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Fundamentos de Bioquímica Material Teórico Responsável pelo Conteúdo: Prof. Ms. Carlos Eduardo de Oliveira Garcia Revisão Textual: Profa. Dra. Selma Aparecida Cesarin Proteínas e Aminoácidos • Proteínas e Aminoácidos • Aminoácidos – O Alfabeto da Estrutura Proteica · Entender a estrutura e propriedades de aminoácidos, peptídeos e proteínas; · Estrutura das proteínas (primária, secundária, terciária e quaternária), ligações de aminoácidos, aminoácidos essenciais; · Discutir a importância das proteínas. OBJETIVO DE APRENDIZADO Proteínas e Aminoácidos Orientações de estudo Para que o conteúdo desta Disciplina seja bem aproveitado e haja uma maior aplicabilidade na sua formação acadêmica e atuação profissional, siga algumas recomendações básicas: Assim: Organize seus estudos de maneira que passem a fazer parte da sua rotina. Por exemplo, você poderá determinar um dia e horário fixos como o seu “momento do estudo”. Procure se alimentar e se hidratar quando for estudar, lembre-se de que uma alimentação saudável pode proporcionar melhor aproveitamento do estudo. No material de cada Unidade, há leituras indicadas. Entre elas: artigos científicos, livros, vídeos e sites para aprofundar os conhecimentos adquiridos ao longo da Unidade. Além disso, você também encontrará sugestões de conteúdo extra no item Material Complementar, que ampliarão sua interpretação e auxiliarão no pleno entendimento dos temas abordados. Após o contato com o conteúdo proposto, participe dos debates mediados em fóruns de discussão, pois irão auxiliar a verificar o quanto você absorveu de conhecimento, além de propiciar o contato com seus colegas e tutores, o que se apresenta como rico espaço de troca de ideias e aprendizagem. Organize seus estudos de maneira que passem a fazer parte Mantenha o foco! Evite se distrair com as redes sociais. Mantenha o foco! Evite se distrair com as redes sociais. Determine um horário fixo para estudar. Aproveite as indicações de Material Complementar. Procure se alimentar e se hidratar quando for estudar, lembre-se de que uma Não se esqueça de se alimentar e se manter hidratado. Aproveite as Conserve seu material e local de estudos sempre organizados. Procure manter contato com seus colegas e tutores para trocar ideias! Isso amplia a aprendizagem. Seja original! Nunca plagie trabalhos. UNIDADE Proteínas e Aminoácidos Proteínas e Aminoácidos As proteínas são as biomoléculas que se apresentam em maior quantidade e diversidade nas células e contribuem com 50% ou mais do peso seco. Elas se dispõem em todas as partes e também em todas as células dos organismos, fazem parte da estrutura e de todos os processos metabólicos das células. Cada proteína desempenha uma função específica dentro dos sistemas biológicos. As proteínas são o resultado final da expressão gênica, por isso é fundamental entendermos suas funções, estruturas e características para que possamos entender os sistemas biológicos, pois, como o próprio nome indica (proteína – do grego prótons), é a “primeira” ou “a mais importante”. Essas moléculas gigantes consistem polímeros formados de subunidades denominadas de aminoácidos em todas as proteínas, das mais complexas até as mais simples, de diferentes tamanhos e funções, das de simples bactérias até as dos organismos mais complexos. Polímeros são macromoléculas formadas a partir de unidades estruturais menores (os monômeros). Os monômeros são unidades que se repetem. No caso das proteínas, podemos dizer que elas são formadas por um conjunto de aminoácidos. Ex pl or Embora sejam conhecidos mais de 200 aminoácidos diferentes, as proteínas são formadas pelas ligações covalentes de apenas 20 aminoácidos, que variam em quantidade e disposição em cadeias que podem conter milhares dessas subunidades. Uma proteína pode ser formada por centenas a milhares de aminoácidos e no processo de síntese de proteínas que ocorre no interior celular. A sequência dessas unidades é determinada pela informação genética presente no gene (segmento de DNA cromossômico presente no núcleo celular). Dessa forma, estabelecemos correlação entre o material genético e todo o funcionamento de um organismo. A partir do DNA ocorrem as transcrições, com a fabricação de RNAs: transportadores, ribossômicos e mensageiros, cada um com uma função peculiar no processo de tradução ou síntese de proteínas. Portanto, as proteínas sintetizadas possuem características próprias, com um número, tipo e sequência de aminoácidos que as diferem e determinam diferentes funções específicas no organismo. Dessa forma, uma anormalidade genética, transcricional ou traducional (muta- ções ou eventuais erros), poderia alterar a estrutura de uma proteína, comprome- tendo sua forma e seu funcionamento. A sequência de aminoácidos, que é chamada de estrutura primária, determina as propriedades das proteínas. Cada proteína tem uma sequência determinada de aminoácidos. Como dito anteriormente, a sequência é determinada pelos genes e qualquer alteração na estrutura desses genes (mutação) pode proporcionar 8 9 alterações na sequência dos aminoácidos e, consequentemente, nas propriedades das proteínas. Veja o exemplo da anemia falciforme, que promove uma dificuldade no transporte de oxigênio, acarretada pela alteração da estrutura da hemoglobina determinada por uma alteração no gene que promove a síntese dessa proteína. A alteração de um único aminoácido é a causa de uma anomalia que, em alguns casos, pode promover dificuldades respiratórias graves: Hemoglobina normal: val – his – leu – ter – pro – glu – lis - . Hemoglobina anormal: val – his – leu – ter – pro – val – lis - ... Os aminoácidos ligam-se uns aos outros por meio de ligações peptídicas, que nada mais são do que ligações das quais se eliminam moléculas de água a partir da junção dos radicais desses aminoácidos. Assim, as proteínas são denominadas cadeias polipepitídicas. Algumas proteínas são formadas por apenas uma cadeia polipetitídica; outras podem ser formadas por duas ou mais. Quando uma proteína possui em sua estrutura apenas aminoácidos e nenhum outro produto orgânico, são denominadas proteínas simples, quando apresentam outro, como nucleotídeos (nucleoproteínas), metais (metaloproteínas), são chama- das de proteínas conjugadas. A estrutura tridimensional das proteínas é específica para cada uma delas e é fundamental para sua função biológica, depende fundamentalmente da sequência de aminoácidos que a forma, pois os dobramentos da molécula para atingir sua estrutura final varia de acordo com a atração específica de cada aminoácido que compõe sua cadeia polipepitídica. Para melhor entender a estrutura das proteínas, é necessário que se entendam seus níveis de complexidade. São utilizados usualmente quatro níveis de estruturação: • Estrutura primária: é a sequência com que os aminoácidos são dispostos na cadeia. São unidos por meio da ligação peptídica, podendo conter milhares de peptídeos. Essa estruturação possibilita a formação de uma variedade de moléculas proteicas extremamente grande; • Estrutura secundária: a cadeia da estrutura primária tende a se espiralar à direita, e é estabilizada por meio de pontes de hidrogênio entre o grupo carbonilo (=C=O) de uma ligação peptídica com o grupo imido (=NH); • Estrutura terciária: a espiral da estrutura secundária se dobra, ocorrendo um enovelamento, adquirindo uma estrutura globular. As forças que mantém esta estrutura compacta se dão por meio dos grupos radicais R dos aminoácidos que compõem a estrutura primária, como: • Pontes de hidrogênio; • Pontes di-sulfeto; • Forças dipolares; • Ligações eletrostáticas; • Forças hidrofóbicas. 9 UNIDADEProteínas e Aminoácidos • Estrutura quaternárias: é a estrutura final da proteína, na qual ela se encontra biologicamente ativa e pode conter um ou mais cadeias polipeptídicas (oligoméricas, díneros, trímeros, tetrâmeros etc.). As ligações que mantêm a estabilidade da estrutura quaternária são as mesmas da estrutura terciária, mas nesta podem conter metais que ajudam a estruturação e, consequentemente, a função dessas proteínas. Figura 1 – Níveis de estrutura nas proteínas Fonte: Acervo do conteudista A estrutura primária consiste em uma sequência de aminoácidos unidos por ligações peptídicas e inclui todas as ligações dissulfeto. O polipeptídeo resultante pode ser enovelado em unidades de estrutura secundária, como ocorre em uma a-hélice. A hélice é uma parte da estrutura terciária do polipeptídeo enovelado que pode ser uma das subunidades formadoras da estrutura quartenária de uma proteína multissubunitária, neste caso, a hemoglobina. Desnaturação A estrutura quaternária da proteína é vital para sua ação biológica, seja estrutural, seja enzimática. A perda dessa estrutura é chamada de desnaturação e pode ocorrer por diversos fatores como: alteração do pH, tanto para base como para ácido; variação de temperatura; agitação mecânica (como é o caso da clara em neve ou o glúten do pão); solventes etc. Dependendo da proteína e da situação que causa o seu desnovelamento e, consequentemente, sua desnaturação, essa proteína pode se reestruturar voltando a ficar ativa em um processo denominado renaturação. Porém, esse processo é incapaz de conferir a essa proteína alguma função ou característica original dela mesma. 10 11 Aminoácidos – O Alfabeto da Estrutura Proteica Toda proteína é um polímero que se forma com a desidratação dos aminoácidos. Quando essa perda de água ocorre, um aminoácido liga-se ao aminoácido vizinho por meio de uma ligação covalente específica, denominada ligação peptídica. As proteínas são formadas por apenas 20 aminoácidos, que se dispõem em diferentes combinações para estruturar essa macromolécula. Suas combinações possibilitam a formação de milhões de proteínas diversas. H H N H H NC C O OH C C C H O OH H H N C H H OH O CC H CH2 H CH2 Glicina Alanina Glicilalalina (dipeptídio) Ligação peptídica Grupo carboxila Grupo amina O N H Os aminoácidos padrões são formados por um átomo de carbono na porção central (a) que se liga covalentemente a: um grupo amino primário (−NH2); um grupo carboxílico (−COOH); um átomo de hidrogênio e um radical, que nada mais é do que uma cadeia lateral (R). Esse radical é diferente para cada aminoácido. H3N + COO- R HC De modo geral, os aminoácidos apresentam características semelhantes: • São opticamente ativos, com exceção da glicina, isto é, mudam o ângulo da luz polarizada, seu carbono a é denominado de centro quiral, isto é, esse carbono está ligado a quatro moléculas diferentes. • A estrutura do radical que difere os aminoácidos também difere suas propriedades e os 20 tipos de radicais se diferenciam quanto à forma, ao tamanho, às pontes de hidrogênio, aos potenciais elétricos, às interações hidrofílicas e hidrofóbicas. 11 UNIDADE Proteínas e Aminoácidos Outras funções biológicas dos aminoácidos: Os aminoácidos não atuam somente na formação de proteínas, assumindo, também, outras funções biológicas como: • Alguns aminoácidos, assim como alguns de seus derivados, têm a função de mensageiros celulares: a gliscina, a serotonina e a melatonina são neurotransmissores que atuam nas sinapses transportando informações; já os derivados da tirosina e do triptofano (tiroxina e ácido indolacético, respectivamente) atuam como hormônios; • Os aminoácidos, quando metabolizados, são precursores de outras importantes moléculas nitrogenadas, como as bases nitrogenadas que compõem os ácidos nucleicos, ou as porções “heme”, que são grupos que contém ferro, como na hemoglobina e também na formação da clorofila, pigmento fundamental para captação de luz na fotossíntese e, consequentemente, incorporação de energia nos sistemas biológicos; • Um número considerável de aminoácidos-padrão e não padrão age como intermediário metabólico, tomando parte em cadeias enzimáticas ou ciclos metabólicos, como é o caso da arginina, que é parte fundamental do ciclo da ureia, que ocorre no fígado de vertebrados, e é o principal mecanismo de excreção de nitrogênio derivado do metabolismo desses organismos. Classificação dos Aminoácidos Os aminoácidos são classificados de acordo com seu radical R, que é o que difere entre eles. Quanto à estrutura do radical R, podemos dividi-la em: a) aminoácidos alifáticos; b) aminoácidos aromáticos; c) aminoácidos heterocíclicos. Outra classificação que pode ser utilizada é referente à polaridade do radical R; assim também assume o papel funcional de cada aminoácido na proteína: • Aminoácidos com R não polar ou hidrofóbico; • Aminoácidos com R polar, sem carga. A maior parte desses aminoácidos tem um R polar com potencial de estabelecer pontes de hidrogênio, tanto com hidroxilas, hidroxila (-OH), como com sulfidrila (-SH); • Aminoácidos com R polar carregados negativamente. Aqui se enquadram os aminoácidos dicarboxílicos; • Aminoácidos com R polar carregado positivamente. Podem ser incluídos nesse grupo a lisina, a arginina e a histidina. 12 13 Diversidade Funcional das Proteínas A Escherichia coli é uma bactéria considerada muito simples. Ela possui cerca de 3.000 tipos de proteínas diferentes, cada qual com sua função, e formada pelos 20 aminoácidos que compõem todas as proteínas. A função das proteínas está intrinsicamente ligada à sua estrutura quaternária que, por sua vez, está diretamente ligada à sequência de aminoácidos que compõem a sua estrutura primária. Outra importante observação é que a função de muitas proteínas está diretamente relacionada à sua capacidade de estabelecer ligações reversíveis com outra molécula denominada “ligante”. Essa característica transitória estabelecida pelo complexo proteína X ligante é essencial para a vida. As proteínas também podem atuar como catalizadores biológicos, ligando- se a determinadas substâncias, alterando-as em sua estrutura. Nesse caso, são denominadas de enzimas, as quais têm a capacidade de acelerar as reações químicas do metabolismo, sejam reações anabólicas (de construção de moléculas mais complexas) sejam reações catabólicas (de quebras de moléculas mais complexas em moléculas mais simples). As reações metabólicas podem e são sequenciais, sendo cada uma das reações catalisada por uma enzima diferente. O conjunto de enzimas que funciona em cooperação nessas reações recebe o nome de cadeia enzimática, e a sequência de reações é considerada a via metabólica. Nela, os produtos intermédios servem de substrato à reação seguinte até se obter o produto final. No esquema a seguir, está representada uma via metabólica: o produto de cada reação química, catalisada por uma enzima específica, é o substrato para a reação seguinte para forma do produto final X. Substrato Substância A Substância B X enzima 1 enzima 2 enzima 3 Resumidamente, a via metabólica é uma sequência de reações químicas que transforma um substrato em um produto final. Existem alguns tipos de hormônios que são proteínas e possuem a função de regular atividades metabólicas no organismo. Algumas proteínas exercem determinadas funções que são essenciais ao funcionamento do organismo e recebem o nome de proteínas reguladoras, como, por exemplo, a insulina que é sintetizada no pâncreas e atua no metabolismo de lipídeos e proteínas, além de ser responsável pela entrada da glicose nas células. 13 UNIDADE Proteínas e Aminoácidos Outra função ligada à capacidadede estabelecer ligações transitórias é a de transporte, seja de transporte via membrana celular, as quais apresentam várias dessas proteínas dispersas em sua extensão, seja em transporte de substâncias, como é o caso da metaloproteína hemoglobina, que transporta o oxigênio em nosso sangue, ou ainda como armazenamento de oxigênio na mioglobina, presente em grande quantidade em músculos de animais que necessitam de reservas dessa substância como baleias e aves que voam em grandes altitudes. Graças a essas ligações específicas a ligantes determinados, as proteínas deno- minadas imunoglobulinas constituem parte fundamental de nosso sistema imunoló- gico e se ligam aos seus alvos, denominados antígenos. Outras proteínas que também têm função de proteção são as trombinas e o fibrogênio, as quais são responsáveis pela coagulação do sangue nos vertebrados. Existem proteínas com a função contráctil, responsáveis pela contração da musculatura esquelética. A actina é uma proteína filamentosa disposta nas fibras musculares; já a miosina é uma molécula longa e em bastão. Para a contração muscular, ocorre um deslizamento dessas proteínas uma sobre as outras, diminuindo os espaços entre elas, fazendo a contração do músculo como um todo. Músculo Feixe de �bras musculares Núcleos Fibra muscular Mio�brilas Capilares Retículo sarcoplasmático Banda 1 Banda A Disco Z Linha M Mio�brila Sarcômero Banda 1 Banda A Disco Z Linha M Disco Z 1,8µm 1,8µm Figura 2 – Estrutura do músculo esquelético Fonte: Adaptado de iStock/Getty Images 14 15 (a) As fibras musculares são constituidas por células multinucleares, alongadas e individuais, provenientes da fusão de muitas células precursoras. Dentro das fibras há muitas miofribilas envolvidas pelo retículo sarcoplasmático membranoso. A organização dos filamentos grossos e finos da miofribila dá a esta um aspecto estriado. Quando o músculo se contrai, as bandas I ficam mais estreitas e os discos Z se aproximam, como visto nas micrografias eletrônicas de músculo relaxado (b) e contraido (c). O armazenamento de aminoácidos como fonte de nutrientes também é uma função importante das proteínas como a caseína do leite, a ovoalbumina da clara de ovo e da gliadina das sementes do trigo. As proteínas também têm importante papel no controle do funcionamento de organismos superiores. Hormônios como insulina ou a somatotrofina são proteínas que têm essa função. O colágeno e a elastina são proteínas que desempenham uma função e se estruturam em diversos tecidos, principalmente nos tecidos conjuntivos como ossos e cartilagens. Muitas toxinas produzidas por bactérias, como a do Clostridium botilinum ou as produzidas nas sementes de mamona e algodão, ou mesmo as enzimas proteolíticas de cnidários, ou os venenos produzidos por cobras e serpentes, são proteínas que desempenham as funções de ataque e defesa. Existem proteínas que assumem funções específicas em determinadas espécies, como a encontrada no sangue de peixes que vivem na Antártida e tem função anticongelante ou, ainda, como a fibroína, produzida por insetos e aracnídeos, que se solidifica rapidamente, formando um fio de grande resistência com o qual tecem teias e casulos. 15 UNIDADE Proteínas e Aminoácidos Material Complementar Indicações para saber mais sobre os assuntos abordados nesta Unidade: Sites Planeta Biologia https://goo.gl/bJUQpw Vídeos Introdução à Bioquímica - Aula 4 - Parte 1 - Aminoácidos, Peptídeos e Proteínas https://youtu.be/moUtAiWY-Fk Introdução à Bioquímica - Aula 5 - Parte 1 - Estrutura e Função de Proteínas https://youtu.be/huWH59gReAI Leitura Aminoácidos e Proteínas https://goo.gl/szCgcj Proteínas e Aminoácidos https://goo.gl/KGBSFB 16 17 Referências CHAMPE, P. C. Bioquímica ilustrada. 3.ed. Porto Alegre: Artmed, 2006. LEHNINGER, A. L.; NELSON, D. L.; COX, M. M. Princípios de bioquímica. 4.ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2006. MARZZOCO, A.; TORRES, B. B. Bioquímica básica. 3.ed. Rio de Janeiro: Guanabara Koogan, 2007. STRYER, L. Bioquímica. 4.ed. Rio de Janeiro: Guanabara-Koogan, 1996. p.419-36. 17
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