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Classificação Komárek et al 2014. As cianobactérias estão classificadas em 8 ordens (8 grupos): Grupo I – Gleobacterales. Formado apenas pela família Gleobacteraceae. As células possuem grânulos polares e ausência de tilacóides. Grupo II – Synechococcales – Formado por 11 famílias. Unicelulares, coloniais e filamentosas. As células possuem tilacóides parietais e as famílias são diferencias pelo tipo de divisão celular (um plano de divisão, dois planos, múltiplos planos e divisão assimétrica), tipo de clorofila, forma da colônia (regular e irregular), bem como a presença ou ausência de mucilagem. Grupo III – Spirulinales – Formado apenas pela família Spirulinaceae. As células possuem tilacóides parietais, ausência de mucilagem e colônias filamentosas em espiral. Grupo IV - Chroococcales – Formado por 8 famílias. Células com tilacóides dispostas de forma irregular. Podem ser unicelulares e formar colônias mucilaginosas. Se diferenciam principalmente pelo tipo de divisão celular e pela formação ou não de colônias mucilaginosas. A família Cyanothrichaceae possui colônia mucilaginosa na forma de pseudo-filamento. Grupo V – Pleurocapsales – Formado por 4 famílias. As células possuem tilacóides organizados de forma irregular. Possuem divisão celular irregular ou em múltiplos planos. Formas colônias mucilaginosas na forma de pseudo-filamentos (Hydrococcaceae e Hyellaceae) e baeócitos. Grupo VI – Oscillatoriales – Formado por 7 famílias. As células possuem tilacóides organizados de forma irregular ou radial. Cyanothecaceae é a única família com indivíduos unicelulares, as demais são formadas por colônias filamentosas que se diferenciam pelo tamanho do filamento, pela a disposição das tilacóides (parietal a irregular, irregula e radial), bem como pelo tamanho da célula na colônia e não possuem heterocisto. Grupo VII – Chroococcidiopsidales – Formado por uma família Chroococcidiopsidaceae. Células com tilacóides irregulares, com um ou múltiplos planos de divisão celular e formação de baeócitos. Grupo VIII – Nostocales – Formado por 12 famílias. Células com tilacóides irregulares. Todas as famílias formadas por colônias filamentosas contendo heterocisto. Se diferenciação pela polaridade do filamento (isopolar e heteropolar), formação de ramificações falsas e verdadeiras, ramos uni ou multifilamentos. Em Capsosiraceae há a formação de agregados de células e filamentos.
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