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REGULAÇÃO DA EXPRESSÃO GÊNICA EM PROCARIOTOS Porque Regular? Alto custo em termos de energia, pois a síntese de proteínas requer grandes quantidades de energia, logo não há necessidade de uma célula produzir todas as proteínas, quando não irá utiliza-las. Então, os procariotos desenvolveram mecanismos elaborados para controlar a escolha de quais proteínas são feitas em diferentes momentos, sob diferentes condições ambientes. A quantidade de proteínas dentro de cada célula é determinada pela concentração de RNAm, eficiência de tradução de RNAm e estabilidade da proteína produzida. Estrutura de um gene Procarioto Estrutura do gene Eucarioto Organização da Forma de Operons Região codificadora é transcrita em RNA e codifica proteína. ORF: Região que possui característica de expressão de RNA estável ou proteína. As duas regiões são ativadas ao mesmo tempo para economia de energia. Esta organização faz com que a célula economize energia e informação genética. É USADO EM PROCARIOTOS, DEVIDO AO PEQUENO GENOMA. Mecanismos de Controle Transcricionais Em procarioto Regulação por fatores SIGMA (RNA polimerase de E.coli Controle de Ativadores e Repressores Resposta a um sinal externo A especificidade de ligação de RNA polimerase nos diferentes promotores é dada pela interação com diferentes espécies de fatores sigma. Cada sigma tem especificidade com um RNA polimerase. A transcrição só acontece quando o CORE se junta com o fator SIGMA. Indutor molecular causa dissociação da proteína regulatória do DNA e depois acontece a ligação quando é retirada. O repressor inativo tem a transcrição bloqueada e introduz o RNAm. Estrutura do Operon Lac Operon lac - controlador da síntese das enzimas do metabolismo de lactose ( glicose e galactose). Operons são sequências lineares de DNA que as células procariontes possuem. Trata-se de um controlador do anabolismo (síntese) de enzimas pelos procariotos. Nesta postagem vamos tratar do Operon lactose (Operon lac). O operon lac é composto basicamente por: Região Reguladora: · uma sequência promotora. · um gene operador. Genes estruturais: · lacZ (gene da β-galactosidase). · lacY (gene da permease). · lacA (gene da transacetilase). A região reguladora coordena a expressão dos genes estruturais. Ela localiza-se à montante (à 5’) do grupamento gênico que ela controla. Como a região reguladora está na mesma fita que os genes os referimos a ela como sítio cis-atuante, e ela liga-se às moléculas que controlam a transcrição do grupamento de genes. Essas moléculas são chamadas de trans-atuantes. Os eventos que ocorrem nos sítios reguladores determinarão se as sequências de genes estruturais serão ou não transcritas e se enzimas serão ou não produzidas (traduzidas). Dentro da região reguladora, como descrito acima, encontramos duas regiões: Sequência promotora (promotor) É o sítio de ligação da RNA polimerase para a formação do mRNA. Ele determina então, onde se inicia a transcrição. Gene operador É a região na qual se liga uma proteína repressora (expressa pelo gene repressor I, representado à montante ao promotor, mas que não é parte do operon lac) da expressão dos genes estruturais lacZ, lacY e lacA. Quando há a ligação dessa proteína repressora no operador, há inibição da ligação da RNA polimerase na sequência promotora. Então, a função da proteína repressora é justamente reprimir a ligação da RNA polimerase, e consequentemente, reprimir a transcrição e expressão dos genes estruturais à jusante. Falaremos mais dela posteriormente. É importante ressaltar que nenhum dos genes envolvidos no controle da expressão gênica (descritos acima) sintetizam alguma molécula, ou seja, codifica alguma enzima necessária para o metabolismo da lactose. Quem codifica essas enzimas são os chamados genes estruturais. Genes estruturais, em procariotos, podem haver um ou mais genes estruturais que atuam como modelos para as proteínas. Na operon lac da E. coli, existem três desses genes estruturais: lacZ, lacY e lacA. Como já mencionado, cada um desses genes é capaz de codificar uma proteína, sendo que o gene laca que codifica a transacetilase não participa do metabolismo da lactose. Os três genes estruturais do operon lac são transcritos de uma só vez em um único mRNA policistrônico, o qual é simultaneamente traduzido por vários ribossomos nas três enzimas codificadas pelo operon. Havíamos falado que a função da proteína repressora era inibir a expressão dos genes estruturais, ligando-se no operador, certo? Mas não é somente isso. Ela também tem a capacidade de se ligar à lactose quando a mesma estiver presente no meio. Assim, ao invés de reprimir, ela atua como indutora da expressão gênica. Está confuso? É o seguinte: a proteína repressora possui dois sítios de ligação. Um para que ocorra a ligação com o operador, e outro para que ocorra a ligação com a lactose. Se houver lactose disponível no meio, haverá a formação do completo proteína repressora+lactose (tratamos aqui como “complexo” já que a lactose não é metabolizada por essa proteína). Quando a lactose se liga na proteína repressora, há modificação alostérica (conformacional) no seu outro sítio de ligação ao operador. Portanto, ela fica incapaz de se ligar ao operador, e o mesmo não inibe a ligação da RNA polimerase ao promotor. Ocorre então a transcrição e consequente expressão gênica. Quando toda a lactose presente na célula tenha sido catabolizada, a proteína repressora se liga ao operador e desliga o operon. E se não houver lactose no meio, como a proteína repressora se comporta? Ocorre que não há modificação alostérica, e a proteína repressora se liga normalmente no operador. Assim, o operador regula o promotor, inibindo que haja a transcrição e tradução. Agora, vejamos a seguinte situação: a bactéria está em um ambiente que já contém grandes quantidades de glicose e gactose. Desta maneira, considerando que a glicose é a fonte de carbono preferida da E. coli, não seria interessante gastar energia para obter o que ela já tem, mesmo que esteja disponível no meio a lactose. Devemos falar então de mais um componente molecular, chamado de proteína ativadora de catabólito (CAP– do inglês: catabolite activation protein), envolvida na efetiva repressão do Operon lac. A CAP exerce controle positivo sobre o Operon lac, e é uma proteína auxiliar, e ajuda a RNA polimerase a se ligar no promotor. Entretanto, ela só se promove este auxílio se houver grandes concentrações de um constituinte celular denominado adenosina monofosfato cíclico (cAMP), que é formado a partir do ATP. O cAMP se liga à CAP causando uma modificação alostérica nesta proteína, e complexo CAP+cAMP pode então auxiliar à ligação da RNA polimerase ao promotor. Este mecanismo ocorre na ausência de glicose, pelo seguinte fato: Se não há glicose, consequentemente a célula está com pouco ATP. Bioquimicamente, a baixa do ATP provoca o aumento de AMP, e por isso há grandes quantidades de cAMP para que se ligue à CAP. O complexo formado então permite que a transcrição se inicie, porque ajuda a RNA polimerase a se ligar ao promotor. Certo? Mas... voltando à situação de muita glicose e galactose. Neste caso, há muita produção de ATP, e pouco AMP. Assim, haverá também pouco cAMP, e então não há a formação do complexo CAP+cAMP. Desta forma, a RNA polimerase não consegue se ligar ao promotor, e é aí que ocorre a diminuição da transcrição e da tradução, já que a célula não precisa produzir enzimas que degradama lactose e culminaria no aumento ainda mais de glicose. Seria um trabalho sem necessidade, e a célula compreende isso. Controle Negativo (Ausência de Lactose —> repressor lac + promotor (inibe ligação da RNAp) —> não tem ß-galactosidase): Na ausência da lactose, os genes do operon lac estão reprimidos pela ligação do repressor lac. O alivio da repressão é chamado de indução. Os derivados de lactose (glicose e galactose) inativam o repressor e levam a expressão dos genes. Os indutores de lac quando se ligam ao sitio alosférico, causam alteração na conformação da proteína reguladora, alterando a estrutura do domínio de ligação ao DNA. Controle Positivo (Glicose baixa /Meio rico em Lactose —> complexo cAMP + CAP + promotor (facilitar ligação da RNAp) —> ß-galactosidase): A alta concentração de cAMP é necessária para a ativação do operon lac. O cAMP ligase ao CAP, sendo assim, somente o complexo CAP-cAMP é capaz de estimular a transcrição e se ligar a região promotora, e interage com a RNAp. 1. Alta concentração de glicose não há formação do completo CAP - cAMP,e a lactose não é suficiente pra induzir a ativação do operon lac. 2. Na ausência de lactose para servir de indutor, o repressor lac é capaz de se ligar ao operador, independente dos níveis de cAMP e da presença de CAP, a produção de mRNA é reprimida. 3. na ausência de glicose: cAMP se liga à proteína CAP e promove modificação alostérica. Há auxílio para a ligação da RNA polimerase ao promotor. Há aumento da transcrição. Ocorre a síntese das três enzimas. Situações a. presença de glicose e ausência de lactose b. ausência de glicose e presença de lactose c. presença de glicose (mantém níveis de cAMP baixo) e lactose d. ausência de glicose e lactose Regulação do Operon TRIP Bactérias tais como a Escherichia coli (um habitante amigável de nosso intestino) precisam de aminoácidos para sobreviverem—pois, assim como nós, precisam produzir proteínas. Um dos aminoácidos que elas precisam é o triptofano. Se o triptofano estiver disponível no meio, a E. coli vai usá-lo para formar proteínas. No entanto, a E. coli também pode produzir seu próprio triptofano usando enzimas que são codificadas por cinco genes. Esses cinco genes estão localizados próximos uns aos outros e são chamados de operon trp. O operon trp, encontrado nas bactérias E. coli é um grupo de genes que codifica as enzimas biossintéticas do aminoácido triptofano. O operon trp se expressa (torna-se "ativo") quando os níveis de triptofano estão baixos e é reprimido (torna-se "inativo") quando os níveis estão altos. O operon trp é regulado pelo repressor trp. Quando ligado ao triptofano, o repressor trp bloqueia a expressão do operon. A biossíntese do triptofano também é regulada pela atenuação (mecanismo baseado no acoplamento entre transcrição e tradução). Se o triptofano estiver presente no meio, então as bactérias E. coli não precisam sintetizá-lo, portanto a transcrição dos genes do operon trp fica "inativa". Por outro lado, quando a disponibilidade de triptofano é baixa, o operon é "ativado", os genes são transcritos, as enzimas biossintéticas são produzidas, e mais triptofano é formado. O operon trp possui cinco genes que codificam as enzimas necessárias para a biossíntese do triptofano, juntamente com um promotor (sítio de ligação da RNA polimerase) e um operador (sítio de ligação de uma proteína repressora). Os genes do operon trp são transcritos em um único RNAm. O que faz o operador? Esse segmento de DNA é reconhecido por uma proteína reguladora chamada de repressor trp. Quando o repressor se liga ao DNA do operador, ele impede que o operon seja transcrito ao se colocar fisicamente no caminho da RNA polimerase, a enzima da transcrição. O repressor trp nem sempre se liga ao DNA. Na verdade, ele se liga e bloqueia a transcrição somente quando o triptofano está presente. Neste caso o triptofano se liga às moléculas do repressor alterando-lhes a forma para torná-las ativas. Quando uma pequena molécula como o triptofano é capaz de ativar o repressor, ela é chamada de correpressor. Por outro lado, quando há pouco triptofano na célula, o repressor trp fica inativo (porque não há triptofano disponível para se ligar e ativá-lo). Não ocorre a ligação com o DNA nem o bloqueio da transcrição, permitindo que o operon trpseja transcrito pela RNA polimerase. Neste sistema, o repressor trp atua como um sensor e um interruptor. Ele detecta se o triptofano já está presente em níveis elevados, e se sim, alterna o operon para a posição "desligada", impedindo que enzimas biossintéticas sejam produzidas desnecessariamente. Assim como a regulação pelo repressor trp, a atenuação é um mecanismo para redução da expressão dos genes do operon trp quando os níveis de triptofano estão altos. No entanto, em vez de bloquear a iniciação da transcrição, a atenuação impede o término da transcrição. Quando os níveis de triptofano estão elevados, a atenuação faz com que a RNA polimerase pare prematuramente a transcrição do operon trp . Apenas um curto RNAm é fabricado, um que não codifica enzimas da biossíntese do triptofano. A atenuação funciona através de um mecanismo que depende de acoplamento transcrição-tradução (tradução de um RNAm que ainda está em processo de transcrição). O mecanismo pode ser complexo, mas o resultado é bastante simples. Quando o triptofano está abundante, o ribossomo se move rapidamente ao longo do líder, forma-se o grampo terminador e a transcrição do operon trp cessa. Quando o triptofano está escasso, o ribossomo se move lentamente ao longo do líder, forma-se o grampo não-terminador e a transcrição do operon trp continua. Em outras palavras, a lógica da atenuação é a mesma da regulação pelo repressor trp. Em ambos os casos, altos níveis de triptofano na célula reprimem a expressão do operon. Isso faz sentido, já que altos níveis de triptofano significam que a célula não precisa fazer mais enzimas biossintéticas para a produção adicional de triptofano. Controle do operon da Arabinase Genes truturais (araB, araA e araD) codificam enzimas que decompõem a arabinose. A região do iniciador contém um site de operador (araO) e um site de promotor (araI). O gene AraC codifica para uma proteína ativadora. a) Presença de Arabinose: A proteína AraC e o complexo CAP-cAMP ligam-se à região araI em diferentes locais. A transcrição pode ocorrer com estas proteínas no lugar. b) Ausência de arabinose: AraC liga-se às regiões araI e araC para formar um loop de DNA que previne a transcrição. AraC tem duas conformações. Um age como um ativador, quando ligado à arabinose, permitindo a transcrição ocorrer e o outro age como uma proteína repressora quando não ligado. Princípios básicos da regulação gênica em procariotos: 1. Esses organismos necessitam ter mecanismos rápidos e eficientes de adaptação a mudanças no ambiente 2. Produtos gênicos que funcionam em conjunto, normalmente tem regulação da expressão semelhante, ou estão organizados em operons 3. A transcrição da maioria dos genes está em um estado “bloqueado”, pela ligação de proteínas inibidoras. 4. A dissociação dessas depende de um indutor, normalmente uma molécula pequena, que “Sinaliza” a mudança ambiental. REGULACAO GENICA EM EUCARIOTOS 1. Organização genômica Sinais que atuam no controle da expressão gênica Pontos de controle: Ativação de genes, Regulação em de nível de transcrição, Processamento de RNA e Tradução. 2. Interrupção da sequência de genes 3. Família de genes 4. DNA repetitivo 5. DNA organizado em cromossomos e Regulação temporal e espacial Componentesque atuam no controle de Expressão Sinal que provoca uma mudança na expressão (Mudança nutricional e ambiental / Hormônios) Diferentes níveis do controle da expressão (Início da transcrição / splicing alternativo / tradução) Hormônios Esteroides Formação de complexo receptor-hormônio no citoplasma da célula, que passara para o núcleo e reconhecera sequências específicas, ativando a transcrição. Mudança nutricional ou ambiental Resposta é limitada uma vez que as células estão protegidas em órgãos. Com exceção das células fígado que estão em contato direto com o sangue, e expostas a mudanças como nutrientes e substancias tóxicas. Fatores Transcricionais Tem papel importante na regulação, como a hélice-volta-hélice, que estabiliza, dedos de zinco, que dão especificidade e interação com o DNA, zíper de leucina, que também dão mais estabilidade per serem aminoácidos intercalados, e a regulação a nível basal, que utiliza da proteína TBP que se liga ao DNA ajudando no início da transcrição. A iniciação da transcrição é o ponto mais crítico do controle da expressão Gênica, por isso os genes eucarióticos possuem muito mais regiões regulatórias upstream da ‘open reading frame’ 2. Genes eucariotos não se organizam em operons, mas regulação conjunta pode se obtida pela presença de mais sitios reguladores da iniciação de transcrição; 3. Acesso as regiões promotoras é restrito pela estrutura da cromatina, e remodelamento da cromatina é necessário hetero e eucromatina. Remodelação da cromatina: 1. Heterocromatina: tipicamente, 10% da cromatina está sempre supercondensada, essas regiões são transcricionalmente inativas; 2. Eucromatina: cromatina mais “relaxada”, transcricionalmente ativa Cromatina é remodelada por acetilação ou movimentação dos nucleossomos; 3. A acetilação das histonas diminui a compactação da cromatina pois diminui a interação do “core complex” com o DNA, com isso os sítios promotores e reguladores estão mais acessíveis para a ligação dos fatores de transcrição; 4.Co-ativadores modulam a expressão gênica em adição aos fatores de transcrição. A expressão de um gene só se verifica se o polipeptídio por ele codificado for produzido e estiver funcional. Portanto, para que um gene presente no núcleo se expresse, devem ocorrer as seguintes etapas: 1. Transcrição; A regulação transcricional é o principal nível em que a expressão dos genes pode ser regulada. Para a célula, regular a expressão gênica através do controle da transcrição é mais econômico, pois, se o gene não for transcrito, nenhum dos passos posteriores ocorrerá. A regulação da transcrição pode ocorrer através de dois processos distintos: remodelamento da cromatina e ligação de proteínas reguladoras. Regiões condensadas do genoma normalmente são transcricionalmente inativas. Portanto, para que ocorra a transcrição dos genes presentes, é necessário que o DNA esteja descompactado. O nível de condensação das diferentes regiões dos cromossomos pode ser controlado e, dessa forma, podem ser definidas as regiões que estarão disponíveis para a transcrição em determinado tecido ou estágio de desenvolvimento, do organismo. Portanto, a célula controla a disponibilidade de tais regiões através de mecanismos de remodelamento da cromatina. Os mecanismos através dos quais a célula controla os níveis de condensação do cromossomo dar-se-ão através de modificações na estrutura do DNA e das histonas capazes de provocar tal controle. Tais modificações correspondem à adição, ou remoção, de radicais à molécula de DNA ou às proteínas histonas a ele associadas. Dentre essas modificações, destacam-se os processos de metilação do DNA e metilação, acetilação e fosforilação das histonas. O complexo da RNA pol II (incluindo os fatores de transcrição) não é capaz de reconhecer e se acoplar ao promotor de um dado gene sem a ajuda das proteínas reguladoras. Estas proteínas interagem com o complexo da RNA polimerase, viabilizando o acoplamento dos “fatores de transcrição” às seqüências conservadas previamente discutidas (“caixa TATA” e “caixa CAAT”). Assim, apenas os genes cujos promotores estão associados a proteínas reguladoras são reconhecidos e transcritos. As seqüências reconhecidas pelas proteínas reguladoras são específicas para cada promotor e são chamadas sítios de ligação. Cada promotor contém sítios específicos para a ligação de proteínas reguladoras diferentes. Conseqüentemente, podemos concluir que existem muitas proteínas reguladoras diferentes em um organismo. O processo de regulação se verifica pelo fato de que um dado gene só será transcrito nas células em que a proteína reguladora, capaz de reconhecer seu promotor, estiver presente. Nos demais tecidos, o gene permanecerá desligado. Quando a expressão de um dado gene é regulada através de mecanismos que interfiram em etapas posteriores à transcrição, o processo é denominado regulação pós-transcricional. São descritos diferentes mecanismos de regulação pós-transcricional. Como nossa intenção não é esgotar este assunto, destacaremos três mecanismos principais: 1. Emenda alternativa de éxons ou splicing 2. Edição do RNAm 3. Estabilidade do RNAm. A retirada de íntrons e a emenda dos éxons compõem um passo crucial do processamento do RNA em eucariotos. Esse processo permite a eliminação das seqüências correspondentes aos íntrons do transcrito primário (pré-RNAm) e a subseqüente reunião (emenda) dos éxons. Muitos genes de eucariotos apresentam um elevado número de íntrons. Teoricamente, todos eles devem ser retirados durante o processamento do pré- RNAm. Assim, no decorrer do processo, os diversos éxons deverão ser emendados. As células utilizam o processamento do RNA como uma importante forma de regulação da expressão gênica. Tal mecanismo é denominado emenda alternativa de éxons e consiste em selecionar os éxons que serão emendados para compor o RNAm final. Dessa forma, um mesmo pré-RNAm pode dar origem a duas ou mais formas alternativas de RNAm, em função dos éxons utilizados na montagem de cada uma. Conseqüentemente, cada um desses RNAms variantes dará origem a uma diferente forma da proteína, na qual domínios estarão presentes ou ausentes em função dos éxons que compõem os respectivos RNAms. Esse fenômeno é conhecido por splicing (terminologia inglesa que significa união). Podemos notar que, através dos mecanismos de “emenda alternativa de éxons”, um mesmo gene pode dar origem a diferentes proteínas. Se o éxon que codifica para tal região for eliminado durante os processos de emenda, a proteína final não conterá tal região e, consequentemente, a atividade enzimática será abolida. Similarmente, determinadas proteínas são endereçadas para organelas específicas após a sua tradução. Se o éxon que codifica para o domínio de endereçamento celular da proteína estiver ausente, a proteína passará a ocupar outro compartimento celular ou ficar no citosol. Alguns mecanismos de “emenda alternativa” parecem ser constitutivos, como os RNAms variantes coexistindo em proporções constantes na mesma célula. Outros mecanismos são regulados em resposta a estímulos ambientais ou de desenvolvimento. O controle dos éxons que serão utilizados na montagem do RNAm em um dado tecido ou condição é realizado através de proteínas que interagem com os emendossomas ou spliceossomos (são os complexos compostos por diversas proteínas e pequenos RNAs nucleares responsáveis pela emenda alternativa de éxons). Portanto, se em um determinado tecido ou condição tais proteínas estiverem presentes, um dado conjunto de éxons pode ser selecionado. Porém, se em outro tecido ou condição tais proteínas estiveremausentes ou forem substituídas por outras, um novo conjunto de éxons pode ser emendado, dando origem à forma alternativa do RNAm. Regulação pós- transcricional: A regulação desses processos é realizada através da atividade de enzimas modificadoras que atuam sobre substratos específicos. Como resultado, o controle da ocorrência de tais modificações na proteína codificada por um dado gene pode modular sua atividade e, consequentemente, representar uma forma de regulação da expressão gênica. 2. Processamento do transcrito; Durante o processamento, determinados transcritos podem receber a inserção, deleção ou modificação de nucleotídeos em sua seqüência. Tal processo é denominado edição do RNA. Vamos tomar como exemplo a proteína apolipoproteína (proteína que participa da remoção do excesso de colesterol dos tecidos). O RNAm para apolipoproteína-B do fígado codifica uma proteína que contém 4.563 aminoácidos. Em contrapartida, no intestino, a mesma proteína contém somente 2.153 aminoácidos. Portanto o processo de edição do RNAm resultou na tradução de uma proteína mais curta. Este é um excelente exemplo de regulação pós-transcricional realizada via edição de RNAm, pois permite que um mesmo gene codifique para proteínas diferentes em função do tecido onde se expressa. A regulação do processo, portanto, dependerá da presença ou ausência das enzimas responsáveis pela edição daquele transcrito em cada tecido. Embora o exemplo do RNAm para apolipoproteína-B seja bastante ilustrativo, é importante observar que a edição do RNA tem sido verificada para muitos outros RNAms, além de RNAts e RNArs de diversas espécies. 3. Transporte para o citoplasma; Praticamente todos os RNAm recebem uma estrutura denominada capacete em sua extremidade 5’ e uma cauda poliA na extremidade 3’. Repare essas estruturas na Figura 2 e na animação Regulação póstranscricional. Ambas estão envolvidas na estabilidade do RNAm. Ao chegarem no citoplasma, as moléculas de RNAm passam a estar expostas à ação das enzimas de degradação. O principal processo de degradação do RNAm, descrito em leveduras e eucariotos superiores, é iniciado pela remoção da cauda poliA e é denominado desadenilação. As enzimas responsáveis pelos processos de desadenilação são chamadas desadenilases. Em seguida ao processo de desadenilação, ocorre a remoção do capacete presente na extremidade 5’ do RNAm, realizada por um conjunto de proteínas e fatores. Após a retirada das estruturas de proteção (capacete e cauda poliA), o transcrito é rapidamente degradado por enzimas denominadas exonucleases. 4. Tradução; A partir do momento em que um RNAm se encontra no citoplasma, seu processo de tradução também pode ser regulado. Os vários mecanismos de regulação traducional não são completamente elucidados, mas existem muitos exemplos documentados (particularmente durante o desenvolvimento embrionário) de moléculas de RNAm que são rotineiramente encontradas no citoplasma, mas são traduzidas apenas sob determinadas circunstâncias. Um bom exemplo de tal processo, pode ser verificado em espécies animais nas quais grande quantidade de RNAm é estocada em óvulos, porém, o processo de tradução só é desencadeado a partir da fertilização. Dentre os mecanismos de controle de tradução, a regulação pela presença de regiões codificadoras adicionais têm sido bem caracterizada. O processo de tradução de um polipeptídio a partir de um RNAm tem início no “códon de iniciação da tradução”, localizado na região próxima à extremidade 5’ (capacete). Isso ocorre porque a “maquinaria” responsável pela tradução percorre a fita de RNAm a partir da extremidade capacete (5’) em direção à extremidade 3’, em busca do “códon de iniciação da tradução”. Entretanto, certas classes de RNAm contêm regiões codificadoras de pequenos peptídeos antes da região que codifica para o polipeptídio principal. Em vários casos, tem sido estabelecido que tais regiões afetam a expressão gênica no âmbito traducional, prejudicando a tradução do polipeptídio principal. 5. Endereçamento; 6. Ativação do polipeptídio formado. Mecanismos de Mutação e reparo Lesões Expontâneas no DNA: Desaminação da Adenina, Citosina e Guanina (Modificações tautoméricas); Transição - substituição de purina por purina ou pirimidina por pirimidina; Transversão - substituição de purina por pirimidina ou vice-versa; Depurinização - perda de bases púricas. Mecanismos de Reparo Reversão direta da lesão no DNA: Fotoreativação: formação de dímeros por UV e fotoliase. Reparo de bases alquiladas: O6-metilguaninametiltransferase, que retira grupamentos metila transferindoos para cisteína. Reparo por excisão: Excisão de bases Excisão de nucleotídeos Reparo de malpareamentos Reparo pós-replicação: Não remove a lesão, mas possibilita a continuidade da replicação. Dois Sistemas: Lesões induzidas por agentes mutagênicos Dímeros de Timina (exposição a luz UV); Alquilação (Guanina - 06 metilguanina): remove grupamento metil; Reação com carcinógenos (Adição de grupamentos químicos volumosos à molécula de DNA). Reparo por recombinação homóloga Reparo sujeito a erros Reparo por recombinação Reparo sujeito a erros: Usado em condições extremas. Qualquer uma das quatro bases pode ser incorporada; Continuidade da replicação é menos danosa do que Incorporação de bases; Mecanismo de reparo causa mutação; Reparo SOS: RecA repara o DNA por recombinação ou por indução dos genes SOS; RecA ligada a DNA fita simples degrada por ação proteolítica a proteína repressora dos genes SOS (LexA); Genes SOS: grupo de aproximadamente 15 genes, incluindo uvrA-D, recA, umuC e D, SSB, etc... envolvidos na síntese de e reparo do DNA. DNA recombinante É uma molécula de DNA formada pela ligação de duas moléculas de origens diferentes (Ex. DNA de planta ligado a um plasmídio). Uma enzima de restrição ou endonuclease de restrição é um tipo de nuclease que cliva uma fita dupla de DNA sempre que identificar uma seqüência específica de nucleotídios que seja o sítio de restrição da enzima. A enzima BamHI reconhece a seqüência dupla fita de forma palíndrome, de tras para frente e de frente para tras. Tipos de cortes enzimaticos: - Produção de terminais coesivos (adesivos, protuberantes); - Produção de terminais abruptos (ou cegos) . Ação da Eco RI (37°C, 1h) Vetores Plasmidiais Plasmídios são moléculas de DNA circular, fita dupla, extracromossômico, que ocorrem naturalmente em bactérias e algumas leveduras – pUC18; pBR322; UP310, Utilizados para clonar fragmentos de até 9kbp. - Codificam genes essenciais; - 1 a 200kb; - até 10 Mil copias por célula; - Replicação autônoma (não precisa da bactéria para se replicar); - Bacteriófago e cosmideos clonam mais kbs. Para clonagem: 1) Replicação Autônoma; 2) Marcador de seleção (antibiótico ou gene auxotrófico); 3) Sitio de única clonagem; 4) Sitio de múltipla clonagem, Para expressar: 1) Promotor forte, um RBS e um ATG; 2) Promotor induzível: região promotora controlada. Que através de um co-repressor vai produzir proteínas ou não; 3) Sinal de secreção: quando a proteína é secretada para fora da célula durante a purificação por centrifugação. Sinal de secreção está no plasmídeo que depois a tradução da proteína direciona a proteína para fora; 4) Fusão com proteínas carreadoras. Bacteriófagos Vírus que infecta bactéria; Clonam fragmentos de 9 a 25 kb; Derivado do fago; Comídeos São híbridos entreplasmídios e bacteriófagos utilizados para clonar fragmentos de 25 a 35 kb; Clonagem Molecular É o isolamento e a propagação em um organismo de moléculas idênticas de DNA. M.O. Recombinante 1. Obtenção do DNA a ser clonado (extração, PCR, Digestão, Desfosforilação do carbono 5’ do vetor pela CIP e Purificação); 2. Preparação do vetor; 3. Ligação do vetor com o “inserto”; 4. Transformação da bactéria (clone recombinante não necessita deste passo); Íons de cálcio associadas a fluidez da membrana cobrem as cargas negativas facilitando a extração com moléculas de DNA na zona de adesão. 5. Seleção dos clones recombinantes. Colocar em semeadura para crescer na placa, isolar colônia, e selecionar por MICROPREP. 6.Atraves do LacZ Expressão em sistemas Heterólogos - Sistema procarioto: mais utilizado (E.coli); - Sistema Eucarioto: complexo e diversificado (quando se quer expressar antígeno eucarioto, mais funcional após a modificação pos-traducional). * se o gene que eu for utilizar não precisar de modificação pós-traducional, escolhe-se sistema procariótico. Fusão da proteína clonada com lacZ com indução do IPTG que é análogo a lactose, induzindo operon Lac. Há detecção da presença do inserto com o uso de um substrato cromogêneo para β-galactosidade (X-gal). Na placa há colônias brancas, no qual não são todos clones, porque não ouve a presença do IPTG e a Lac I estava ativa. Já as colônias azuis, o vetor produziu β-galatosidade e o IPTG bloqueou a Lac I, sendo assim um clone.