ClinVar and Decipher

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ClinVar / DECIPHER 
 
Prof. Jomar P. Monteiro 
jomarmont@gmail.com 
Curso de Biomedicina 
Disciplina: Bioinformática 
ClinVar - 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ 
- Base de dados do NCBI contendo variações genéticas 
humanas e fenótipos associados. 
 
- Não deve ser utilizada para diagnóstico direto sem a 
participação de especialistas da área. 
 
- Dentre os inúmeros recursos desta plataforma vamos 
focar no Variation Viewer. 
 
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/clinvar/ 
- Caixa de texto para 
buscas simples e 
avançadas: termos como 
nome de genes. Siglas de 
genes, condições e 
outros. 
 
- Help: How to search 
ClinVar - Tutoriais. 
 
- Variation Viewer. 
Help: How to search Clin Var (Como fazer buscas) 
- Tutorial no Youtube em inglês. Também existe um para o Variation Viewer. 
 
- Exemplos de buscas que podem ser feitas na caixa de texto com a devida 
nomenclatura. 
 
 
 
 
 
Tutoriais no Youtube 
- Search ClinVar with Ease: https://www.youtube.com/watch?v=A8G3ej83ZgU 
 
 
 
- The Variation Viewer: https://www.youtube.com/watch?v=rnWZ9MFBwUM&t=4s 
 
Help: How to search Clin Var (Como fazer buscas) 
- Na coluna da esquerda temos filtros que permitem refinar a busca para fatores como: 
significância clínica, consequências moleculares, tipos de variação, etc.. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Variação (código) Gene (código) Condições associadas 
Significância clínica 
Variation Viewer 
Exemplos 
de Buscas 
- Símbolos de genes 
- Fenótipo 
- identificadores de 
alterações no DNA 
- bandas 
citogenéticas (5p15) 
- coordenadas 
cromossômicas em 
diversos formatos 
- cromossomos 
inteiros 
- Filtros diversos 
para refinar as 
buscas por Base de 
Dados, Significânica 
Clínica, Tipo de 
variação genética, 
etc. 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
1 
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6 
- 1: esquema gráfico do cromossomo em questão incluindo bandas citogenéticas (marcador azul 
indica onde estamos no cromossomo). É possível manipular a janela azul diretamente para aumentar 
ou diminuir a região cromossômica visualizada. 
 
- 2: barra azul para navegação no gene. Menu “Region” para centralizar no gene (opção “go to gene 
only (no pad)”). Esquema gráfico de esferas para cada exon. 
 
- 3: esquema gráfico dos genes (introns em linha e éxons em caixas) e elementos genéticos contidos 
na região indicada (neste caso são 5 genes). Ferramentas para navegar ao longo da sequência e dar 
zoom no gráfico. Zoom pode ser necessário para visualizar características mais detalhadas em outras 
partes da tela como nos intens 4 e 5. 
 
- 4: ClinVar Short Variations: esquema gráfico de SNPs na região indicada. Pode aparecer em 
formato de histograma se houvar muitas (zoom necessário para visualizar as variações individuais). 
 
- 5: dbVar ClinVar Large Variations: variações genéticas de larga escala (azul representa inserções, 
vermelho representa deleções e linhas azuis claras representam variações complexas e rearranjos). 
Pode aparecer em formato de histograma se houvar muitas (zoom necessário para visualizar as 
variações individuais). 
 
- 6: Tabela contendo as variações da região indicada e informações associadas (Código de Identidade 
(ID), localização, tipo de variação, símbolo do gene, consequências moleculares, significânica 
clínica, publicações científicas associadas, etc). 
Legenda 
Detalhes de genes 
- Ao passar o mouse sobre o gene temos um menu de opções como “View gene ID” 
para detalhes como informações sobre expressão gênica, “View MIM” para acessar o 
OMIM, opções para fazer BLAST e obter sequênicas. 
DECIPHER - https://decipher.sanger.ac.uk/ 
- Base de dados de pacientes contendo informações genotípicas 
e fenotípicas (Instituto Sanger, UK). 
 
- Somente é possível acessar os dados públicos. 
 
- Para se registrar é necessário estar fazendo pesquisa com 
alterações genéticas humanas. 
 
- Não deve ser utilizada para diagnóstico direto sem a 
participação de especialistas da área. 
DECIPHER - https://decipher.sanger.ac.uk/ 
Caixa para buscas 
em texto (genes, 
fenótipos e outros 
termos) 
Navegador de 
genoma 
Navegador de 
fenótipos 
Ao clicar na caixa 
de busca temos 
alguns exemplos e 
o link “more” 
O link “more” fornece mais exemplos de busca como por fenótipo, ID do fenótipo 
(hpo:1249), coordenada cromossômica, banda citogenética, símbolodo gene, 
patogenicidade, herança, consequencia molecular, ID do paciente e texto comum 
(nome de síndrome por exemplo). Também mostra como fazer buscas com mais de 
um termo separando os mesmos por vírgula. 
Busca para o gene BRCA2: Abas para a lista de pacientes com acesso público (17), Síndromes associadas, 
Variantes associadas a problemas de desenvolvimento em crianças (DDD Research Variants) e aba para genes 
na região selecionada (neste caso apenas 1 gene – o mesmo para o qual fizemos a busca). 
 
Abaixo destas abas temos o botão para esta lista de resultados (Results) e para o navegador de genoma 
(Browser). 
Navegador de Genoma 
Caixa para buscas 
em texto (genes, 
fenótipos e outros 
termos) 
Navegador de 
genoma 
Navegador de 
fenótipos 
- Caixa de texto para buscas (somente pelo símbolo do gene, banda citogenética ou 
coordenad cromossômica) 
 
- Abaixo da caixa temos exemplos para os três tipos de buscas. 
1 
2 
3 
4 
5 
Nota: Cada linha de dados possui um botão engrenagem no canto direito com opções de seleção incluindo a explicação da 
função destes dados (botão “i” ao expandir a engrenagem). 
6 
- 1: esquema gráfico do cromossomo em questão incluindo bandas citogenéticas (marcador vermelho 
indica onde estamos no cromossomo). No botão “Tracks” é possível selecionar os dados que deseja 
visualizar. 
 
- 2: Genes – repesentação gráfica dos genes na região selecionada (neste caso apenas os que 
codificam proteínas) coloridos por probabilidade de haplo-insuficiência. Ao clicar nos genes desta 
linha temos informações sobre os mesmos incluindo a opção de selecionar o gene ou de focar o 
navegador nele. 
 
- 3: Legenda das cores do item 2. Vermelho: maior chance de problemas por haplo-insuficiênica. 
Verde: menor chance. 
 
- 4: Morbid Genes – genes associados com fenótipos de doenças (mantido pelo OMIM). Ao clicar em 
um gene temos informações sobre o mesmo incluindo doenças associadas. Também podemos 
selecionar o gene ou focar o navegador nele. 
 
- 5: Sequênica da região selecionada (para observarmos a sequência é necessário alto grau de 
zoom/regiões mais curtas que 100.000 bases). 
 
- 6: DECIPHER Copy-Number Variants – lista de pacientes do DECIPHER com ganhos (azul) ou 
perdas (vermelho) cromossômicas na região observada. Ao selecionarmos uma das variantes temos 
informações sobre a mesma e o identificador do paciente. Também é possível selecionar ou focar o 
navegador no caso clínico em questão. A botão da engranagem parmite aplicar filtros variados para 
observarmos apenas o desejado. 
Legenda 
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10 
11 
Nota: Cada linha de dados possui um botão engrenagem no canto direito com opções de seleção incluindo a explicação da 
função destes dados (botão “i” ao expandir a engrenagem). 
12 
13 
- 7: Código de cores para o item 6. Quanto mais forte a cor maior a chance da alteração 
cromossômica ser patogênica. 
 
- 8: Variante de sequências do DECIPHER – variações de sequência em pequena escala (incluindo 
SNPs) de pacientes do DECIPHER. Ao selecionarmos uma variante temos informações sobrea 
mesma e o código do paciente. 
 
- 9: Síndromes do DECIPHER: Síndromes de microdeleção ou duplicação do DECIPHER para a 
região observada. Ao selecionarmos uma síndrome temos mais informações sobre a mesma incluindo 
a possibilidade de abrirmos a página específica da síndrome. 
 
- 10: Variações cromossômicas encontradas na população normal. 
 
- 11: ISCA – Variantes da base da dados International Standards for Cytogenomic Arrays (ISCA) 
Consortium. Ao selecionarmos a variante temos mais informações sobre a mesma incluindo fenótipos 
associados. 
 
- 12: Variantes gênicas associadas com desordens conhecidas. Ao selecionarmos a variante podemos 
abrir a página específica da doença. 
 
- 13: Mutações encontradas na base da dados ClinVar. Ao selecionarmos a variante temos 
informações sobre a mesma e links para o ClinVar e outras bases como o dbSNP e o EMSEMBL. 
 
Nota: lembrem-se que as definições de cada linha de dados pode ser encontrada abrindo o menu da 
engrenagem à direita de cada linha da dado. 
Legenda 
Páginas que podemos acessar ao clicarmos nos elementos do navegador 
previamente descritos (geralmente clicando o título da caixa de informações que 
aparece ao selecionarmos um elemento). 
Páginas específicas do DECIPHER 
Página de Gene 
- Contém informações sobre o gene em diversas abas e opções. 
 
- Overview: resumo do gene com dados clínicos, informações genômicas e de proteína incluindo 
representação gráfica funcional. 
 
- Overlaping Patients: pacientes com anomalias no gene em questão classificados por variação na 
sequência e variação por número de cópias do gene. Inclui tabelas com informações sobre estes 
pacientes e fenótipos mais frequentes. 
 
- Overlaping DDD Research Variants: crianças com problemas de desenvolvimento com alterações 
no gene em questão. 
 
- Phenotypes: fenótipos associados com pacientes com alterações no gene em questão. 
 
- Phenotype Browser: navegador gráfico para características fenotípicas em pacientes com alterações 
no gene em questão. 
 
- Transcripts: possíveis transcritos advindos das alterações no gene em questão e informações sobre a 
proteína traduzida. 
 
- Browser: navegador de genoma focado no gene em questão com propriedades e funcionalidades 
essencialmente iguais ao previamente descrito. 
Página de Síndrome 
- Contém informações sobre a síndrome em questão em diversas abas e opções. 
 
- Overview: resumo da síndrome com informações básicas. 
 
- Genotype: navegador de genoma focado nas regiões responsáveis pela síndrome. 
 
-Phenotype: Características fenotípicas associadas à síndrome. 
 
- Karyotype: representação gráfica dos cromossomos e regiões causadoras da síndrome. 
Página de Paciente 
- Contém informações sobre o paciente em questão em diversas abas e opções. 
 
- Overview: resumo com informações básicas do paciente. 
 
- Genotype: navegador de genoma focado nas características genéticas do paciente. Apresenta sub 
abas para o navegador (Browser), Gene, Visualizador da proteína (Protein View), anotações 
funcionais com frequênicas alélicas em diferentes grupos étnicos, Pacientes com variantes genéticas 
em comum (Overlapping Patients) seja por variação ou por alterações em número de cópias, 
Síndromes que possuem alterações genéticas em comum com a apresentada pelo paciente 
(Overlapping Syndromes), Evidências de patogenicidade (Pathogenicity Evidence). 
 
-Phenotype: Características fenotípicas associadas ao paciente e pais. 
 
- Assessments: avaliações clínicas. 
 
- Karyotype: representação gráfica dos cromossomos e regiões causadoras da síndrome. 
 
- Citations: referências científuicas que incluem o paciente. 
 
- Contacts: contato com o clínico responsável pelo paciente através do DECIPHER. 
Navegador de Fenótipos 
Caixa para buscas 
em texto (genes, 
fenótipos e outros 
termos) 
Navegador de 
genoma 
Navegador de 
fenótipos 
Gráfico radial partindo de condições mais genéricas no centro para fenótipos mais específicos nas bordas. 
Classificação por cores de acordo com o tipo de fenotipo de acordo com a lista na direita. Itens da lista também 
podem ser selecionados gerando duas opçoes: identificar todos os pacientes portadores do fenótipo ou focar no 
fenótipo gerando novo gráfico radial e abrindo para opçoes específicas dentro da categoria selecionada. 
- Utilizando o ClinVar: 
 
1. Checar o gene HTT e identificar a doença causada por variações por número de cópias e em que 
tecido o gene é mais expresso. 
 
2. No mesmo gene checar as mutações de ponto patogênicas: quantas são e que doença causam. 
 
3. Liste os SNPs que causam a doença de Gunther e o gene afetado. 
 
4. Checar as coordenadas cromossômicas “chr15:72,343,435 - 72,376,473”. Qual gene se localiza 
nesta posição? Quantos SNPs patogênicos ele possui? Qual a doença geralmente causada? 
 
5. Faça uma busca para as característiucas fenotípicas obesidade (obesity) e convulsões (seizures). 
Quantas variações são patogênicas e de que tipo são? Que cromossomos estão envolvidos? 
Exercícios 
- Utilizando o DECIPHER: 
 
1. O cromossomo 21 tem cerca de 48129895 de bases. Observe o mesmo no navegador de genoma 
(genome browser). Explique por que as variações patogênicas se localizam no braço longo do 
cromossomo. 
 
2. Navegue para o cromossomo 5 na posição 10001-12533304. qual a síndrome causada por deleção 
desta região? Quantos genes associados a doenças existem nessa região? 
 
3. O gene F11 é um gene associado a doenças? Qual? 
 
4. Utilize o navegador de fenótipo e informe quantos pacientes albinos existem na base de dados e 
seus códigos de identificação. 
 
5. No caso acima que cromossomos estão envolvidos em variações nos 7 pacientes? 
 
 
 
Exercícios