As principais desvantagens da imunidade adaptativa e inata

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As principais desvantagens da imunidade adaptativa eu diria que são o fato de ela demorar um tempo pra responder (até 2 semanas), caso seja a primeira vez que o corpo é infectado pelo patógeno e o fato de que, apesar dos linfócitos auto-reativos passarem por uma série de mecanismos de seleção pra que eles sejam destruídos, algumas vezes (dependendo da predisponibilidade genética da pessoa) esses mecanismos falham e temos o desenvolvimento de uma doença auto-imune, desde grave (levando à morte) ou incômoda (tem que ficar fazendo terapia com corticoide ou imunomodulador pro resto da vida, etc)
Com relação à imunidade inata, diria que a desvantagem é que ela não tem uma resposta específica pra cada patógeno (como a imunidade específica tem). Ela age da mesma forma com qualquer coisa que te infectar (por meio de uma resposta inflamatória), e isso pode ser efetivo (na maioria das vezes é) ou não (o que ocorre com patógenos mais virulentos ou mesmo com patógenos que resistem à fagocitose por exemplo, como o bacilo de Koch, causador da tuberculose, uma doença que evolui com inflamação crônica e formação de áreas de necrose principalmente nos pulmões porque macrófagos fagocitaram os bacilos e esses por sua vez ficam se multiplicando dentro deles em vez de morrerem)