pratica analise

Prévia do material em texto

UNIVERSIDADE FEDERAL DE UBERLÂNDIA
Campus Avançado Patos de Minas
Curso de Graduação em Biotecnologia 
RELATÓRIO
BANCO DE DADOS BIOLÓGICOS
Relatórios de aulas práticas apresentado ao Prof.ª Luana como forma de avaliação Análise e modelagem biomolecular.
 Franciane 
 Marilia de Lima 41511BTC030
Patos de Minas, MG
Setembro, 2017
Introdução 
National Center for Biotechnology Information (NCBI; em português: Centro Nacional de Informação Biotecnológica) é uma biblioteca ou banco de dados criada em 1988, em que se concentram informações diversas sobre genética: genes sequenciados, transcritos, proteínas, lipídeos, entre outros metabólitos.
Para que seja possível os armazenamentos desse vasto volume de informações foram sendo criadas ferramentas no campo da bioinformática, como por exemplo algoritmos, aliados à matemática, com a análise estatística dos dados biológicos. Essas ferramentas são de grande importância visto que além da aquisição dos dados é preciso processá-los (interpreta-los) e armazena-los de forma inteligível.
Além da bioinformática, a interpretação dos dados no banco de dados biológico NCBI envolve outras várias áreas do conhecimento: Genética, bioquímica, química orgânica, físico- química, matemática, biomedicina, estatística, microbiologia, biologia molecular e muitas outras áreas
Objetivos 
I.Buscas específicas no NCBI
II.Explorando a base de dados Genes do NCBI
III.Explorando o banco de dados Nucleotide do NCBI
Metodologia e Resultados
I
Entre no portal NCBI e selecione “All Databases” e depois clique em Search após fazer isso vai entrar numa pagina onde aparece vários tópicos com fontes com pode ser acessada várias informações (Literatura, saúde, genomas, genes, proteínas e produtos químicos. ). 
Figura 1: Pagina inicial do portal NCBI
Figura 2: lugares onde deve clicar para acessar a página GQuery.
Figura 3 : Tudo que pode ser visto no GQuery.
Digitamos na caixa de pesquisa a palavra em inglês “bactéria” após digitar o ncbi achou várias informações que podemos estudar. 
Figura 4 : Resultado obtido após pesquisar por bactéria.
Agora fazendo uma busca mais focada pesquisamos sobre um gene de “Arabidopsis thaliana” (um pequeno vegetal florido que tem a mesma importância da mosca da fruta no universo vegetal, possuindo um ciclo de vida comparativamente curto e requer pouco espaço para o crescimento). Mas ao invés de pesquisar com a opção “All Databases” escolhemos a opção “proteic” quando pesquisamos escolhemos o gene com número de acesso NP_565676 pois foi nele que encontramos o produto proteico que desejamos que foi componente estrutural do ribossomo. Quando clicamos no nosso gene de interesse foi possível ver várias informações dessa proteína em especifico, como a região codificante e quais são os seus nucleotídeos.	Quando vamos especificamos mais na nossa pesquisa vamos tendo resultados melhores 
Figura 5 : O que vamos fazer para refinar a pesquisa
II
Entramos no portal ncbi e digitamos na caixa de pesquisa o gene TLR4. Ao entra escolhemos a segunda opção que é a espécie correspondente “Homo sapiens”.O tipo de gene dele é codificação de proteínas. A proteína codificada por este gene é um membro da família do receptor Toll-like (TLR) que desempenha um papel fundamental no reconhecimento de patógenos e na ativação da imunidade inata. Os TLRs são altamente conservados de Drosophila para humanos e compartilham semelhanças estruturais e funcionais. Eles reconhecem os padrões moleculares associados aos patógenos que são expressos em agentes infecciosos e medeiam a produção de citocinas necessárias para o desenvolvimento de imunidade efetiva. Os vários TLR exibem diferentes padrões de expressão. Este receptor foi implicado em eventos de transdução de sinal induzidos por lipopolisacarídeos (LPS) encontrados na maioria das bactérias gram negativas. As mutações neste gene têm sido associadas a diferenças na capacidade de resposta do LPS. Várias variáveis ​​de transcrição que codificam diferentes isoformas foram encontradas para este gene. Esse gene esta localizado no 9q33.1 do genoma humano. Gene ID: 7099 
 1.proteina = NG_011475.1:5001-18309 Homo sapiens toll like receptor 4 (TLR4), RefSeqGene on chromosome 9 ORFs found: 7
 	
 2.proteina = NC_018920.2:120614005-120627323 Homo sapiens chromosome 9, alternate assembly CHM1_1.1, whole genome shotgun sequence ORFs found: 6
 3.proteina = NC_000009.11:120466453-120479769 Homo sapiens chromosome 9, GRCh37.p13 Primary Assembly ORFs found: 7
Figura 9: 
Figura 10: Resultado da pesquisa e qual opção escolhemos Opção escolhida
Gene ID
D
B e C
A
Figura 11: Informações das respostas a,b,c e d clicando no local onde tem a seta indicando a resposta da letra d é possivel ver localização exata do gene e valor do gene ID
	
Figura 12: Localização exata do gene 
Figura 13: Proteina 1
 Figura 14:Proteina 2
Figura 15:Proteina 3
Figura 16:Função dessas proteínas 
III
Ente no portal ncbi e escolha a opção nucleotídeo e procure por “p53” e escolhemos uma sequencia que possui 844 pares de bases. Possui GenBank: L37107.1, data do depósito: 06-FEB-1997 e o tipo de molécula mRNA linear. DEFINIÇÃO Canis familiaris p53 mRNA, cds parciais. ORGANISMO Canis lupus familiaris. Esses proteínas possui 386 aminoácidos. 
Figura 17:Como dever ser a pagina ser pesquisada 
Figura 18: Resultado da pesquisa e a sequencia que escolhemos 
Figura 19: 
 
Discussão
Conclusão 
O NCBI é um plataforma que veio para auxiliar nos biotecnologistas em nosssa pesquisa. Pois por meio dele podemos fazer varias pesquisas com resultados em diferentes aspectos como artigos científicos, sequencia genica , tipo de molécula e muito mais. E usando eles podemos fazer praticas com resultados muito satisfatórios. 
Bibliografia
NCBI.. Disponível em: < https://www.ncbi.nlm.nih.gov/>. Acesso em: 17 set. 2017.
Conteúdos ministrados pela professora Luana durante a aula.
Imagens tirada pelos próprios alunos por meio de print de pagina