing-costs-data
/)
ref.: GenBank (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/statistics/)
Big data
Big data
ref.: Stephens, Zachary D., et al. "Big data: astronomical or 
genomical?." PLoS biology 13.7 (2015): e1002195.
Bancos de dados
Bioinformática hoje
- Tecnologia da informação: armazenamento, transferência, transformação;
- Ciência da computação: algoritmos avançados, toolkits;
- Estatística: modelagem de dados, inferências;
- Ciências da vida: testes de hipóteses, interpretação.
Principais áreas [4]
- Análise filogenética
- Design de fármacos
- Bioinformática estrutural
- Ômicas
- Genômica
- Proteômica
- Transcriptômica
- Metabolômica
- Epigenômica
- Farmacogenômica
- Metagenômica
- Biologia de sistemas (Panômica)
Análise filogenética [5, 6]
- Filogenia: História evolucionária das espécies
- Filogenética: Estuda as filogenias, as relações evolutivas entre espécies
- Análise filogenética: Métodos usados para estimar relações filogenéticas
Bioinformática estrutural [7]
- Análise e predição da estrutura 
tridimensional de macromoléculas
- Refinamento de estruturas 
resolvidas (raio-X ou RMN)
- Desenho de fármacos [8]
- Desenho de novas proteínas
- Predição funcional
ref.: Liu, Fangyu, et 
al. "Molecular 
Structure of the 
human CFTR ion 
channel." Cell 169.1 
(2017): 85-95.
Ômicas
ref.: Bioinformática: da Biologia à Flexibilidade Moleculares
Ômicas
ref.: Bioinformática: da Biologia à Flexibilidade Moleculares
Biologia de sistemas (panômica)
- Retorno a complexidade dos sistemas
- Estudo sistemático de interações em 
um sistema biológico
- Teoria dos grafos
ref.: Wang, Min, et al. "Candidate genes and pathogenesis investigation for sepsis-related acute 
respiratory distress syndrome based on gene expression profile." Biological research 49.1 (2016): 25.
Biologia de sistemas (panômica)
ref.: Wang, Min, et al. "Candidate genes and pathogenesis investigation for sepsis-related acute 
respiratory distress syndrome based on gene expression profile." Biological research 49.1 (2016): 25.
Genômica
- É o estudo da sequência completa de DNA 
(genoma) de um organismo, podendo se 
limitar ao estudo de porção do genoma que 
sejam de interesse clínico
- Entender doenças
- Abordagens personalizadas de tratamento
Genômica
Genômica
Genomika
- Um dos laboratórios mais avançados 
em genética clínica no Brasil
- O primeiro na região Norte e Nordeste
- Portfólio de testes genéticos para 
diagnóstico e tratamento personalizado 
de doenças hereditárias, raras e 
tumores
Bioinformática clínica
Bioinformática clínica
Sendo menos direto
- Dá mais trabalho do que a gente pensa!
Por onde começar? [9, 10]
- Conhecimento em ao menos duas linguagens
- Conhecimento em estatística
- Conhecimento das técnicas de biologia molecular
- Experiência em Unix Shell
- Familiaridade com toolkits
- Familiaridade com bancos de dados
- Habilidades de comunicação
Cursos online
Pós-graduações
Oportunidades na área
- @bioinfojobs - Bioinfo.ca jobs
- @TxGenJobs - TxGenJobs
- Linkedin
- Genomika Diagnostics
- Hospital Israelita Albert Einstein
- Centro de Genomas(R)
- Mendelics
- Grupo Fleury
- Helixxa Serviços Genômicos S.A
- Hermes Pardini
- Laboratório Sabin
- Grupo DASA
1. Luscombe, Nicholas M., Dov Greenbaum, and Mark Gerstein. "What is bioinformatics? An introduction and overview." 
Yearbook of Medical Informatics 1.83-100 (2001): 2.
2. “WHAT IS BIOINFORMATICS?” by JOANNE FOX (https://www.scq.ubc.ca/what-is-bioinformatics/)
3. Bayat A. Bioinformatics. BMJ : British Medical Journal. 2002;324(7344):1018-1022.
4. “What are the various fields in bioinformatics?” (https://www.quora.com/What-are-the-various-fields-in-bioinformatics)
5. ‘Phylogenetics: DNA Protocol’ (http://bcrc.bio.umass.edu/intro/content/phylogenetics-dna-protocol)
6. ‘Introdução à bioinformática - Análise filogenética’ 
(https://edisciplinas.usp.br/pluginfile.php/3482372/mod_resource/content/1/IBM1029_aula11.pdf)
7. Bioinformática: da Biologia à Flexibilidade Moleculares (https://www.ufrgs.br/bioinfo/ebook/)
8. Katara, Pramod. "Role of bioinformatics and pharmacogenomics in drug discovery and development process." Network 
Modeling Analysis in Health Informatics and Bioinformatics 2.4 (2013): 225-230.
9. ‘"Short List" of Bioinformatics Skills’ 
(https://www.reddit.com/r/bioinformatics/comments/5miwnr/short_list_of_bioinformatics_skills/)
10. ‘10 Useful Bioinformatics Skills to Have’ 
(http://bioinfonecia.blogspot.com.br/2011/06/10-useful-bioinformatics-skills-to-have.html)
11. Tutorial de BLAST (https://digitalworldbiology.com/tutorial/blast-for-beginners)
Referências