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1 Universidade de Lisboa Faculdade de Medicina Veterinária 1º semestre – Ano lectivo 2013/2014 MICROBIOLOGIA I (Componente Teórica) Apontamentos das aulas teóricas – Patrícia Lopes (capítulos sobre generalidades e micologia actualizados por Ana Cristina Miranda). Outras fontes utilizadas: bibliografia recomendada e sebenta “Original por Reisinho” (capítulos sobre a História da Microbiologia, Nutrição Microbiana e Micologia). 2 Apontamentos de Microbiologia I – Componente Teórica A. Taxonomia dos Microorganismos (Capítulo 19 do Prescott) Os microorganismos são seres ubiquitários, porque são encontrados em todo o lado. São essenciais à vida, úteis e prejudiciais. Como há uma grande diversidade temos que os agrupar e para isso é que existe a Taxonomia. Taxonomia – É a ciência que distribui os organismos por categorias taxonómicas ou taxa que traduzem o seu grau de semelhança. É uma ciência que compreende vários componentes: 1. Classificação – define a forma de distribuição dos organismos em grupos taxonómicos (taxa; singular taxon), com base em semelhança mútua ou relação evolutiva. 2. Nomenclatura – atribuição de nomes a grupos taxonómicos de acordo com regras estabelecidas. 3. Identificação – determinação do grupo a que pertence um determinado organismo isolado. Sistemas de classificação: 1. Classificação Natural – baseava-se apenas nas características anatómicas dos organismos e dividiu os organismos apenas em 2 reinos. Como as bactérias foram agrupadas nas plantas, foram designadas por microflora, mas este termo está errado! O termo correcto é microbiota! O termo microbiota normalmente designa organismos comensais. 2. Classificação Fenética – Agrupa os organismos com base em semelhanças fenotípicas mútuas. As características fenotípicas testadas têm todas o mesmo peso. É necessário comparar um grande número de propriedades (morfológicas, bioquímicas, fisiológicas…) de diferentes microrganismos. É muito mais necessário analisar para além das características morfológicas, por exemplo características fisiológicas e metabólicas. A partir destas características constroem-se tabelas e todas as tabelas são utilizadas por uma técnica que se chama Taxonomia Numérica, em que existem programas de computador especializados. O programa informático vai estabelecer um coeficiente de semelhança, depois o computador faz uma matriz de semelhança e por fim faz um Dendograma (um grupo de microrganismos com um grau de semelhança superior a 80% pertencem à mesma espécie bacteriana). 3 (a) Matriz de similaridade (b) Clustering (c) Dendograma 3. Classificação Filogenética – os biólogos começaram a agrupar os organismos com base na história evolutiva. A hierarquia taxonómica revela relações evolutivas ou filogenéticas. Com base nas relações filogenéticas, por exemplo, vemos que o Micoplasma (sem parede celular) está mais próximo das Gram-positivas, ao contrário do que se devia esperar. Neste tipo de classificação, deixamos de ter Dendogramas e passamos a ter Árvores Filogenéticas. Nas Árvores filogenéticas, o comprimento dos ramos traduz a distância evolutiva de dois organismos. As letras representam os organismos que existem actualmente. Tendo em conta a evolução, Haeckel, criou mais um reino e passámos a ter 3 reinos. Depois Whittaker dividiu os organismos em 5 reinos e estabeleceu a árvore da vida. Classificação em 5 reinos de Whittaker: No entanto, esta classificação não é eficaz para seres microscópicos, por isso recorreu-se à microbiologia molecular, surgindo então a classificação genotípica, que é a actual. 4 4. Classificação Genotípica – a classificação genotípica procura comparar a similaridade genética entre organismos através de várias técnicas. As moléculas mais utilizadas são as moléculas de RNA ribossomal, que são designadas por cronómetros evolutivos. RNA ribossomal, porque: São universais (estão presentes em todos os organismos vivos e com a mesma função); Mantiveram a sua função ao longo da evolução; Sequência nucleotídica contém regiões altamente conservadas em todos os tipos de células, mas cada um dos grupos taxonómicos tem sequências-assinatura específicas. O sistema de 5 reinos de Whittaker não é actualmente aceite pela maioria dos biólogos. As críticas mais apontadas são a falta de distinção entre Archaea e Bacteria, bem como o facto do reino Protista ter muita diversidade, de tal modo que não é útil para a Taxonomia. Finalmente, é criticado o facto de as fronteiras entre os reinos Protista, Plantae e Fungi estarem mal definidas. Carl Woese, foi o pioneiro na utilização de RNA ribossómico em estudos filogenéticos. Estabeleceu três domínios da vida: Bacteria, Archaea e Eukarya. Mais tarde, Cavalier Smith, considera a existência de 2 impérios e 8 reinos. O império Bacteria contém dois reinos, o reino Eubacteria e o reino Archaeobacteria. O império Eucaryota contém seis reinos compostos por organismos eucariotas. Porque interessa a Taxonomia? Que diversidade existe? Em 1987 estavam inscritas 12 espécies, enquanto em 2003 já tínhamos cerca de 40 grupos de espécies bacterianas. Em 2004 surgiram 204 espécies novas. A Taxonomia agrupa em grupos táxonómicos. Temos que saber os grupos taxonómicos das bactérias que estudamos! Cada nível partilha um conjunto de características. Em Taxonomia microbiana o grupo taxonómico base é a espécie. Espécie: conjunto de estirpes que partilham muitas características estáveis e diferem significativamente de outros grupos de estirpes (é subjectivo); conjunto de células bacterianas com composição G+C (genoma) idêntica, e em que a sequência de nucleotídos do DNA apresenta ≥ 70% de semelhança (é a definição mais utilizada por ser menos subjectiva). Para a designação da espécie, utiliza-se o sistema binomial de Lineu. Dentro da mesma espécie temos variedades diferentes. Estirpes ou Variedades Estirpes: população de organismos que se distingue de outras dentro de uma espécie; descende de um único organismo ou cultura pura (isolado); estirpes de uma espécie podem variar ligeiramente de várias formas: Biovar – apresentam diferenças bioquímicas e fisiológicas Morfovar – diferem morfologicamente Serovar – diferem nas propriedades antigénicas 5 Estirpe-tipo: É a primeira estirpe a ser estudada de uma espécie; É geralmente a mais bem caracterizada; Não é necessariamente o membro mais representativo da espécie. Classificação de Procariotas Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology – livro que contém descrições de todas as espécies bacterianas identificadas (actualmente tem 5 volumes). Saber a tabela seguinte: 6 As bactérias são um conjunto extremamente diversificado procariotas que se divide em 23 filos: B. Controlo de Microrganismos através de agentes químicos e físicos (Capítulo 7 do Prescott) Ver este capítulo na componente prática de Microbiologia. 7 C. Dados Históricos da Microbiologia (Capítulo 1 do Prescott) DADOS HISTÓRICOS 1.1. Impacto das grandes epidemias na história da Humanidade A microbiologia tem uma grande importância histórica, dado o grande impacto de surtos desta natureza, na história da Humanidade. Queda do Império Romano Período medieval Renascença – peste dizimou 1/3 da população Europeia(25 milhões) em 4 anos (1351). Nos 80 anos seguintes dizimou 2/3. Levando assim a uma renovação da população. Conquista da América (Cortez,1520) – introdução involuntária de viroses (varíola, sarampo), às quais o hospedeiro Europeu estava habituado, mas o índio não, o que levou à morte de 90% da população de índios em apenas 100 anos. Influenciou a conquista. 1.2. Conhecimento da Origem Microbiana das Doenças Lucretius (Filósofo romano, 98 a 55 a.C.) – foi o primeiro a introduzir a noção de que as doenças eram provocadas por “seres invisíveis”. Esta ideia não foi , porém, aceite e apenas vários séculos mais tarde foi recuperada. Girolamo Fracastoro (Médico, 1478-1553) – sugeriu também que as doenças eram causadas por “seres invisíveis”. 1.2.1. Observação Microscópica Francesco Steluti (1625-30) utilizou um microscópio feito por Galileu. Anthony Van Leeuwenhoek (1673) (costureiro Holandês) – observa microscopicamente, pela primeira vez, microrganismos de águas estagnadas (Protozoários e Bactérias – “animalculos”) utilizando microscópios rudimentares por ele construídos (50 a 300x), e que descreve pormenorizadamente em cartas que então apresentou à Real Sociedade Britânica. Ele confirma e desenvolve as descobertas de Marcello Malpighi sobre os corpúsculos de malpighi (1668), realiza a primeira descrição das hemácias em vários fluídos (1674), observa animáculos – protozoários e bactérias(1677), observa espermatozóides de várias espécies (1678) e apresenta evidências contra geração espontânea (1680). 1.3. Teoria da Geração Espontânea Teoria segundo a qual os seres vivos surgem espontaneamente, a partir de matéria inerte, quando se reunem as condições de vida. Introduzida por Aristóteles (384-322 a.C.) e apesar de controversa só foi banida com o contributo de Louis Pasteur no séc.XIX. Vários autores apresentaram argumentos contra a geração espontânea: Fransisco Redi (médico italiano,1626-97) – faz experiências em que relaciona o aparecimento de larvas de carne e a possibilidade das moscas aí depositarem ovos. Utiliza experimentalmente três frascos com carne, sendo um tapado com papel, outro com gaze e um terceiro destapado. Lazaro Spalarzari (advogado e físico, 1729-99) – experiência dos contentores selados com água e sementes; estudou a influência da fervura da água no aparecimento de microorganismos. 8 Louis Pasteur (1822-95) – resolve totalmente a controvérsia em 1861 com a experiência dos frascos em pescoço de cisne (estes frascos, dado o seu desenho especial, impedem a entrada de bactérias e desde que a água esteja fervida, não há crescimento bacteriano). 1.2 Relação micróbio/doença Galeno (médico grego, 129-199 d.C.) – um dos fundadores da medicina, importantes contribuições na Anatomia e Fisiologia. Defende que a “doença resulta de um desequilíbrio entre os quatro humores: sangue, linfa (fleuma), bílis e bílis negra (melancolia)”. Esta ideia é mantida até ao séc.XVIII. Afostino Rossi (1773-1856) – descobre um fungo que provoca uma doença nos bichos da seda (1835). Berkeley (1845) – determina que um fungo provoca a doença das batatas da Irlanda. Pasteur – estudos de fermentação do vinho por leveduras e sua alteração por bactérias (1854). Determina que a pebrina (uma doença do bicho da seda) é provocada por um protozoário (1865). Joseph Lister (cirurgião inglês, 1827-1912) – institui a desinfecção de feridas, também determina que se a cirurgia fosse antecedida por uma pulverização com fenol (anti-séptico padrão), não se formava uma cicatriz infectada (1867). Robert Koch (alemão, 1843-1910) - cultivo e isolamento de microorganismos (Vibrio cholerae (1883), agente da cólera; Bacilus kock (1882), causador da tuberculose; Bacilus anthracis, que provoca o carbúnculo). É o primeiro a demonstrar, inegavelmente, a relação microorganismo/doença – inocula um animal são com o microorganismo isolado e provocava a doença. Também desenvolveu meios de cultura a partir de estratos de carne (como hoje em dia). Cultivo de bactérias em meio sólido, para isolá-lo e poder formar colónias. Os meios de cultura usados por Koch foram: 1º - batata 2º - extrato de carne com gelatina (mas alguns microorganismos produziam gelatinase, liquefazendo a gelatina) Assistentes: Fannie Hesse introduz o agar (alga de onde se extrai açucar que polimeriza) Richard Petri introduziu a placa de Petri. Koch recebeu o Prémio Nobel em 1905. Postulados de Koch (ainda são válidos para comprovar que um microorganismo causa determinada doença). 1 – O microorganismo tem de estar presente em todos os casos de doença e ausente em todos os animais saudáveis (hoje sabe-se que um microorganismo pode ser inofensivo para um animal e patogénico para outro da mesma espécie). 2 – O microorganismo suspeito tem de ser isolado e cultivado em cultura pura. 3 – A mesma doença deve poder surgir quando um animal são é inoculado com o microorganismo isolado. 4 – O mesmo microorganismo deve ser isolado de novo a partir do hospedeiro experimental. 9 Louis Pasteur – nasceu em 1822, em Dôle (França), filho de um curtidor de peles. Cresce em Arbois. Estuda na École Normale em Paris, torna-se assistente de um professor, realiza estudos cristalográficos e descobre os isómeros orgânicos. Licencia-se em Fisico-Quimica em 1847, tornando-se professor de liceu entre 1848-54. Professor da Universidade de Lille em 1854. Estudos de fermentação (1857-60) – demonstração do papel das leveduras; papel nefasto das bactérias – técnica da Pasteurização (estabelecer um comprimisso entre a temperatura que permite eliminar as bactérias mas não estraga o produto alimentar, e que é de 60ºC a 63ºC durante meia-hora). Controvérsia da geração espontânea, que vai despoletar uma disputa acesa contra os conceituados cientistas Felix Pouchet e Henri Bastlon. Em 1864 realiza uma grande experiência na Academia das Ciências e em 1865 torna-se director da École Normale em Paris. Resolve o problema da pebrina. 1868 – sofre uma trombose que o paralisa do lado direito e da qual só recupera parcialmente. Teoria dos germes da doença (1869). Estuda a cólera das galinhas. Estudos sobre o carbúnculo. Ele pega nos trabalhos de Koch e cria a primeira vacina contra esta doença, atenuando o bacilo laboratorialmente. 1881 – grande experiência de vacinação, em grande rigor científico: inoculação de 25 ovelhas com o agente atenuado contra-prova em público, usando 25 outras ovelhas. Após inoculação, as ovelhas que tinham sido vacinadas não contrairam carbúnculo. O termo “vaccuna” foi introduzido por Pasteur em homenagem a Edward Jenner (1749 – 1823), que fez a primeira contra a varíola (uma vacina empírica, feita a partir de pústulas do úbere de vacas com varíola bovina), 1798. 1881/3 – estuda outras doenças: cólera, septicémia, varíola e difteria. Introduz a noção de assépsia hospitalar e desenvolve técnicas de prevenção de doenças. 1884 – em conjunto com Chamberland, desenvolve filtros de porcelana e prova, pela primeira vez, a existência de vírus (estes filtros retêm as bactérias, deixando passar os vírus – ou agentes infiltráveis). 1885 – descobre a vacina anti-rábica (a raiva é provocada por um vírus e, apesar de não conseguir cultivá-lo, conseguia isolá-lo da saliva de cães raivosos e inoculá-lo. Atenuou-o por passagens sucessivas em coelhos – processo de leporização – para produzir a vacina). Salva a vida de Joseph Meister (menino de 9 anos mordido por um cão raivoso) que se torna seu assistente. Sucederam-seoutros casos de tratamento com soro anti-rábico (proveniente de 10 pessoas que sobreviveram), cujo resultado era variável de acordo com o tempo decorrido após a mordida. 1890 – cria o Instituto Pasteur, em Paris, exclusivamente a partir de doações públicas. Nele estudaram personalidades como: Yersin, que isolou o agente da peste bubónica (Yersinia pestis) e Metchnikoff, que estudou o mecanismo da fagositose (1884). 1895 – morre Outros marcos na história da Microbiologia: 1838– Martinus Beijerink – azotobacter 1890 – Von Behring – anti-toxinas na difteria e do tétano 1892 – Ivanowsky – descreve um vírus pela primeira vez 1900 – Walter Reed – estudos sobre a febre amarela 1902 – Landsteiner – descobre os grupos sanguíneos 6 1903 – Wright – institui a noção de anti-corpo 1906 – Schaudinn e Hoffman – descobrem o agente da sífilis 1910 – Ehrlich – descobre uma terapêutica para a sífilis 1912 – Flemming – descobre a lisozima 1923 – Primeira edição do manual Bergey 1928 – Criffith – primeiros estudos de genética bacteriana 1929 – Flemming – descoberta da Penincilina 1933 – Ruska – iventa o microscópio electrónico de transmissão, permitindo a observação de vírus pela primeira vez. 1944 – Waksman – descobre a estreptomicina 1953 – Watson & Crick – DNA Jenne & Burnet – selecção clonal 1975 – Kohler & Milstein – anticorpos monoclonais 1980 – é inventado o microscópio electrónico de varrimento 1982 – vacina recombinante contra a hepatite B 1983 – Gallo & Montagnier – isolam o HIV 1990 – Terapêutica Genética Década de 90 – biologia molecular baseada em microorganismos com destaque para a bactéria Escherichia coli. D. Bacteriologia (Capítulo 3 do Prescott) Célula Procariota: Protoplasma em vez de citoplasma Nucleóide Em algumas bactérias existem muitos plasmídeos Ribossomas 11 As formas bacterianas podem assumir, predominantemente, 3 tipos de formas: Cocos Bacilos Vibrios Cocobacilos (bacilos muito pequenos que parecem cocos) Pleomórficas – não têm uma forma definida Não encontramos formas de associação nos Vibrios. Nos cocos encontramos 4 ou 5 tipos de associação: Diplococos (associados 2 a 2) Estreptococos (associação em cadeias) Tetradas (associação de 4) Sarcinas (associação de 8 células em cubo) Estafilococos (associação em cacho) Os bacilos não são tão diversificados em termos de formas de associação. Temos: Diplobacilos Estreptobacilos Cocobacilos (bacilos muito pequenos que parecem cocos) Palissada (divisão lado a lado em altura) Vibrio – uma dobra sobre si mesmo. Em forma de vírgula. Para além das formas mais frequentes, as bactérias podem ter uma grande variedade de outras formas, tais como uma forma de espiral ou hélice: Espirilos – mais do que uma ondulação. São rígidos. Espiroquetas – são flexíveis Membrana Citoplasmática: Fronteira mecânica da célula. Barreira selectivamente permeável. Transporte de nutrientes e produtos de metabolismo. Síntese de lípidos e constituintes da parede celular. Alberga vias metabólicas (cadeias respiratórias). Detecção de estímulos ambientais (quimiotaxia). As membranas dos procariotas têm mais proteína do que os eucariotas. Não têm colesterol. No lugar do colesterol, têm hopanóides (é o homólogo do colesterol nas células procariotas). Espaço Periplasmático – espaço entre a membrana plasmática e a parede celular. A substância que ocupa o espaço periplasmático chama-se periplasma. Os processos de síntese, hidrólise, transporte e outros processos metabólicos têm lugar no espaço periplasmático para poupar energia, visto que o espaço antecede imediatamente a membrana celular. As suas funções são: fácil confundir ao m.o 12 Absorção e processamento de nutrientes: - Enzimas hidrolíticas - Proteínas de transporte Contém enzimas para a síntese de peptidoglicano (componente da parede celular) e enzimas de destoxificação. Enzimas que garantem a síntese e a manutenção da parede celular. Protoplasma – Inclui tudo o que está dentro da parede celular, incluindo membrana plasmática e a matriz citoplasmática, onde se encontra o núcleóide, os ribossomas, as invaginações membranares e os corpos de inclusão e o citoesqueleto. Citoesqueleto (sistema proteico intracelular), participa na: Morfologia celular Divisão Polaridade Nucleóide Metabolismo Patogenicidade Corpos de inclusão – armazenamento de compostos orgânicos, inorgânicos e energia. Redução da pressão osmótica (previne de alterações do meio exterior). São de dois tipos: sem membrana com membranas proteicas ou fosfolipídicas. Como ocupam espaço, permitem que a concentração de nutrientes seja elevada. Estratégia que as bactérias têm para condições adversas. Existem dois tipos de corpos de inclusão: Orgânicos. Exemplos: Glicogénio, poli-β-hidroxibutirato (homólogo do glicogénio), Carboxissomas (rubisco nos corpos de inclusão – auxilia a fixação do C02), Armazenamento de azoto (Cyanophycin – arginina + ácido aspártico) e Vacúlos gasosos. Inorgânicos. Exemplos: grânulos polifosfatados (Volutina) ou metacromáticos, grânulos de enxofre (presentes em bactérias quimiossintéticas – o enxofre é dador de electrões) e magnetossomas (orientação no campo magnético terrestre). Nota: a maioria das bactérias com corpos de inclusão não são patogénicas. Ribossomas (proteína + RNA) – têm menores dimensões que os ribossomas dos eucariotas. Duas subunidades: 30S e 50S = 70S (ribossoma procariota) e encontram-se ou na matriz ou associados a membrana. Existem antibióticos, por exemplo, a Citocromicina, que bloqueia no 23S RNA e impede a síntese proteica e a célula morre. Nucleóide – Não está delimitado por uma membrana e pode contactar com a membrana celular. As células podem ter: Um cromossoma circular com DNA de cadeia dupla Um cromossoma linear Mais do que um cromossoma 13 O empacotamento do DNA é efectuado por proteínas especializadas e RNA, mas não por histonas, como se verifica nas células eucariotas. O DNA genómico pode ter um comprimento 230 a 700 vezes superior ao comprimento da célula. A associação bacteriana (Colónia Bacteriana) não é pluricelular, é uma associação apenas física. Plasmídeos: Têm uma origem de replicação própria. São pequenos e constituídos por uma dupla cadeia de DNA. Podem ser lineares ou circulares, sendo mais comuns os circulares. Podem estar presentes numa ou mais cópias numa mesma célula bacteriana. A sua informação genética não é necessária para o crescimento e multiplicação do hospedeiro, contudo pode ter genes que conferem à bactéria hospedeira uma vantagem selectiva. Os genes plasmídicos podem conferir à bactéria hospedeira, entre outras capacidades, a resistência a fármacos, novas capacidades metabólicas e transformá-las em patogénicas. Comportam-se como unidades genéticas acessórias, com replicação autónoma mas podem integrar-se no cromossoma – epissoma. Fator F (pili; conjugação); Factor R (resistência a antibióticos); Col (bacteriocinas); genes codificantes de enzimas de restrição/ modificação; Virulência e Metabólicos. Parede Celular: A maioria dos procariotas possui parede celular que confere a morfologia (a forma de cocos, bacilos, etc.) e embora seja uma estrutura rígida, não é uma estrutura hermeticamente fechada. É uma unidade permeável que permite o contacto com o meio intracelular. Protecção contra compostos tóxicos (ácidos biliares, antibióticos, etc.). Patogenicidade (endotoxinas das bactérias gram-negativas – LPS). Permeabilidade selectiva (OM = membrana externa): Porinas – permitem a passagem de moléculas pequenas como glucose e monossacáridos. Podem passar através destes canais moléculas com menos de 600 a 700 dalton. Proteínas de transporte – transportam moléculas de maiores dimensões, como a vitamina B12. 14 A cápsula é uma película periférica exterior à parede celular. Alguns microbiologistas chamam envelope celular a todas as estruturas exteriores à membrana plasmática, incluindo a parede celular e cápsula. Existem 3 tipos fundamentais de Parede Celular: Gram-positivas Gram-negativas (a parede celular das gram-negativas é mais complexa do que a das bactérias gram-positivas) Parede Celular dos microrganismos álcool ácido resistentes (Mycobacterium) – mais complexa que a parede das Gram-positivas e coram como as bactérias Gram-negativas. Também temos microrganismos sem parede celular Os Micoplasmas que também são procariotas, mas sem parede celular. O composto que garante rigidez à parede celular é um polímero que se chama peptidoglicano, também designado de murano/mureína. No peptidoglinano existe os D-aminoácidos que não são degradados pelas peptidases. Um monómero de peptidoglicano é constituído, normalmente, por: Açucares: N-acetilglucosamina e ácido N-acetilmurâmico Ligações glicosídicas Vários aminoácidos, três dos quais não são encontrados em proteínas, que são o ácido d- glutâmico, D-alanina e ácido meso-diaminopimélico. 15 Parede celular das bactérias gram-positivas – as bactérias gram-positivas contém uma parede celular espessa composta essencialmente por peptidoglicano e ácidos teicóicos (polímero de glicerol ou ribitol, que pode funcionar como âncora). Os ácidos teicóicos não estão presentes nas bactérias gram-negativas. Nas bactérias gram-positivas o espaço periplasmático é menor do que nas bactérias Gram-negativas. Muitas bactérias gram-positivas têm muitas proteínas na sua parede celular. Parede celular das bactérias gram-negativas: Camada de peptidoglicano mais fina e sem ácido teicóico. Invólucro externo (ou membrana externa) rico em lipopolissacáridos (LPS) e composta também por lípidos e lipoproteínas. As características da parede celular são: As lipoproteínas de Braun são as lipoproteínas mais abundantes e ligam fortemente a membrana externa ao peptidoglicano. Normalmente nas Gram-negativas, o grupo carboxilo da D-alanina terminal de um peptidoglicano está ligado directamente ao grupo amino do ácido diaminopimélico de um peptidoglicano de outra cadeia paralela (i.e. ocorre ligação peptídica directa entre as duas cadeias), porém noutros casos (Gram-positivas), existe uma ponte de 5 glicinas (pentaglicinas). A maioria dos peptidoglicanos das bactérias Gram- negativas não tem esta ponte de glicinas. 16 Os locais de adesão são locais de contacto directo entre a membrana plasmática e a membrana externa, permitindo a saída e entrada de substâncias directamente nestes locais. A membrana externa é mais permeável que a membrana plasmática devido à presença de porinas e proteínas transportadoras. As porinas formam canais através dos quais as moléculas pequenas são capazes de passar. No espaço periplasmático das bactérias gram-negativas temos uma grande variedade de enzimas. A riqueza do perfil enzimático é superior ao das bactérias gram-positivas. Diferentes bactérias gram-negativas podem ter diferentes lipopolissacáridos (LPS). Estrutura do LPS: Extremidade lipídica – lípido A (hidrofóbico). Ajuda a estabilizar a estrutura da membrana externa e pode ser uma endotoxina que provoca infecções. Oligossacáridos – região central hidrofílica. Contribui para a carga negativa da superfície da célula. Cadeia O específica ou antigénio O, determina características imunogénicas distintas. Protecção contra as defesas do hospedeiro. Unidade repetida n vezes 17 Qual é o mecanismo de coloração pelo Gram? - Temos os seguintes reagentes: Dois corantes Um mordente Um diferenciador - Tecnica: Fixar pelo calor Corar com roxo genciana ou cristal violeta, que vai corar as estruturas periféricas das células (sempre roxo) Aplicação de mordente (funciona como uma espécie de cola – fixar a cor) Aplicar álcool – acetona (agentes de desidratação e liposolúveis. O efeito de desidratação é superior nas bactérias gram-positivas. Nas bactérias gram-negativas temos uma parede predominantemente lipídica e aí o diferenciador tem uma acção predominantemente liposolvente, ficando estas bactérias descoradas. Como as bactérias gram-positivas já estão roxas, não vão mudar de cor. No caso das bactérias gram-negativas como estão descoradas, ao corar com um segundo corante, ficam vermelhas como o corante). Aplicar Safranina (ou Fucsina) – as bactérias gram-negativas ficam com cor rosa choque ou vermelha. - A cápsula não interfere com a coloração Gram. Mycobacteria Arabinoglicano é semelhante ao Peptidoglicano. Corantes: Fucsina básica e Azul de Metileno. Coloração de Zheil-Nielssen. Para além da parede celular, podemos ter outras estruturas: Cápsula – polissacarídea, mas pode conter glúcidos ou péptidos. Exterior à parede celular, aumenta a resistência à fagocitose e infecção por bacteriófagos, protege de condições ambientais desfavoráveis (desidratação), favorece a adesão a superfícies e protege do stress osmótico. Protege de substâncias tóxicas hidrofóbicas (detergentes). Zoogleia Glicocálice – constituída predominantemente por polissacáridos. Quando é muito difusa, passa a chamar-se Zoogleia. 18 Observação macroscópica: Aspecto brilhante sugere presença de cápsula Aspecto rugoso – provavelmente não tem cápsula Camada S: Capa regularmente estruturada, semelhante a um mosaico. Mais importante nas Archaea, mas também está presente em bactérias Gram-positivas e Gram-negativas. Para além das funções do glicocálice, confere: Rigidez à bactéria, contribuindo muito para a sua forma; Protecção contra a actuação do sistema complemento e fagocitose; Promove a adesão; Protege contra enzimas e alterações de pH. Só existe camada S se não houver glicocálice. Esta camada está ligada ao peptidoglicano nas bactérias Gram-positivas e à membrana externa nas bactérias Gram-negativas. Biofilme: Organização de células bacterianas individuais como uma unidade orgânica. São uma excelente forma de as bactérias se manterem nos habitats colonizados. Biofilme – acumulação celular em redor de uma matriz de exopolissacarídeos e proteínas de superfície (glicocálise). Os biofilmes são o mais próximo de um microrganismo pluricelular que podemos encontrar em meio bacteriano. O biofilme tem como que uma autonomia própria diferente das autonomias individuais. Exemplo de Biofilme: Dente – a sua superfície é um exemplo onde temos o biofilme, sendo por isso importante uma boa higienização. Fímbrias ou Pilli – são filamentos periféricos, constituídos por subunidades proteicas dispostas helicoidalmente. Promovem a adesão celular. São estruturas proteicas rígidas, ligadas às paredes celulares, constituídas por subunidades helicoidais de uma única proteína,a pilina. Para as visualizarmos só com recurso ao Microscópio electrónico, pois como são estruturas muito finas, são de difícil visualização. As Fímbrias do tipo IV estão envolvidas na “mobilidade” de algumas bactérias, como por exemplo na bactéria Pseudomonas aeruginosa, Neisseria gonorrhoeae e algumas E. Coli (“twitching motility”, “gliding”). Nem todas as bactérias possuem fímbrias. Pilli sexuais – estão no mesmo grupo das fímbrias, mas são diferentes no seguinte: permitem a formação de uma estrutura oca que liga as bactérias permite a passagem do material genético, o que contribui para a variabilidade genética das bactérias. Enquanto que as fímbrias são estruturas muito finas que não estão envolvidas na reprodução. Pilli sexuais intervêm na conjugação e são codificados por um plasmídeo, o plasmídeo F ou de conjugação. São maiores do que as fimbrae e são receptores para alguns fagos. Atenção! Só os flagelos estão envolvidos na quimiotaxia! 19 Flagelos: Permitem a locomoção das células; Existem 4 tipos: Flagelos Monotríticos – um único flagelo na célula num dos polos Flagelos Lofótriticos – um tufo de flagelos num polo da célula Flagelos Anfitríticos – dois flagelos, um em cada polo da célula Flagelos Perítricos – flagelos em toda a superfície da bactéria O flagelo roda como uma ventoinha no sentido ou contra o sentido dos ponteiros do relógio. É constituído por 3 partes: Filamento – cilindro rígido e oco, composto por subunidades proteicas de flagelina; Gancho – liga o filamento ao corpo basal; estrutura rígida e proteica. Corpo basal – série de anéis que provocam o movimento flagelar. Os anéis do corpo basal diferem bastante consoante a constituição da parede celular da bactéria, uma vez que estão associados às várias camadas da parede celular e da membrana citoplasmática. Assim: Bactérias Gram-negativas: Anel M e Anel S – encaixam na membrana citoplasmática Anel P – localizado no Peptidoglicano Anel L – localizado na parte fosfolipídica (LPS) Bactérias Gram-positivas – as bactérias gram-positivas dois anéis no corpo basal, um interno em comunicação com a membrana citoplasmática (anel M) e outro externo, unido provavelmente ao peptidoglicano (anel S). 20 Formação dos Flagelos – a formação do corpo basal e filamento obedece ao princípio do self assembly, em que não é necessário nenhuma proteína de transporte nem enzimas para a sua formação. A informação necessária para construir um filamento está presente na própria estrutura da subunidade de flagelina. São os anéis do corpo basal que permitem a movimentação dos flagelos, ao ir rodando (funcionam como roldanas), imprimem movimento ao gancho. O filamento é rígido. A mudança do sentido de rotação implica um movimento distinto. O movimento do gancho é diferente conforme o movimento dos anéis do corpo basal que imprimem o movimento do gancho. A este movimento dá-se o nome de Propulsão. Qual é a utilidade da movimentação celular? - As células vivem essencialmente em meios aquoso e por isso há uma inércia muito grande. Este sistema de movimentação é altamente eficiente. Importante: Quimiotaxia – movimento em direcção a um estímulo ambiental: Térmico (Termotaxia) Luminosidade (Fototaxia) Oxigénio (Aerotaxia) Pressão Osmótica Gravidade Na ausência dum gradiente químico o movimento é completamente aleatório e é composto por quedas e subidas. Quando existe um gradiente químico parece que há um sentido de movimento, apesar de terem também quedas e subidas. Se as bactérias não forem móveis, utilizam correntes do meio líquido onde se encontram, para se deslocarem. Esporos bacterianos: São formas de resistência. As mais frequentes a esporular são Clostridium sp, Bacillus sp e Sporosarcina sp. Só as bactérias gram-positivas é que podem esporular. Endosporos – resistência ambiental extrema (temperatura, UV, raios γ, químicos, dissecação). São muito importantes a nível ambiental, industrial (a nível alimentar) e médico. Endosporos – do ponto de vista da localização: Centrais - Deformantes - Não deformantes Subterminais - Deformantes - Não deformantes Terminais - Deformantes - Não deformantes 21 Para testar a esterilização do material, pode utilizar-se uma suspensão de esporos, que se colocarão sobre o material a autoclavar e, quando o ciclo é terminado, eles são semeados. Se houver germinação dos esporos, significa que o ciclo não foi bem executado e os esporos ficaram viáveis. Os esporos só coram a quente, com um duo de corantes (solução de 5% de safranina e solução de 5% de verde de malaquite) – o corante verde cora o esporo e o vermelho a célula. Em colorações gram, os esporos aparecem como espaços vazios dento da célula bacteriana. Estrutura do endósporo – 6 regiões (do lado mais externo, para o mais interno): Exosporo (camada exterior, fina) “Casaco do esporo” – Spore Coat (camadas proteicas sobrepostas. Responsável pela resistência química do esporo e contém enzimas que permitem a germinação) Córtex (exclusivamente peptidoglicano) Parede do esporo Nucleóide Ribossomas Atenção: os esporos são inactivos do ponto de vista metabólico!!! Eles conservam a energia. A sua principal função é conservar a informação genética dentro de uma estrutura proteica extremamente resistente a factores adversos. Etapas da esporulação: Esporulação – síntese: Há a formação de uma invaginação na membrana que vai aprisionar o nucleoide e essa membrana que encerra o nucleoide vai se tornando cada vez mais complexa. Há uma desidratação muito extensa que faz com que o endósporo se torne muito resistente. O material essencial é isolado e fica rodeado por películas proteicas muito resistentes. A esporulação tem 7 fases. Em stress nutricional, não há estímulo para a replicação do DNA. O nucleoide fragmenta-se e começa a ser encaixado numa invaginação que se começa a formar. A partir daí, há aprisionamento do nucleoide nessa invaginação, que se vai tornando cada vez mais complexa. Ao longo da formação das camadas, há desidratação progressiva do que está dentro da membrana e há um enriquecimento proteico gradual nas diferentes camadas. Assim, o endósporo torna-se muito resistente. A estrutura aprisiona o que é essencial (genoma) e elimina o que poderia torna-lo mais vulnerável (água) e vai-se protegendo nas sucessivas camadas proteicas. Stress Nutricional Invaginação da membrana Formação do Forespore Septum Inclusão do esporo numa segunda membrana Acumulação de Ca2+ e ácido dipicolínico Formação do spore coat proteico Maturação Esporulação 22 O processo inverso à esporulação é a germinação. A germinação tem três fases: Activação (despoletar da actividade metabólica), (1) Germinação (aumento da actividade metabólica marca o início do processo), (2) Aumento do volume, ruptura da parede do esporo (perda de resistência e aumento do metabolismo), (3) Outgrowth (formação e crescimento da célula vegetativa). Atenção: um esporo só dá origem a uma célula vegetativa! E. Crescimento bacteriano (Capítulo 6 do Prescott) Os factores externos têm influência sobre o crescimento bacteriano. As bactérias dividem-se por divisão binária, logo uma célula dá origem a duas células. O crescimento não produz um aumento de tamanho/volume das células, mas um sim um aumento do número de células (multiplicação). Crescimento – aumento do número de célulasdo microrganismo ao longo do tempo. Curva de Crescimento bacteriano – sem remoção do meio, deplecção de nutrientes + acumulação de catabolitos: Pode representar-se os microrganismos que se multiplicam por divisão binária como o logaritmo do número de células versus o tempo de incubação. Fases do crescimento bacteriano: 1. Fase lag ou fase de latência – fase durante a qual o organismo se ajusta ao meio com síntese de novos componentes (exemplo: síntese de enzimas e produção de ATP). Está a preparar-se para a divisão binária, não havendo nem aumento de número, nem aumento de massa. 2. Fase Log ou fase exponencial – nesta fase a população cresce com taxa específica de crescimento máxima. Ocorrem divisões a um ritmo elevadíssimo, duplicando a intervalos regulares (o mínimo de 6 em 6 minutos, em geral entre 20 minutos e 6 horas). O crescimento seria exponencial se não houvesse restrição de nutrientes. 23 3. Fase estacionária – o crescimento da população cessa devido ao esgotamento de nutrientes, falta de oxigénio (nos organismos aeróbios) e acumulação de metabolitos tóxicos. No entanto, parte das células podem permanecer viáveis durante algum tempo, entrando em fase estacionária em resposta ao stress nutricional a que são submetidas. Provavelmente, isto também acontece na natureza, uma vez que existem muitos meios ambiente com níveis muito baixos de nutrientes. Os procariotas desenvolveram várias estratégias de sobrevivência a condições nutricionais adversas. A maioria não responde com alterações morfológicas como a formação de endósporos, mas apenas com diminuição de tamanho, muitas vezes acompanhado de retraimento do protoplasma e condensação do nucleoide. As alterações mais importantes são a nível fisiológico e da expressão genética. Em condições nutricionais adversas, as bactérias, para além de outros mecanismos de resposta que têm, produzem frequentemente uma variedade de “starving proteins” (proteínas da fome) que tornam a bactéria muito mais resistente a variadíssimas situações de stress (nutricional, temperatura, químicos, etc.). Muitas vezes estes mecanismos de resposta são tão efectivos que algumas bactérias conseguem sobreviver durante anos, como é o caso da Salmonella typhimurium. 4. Fase de morte celular ou fase de declínio – nesta fase há uma perda irreversível da capacidade de divisão celular. Há um declínio no número de células que é logarítmico, isto é, uma quantidade constante de células morre por hora. Geralmente, o número de células não atinge o zero, devido à ocorrência de adaptação, mutações e em última instância, esporulação. Se a curva de crescimento representasse a massa esta não desceria, porque as células mortas também têm massa. Matemática do crescimento bacteriano: Tempo de geração – duplicação do nº de células duma população durante um período determinado de tempo (divisão binária). O número de células da população é expresso em 2n. A temperatura de incubação é importante para o tempo de geração. Quantificação do crescimento – Contagem de bactérias totais: Manual – Câmara de contagem (Petroff-Hausser): utiliza uma lâmina que tem um quadriculado com uma área definida e depois observamos ao microscópio. V = 0,1 m3 1µl x 10 000 ml UFC/ml. Prepara-se a suspensão, põe-se a lamela e observa-se. Definimos um volume quando colocamos a lamela por cima. O quadrado ocupa 1mm2 e quando se põe a lamela o volume corresponde a 0,1 mm3 (104 por ml). Contam-se as bactérias, elevando a 4 e multiplicando pelo factor de diluição. Electrónico – Contagem automática: passam por um tubo onde só cabe uma célula de cada vez. Cada célula é contada pela célula fotoeléctrica. - Coulter Counter: tem um detector electrónico e sempre que passa uma partícula esta é contabilizada. Esta técnica é utilizada para quantificar células somáticas no leite, células sanguíneas e outras células eucariotas. Citometro de Fluxo: contagem também automática. Detecta diferentes padrões de fluorescência. 24 Quantificação do crescimento por aferição da massa celular (informação de massa): Turbinometria – baseia-se no facto do líquido se tornar mais turvo com o aumento da concentração de bactérias. A contagem é feita com o recurso a um espectrofotómetro. Permite a contagem de bactérias totais. Quantificação do crescimento – Contagem de bactérias viáveis: Diluições seriadas: consiste em diluições de base 10 Sementeira em Placa de Petri Incubação Quantificação do nº de colónias (uma colónia corresponde a uma bactéria).Tenho que diluir para que a contagem seja possível. Se a sementeira for directa, o crescimento é confluente. Esta técnica também permite controlar a qualidade da técnica de execução. Contagem por filtração: em habitats onde eu sei que há baixa concentração bacteriana, por exemplo, os habitats aquáticos. Nesta técnica, as bactérias são retidas num filtro (i.e. concentradas num filtro), posteriormente são colacadas sobre uma Placa de Petri (provida de uma grelha para facilitar a contagem). Após algum tempo, durante o qual as bactérias retidas se multiplicam, as colónias são contadas após coloração. Quantificação contínua no crescimento (onde estou a aferir a taxa de crescimento bacteriano) : renovação constante do meio Chemostat. São feitas com renovação constante do meio (simulando ambientes como o trato gastrointestinal). A vantagem deste método é a manutenção das células na fase de crescimento exponencial. Permite determinar o ritmo de crescimento em diferentes circunstâncias (ex: excesso ou défice de nutrientes). Muito utilzado na produção de vacinas. É um meio com nutriente essencial (factor de crescimento) em concentrações limitantes. Adiciona-se este factor num volume conhecido até haver depleção deste e nesta altura é que se torna a renovar o factor. Assim, a taxa de crescimento é determinada em função da adição do nutriente essencial. Sistema de cultura contínua Turbidostat – medição por uma célula fotoeléctrica da turvação do meio. Vantagens da quantificação contínua: - Manutenção das células numa fase exponencial; - Determinação do ritmo de crescimento em várias condições (escassez de nutriente, excesso de nutrientes); - Aplicação na Indústria Alimentar. Factores ambientais com influência no crescimento bacteriano: Actividade da Água (aW) pH Temperatura Concentração de O2 Pressão hidrostática Radiações Em função destes factores eu classifico as bactérias. 25 Actividade da Água e Solutos: capacidade de resposta a variações na concentração osmótica do meio. Baixo aW = pressão osmótica elevada, elevado aW = pressão osmótica baixa Mecanismos de protecção: Microrganismo em meio hipotónico – redução da concentração osmótica do protoplasma. Estratégias de defesa: a. Corpos de inclusão para armazenamento de solutos b. Canais mecânico-sensíveis que permite a saída de solutos Microrganismo em meio hipertónico – aumento da concentração osmótica do protoplasma. Estratégias de defesa: a. Síntese e inclusão de aminoácidos ou níveis elevados de potássio De acordo com a sua capacidade de adaptação a diferentes osmolaridades, temos: Microrganismos Osmotolerantes – suportam grandes variações de osmolaridade. Podem viver nos dois tipos de habitat: hipertónico ou hipotónico. É o caso dos Fungos e do S. aureus. Microrganismos Halófitos – não têm mecanismos de protecção para viver em concentrações salinas baixas. Requerem concentrações salinas altas. É o caso dos Vibrios parahaemolyticus, V. alginolyticus, Arcobacter halophilus(obrigatório). Dentro dos halófitos ou halófilos ou halofílicos, temos ainda: - Halotolerantes (0.5M de NaCl – concentração óptima). - Halófilos moderados (1.5M de NaCl) - Halófilos extremos (4M de NaCl) Em relação ao pH… pH – é uma medida da actividade dos iões de hidrogénio de uma solução, que se define como o valor negativo do logaritmo da concentração de iões de hidrogénio (expressa em moles). pH = 26 Efeito das variações de pH – inibem crescimento por: Destruição da membrana citoplasmática; Inibição enzimática; Afectando mecanismos de transporte membranares Apesar disso há bactérias que conseguem viver em pH’s muito distintos: Acidófilos extremos (Fontes de água termal, suco gástrico e sumo de limão) Acidófilos (vinagre, tomate e sumo de laranja. São essencialmente fungos, mas também algumas bactérias); pH < 5.5 Neutrófilos (leite, saliva, água e sangue); 5.5 < pH < 8.5 Alcalófilos (sabão, amónia); 8.5 < pH < 11.5 Alcalófilos extremos (lixívia) Num meio pequeno, como o que é representado por uma Placa de Petri, é necessário adicionar um tampão (fosfatos, aminoácidos, péptidos) ao meio de cultura para manter o valor de pH. Esta necessidade deve-se ao facto dos produtos do catabolismo bacteriano tenderem a acidificar o meio. Assim, na ausência dum tampão, as bactérias acabam por inibir o próprio crescimento (dando lugar a bactérias acidófilas, melhor adaptadas aos meios ácidos. O catabolismo das proteínas tende a alcalinizar o meio, mas este é menos significativo. 27 Em relação à temperatura… A temperatura interfere com fenómenos enzimáticos e metabolismo celular, que dependem dela para o bom funcionamento. Para cada organismo é possível definir: Temperaturas óptima – em que o organismo apresenta taxa de multiplicação máxima. Temperatura máxima – acima da qual o microrganismo morre (geralmente por desnaturação proteica). Temperatura mínima – abaixo da qual o metabolismo do microrganismo cessa. A temperatura é influenciada por outros factores, tais como: aW, pH, etc. Conforme a tolerância, os m.o. podem ser: Estenotérmicos – toleram um espectro estreito de temperaturas, isto é, não toleram grandes variações térmicas (Neisseria gonorreia). Dentro dos Estenotérmicos temos: - Psicrófilos – gostam de baixas temperaturas (-10 a 20°C). Levantam problemas para os animais de sangue frio. - Mesófilos – vivem a temperaturas entre os 15-35°C (temp.óptima = ± 37°C). Levantam problemas para os animais de sangue quente. São quase todas as bactérias patogénicas. - Termófilos – crescem a temperaturas acima dos 35°C. Não têm grande impacto na nossa área de acção. - Hipertermófilos – crescem a uma temperatura óptima de 80-113°C. Vivem nos fundos oceânicos perto das regiões vulcânicas (ex.: Pyrococcus abyssi). Euritérmicos – toleram grandes variações de temperaturas, ou seja, sobrevivem a grandes intervalos de temperaturas (Enterococcus faecalis). As bactérias termófilas e hipertermófilas para poderem viver em habitats com temperaturas muito elevadas, têm que ter sistemas enzimáticos muito bem adaptados. Isto é importante, porque são por 28 isso utilizadas as suas enzimas que não desnaturam aos 95°C, como o caso das polimerases, para montar o PCR. Quanto à concentração em O2: Aeróbios – necessitam dum meio com mais de 20% de oxigénio para sobreviver. Têm um metabolismo oxidativo, mais energético (ex: Legionella, Mycobacterium) Anaeróbios facultativos – não utilizam o oxigénio, mas toleram-no. Têm um metabolismo fermentativo (ex: leveduras, Enterobactereacceae, Enterococcus faecalis) Anaeróbios estritos – não utilizam o oxigénio e não toleram a sua presença (não se conseguem livrar dos radicais tóxicos), têm um metabolismo fermentativo (ex: Bacteroides, Clostridium, fusobacterium) Microaerófilos – necessitam de uma tensão de oxigénio moderada de 2-10%, não sobrevivendo em meios com tensão de oxigénio superior a 20% (ex: Campylobacter e algumas Brucella) ESO – extremamente sensíveis ao oxigénio Oxigénio e Crescimento Bacteriano (em meio de Tioglicolato): Meio de Tioglicolato – é um meio semi-sólido. Tem percentagem de agar, partículas de carne, substâncias redutoras (cisteína) que baixam o potencial redoz. Se as bactérias crescerem no fundo são anaeróbias, se crescerem à superfície são aeróbias. Crescimento de anaeróbios estritos: Jarra de anaerobiose – cilindro de plástico transparente com tampa vedante. A utilização de uma jarra de anaerobiose permite colocar as Placas de Petri numa atmosfera sem O2. Existem 3 métodos para remover o O2: 2 dependentes de reagente (um com paladium) e um sistema de válvulas. Nas jarras de anaerobiose remove-se a maior parte do oxigénio. 29 Quando é adicionada água à embalagem química contendo o reagente (bicarbonato de sódio e boroidreto de sódio), produz-se CO2 e H2 que se conjugam com o O2, formando vapor de água que se condensa nas paredes dos frascos (reacção catalisada pelo Paladium na tampa). Tiras com ponta azul o azul de metileno é o indicador de anaerobiose. Se está em atmosfera anaeróbia fica branco. Glove box – toda a atmosfera é substituída por gases sem O2, sendo por isso utilizado material descartável, tornando-se um método dispendioso. Toxicidade do O2 – os Anaeróbios estritos não têm enzimas protectoras da oxidação do O2 (Catalase e Superóxido dismutase – SOD). Quanto à pressão atmosférica: Barotolerantes – sobrevivem a elevadas pressões, mas não as exigem. Barofílicos – crescem melhor a elevadas pressões. Ex: Bactérias do fundo do mar (1000 a 10000m). Termobarofilos – crescem a altas temperaturas e a altas pressões. Importantes na reciclagem de nutrientes no fundo do mar. Essas bactérias são barófilas. Radiações: A luz solar é a principal fonte de radiação no planeta Terra. Compreende a luz visível, radiação ultravioleta, raios infravermelhos e ondas de rádio. Para a maioria dos m.o., salvo algumas excepções, a luz visível é fundamental. Acção anti-microbiana da radiação: Raios X e Gama – matam todos os microrganismos (o comprimento de onda curto e a elevada energia têm um efeito esterilizante). Radiação ultravioleta – mata a maioria das bactérias, mas tem o inconveniente de ser muito pouco penetrante. São radiações não ionizantes. Luz visível – é imprescindível para os microrganismos fotossintéticos, dispensável para outros microrganismos, tóxica para muitos (em geral, bactérias e fungos crescem muito melhor na ausência de luz). F. Nutrição Microbiana (Capítulo 5 do Prescott) As bactérias não ingerem alimentos, elas absorvem princípios nutritivos que são libertados por acção de enzimas que as bactérias sintetizam e lançam para o exterior, onde vão degradar os alimentos. Os nutrientes são substâncias usadas no metabolismo, biossíntese ou produção de energia, essenciais ao crescimento. A água é o solvente universal, sendo vital para a sobrevivência dos microrganismos. A composição da alimentação bacteriana inclui: Macroelementos (presentes em quantidades da ordem das g/L): C, O2, H, N, S, Microelementos (vestigiais; presentes em quantidades de apenas μg/L): Mn, Zn, Co, Ni, Cu Catiões (existentes na ordem dos mg/L): K, Ca, Mg, Fe 30 Requesitos Especiais de alguns microorganismos (Si – diatomáceas; Na – bactérias halófiticas). Deste modo, os alimentos das bactérias são constituídos, basicamente, por carbohidratos, lípidos, proteínase ácidos nucleicos. Os microrganismos são classificados quanto às fontes de: Carbono: presente em todas as moléculas orgânicas, associadas ao O2 e ao H + Autotróficos – usam o dióxido de carbono como fonte de carbono, com grande dispêndio de energia Heterotróficos – usam moléculas orgânicas como fonte de Carbono (existe sempre um microorganismo capaz de degradar uma determinada molécula orgânica). Energia: Fototróficos – usam a luz como fonte de energia – fonte de fotões Quimiotróficos – obtem energia pela oxidação de compostos orgânicos ou inorgânicos. Hidrogénio e Electrões: Litotróficos – “comedores de pedra”, usam moléculas inorgânicas reduzidas como fonte de hidrogénio e energia. Organotróficos – usam moléculas orgânicas como fonte de hidrogénio e energia. Fazendo a combinação de todas as fontes, obtém-se vários tipos diferentes de nutrição nos microrganismos. Os 4 tipos nutritivos são: Os microrganismos podem ainda ser qualificados como: Prototróficos – microrganismos com o mesmo tipo de requesitos nutritivos da sua espécie. NORMAL Auxotróficos – microrganismos mutantes que perdem a capacidade de sintetizar determinado composto requerendo que este seja incorporado como suplemento no meio de cultura. SUPL. AUXIL Mixotróficos – microrganismos com formas mistas ou intermédias e que possuem variabilidade adaptativa. (ex.: Rhodospirilum – é Fotoheterotrófico na presença de O2 e Quimioheterotrófico na ausência de O2) Fonte orgânica de carbono 31 Azoto (N): É extremamente importante uma vez que dele depende a síntese de: aminoácidos, purinas, pirimidinas, alguns carbohidratos e lípidos. As suas principais fontes são: a degradação dos a.a. ou da amónia, por redução de nitratos através da glutamato desidrogenase. fixação de N atmosférico (para a qual é necessária a nitrogenase); esta fonte é usada pelas cianobactérias e pelas bactérias do género Rhizobium. Fósforo (P): É de grande importância dado que está presente em: ácidos nucleicos, fosfolípidos, ATP, proteínas (sobretudo cofactores enzimáticos). A fonte deste elemento são os fosfatos inorgânicos, que são transformados através da acção das fosfatases. Enxofre (S): É de grande importância dado que é necessário na síntese de: a.a. (cisteína, metionina), alguns carbohidratos e vitaminas (biotina, tiamina). A fonte do enxofre são os sulfatos, reduzidos por enzimas específicas, mas em condições particulares o enxofre pode ser obtido a partir da cisteína. Cálcio (Ca): Resistência térmica dos endósporos. Potássio (K): Actividade enzimática Magnésio (Mg): Estabilizador membranário. Factores de crescimento – São compostos orgânicos essenciais (que o microrganismo não consegue sintetizar) e que têm de ser fornecidos como suplementos. Os factores de crescimento variam com o microrganismo considerado, podendo ser: aminoácidos; purinas/pirimidinas; vitaminas (cofactores enzimáticos). Podem estabelecer-se dois tipos de relações entre microrganismos diferentes: Competição por determinado nutriente. Nesta situação sobrevivem aqueles que possuírem um melhor equipamento enzimático, isto é, os melhores adaptados a determinado substrato. Inter-ajuda, na qual o produto de excreção dum microrganismo é usado como nutriente para outro microrganismo (relação simbiótica). Essencial na produção do queijo suiço e vinagre. Queijo Suiço: Streptococcus thermophilus + Lactobacillus bulgaricus – fermentam a lactose formando ácido láctico. 32 Vinagre: leveduras fermentam as uvas formando o etanol, o Acetobacter e o Glucobacter oxidam o etanol e formam vinagre. Nota: O, C, S, P, N e H não são factores de crescimento, uma vez que são extremamente essenciais a todas as bactérias. Apesar do soro sanguíneo ser um factor de enriquecimento para a maioria das bactérias, para os Mycoplasmas é factor de crescimento, uma vez que incorpora o colesterol na sua membrana. Entrada de nutrientes na célula bacteriana: As características que condicionam a entrada de nutrientes são: Permeabilidade selectiva da membrana celular (evita a entrada de substâncias tóxicas e promove a entrada de nutrientes, mesmo contra o gradiente de concentração). Contra o gradiente de densidade Mecanismos de transporte/entrada: Difusão passiva – para moléculas pequenas e apolares que estejam mais concentradas no exterior. A absorção diminui à medida que as concentrações dentro e fora da membrana se equilibram. Não permite o armazenamento de substâncias e o transporte mantém-se porque os nutrientes vão sendo metabolizados à medida que são absorvidos, o que mantém o gradiente de concentração. É usada para a água, O2, CO2 (pequenas moléculas). Difusão facilitada – tem as características acima referidas para a difusão, mas diz respeito a moléculas de grandes dimensões transportadas através da membrana por proteínas transportadoras específicas designadas permeases. Quando o nutriente se liga à permease, esta altera a sua conformação e perde afinidade para o nutriente e liberta-o no interior da membrana citoplasmática. É usada para o glicerol, glucose, etc. Transporte Activo – é mais comum na célula eucariota. Depende dum transportador de ATP, porque se processa contra um gradiente de concentração. Este tipo de transporte permite o armazenamento de nutrientes no interior da bactéria. As substâncias submetidas a esta forma de absorção podem ser absorvidas por simporte ou antiporte. Simporte – Protão (Na+) + “Substância” Ambos atravessam a membrana no mesmo sentido. Antiporte – Protão (Na+) + Protão (K+) Um entra e o outro sai, em sentidos opostos. ATP – Binding Cassette Transporters (ABC Trasnporters) – localizados na membrana. As gram negativas possuem outros sistemas de transporte localizados no invólucro externo da parede celular (proteínas receptoras; Ompf (outer membrane protein F)). Translocação de grupo – neste processo, a substância é transportada activamente e sofre uma alteração química durante o processo de interiorização enquanto percorre a permease (é o caso da glicose, que passa a glicose-6-fosfato ou do sistema PTS (Sistema Fosfotransferase – alto gasto de energia) das bactérias anaeróbias. Absorção de ferro – o ferro do meio é captado por moléculas sideróforas (quelantes do ferro: retiram o ferro às substâncias no exterior, às quais ele está intimamente ligado) que são excretadas pela bactéria. A molécula ligada ao ião de ferro apresenta-se a transportadores membranares específicos, que transportam todo o conjunto activamente para o interior. 33 Sideróforos: compostos com baixo peso molecular e com elevada afinidade para ião de ferro. Retiram o ferro ligado à proteína do hospedeiro, apresentam-no sob a forma de complexo sideróforo-férrico aos respectivos ligandos da membrana externa. Meios de cultura: Meios complexos (ex: peptanos, extracto de carne ou extracto de levedura) – substâncias de composição muito complexa e mal definida que as bactérias degradam para obter todos os nutrientes e das quais desconhecemos a composição. Meios quimicamente definidos – substâncias em que todos os constituintes são conhecidos ao pormenor. Apenas são usados para investigação (ex: para determinar factores de crescimento para determinadas bactérias). Meios líquidos – são os caldos constituídos por água e nutrientes dissolvidos, não permitem fazer o isolamento bacteriano. Meios sólidos – são constituídospor caldos em agar. Estes meios são líquidos a 100°C, passando a sólidos quando a temperatura desce abaixo dos 43-45°C. Estes meios só voltam a liquefazer-se quando a temperatura volta a subir acima dos 100°C. A vantagem dos meios sólidos é o facto de permitirem o isolamento bacteriano de modo a formarem-se colónias separadas, uma vez que a rede formada pelo agar reduz muito a mobilidade das bactérias. Meios diferenciais – permitem reconhecer macroscopicamente algumas bactérias pelo tipo de crescimento (ex.:agar-sangue para o S.pyrogenes β-hemolítico; MacConkey para a E. coli, que forma colónias rosa choque). De um modo geral, são meios sólidos. Permitem distinguir bactérias tendo em conta os diferentes aspectos culturais, tendo em conta os diferentes nutrientes degradados. Meios selectivos – permitem fazer a selecção de uma bactéria, adicionando ao meio sólido factores de enriquecimento (para a bactéria desejada) e factores de inibição de outras bactérias. Ex.: Meio MacConkey tem bilis-verde brilhante, selectivo para coliformes (E. coli e associados). Meios de Enriquecimento – possuem um nutriente especial para determinada bactéria (ex.: meio fenol). Estes meios destacam as bactérias que têm vantagem enzimática sobre as restantes no que diz respeito às condições fornecidas pelo meio. Os meios de enriquecimento distinguem-se dos selectivos porque não possuem inibidor. Ex: Meio de fenol Bacterias do solo; Meio de celulose Bactérias celulolíticas. Meios para titulação microbiológica – incorporam um fármaco para avaliar, quantitativamente, a capacidade inibidora ou estimuladora do mesmo. Podem, por exemplo, ser usados antibióticos para determinar a concentração mínima inibitória (CMI), usando concentrações crescentes do fármaco. Meios para cultura de células (eucariotas) – são usadas para cultivo de microrganismos intracelulares obrigatórios “in vitro” (ex: vírus – riquétsias, clamídeas). Técnicas de cultivo: Clone – conjunto de organismos com origem numa só célula. Colónia – é o crescimento bacteriano que conseguimos visualizar macroscopicamente, a partir de um número mínimo de células (pode ser clone ou não, mas é sempre formada por um só tipo de microrganismos. Porém, podem não ser geneticamente iguais) – cultura pura 34 Procedimento: Propagação do microrganismo a partir de uma amostra biológica Isolamento de colónias em meio sólido (pode ser feito em Placas de Petri, com recurso a meio selectivo, ou ao choque térmico ao qual só as bactérias esporuladas sobrevivem) Identificação Existem diferentes tipos de colónias, que se distinguem pelas suas características de forma, elevação e margem. As colónias são características do microrganismo, o que permite a identificação macroscópica dos organismos. As condições do meio de cultura também condicionam a forma da colónia. G. Ecologia Microbiana (Capítulo 30 do Prescott) Interações Microbianas: Relações Ecológicas Simbiose = vida em comum, que pode ser prejudicial, benéfica, positiva para um e indiferente para outro. Endosimbiose (se o organismo está interiorizado no outro) Ectossimbiose (ex.: 2 bactérias que vivem no mesmo espaço) 35 Tipos de Simbiontes: A B Exemplos Amensalismo + - Produz antibióticos tóxicos para o outro. Comensalismo + 0 (não ganha nem perde) Anaeróbios estritos que convivem com anaeróbios facultativos. Nesta situação o Anaeróbio estrito precisa mesmo que o Anaer. Facultativo utilize o O2 Mutualismo + + Flora do rúmen (obrigatório para ambos sobreviverem) (Proto)cooperação + + Cellulomonas/Azotobacter (ganham ambos mas não é obrigatório) Parasitismo + - Bactérias patogénicas Predação (um m.o. alimenta-se do outro) + - Protozoários que predam bactérias (perseguição e assimilação de outro) Competição + - Para substratos/nutrientes. Num meio limitado há bactérias que competem entre si A fronteira entre comensalismo e mutualismo, apesar de evidente na teoria, é ténue e algo difícil de estabelecer na prática. Exemplos de Comensalismo: Leveduras (anaer. Facultativo) usa o O2 Clostridium (Anaer. Estrito) Leveduras produzem ETOH (álcool) Acetobacter Exemplos de Mutualismo: Líquenes (Alga + fungo). A alga faz a fotossíntese e produz O2 essencial para os fungos que são aeróbios estritos. Para além de O2, as algas fornecem também nutrientes aos fungos. Os fungos dão protecção, substrato e permitem absorção de O2. Térmitas da madeira que têm no seu intestino um flagelado intestinal que degrada a celulose e lenhina ingeridas pela térmita. Ruminantes (ingestão de plantas + ruminação + saliva) Pectina, Hemicelulose, Celulose e amido No rúmen existem um flora ruminal abundante (1012 microflora/ml) Fermentação dos HC complexos pelas bactérias Da fermentação ocorre produção de Ác. Acético, Ác. Propiónico, Ác. Butírico (que são importantes fornecedores de energia para as bactérias) Energia Proteínas microbianas para as células dos ruminantes. 36 Mamíferos Bactérias intestinais que produzem vitaminas essenciais para os animais como vit. K (produzida pela E. coli) e vitaminas do complexo B. Os mamíferos dão nutrientes e as bactérias dão vitaminas. Placa microbiana dentária – uma associação de fungos, bacilos e cocos. Importância da microflora num organismo superior: Produção de vitaminas (incapazes de ser produzidas pelos animais) e nutrientes; Estimulação do sistema imunitário; Resistência à colonização por bactérias patogénicas (a microflora não deixa espaço para fixação de bactérias patogénicas; além disso, competem com os outros microrganismos por nutrientes e reduzem bactérias, impedindo a colonização). Animais totalmente desprovidos de microflora designam-se animais germ free ou axénicos.O útero de um mamífero é um ambiente normalmente estéril, não tem microflora; assim, um animal no estado intra-uterino não possui microrganismos. Para produzir um animal germ free é necessário que nasça por cesariana, em condições de assepsia extrema, uma vez que a colonização microbiana se inicia ao nascimento. Tem de receber alimentos esterilizados e suplementados com todos os nutrientes que seriam produzidos pela microflora de um animal normal. Em condições normais, a colonização faz-se a partir do meio e da mãe e, um a dois dias depois do nascimento, a microflora atinge um estado de equilíbrio. Quando conhecemos exactamente a microflora de um animal, ele diz-se gnotobiótico. Animais gnotobióticos são produzidos a partir de animais germ free que são inoculados com uma estirpe pura de um microrganismo. São utilizados para estudar relações mutuais uma por uma (geralmente não é inoculada uma única estirpe, mas um conjunto delas, de modo a evitar um desequilíbrio e que o microrganismo se torne patogénico). Nota: um animal germ free é gnotobiótico, mas um animal gnotobiótico não é necessariamente germ free, uma vez que já pode ter sido inoculado com microrganismos. Animais SPF (Specific Pathogen Free) – são animais dos quais não conhecemos a microflora, mas que não possuem qualquer agente patogénico conhecido para a espécie a que pertence. O animal tem que ser mantido numa colónia de SPF ou num ambiente totalmente estéril, ou deixará de ser SPF. Assim, apesar de não sabermos quais os microrganismos que possuem, sabemos quais aqueles que não possuem, através de testesfeitos. Animais germ free, gnotobióticos e SPF são mantidos em câmaras isoladoras ou para não serem contaminados e/ou para que o agente em estudo seja mantido no interior. Animal convencional: Animal com o qual não temos preocupações em relação ao seu standart biológico. Digamos que e o animal “normal”. 37 Em relação aos indivíduos normais, os animais germ free têm particularidades a nível: Anatómico: Menor desenvolvimento linfoide (porque não houve produção de anticorpos); Parede intestinal mais fina (porque não existem bactérias e é necessária uma maior capacidade de absorção); Cecum hipertrofiado Fisiológico: Menor titulo de anticorpos; Necessidade de uma alimentação especial; Enorme susceptibilidade a todas as doenças (fora do ambiente esterilizado, morrem porque não têm tempo suficiente para haver uma adaptação equilibrada). Importância de conhecer a microflora normal: Conhecer potenciais organismos patogénicos (notar que, no mesmo animal, um microrganismo pode ser comensal numa regiºao e ser patogénico noutro local) Interpretação clínica de análises (saber os microrganismos esperados em condições normais) Conhecer a razão de ser da colonização por agentes patogénicos e quais as consequências Papel estimulador do sistema imunológico Em situações de disbiose (desequilíbrio da microflora), há o risco de uma bactéria, normalmente comensal, tornar-se patogénica. Existem microrganismos: na pele e mucosas; nas cavidades oral e nasal; em todo o tracto digestivo; no tracto genital feminino (até ao útero, exclusive), bexiga e uretra. Não existem microrganismos: em circulação; no tracto respiratório abaixo da traqueia; no músculo e em todos os outros órgãos (fígado, baço, etc.) Resistência à colonização – qualquer processo que interfira com a colonização da pele, tracto intestinal, etc., por microrganismos exógenos. Factores: Antagonismo bacteriano e Exclusão competitiva Associado a: - Produção de Bacteriocinas - Depleção de nutrientes essenciais - Competição por receptores - Indução e estimulação da imunidade Os animais gnotobióticos são muitas vezes inoculados com uma flora resistente à colonização (CRF), que existe num “cocktail” de aproximadamente 15 agentes microbianos conhecidos, que impedem a colonização de microrganismos que não estes, através da competição por nutrientes e receptores, produção de bacteriocinas e indução/estimulação da imunidade. Experiência: Inocula-se um animal com bactérias e dias após, monitoriza-se a presença de bactérias nas fezes do animal. Nos primeiros dias aparecem algumas e depois começam a decrescer ao longo dos dias até deixarem de aparecer. Neste caso não houve colonização por presença da microflora. Noutra altura dá-se uma radiação aos ratinhos para que fiquem 38 descontaminados e isentos de microflora. A excreção dos microorganismos aumenta nas fezes durantes dos primeiros dias e depois atinge um platô. Isto indica que há multiplicação e fixação dos microorganismos ao nível do TGI. Barreira clássica SPF: Esterilização dos equipamentos e materiais Esterilização: comida, água, cama, etc. Cuidado especial com pessoal: banho, roupa especial, luvas, máscara… Pressão positiva (para não haver tendência para entrar ar) Barreira clássica reversa (biosafety): Proteger homem e ambiente de potenciais contaminantes com microrganismos; Esterilização do equipamento e material antes de sair; Cuidado especial das pessoas: duche, roupa especial, máscara Pressão negativa (de modo a entrar ar e não sair, mas especialmente a não saír) Autoclavar tudo o que sai Se o agente for muito perigoso isolador Barreira clássica SPF modificada (Barreias Individualmente Ventiladas IVC): Sistemas de barreira individual – individual ventilated cages (ar filtrado) Câmara de fluxo laminar Crescimento microbiano em Biofilmes: Biofilme – Comunidade estruturada de células (constituída por 1 ou mais espécies microbianas), aderentes a uma superfície inerte (abiótica) ou viva (ex. tecido vivo), embebidas numa matriz de polissacárido de origem microbiana. Vantagens dos Biofilmes: Protecção relativamente a condições agressoras (irradiação, calor, desidratação, desinfectantes, antibióticos, etc.) ou a fagocitose por células do sistema imunitário dos organismos infectados. Maior disponibilidade de nutrientes Estabelecimento de relações que podem ser benéficas, como por exemplo comunicação entre células envolvendo moléculas sensoras (ex.: “quorum-sensing”) ou troca de material genético (ex: plasmídeos). 39 H. Genética Bacteriana – princípios gerais (capítulo 11, 13, 14 Prescott) O conteúdo genético designamos por genoma celular (DNA presente numa célula). O DNA tem um conjunto de genes que codificam proteínas Gene – são segmentos de DNA (excepto em alguns vírus, que são constituídos por RNA) que codificam os produtos funcionais (as proteínas). Sequência de um gene – um gene apresenta 3 regiões: região promotora (onde se encontra o promotor – local onde a RNA polimerase se liga para iniciar a transcrição, as zonas consenso reconhecidas pela polimerase – nos procariotas só existe uma RNA polimerase e 2 zonas consenso de 6 nucleótidos cada uma), parte estrutural (zona transcrita. Encontra-se apenas numa das cadeias e a sua zona complementar, não codificante, denomina-se zona nonsense) e zona de terminação (onde termina a transcrição). Sentido da informação genética: Eucariotas Procariotas Notas: Há um controlo muito mais fino nos eucariotas. mRNA monocistrónico, significa que apenas contém informação para a síntese de uma proteína. mRNA policistrónico, significa que pode albergar informação para a síntese de várias proteínas. Replicação do cromossoma bacteriano: Maioritariamente os cromossomas bacterianos são circulares. É identificado um ponto de origem e a partir daí começa a replicar-se. A replicação é bidireccional. Duas forquilhas de replicação movem-se à volta do DNA e formam estruturas intermédias com a forma da letra grega theta (θ). A cadeia-filha é a cadeia representada a roxo. Transcrição Processamento do mRNA no núcleo mRNA monocistrónico (citoplasma) Tradução Transcrição (mRNA policistrónico) Tradução 40 A cadeia codificante do RNA é 5’ 3’ Sequência da produção de proteínas: Geração da Diversidade: a) Mutações 1. Espontâneas – Erros na replicação; Lesões no DNA; Inserções por elementos de inserção ou transposões (frequentes na E. Coli). Reparação enzimática possível – actividade de proof Reading. 2. Induzidas – por agentes mutagénicos: Químicos (ácido nítrico, substâncias alquilantes, etc) Análogos de bases (AZT) Agentes intercalantes: induzem distorção de DNA Físicos (radiações UV e X) – danificam as bases azotadas, induzindo erros de replicação. b) Transposões – genes “móveis”, “genes saltadores” (jumping genes) – são elementos móveis genéticos que quando estão num local induzem uma modificação e quando estão noutro local induzem outra. Como a taxa de multiplicação celular é muito mais elevada em bactérias, estas são mais fáceis de estudar. Mutações – Consequências: Se ocorrer em genes codificantes: Mutações silenciosas (devido à existência de um código genético degenerado) Mutações Missense (modificação do aminoácido) Mutações Nonsense (formação de codões STOP)
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